genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12058435--12058574	46	3.0	45	86	4	131	27	29	21	21	1.98
12064441--12064704	40	6.6	40	83	6	320	25	22	26	25	2.00
12066334--12066370	13	2.8	13	91	0	56	16	27	37	18	1.92
12070334--12070469	55	2.5	55	77	0	155	27	27	27	16	1.97
12092641--12092745	40	2.6	42	76	13	112	31	22	15	30	1.95
12110984--12111089	40	2.6	42	79	10	121	31	23	15	30	1.95
12111020--12111121	40	2.7	37	79	7	100	34	20	16	28	1.95
12114356--12114392	16	2.3	16	100	0	74	10	5	45	37	1.62
12121422--12121598	47	3.8	47	79	12	211	22	20	28	29	1.98
12124133--12124195	31	2.0	31	90	0	99	31	19	14	34	1.91
12146315--12146357	20	2.2	20	86	0	59	53	11	9	25	1.67
12147192--12147228	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
12150059--12150096	20	1.9	20	94	0	67	52	10	5	31	1.58
12152550--12152595	23	2.0	23	100	0	92	43	8	4	43	1.55
12154268--12154432	51	3.3	50	77	5	154	29	27	17	26	1.98
12154300--12154432	51	2.6	51	83	1	160	28	26	18	26	1.98
12158419--12158461	16	2.8	16	79	13	54	2	20	0	76	0.89
12160816--12160993	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
12160837--12160992	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
12165603--12165631	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
12170610--12170724	42	2.7	43	81	2	135	26	20	26	27	1.99
12176924--12176972	24	2.0	24	100	0	98	48	4	8	38	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12177320--12177517	42	4.7	43	77	6	165	28	20	24	26	1.99
12179337--12179566	9	25.8	9	68	15	86	33	1	17	47	1.58
12179353--12179428	36	2.1	36	90	0	116	34	2	18	44	1.64
12179386--12179468	43	1.9	43	92	0	139	33	1	18	46	1.56
12179457--12179481	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
12179416--12179580	56	2.8	58	86	8	221	33	1	15	49	1.53
12179320--12179580	99	2.6	97	79	6	276	33	2	16	47	1.59
12179729--12179757	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
12180036--12180065	8	3.8	8	90	0	51	56	0	6	36	1.26
12180036--12180079	19	2.5	18	86	13	65	54	0	6	38	1.27
12182981--12183100	58	2.1	59	84	4	154	38	4	35	22	1.74
12183205--12183778	115	5.0	114	80	6	545	37	21	14	26	1.92
12184055--12184215	7	22.7	7	71	14	55	42	36	0	21	1.53
12184109--12184158	21	2.3	23	80	13	61	36	44	0	20	1.52
12184162--12184215	7	7.4	7	83	6	63	51	29	0	18	1.46
12184162--12184215	15	3.7	14	80	7	63	51	29	0	18	1.46
12184162--12184215	22	2.5	22	84	6	74	51	29	0	18	1.46
12184237--12184279	14	3.0	15	83	6	54	41	32	2	23	1.67
12184523--12184588	21	3.2	20	78	4	69	46	36	0	16	1.47
12184585--12184658	7	10.6	7	73	5	51	51	28	1	18	1.55
12184570--12184596	14	1.9	14	100	0	54	51	22	0	25	1.48
12184585--12184663	21	3.8	21	77	0	77	50	27	1	20	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12184550--12184658	14	7.8	14	69	10	53	50	30	0	18	1.53
12195428--12195505	39	2.0	39	92	0	129	21	10	30	37	1.87
12197284--12197922	47	13.6	47	88	0	884	33	11	29	25	1.90
12198041--12198120	37	2.2	37	84	8	101	23	18	31	26	1.98
12199457--12199613	27	5.8	27	84	4	190	29	28	15	27	1.96
12199457--12199613	55	2.9	55	82	4	201	29	28	15	27	1.96
12201671--12201700	16	1.9	16	93	6	53	50	13	23	13	1.77
12201728--12201773	23	2.0	23	83	8	58	52	10	13	23	1.71
12205519--12205543	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
12206540--12206575	6	6.0	6	93	0	63	80	0	2	16	0.83
12212822--12213010	43	4.4	43	93	0	306	29	13	22	34	1.93
12224193--12224299	43	2.5	43	89	0	169	26	28	21	24	1.99
12224417--12224469	12	4.2	12	77	18	54	69	3	1	24	1.15
12226894--12227044	81	1.9	81	81	5	189	46	20	9	23	1.80
12229472--12229511	21	1.9	21	94	0	71	20	2	5	72	1.15
12229876--12229924	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
12229883--12229928	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
