genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81831061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57280174--57280212	19	1.9	19	85	10	51	28	12	0	58	1.34
57283790--57283822	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
57290702--57290773	36	2.0	35	83	5	90	61	2	2	33	1.25
57293580--57293621	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
57295499--57295655	43	3.7	43	75	10	135	26	21	25	26	1.99
57295499--57295647	42	3.5	43	75	11	126	27	20	24	26	1.99
57297420--57297464	23	2.0	23	95	0	81	33	24	6	35	1.82
57300455--57300497	20	2.2	20	83	8	52	27	2	6	62	1.33
57304065--57304112	21	2.3	22	79	17	57	47	2	2	47	1.25
57305009--57305071	29	2.2	29	82	5	74	61	9	4	23	1.45
57307094--57307155	29	2.1	30	87	3	90	58	14	3	24	1.51
57316543--57316643	51	2.0	51	98	0	193	42	5	27	23	1.77
57317680--57317712	15	2.1	16	88	5	50	15	0	21	63	1.30
57335971--57336004	10	3.5	10	84	8	52	35	0	2	61	1.11
57336068--57336174	10	10.3	10	68	20	51	62	2	0	33	1.16
57336082--57336181	34	3.0	32	72	22	82	64	2	1	33	1.12
57336086--57336233	12	13.2	12	67	24	58	64	1	2	31	1.13
57336142--57336254	19	5.8	19	68	8	75	62	2	1	32	1.19
57336050--57336275	78	2.9	79	88	7	331	62	3	2	32	1.23
57336220--57336252	10	3.4	10	83	8	50	63	3	0	33	1.10
57336311--57336370	29	2.0	30	96	3	113	33	16	23	26	1.96
57342610--57342881	135	2.0	138	86	3	388	29	19	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57356467--57356732	46	6.0	46	82	7	325	23	23	14	38	1.92
57356646--57356721	38	2.0	38	97	0	143	23	27	18	30	1.98
57362433--57362473	18	2.3	18	80	16	50	46	9	0	43	1.36
57362991--57363035	23	2.0	23	100	0	90	44	26	0	28	1.55
57363454--57363528	31	2.4	31	80	4	80	49	5	4	41	1.44
57363575--57363599	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
57370537--57370650	10	12.0	10	68	25	61	28	2	2	66	1.18
57370598--57370649	8	6.1	8	84	8	50	30	3	0	65	1.10
57374708--57374746	21	1.9	21	89	5	62	41	2	0	56	1.13
57374705--57374768	29	2.1	29	83	11	76	37	6	0	56	1.25
57375086--57375118	16	2.1	16	94	0	57	39	0	3	57	1.14
57378451--57378514	21	3.0	21	95	0	110	29	18	31	20	1.96
57382061--57382159	10	10.7	9	72	11	76	65	1	2	31	1.10
57382061--57382103	19	2.2	20	91	4	70	67	2	0	30	1.03
57382060--57382129	29	2.5	28	82	11	81	65	1	1	31	1.10
57382132--57382172	19	2.1	19	86	13	57	70	2	4	21	1.18
57382895--57382940	24	1.9	24	86	0	65	56	4	0	39	1.19
57399048--57399113	17	3.8	18	69	20	52	34	0	3	62	1.11
57399281--57399310	16	1.9	16	93	6	53	23	0	3	73	0.98
57403392--57403509	63	1.9	61	84	6	157	37	11	31	20	1.87
57404210--57404240	16	2.0	16	93	6	55	12	25	16	45	1.83
57409512--57409550	13	3.0	13	82	10	53	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57409512--57409551	14	2.9	14	85	3	55	45	0	0	55	0.99
57409569--57409615	22	2.3	22	85	10	64	48	0	2	48	1.13
57409566--57409620	20	2.5	21	80	17	58	49	0	1	49	1.11
57409666--57409697	13	2.4	14	85	15	50	43	0	0	56	0.99
57413818--57413861	20	2.2	20	88	8	63	65	2	6	25	1.28
57419921--57419979	29	2.0	29	100	0	118	55	23	3	16	1.56
57430104--57430134	10	3.1	10	100	0	62	38	9	9	41	1.71
57434629--57434706	41	1.9	41	84	5	104	58	2	0	38	1.12
57434651--57434709	18	2.8	21	75	21	61	62	1	0	35	1.05
