genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   

This is table  91  of  259  ( 31025 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29801824--29801873	24	2.1	24	88	7	75	22	8	12	58	1.59
29810875--29811099	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
29810875--29811132	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
29818459--29818641	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
29818460--29818643	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
29818512--29818676	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
29820261--29820316	29	2.0	28	82	10	69	42	5	23	28	1.76
29826710--29826880	43	4.0	43	86	3	220	25	19	32	23	1.98
29830656--29830877	40	5.6	40	84	5	272	25	21	27	25	1.99
29830660--29830883	119	1.9	119	81	6	265	26	20	27	25	1.99
29844206--29844347	40	3.6	40	88	2	207	22	23	27	26	2.00
29862914--29863095	40	4.6	40	88	2	260	23	24	26	26	2.00
29869655--29869839	40	4.7	40	83	6	216	25	28	22	23	1.99
29869655--29869839	79	2.3	80	80	8	198	25	28	22	23	1.99
29875392--29875496	55	1.9	55	88	3	158	16	32	26	24	1.96
29883553--29883608	27	2.0	28	86	3	78	46	10	10	32	1.73
29883590--29883626	19	2.0	18	94	5	65	59	13	5	21	1.54
29883585--29883719	46	2.9	45	74	8	128	48	14	8	29	1.72
29886116--29886198	29	2.7	31	73	15	75	28	24	21	25	1.99
29886204--29886286	31	2.7	31	87	3	107	28	24	15	31	1.96
29886505--29886574	25	2.8	25	89	4	97	24	25	25	24	2.00
29886625--29886712	43	2.0	43	100	0	176	38	20	14	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29887542--29887758	27	8.0	26	81	6	175	31	8	19	40	1.82
29887635--29887791	54	2.9	54	81	3	183	28	12	20	38	1.88
29887635--29887791	81	1.9	81	82	10	196	28	12	20	38	1.88
29887790--29887987	27	7.3	27	78	0	189	37	8	24	30	1.84
29887790--29887979	81	2.3	81	88	0	290	38	7	23	31	1.82
29896294--29896460	30	5.7	30	77	7	171	21	26	11	40	1.87
29896252--29896482	88	2.6	89	86	1	329	21	25	12	39	1.89
29904815--29904879	6	10.3	6	76	17	53	3	15	1	80	0.92
29904807--29904871	11	6.0	11	75	24	50	3	18	0	78	0.88
29904815--29904873	8	7.0	8	74	22	50	3	15	0	81	0.82
29904815--29904873	24	2.4	24	83	11	66	3	15	0	81	0.82
29904807--29904879	36	2.0	38	83	5	96	2	17	1	78	0.95
29904816--29904867	18	2.9	17	81	16	61	3	17	0	78	0.89
29904815--29904858	20	2.1	21	84	12	56	4	18	0	77	0.94
29904808--29904872	12	5.5	11	75	12	58	3	16	0	80	0.85
29904829--29904879	10	4.9	10	76	13	50	1	13	1	82	0.85
29911985--29912066	40	2.0	40	100	0	164	40	9	12	37	1.76
29914013--29914041	15	1.9	15	100	0	58	13	20	31	34	1.92
29920127--29920300	27	6.5	26	84	5	204	25	21	16	35	1.95
29922445--29922616	40	4.3	40	89	2	240	25	27	20	25	1.99
29922445--29922667	80	2.8	79	83	4	261	25	27	20	26	1.99
29922445--29922667	40	5.6	40	83	6	211	25	27	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29929688--29929910	40	5.6	39	82	7	218	25	27	21	26	1.99
29929842--29929919	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29934666--29934724	30	2.0	30	83	6	75	42	3	22	32	1.70
29935161--29935244	43	2.0	43	87	0	123	21	19	28	30	1.97
29937177--29937319	41	3.5	40	77	5	135	30	25	16	27	1.96
29945163--29945301	40	3.5	40	85	0	188	23	29	13	33	1.93
29957500--29957748	118	2.1	118	88	3	376	26	28	20	23	1.99
29957502--29957748	39	6.3	39	92	3	363	26	28	21	23	1.99
29957538--29957800	118	2.2	118	86	6	354	26	28	20	23	1.99
29957502--29957800	79	3.8	78	86	6	349	26	28	20	24	1.99
29965473--29965775	40	7.6	40	89	2	387	27	28	20	24	1.99
29968372--29968428	30	1.9	30	88	0	87	42	7	19	31	1.78
29968726--29968779	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
29969027--29969271	49	4.9	50	83	2	296	25	18	26	28	1.98
29976177--29976430	126	2.0	126	96	0	463	38	16	12	33	1.85
29980776--29980808	6	5.5	6	92	0	57	18	21	15	45	1.85
