genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51968980--51969067	30	2.9	30	86	0	122	27	30	25	17	1.97
51971080--51971185	53	2.0	53	92	0	176	53	21	8	16	1.69
51976785--51976818	18	1.9	18	88	5	52	11	41	32	14	1.82
51985555--51985612	24	2.3	25	94	5	100	56	17	3	22	1.55
51985725--51985827	41	2.5	40	80	7	109	25	25	18	31	1.98
51989004--51989062	29	2.1	28	83	3	73	33	0	10	55	1.33
52000430--52000550	49	2.5	49	83	2	136	28	29	18	23	1.97
52007420--52007544	46	2.7	46	82	2	142	26	17	32	24	1.97
52007426--52007681	142	1.8	138	82	6	327	25	18	30	25	1.98
52007473--52007681	49	4.4	49	74	8	173	25	18	29	26	1.98
52012109--52012171	31	2.0	31	93	0	108	31	19	12	36	1.89
52013112--52013168	25	2.3	26	79	14	66	57	0	3	38	1.16
52019750--52019812	28	2.2	28	82	0	81	34	6	26	31	1.82
52021833--52021908	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
52023097--52023241	40	3.6	40	85	4	193	26	24	25	23	2.00
52028408--52028470	28	2.2	28	88	0	90	30	6	31	31	1.83
52029312--52029391	24	3.3	24	78	15	94	26	27	15	31	1.95
52029316--52029380	23	2.8	23	79	6	69	26	26	15	32	1.95
52033258--52033312	26	2.1	26	96	0	101	38	1	18	41	1.61
52033264--52033319	26	2.2	26	90	0	85	39	1	17	41	1.60
52041004--52041042	18	2.2	17	86	4	51	15	25	41	17	1.89
52041970--52042153	91	2.0	91	95	0	332	38	16	15	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52044771--52044883	59	1.9	59	89	3	174	25	20	20	33	1.97
52048272--52048311	18	2.2	19	86	8	57	12	22	45	20	1.84
52048269--52048399	66	2.0	66	81	3	156	19	24	37	18	1.94
52050503--52050547	18	2.6	16	83	13	54	35	2	4	57	1.31
52050737--52050789	14	3.8	14	70	9	54	56	5	5	32	1.46
52050741--52050799	28	2.1	28	87	6	84	49	5	8	37	1.55
52050983--52051021	17	2.3	17	86	0	51	38	5	0	56	1.22
52052785--52052819	10	3.7	9	88	11	52	22	0	0	77	0.78
52052823--52052871	24	2.1	23	85	14	66	44	0	2	53	1.12
52052868--52052922	21	2.5	22	88	8	78	34	1	1	61	1.17
52053154--52053206	18	2.8	20	80	8	56	13	7	3	75	1.15
52053154--52053195	20	2.2	19	86	4	57	11	7	4	76	1.15
52053254--52053361	19	5.0	21	76	17	87	40	0	0	57	1.11
52053242--52053360	41	2.7	44	80	14	122	41	0	0	57	1.10
52053242--52053377	22	6.2	21	73	17	89	43	0	0	55	1.10
52053399--52053466	31	2.3	30	78	14	79	32	0	4	63	1.14
52053426--52053484	22	2.7	23	75	19	72	33	0	3	62	1.12
52053804--52053860	22	2.6	23	81	10	66	57	1	3	36	1.26
52053916--52053986	20	3.5	20	72	16	56	76	1	9	12	1.09
52056497--52056587	47	1.9	47	100	0	182	32	25	17	24	1.97
52056867--52056905	19	2.1	19	85	9	53	38	5	7	48	1.54
52057561--52057610	17	3.1	16	78	21	59	44	2	0	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52057198--52057666	154	3.1	150	81	7	556	43	7	5	43	1.56
52058220--52058271	24	2.2	24	85	0	68	40	3	9	46	1.55
52059357--52059618	136	1.9	136	93	0	452	30	14	14	39	1.87
52062043--52062101	30	1.9	31	86	3	84	50	3	18	27	1.62
52063069--52063099	14	2.2	14	94	0	53	58	3	29	9	1.46
52065072--52065182	42	2.6	42	80	8	129	28	24	15	31	1.95
52065686--52065735	26	1.9	25	84	15	66	32	26	4	38	1.75
52068795--52068866	38	1.9	37	85	2	99	45	1	5	47	1.34
52071011--52071049	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
52071206--52071236	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
52074598--52074627	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
52075369--52075407	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
52075564--52075594	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
52083159--52083201	22	2.0	22	90	0	68	25	6	9	58	1.54
52083306--52083336	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
52084229--52084258	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
52085848--52085892	19	2.4	19	88	0	72	60	2	0	37	1.09
