genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  179  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58126339--58126797	224	2.0	221	85	5	602	33	22	16	27	1.96
58126293--58127053	155	4.9	154	77	13	520	34	20	16	28	1.94
58126371--58126967	226	2.6	222	81	9	602	34	20	16	28	1.95
58127065--58127446	77	4.9	76	80	12	359	32	19	16	30	1.94
58127106--58127454	158	2.3	151	83	11	426	33	19	15	31	1.93
58127549--58127592	13	3.4	13	83	0	61	70	6	9	13	1.33
58127374--58127664	99	3.0	100	85	4	385	40	17	16	25	1.90
58127573--58127739	73	2.3	74	86	2	239	34	19	16	29	1.94
58127656--58127832	91	2.0	89	86	6	250	37	18	16	27	1.93
58139768--58139801	15	2.3	15	89	0	50	61	2	2	32	1.26
58139951--58140012	24	2.7	23	80	7	81	58	8	3	30	1.43
58140004--58140070	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
58140033--58140160	23	5.6	24	76	9	99	55	3	6	35	1.41
58140103--58140157	20	2.6	21	83	11	60	58	3	5	32	1.38
58140640--58140738	30	3.3	30	88	0	153	19	5	48	27	1.69
58140645--58140698	18	3.3	18	66	28	57	24	7	46	22	1.77
58141508--58141540	14	2.3	15	89	10	59	24	0	6	69	1.10
58144693--58144752	22	2.6	23	78	14	70	58	1	0	40	1.08
58147034--58147098	29	2.2	31	88	5	98	40	1	9	49	1.44
58150812--58150851	20	2.0	20	100	0	80	55	15	5	25	1.60
58152778--58152816	16	2.4	16	82	0	51	38	17	12	30	1.88
58154079--58154117	12	3.2	12	92	0	60	15	7	5	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58154239--58154300	19	3.3	19	78	13	83	24	9	4	61	1.47
58154255--58154311	18	3.1	19	73	14	64	26	10	3	59	1.46
58154238--58154311	37	2.0	37	97	0	139	25	10	4	59	1.48
58155647--58155703	26	2.2	26	81	12	64	42	3	0	54	1.17
58155727--58155768	22	1.9	22	85	0	57	52	0	0	47	1.00
58155790--58155831	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
58155794--58155830	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
58155863--58155919	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
58158978--58159014	15	2.5	15	91	4	58	29	0	5	64	1.15
58160554--58160598	19	2.3	20	82	17	60	33	4	8	53	1.52
58161145--58161220	37	2.1	37	94	0	134	43	6	11	38	1.68
58164042--58164115	24	3.0	24	86	7	94	5	4	18	71	1.21
58164042--58164116	27	3.0	25	88	5	89	5	4	18	72	1.20
58168025--58168056	16	2.1	16	88	11	50	43	9	0	46	1.35
58170463--58170498	17	2.1	17	94	0	63	41	19	13	25	1.88
58172366--58172404	21	1.9	20	89	5	60	58	0	2	38	1.12
58194689--58194734	18	2.5	17	83	13	56	30	2	6	60	1.34
58195794--58195835	21	2.0	21	100	0	84	38	4	4	52	1.44
58197016--58197057	21	2.0	20	86	13	59	59	7	7	26	1.50
58199635--58199774	69	2.0	69	94	0	244	22	8	17	51	1.72
58200913--58200959	22	2.1	23	92	4	78	27	8	6	57	1.53
58203134--58203169	16	2.2	16	95	0	63	72	0	13	13	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58203813--58203956	71	2.0	71	87	0	207	23	24	22	29	1.99
58205136--58205388	132	1.9	126	82	11	312	24	12	13	49	1.76
58206509--58206567	25	2.3	27	85	11	79	54	3	5	37	1.39
58211098--58211153	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
58211658--58211712	18	3.1	16	76	23	56	27	0	0	72	0.85
58211627--58211705	22	3.8	20	75	21	74	27	0	3	68	1.07
58212000--58212034	6	5.8	6	93	0	52	51	37	8	2	1.47
58211992--58212036	14	3.4	14	81	12	58	51	37	8	2	1.46
58213152--58213230	31	2.5	32	81	6	90	36	5	17	40	1.72
58214486--58214511	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58216565--58216619	19	3.1	18	73	17	60	29	0	1	69	0.99
58219796--58219879	24	3.3	24	70	20	80	39	8	1	51	1.40
58219807--58219909	30	3.7	29	71	17	92	38	7	2	50	1.46
58219789--58219897	53	2.1	53	96	0	200	42	7	1	48	1.41
58219798--58219884	23	3.2	29	65	31	82	41	8	1	49	1.40
58219936--58219968	16	2.1	16	100	0	66	45	6	6	42	1.53