29981112--29981163	18	2.9	18	75	11	52	28	11	13	46	1.78
29981132--29981189	26	2.2	26	84	6	73	34	13	15	36	1.87
29981198--29981238	18	2.3	18	86	0	55	43	12	9	34	1.75
29988486--29988574	30	3.0	30	81	6	117	24	15	22	37	1.93
29992312--29992481	40	4.3	40	84	2	200	25	30	21	23	1.99
29994521--29994745	40	5.7	40	85	5	278	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29994521--29994778	80	3.2	80	82	7	224	25	20	27	25	1.99
30002556--30002780	40	5.7	40	84	5	269	24	20	28	26	1.99
30002556--30002813	80	3.2	80	81	7	215	25	20	27	25	1.99
30002556--30002813	119	2.2	119	79	6	265	25	20	27	25	1.99
30007373--30007535	41	4.0	41	85	0	209	34	17	27	19	1.95
30025972--30026143	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
30025965--30026140	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
30033490--30033661	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
30033483--30033658	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
30042268--30042581	40	7.8	40	95	0	547	24	21	30	24	1.99
30044376--30044547	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
30044384--30044554	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
30051482--30051638	41	3.8	41	78	12	160	22	21	27	29	1.99
30055368--30055439	36	2.0	36	100	0	144	30	19	8	41	1.81
30055704--30055767	29	2.1	29	85	5	83	35	17	15	31	1.91
30057148--30057373	62	3.6	62	81	3	231	22	25	26	25	2.00
30065134--30065316	79	2.3	81	83	7	223	24	22	28	24	2.00
30065134--30065318	40	4.6	41	84	7	222	23	22	28	24	1.99
30065173--30065351	79	2.3	79	78	7	195	26	21	27	24	1.99
30068799--30068841	22	1.9	23	90	4	70	60	4	0	34	1.17
30072291--30072353	3	20.7	3	75	18	51	65	0	4	30	1.13
30072291--30072356	13	4.8	13	75	17	62	65	0	4	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30072471--30072577	43	2.5	44	92	1	180	29	21	23	25	1.99
30072666--30072747	31	2.6	32	84	5	105	62	17	2	18	1.44
30077099--30077157	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
30077100--30077157	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
30077156--30077828	239	2.8	240	94	0	1179	33	14	17	34	1.90
30077853--30077919	33	2.0	33	91	0	107	43	16	25	14	1.86
30080629--30080699	25	2.8	25	80	0	88	30	15	40	12	1.85
30082670--30082707	18	2.1	18	90	5	58	47	2	42	7	1.46
30082914--30082971	22	2.7	20	78	21	64	34	1	1	62	1.16
30082957--30083000	21	2.1	21	86	0	61	52	0	2	45	1.13
30083314--30083395	27	3.0	26	72	15	67	39	43	0	17	1.49
30083329--30083378	14	3.6	13	86	10	64	38	46	0	16	1.47
30083339--30083452	21	5.4	21	76	4	70	42	38	0	19	1.51
30083324--30083427	28	3.7	28	77	8	88	41	39	0	19	1.51
30083324--30083396	27	2.6	27	77	12	76	35	46	0	17	1.49
30083401--30083452	22	2.4	22	90	3	79	48	30	0	21	1.51
30083397--30083457	7	8.6	7	83	3	68	50	26	0	22	1.49
30083741--30083793	24	2.3	23	90	3	79	43	3	1	50	1.30
30084399--30084534	41	3.3	40	88	2	182	20	22	21	35	1.96
30084579--30084604	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
30084913--30084943	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
30084915--30084951	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30084926--30085056	59	2.2	60	81	10	144	64	5	4	25	1.35
30085347--30085421	37	2.0	37	97	0	141	17	0	53	29	1.44
30087399--30087460	31	2.0	31	100	0	124	41	6	16	35	1.74
30090239--30090271	15	2.3	15	89	5	50	69	3	0	27	1.03
30093134--30093178	18	2.5	18	100	0	90	51	17	4	26	1.65
30095053--30095120	30	2.3	30	76	0	73	35	13	23	27	1.92
30095257--30095294	16	2.4	15	87	12	58	34	0	0	65	0.93
30096380--30096410	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
30097527--30097588	24	2.6	24	86	0	79	33	27	3	35	1.73
30107510--30107608	49	2.0	49	100	0	198	39	16	10	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259