genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25534759--25534814	18	3.1	18	82	5	60	71	3	17	7	1.23
25536301--25536348	20	2.4	20	71	0	51	20	27	18	33	1.96
25537014--25537079	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
25544779--25544832	20	2.7	20	73	0	54	22	27	18	31	1.97
25545718--25546786	445	2.4	445	96	0	1958	24	25	15	34	1.95
25546963--25547050	30	2.9	30	71	6	79	28	27	15	28	1.96
25549818--25549896	23	3.4	23	77	6	97	59	0	27	12	1.34
25549798--25549896	46	2.1	47	80	9	114	62	1	25	11	1.34
25549825--25549872	18	2.8	17	81	6	60	56	0	29	14	1.39
25549887--25549925	18	2.3	18	86	8	55	64	2	25	7	1.33
25552350--25552401	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
25556333--25556380	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
25557276--25558165	445	2.0	445	96	0	1636	24	25	15	34	1.95
25560753--25560810	12	4.7	12	81	8	71	72	3	6	17	1.21
25560756--25560810	26	2.1	26	93	0	92	76	3	5	14	1.10
25560756--25560828	26	2.8	26	83	6	78	73	4	6	15	1.19
25561710--25561744	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
25566724--25566820	30	3.2	30	77	2	97	29	25	15	28	1.96
25571899--25571952	20	2.7	20	85	0	63	27	18	16	37	1.93
25575451--25575492	14	3.0	14	82	10	59	73	7	16	2	1.15
25575856--25575952	30	3.2	31	73	11	103	27	28	14	28	1.95
25578531--25578587	5	11.0	5	77	17	55	78	1	17	1	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25578535--25578583	27	1.9	25	84	12	64	79	2	16	2	0.92
25580849--25580894	20	2.3	20	84	0	65	30	34	13	21	1.91
25582430--25582474	22	2.1	21	87	4	63	82	2	11	4	0.91
25582430--25582465	10	3.8	9	89	10	54	86	2	8	2	0.77
25585222--25585251	7	4.3	7	100	0	60	16	13	16	53	1.73
25585922--25585955	10	3.3	10	91	4	50	73	8	2	14	1.19
25586921--25586968	15	3.3	14	88	5	69	79	0	16	4	0.89
25586917--25586968	21	2.5	21	90	3	79	76	0	19	3	0.93
25589714--25589743	7	4.3	7	100	0	60	16	13	16	53	1.73
25591267--25591313	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25592371--25592417	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25593900--25593946	16	3.5	13	76	18	51	72	4	6	17	1.22
25595004--25595127	48	2.6	48	84	7	155	58	1	25	13	1.44
25596797--25596843	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
25602167--25602197	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
25602200--25602281	30	2.7	30	81	5	94	63	2	21	12	1.40
25605487--25605582	30	3.2	29	71	8	77	29	28	15	27	1.96
25608734--25608764	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
25608812--25608873	5	12.0	5	77	16	56	3	19	1	75	1.02
25608812--25608879	26	2.6	25	79	6	82	4	19	1	75	1.06
25608810--25608885	31	2.5	30	73	23	77	5	19	1	73	1.09
25609794--25609824	11	2.8	11	90	0	53	16	0	3	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25609911--25609952	10	4.1	10	84	3	57	19	7	0	73	1.05
25609911--25609948	19	1.9	19	94	5	67	15	5	0	78	0.91
25609896--25609947	11	4.7	11	79	13	54	11	5	3	78	1.05
25611087--25611146	17	3.6	16	74	17	50	26	28	10	35	1.89
25611537--25611639	30	3.4	29	73	11	100	32	16	24	27	1.96
25613329--25613367	14	2.8	14	88	0	51	51	7	30	10	1.64
25623036--25623170	67	2.1	65	81	13	154	34	8	15	40	1.79
25624122--25624194	35	2.1	35	97	0	137	31	16	5	46	1.70
25624649--25624684	10	3.6	10	92	0	63	19	22	22	36	1.95
25624641--25624685	20	2.2	20	84	0	63	22	24	17	35	1.95
25624649--25624692	20	2.2	20	83	0	52	20	25	22	31	1.98
25629877--25629932	12	4.7	12	91	8	96	76	7	1	14	1.07
25632619--25632843	40	5.7	40	88	3	285	28	28	19	22	1.98
25651242--25651374	55	2.5	53	80	6	142	38	18	21	21	1.93
25659090--25659392	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
25666446--25666748	40	7.6	40	90	2	396	24	20	28	27	1.99
25669004--25669034	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