58221752--58221817	20	3.1	21	79	14	73	68	0	1	30	0.99
58223455--58223512	30	1.9	31	82	10	75	55	3	5	36	1.39
58224949--58224979	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
58232723--58232771	16	2.9	16	82	11	53	65	2	4	28	1.22
58232728--58232771	18	2.6	16	82	13	52	68	2	4	25	1.20
58233356--58233390	18	1.9	18	88	0	52	31	0	14	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58240424--58240555	35	3.8	35	79	7	144	18	14	30	37	1.90
58240924--58240996	23	3.0	26	82	6	73	35	19	16	28	1.93
58240952--58241031	23	3.5	23	80	13	85	38	18	20	22	1.93
58245488--58245579	37	2.5	37	91	5	141	46	1	1	51	1.15
58245579--58245631	25	2.1	25	93	6	90	43	1	0	54	1.11
58251136--58251161	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
58251658--58251685	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
58256166--58256199	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
58262805--58263338	264	2.0	264	95	0	960	21	17	16	44	1.87
58268590--58268621	14	2.3	14	100	0	64	53	0	12	34	1.39
58271454--58271530	37	2.1	37	100	0	154	31	2	14	51	1.55
58271917--58271988	36	2.0	36	94	0	126	37	9	13	38	1.78
58272066--58272187	51	2.4	51	87	1	174	38	6	18	36	1.77
58274573--58274644	27	2.7	26	80	6	90	40	4	4	51	1.40
58291215--58291252	20	2.0	20	84	5	51	68	5	7	18	1.34
58291872--58291935	31	2.1	31	82	5	76	57	4	7	29	1.47
58296732--58296770	14	2.8	14	88	0	51	48	10	2	38	1.51
58311746--58311801	21	2.9	20	84	10	64	60	5	0	33	1.19
58311773--58311824	23	2.3	24	87	12	76	65	7	0	26	1.20
58315241--58315283	21	2.0	23	90	9	72	65	0	2	32	1.06
58315445--58315480	18	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
58318592--58318630	20	1.9	21	89	5	62	38	0	15	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58318909--58319023	43	2.7	43	82	5	135	25	15	26	33	1.95
58320158--58320339	46	4.0	46	86	2	242	20	23	14	41	1.89
58322187--58322242	11	5.2	11	73	4	51	62	3	1	32	1.23
58322187--58322270	43	2.0	41	81	4	96	58	3	1	36	1.23
58327175--58327202	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
58327183--58327237	25	2.3	23	84	6	65	36	1	5	56	1.33
58328081--58328173	39	2.5	38	79	6	109	36	20	10	32	1.87
58329139--58329182	16	2.9	16	90	9	67	38	11	0	50	1.39
58329585--58329658	35	2.1	35	97	0	139	48	10	8	32	1.67
58330980--58331040	31	2.0	31	100	0	122	32	11	9	45	1.73
58331928--58331984	23	2.5	24	81	18	68	50	35	1	12	1.50
58332926--58332990	30	2.1	31	83	8	80	15	27	16	40	1.89
58333167--58333213	17	2.6	18	80	10	51	34	2	0	63	1.06
58333161--58333213	9	5.6	9	77	18	54	33	1	0	64	1.05
58333161--58333222	20	3.2	20	78	15	67	35	1	0	62	1.05
58333161--58333220	27	2.1	30	87	9	90	35	1	0	63	1.05
58333320--58333399	22	3.7	22	75	11	58	40	8	3	47	1.52
58337461--58337490	6	5.2	6	96	4	53	70	13	0	16	1.18
58349391--58349415	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
58350501--58350662	86	1.9	85	84	3	218	22	17	25	33	1.96
58350504--58350662	43	3.7	44	80	9	184	23	18	25	32	1.97
58351514--58351602	43	2.1	43	91	0	142	24	17	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58352997--58353022	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
58355773--58355819	22	2.2	22	88	3	69	40	0	8	51	1.33
58355817--58355849	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
58358816--58358862	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
58358880--58358938	9	6.6	9	80	7	75	27	6	18	47	1.74
58358880--58358938	27	2.2	27	90	6	93	27	6	18	47	1.74
58361948--58362016	35	2.0	35	85	0	93	56	10	5	27	1.55
58362028--58362091	31	2.1	31	93	0	110	40	9	21	28	1.84
58363028--58363147	61	2.0	62	85	5	163	32	25	9	32	1.87
58364301--58364504	102	2.0	102	94	0	354	30	12	16	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259