52086496--52086530	17	2.0	18	88	5	54	31	8	11	48	1.69
52087801--52087842	21	2.0	21	90	0	66	38	26	16	19	1.92
52088981--52089036	21	2.5	23	77	8	62	46	1	3	48	1.30
52089126--52089196	35	2.0	35	86	5	99	49	0	4	46	1.21
52094000--52094057	22	2.6	21	73	10	53	60	0	8	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52094076--52094190	3	38.0	3	69	20	62	60	0	3	35	1.13
52094076--52094203	30	4.2	30	76	12	104	60	0	3	35	1.15
52094092--52094159	16	4.2	16	72	23	61	61	0	4	33	1.16
52094078--52094245	46	3.6	46	74	16	123	59	0	4	35	1.23
52094074--52094203	14	8.9	14	69	21	63	60	0	3	35	1.15
52093972--52094193	19	11.8	19	68	23	73	60	0	4	33	1.24
52095833--52095918	44	1.9	45	80	2	102	27	26	13	31	1.94
52095881--52096672	206	3.8	207	93	0	1293	28	22	18	30	1.98
52101773--52101849	40	1.9	40	97	0	145	33	5	23	37	1.77
52116765--52116908	74	1.9	74	97	0	270	25	20	14	38	1.91
52117605--52117650	24	2.0	23	86	4	65	15	26	13	45	1.82
52119926--52120010	3	27.3	3	81	7	62	57	1	9	31	1.38
52119966--52120011	22	2.1	22	87	0	65	67	0	2	30	1.03
52124517--52124637	58	2.1	59	83	6	149	49	6	16	27	1.70
52150000--52150048	21	2.3	21	82	6	55	22	4	2	71	1.13
52152228--52152265	18	2.1	19	85	14	53	76	0	23	0	0.79
52152962--52153042	40	2.0	40	85	0	108	35	7	16	40	1.76
52153255--52153360	45	2.4	45	86	0	140	24	16	16	42	1.88
52153240--52153359	45	2.5	45	80	8	114	23	17	18	40	1.91
52156726--52156765	16	2.3	18	83	12	57	75	5	2	17	1.10
52161656--52161700	15	3.0	15	80	0	54	17	0	4	77	0.92
52161812--52161877	33	2.0	32	82	11	80	54	3	0	42	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52167966--52168029	32	2.1	30	82	11	76	42	1	9	46	1.45
52171600--52172375	386	2.0	386	99	0	1534	32	14	20	32	1.93
52179894--52179967	37	2.0	36	92	2	121	24	22	8	44	1.80
52182033--52182119	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
52182490--52182547	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
52196028--52196062	13	2.7	13	90	0	52	28	25	20	25	1.99
52208259--52208422	71	2.3	71	88	0	229	29	23	17	29	1.97
52212569--52212596	10	2.8	10	100	0	56	39	32	0	28	1.57
52212624--52212687	16	3.9	16	78	11	76	39	26	6	28	1.80
52218921--52218967	23	2.0	23	100	0	94	21	12	17	48	1.79
52220556--52220700	51	2.8	50	89	4	209	35	26	8	29	1.85
52220842--52220949	33	3.3	32	76	13	105	24	42	2	30	1.69
52228399--52228506	56	1.9	55	92	1	180	40	12	8	38	1.72
52229269--52229571	76	4.0	76	89	0	466	39	5	10	44	1.63
52231579--52231626	18	2.7	18	83	3	62	18	27	37	16	1.92
52232992--52233060	28	2.6	26	80	8	84	24	14	10	50	1.73
52237057--52237142	33	2.7	32	81	5	102	15	46	6	31	1.72
52237186--52237328	51	2.8	50	82	7	171	23	30	5	40	1.77
52255728--52255761	9	3.7	9	92	7	59	76	0	0	23	0.79
52260167--52260198	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
52260168--52260198	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
52269360--52269384	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52269885--52269911	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
52272486--52272510	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
52280686--52280713	13	2.2	13	100	0	56	25	28	25	21	1.99
52282680--52282758	39	2.0	40	80	11	92	59	3	3	32	1.33
52288740--52288781	4	10.2	4	85	10	50	71	0	2	26	0.98
52290136--52290187	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
52290181--52290219	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
52292593--52292618	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
52308503--52308545	18	2.5	17	85	7	59	51	2	0	46	1.13
52310360--52310414	21	2.8	20	78	10	60	36	1	5	56	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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