25672313--25672457	43	3.4	42	79	5	148	32	26	15	26	1.95
25674180--25674248	29	2.4	29	95	0	120	17	21	34	26	1.95
25676287--25676351	28	2.3	28	89	0	103	33	26	7	32	1.85
25676456--25676537	28	3.0	27	85	7	112	20	25	21	31	1.98
25676456--25676570	55	2.1	56	80	8	128	20	24	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25682977--25683041	28	2.3	28	86	0	94	33	26	6	33	1.81
25683147--25683236	28	3.2	27	89	7	128	21	24	23	31	1.98
25683147--25683261	55	2.1	56	82	8	137	20	24	21	33	1.97
25684605--25684642	20	1.9	20	84	10	51	44	2	28	23	1.67
25685790--25685830	20	2.0	20	86	9	57	34	9	7	48	1.64
25687686--25687959	48	5.7	48	79	7	261	29	18	28	23	1.97
25687682--25687956	144	1.9	144	81	7	335	29	17	28	23	1.97
25689919--25690136	40	5.5	40	92	0	357	24	22	27	25	2.00
25694563--25694630	34	2.0	34	100	0	136	20	11	26	41	1.87
25698018--25698230	40	5.4	40	90	2	333	25	23	26	25	2.00
25700986--25701029	22	2.0	23	86	4	63	45	20	4	29	1.71
25702336--25702468	48	2.8	48	79	6	146	35	28	16	19	1.94
25705864--25706041	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
25705885--25706040	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25714037--25714211	27	6.5	26	84	6	181	29	28	16	25	1.96
25714037--25714211	54	3.3	53	82	8	203	29	28	16	25	1.96
25714058--25714211	81	1.9	80	89	4	238	29	28	16	25	1.97
25718817--25718911	40	2.4	39	80	7	102	26	26	15	31	1.96
25722940--25723000	26	2.3	26	85	0	77	36	27	9	26	1.88
25723105--25723194	28	3.3	28	83	7	105	21	22	22	34	1.97
25723104--25723219	27	4.3	27	80	11	121	20	22	21	35	1.96
25727017--25727106	28	3.3	28	83	7	105	21	22	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25727016--25727131	27	4.3	27	80	11	121	20	22	21	35	1.96
25733278--25733373	40	2.4	39	82	3	120	28	26	15	30	1.96
25736105--25736339	20	11.8	20	68	10	115	18	30	15	35	1.92
25736091--25736339	40	6.2	40	84	0	329	18	29	15	36	1.92
25736192--25736357	20	8.2	20	68	7	86	15	29	19	35	1.92
25741366--25741404	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
25748601--25748772	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
25748594--25748769	46	3.8	46	79	12	207	30	29	19	20	1.97
25751052--25751184	27	4.9	26	77	6	115	35	21	11	32	1.89
25751134--25751222	27	3.3	26	79	6	79	39	13	12	34	1.82
25751022--25751205	54	3.4	53	74	7	156	36	19	12	30	1.89
25752660--25752759	50	2.0	50	98	0	191	31	18	23	28	1.97
25755373--25755420	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
25755532--25755653	26	4.7	26	91	2	185	27	21	25	26	1.99
25756717--25756749	17	1.9	17	88	11	50	60	12	6	21	1.53
25757625--25757790	47	3.5	47	92	1	271	36	15	24	24	1.93
25788201--25788390	50	3.8	49	73	8	168	25	20	24	28	1.99
25794540--25794600	30	2.0	30	84	6	79	27	26	8	37	1.85
25804163--25804250	27	3.3	26	85	4	113	18	20	22	38	1.93
25805371--25805419	21	2.4	20	82	3	62	12	18	22	46	1.82
25807806--25808051	134	1.8	134	87	1	368	28	22	17	31	1.97
25807845--25808102	134	1.9	134	82	3	322	28	23	15	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25814453--25814625	46	3.7	46	79	10	208	22	20	27	30	1.98
25814450--25814620	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
25816563--25816619	25	2.2	25	84	3	69	38	14	8	38	1.77
25818789--25818815	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
25822816--25822888	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
25822835--25822888	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
25825689--25825749	30	2.0	30	83	0	77	31	24	8	36	1.85
25830131--25830191	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
25832008--25832067	28	2.1	29	84	9	79	30	23	6	40	1.80
25836078--25836127	18	2.8	18	77	19	52	58	2	32	8	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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