12230537--12230777	41	5.9	41	88	0	304	21	25	22	30	1.99
12230536--12230787	123	2.1	122	87	3	355	21	24	22	31	1.98
12230537--12230770	82	2.9	82	84	1	335	21	25	22	30	1.99
12230751--12230815	29	2.2	30	88	5	96	27	21	15	35	1.94
12230759--12230815	29	1.9	30	92	3	98	26	22	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12232138--12232194	9	5.8	10	76	15	57	38	8	19	33	1.82
12232137--12232211	20	3.8	20	91	6	111	38	9	18	33	1.83
12232156--12232211	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
12232261--12232383	52	2.4	51	89	2	194	26	23	23	26	2.00
12232261--12232383	26	4.8	26	83	1	151	26	23	23	26	2.00
12237035--12237122	44	2.0	44	95	0	158	34	15	22	27	1.95
12237176--12237349	50	3.6	49	82	2	199	26	17	31	24	1.97
12239204--12239239	19	1.9	19	88	5	56	33	0	22	44	1.53
12247173--12247412	49	5.0	49	93	3	407	32	8	29	29	1.87
12247173--12247412	96	2.5	97	93	2	405	32	8	29	29	1.87
12249419--12249486	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
12249308--12249635	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
12249588--12249666	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
12269347--12269902	206	2.7	205	88	1	806	31	17	21	28	1.96
12274496--12274711	46	4.7	46	83	10	287	21	20	29	28	1.98
12274486--12274711	93	2.4	92	86	6	289	21	20	29	28	1.98
12277908--12278182	138	2.0	136	94	1	478	36	17	18	28	1.93
12283835--12283929	48	2.0	48	97	0	181	33	20	18	27	1.96
12287296--12287329	17	2.0	17	88	11	52	55	29	8	5	1.54
12294319--12294362	17	2.5	18	81	7	54	75	2	9	13	1.14
12296652--12296685	18	1.9	18	94	5	61	29	14	11	44	1.81
12306433--12306507	28	2.7	29	75	8	84	28	33	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12306724--12306758	16	2.2	16	89	0	52	11	20	25	42	1.85
12314279--12314351	28	2.6	28	82	0	92	27	32	13	26	1.94
12319735--12319759	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
12327756--12327793	17	2.2	17	95	0	67	31	18	21	28	1.97
12333475--12333521	20	2.3	20	100	0	94	38	12	4	44	1.62
12340812--12340841	14	2.1	14	93	0	51	66	10	6	16	1.41
12354421--12354447	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
12357501--12357611	50	2.2	50	85	3	161	36	17	25	21	1.95
12361876--12361914	7	5.3	7	82	11	51	33	2	38	25	1.70
12362415--12362484	24	2.9	24	82	4	88	20	28	35	15	1.93
12362897--12363015	58	2.0	59	86	1	168	26	18	22	32	1.97
12366493--12366563	34	2.1	35	89	2	108	35	12	25	26	1.92
12371659--12371727	35	2.0	35	85	0	93	37	7	24	30	1.83
12383893--12383917	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90
12384034--12384580	43	12.9	42	77	8	398	21	34	28	16	1.95
12384034--12384558	85	6.2	85	77	9	385	20	34	28	16	1.95
12384028--12384580	128	4.3	127	77	8	455	20	33	28	16	1.95
12385318--12385439	58	2.1	59	90	1	192	23	17	24	34	1.96
12402726--12403035	42	7.3	43	79	10	268	20	33	28	17	1.95
12402732--12402907	85	2.1	85	93	0	298	18	34	30	15	1.93
12402738--12402965	85	2.7	83	84	7	266	19	35	28	16	1.93
12402972--12403180	86	2.4	85	81	5	226	22	33	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12403039--12403180	43	3.3	42	85	2	194	20	35	26	17	1.95
12403044--12403218	85	2.0	86	81	7	205	19	36	25	19	1.95
12403402--12403525	24	5.2	23	79	5	113	20	34	33	11	1.88
12403402--12403525	48	2.6	48	80	5	126	20	34	33	11	1.88
12403928--12404048	58	2.1	59	82	4	147	27	20	20	31	1.98
12407503--12407572	35	2.0	35	88	0	104	38	10	24	27	1.87
12412826--12412945	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
12414391--12414938	47	11.6	47	92	2	773	32	9	30	27	1.88
12414789--12414910	22	5.3	22	61	18	59	31	10	31	26	1.90
12417221--12417576	40	8.9	40	87	1	446	24	21	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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