57434672--57434731	27	2.3	25	81	13	68	60	0	0	40	0.97
57437002--57437044	20	2.2	20	86	0	59	41	11	6	39	1.68
57437758--57437883	36	3.3	36	78	11	119	30	23	20	24	1.98
57437905--57438016	41	2.7	40	80	5	134	33	24	17	25	1.97
57438299--57438374	28	2.7	28	78	11	75	50	22	0	27	1.50
57440305--57440334	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
57444392--57444459	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
57444636--57444691	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
57444796--57445011	9	23.6	9	75	10	125	47	12	0	38	1.48
57444797--57445011	18	11.7	18	75	10	141	47	12	0	39	1.47
57444812--57445035	104	2.2	105	82	4	285	47	12	0	39	1.47
57444805--57445004	62	3.3	62	78	9	153	47	12	1	39	1.48
57450660--57450710	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57450965--57451031	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
57451106--57451225	43	2.8	42	87	3	186	22	30	20	26	1.98
57457849--57457886	18	2.1	19	90	9	62	28	13	10	47	1.76
57461279--57461345	31	2.2	31	80	0	80	52	8	17	20	1.72
57478116--57478154	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
57478381--57478477	23	4.3	23	88	2	142	20	21	25	31	1.98
57478382--57478470	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
57501925--57501963	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
57502190--57502286	23	4.3	23	88	2	142	20	21	25	31	1.98
57502191--57502279	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
57503457--57504617	592	2.0	592	95	0	2079	31	14	20	34	1.92
57517510--57517548	20	2.0	20	100	0	78	41	15	10	33	1.81
57522273--57522318	21	2.1	22	88	4	67	34	2	4	58	1.30
57522473--57522521	13	3.5	13	74	15	53	34	2	2	61	1.19
57524598--57524637	20	2.0	20	85	0	53	30	7	5	57	1.48
57525091--57525147	20	2.7	21	86	5	71	33	1	3	61	1.23
57525262--57525512	87	2.9	86	83	7	310	31	11	9	47	1.72
57525663--57525848	91	2.0	95	81	5	218	45	8	12	33	1.71
57527114--57527152	20	2.0	20	84	0	51	41	5	5	48	1.47
57527439--57527557	58	2.1	58	95	0	211	29	14	20	36	1.92
57531588--57531625	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
57531782--57531944	3	53.0	3	69	13	82	58	3	7	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57532396--57532510	30	3.8	30	90	0	185	25	48	3	22	1.66
57532396--57532508	60	1.9	60	96	0	208	24	48	3	23	1.66
57532998--57533127	23	5.5	23	67	22	74	34	4	2	58	1.31
57533015--57533213	25	7.8	25	69	13	95	34	6	3	55	1.43
57533333--57533413	16	4.8	16	76	23	69	30	2	1	65	1.13
57533362--57533413	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
57541716--57541891	71	2.5	70	86	3	221	28	14	22	34	1.94
57541909--57542247	75	4.5	74	86	5	441	31	15	20	32	1.93
57541895--57542247	72	4.7	72	83	8	395	31	14	20	33	1.93
57542059--57542447	210	1.9	205	84	4	521	31	14	20	33	1.92
57542270--57542608	78	4.5	76	84	6	420	33	15	19	32	1.93
57541716--57542694	358	2.8	357	90	4	1462	30	14	20	34	1.93
57542762--57542903	72	2.0	73	90	1	223	21	16	23	38	1.93
57542899--57543122	73	3.1	72	82	3	252	30	14	21	32	1.94
57542895--57543093	73	2.8	71	85	1	263	31	13	21	33	1.92
57543113--57543147	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
57542966--57543572	162	3.8	161	82	7	607	28	15	21	34	1.94
57543127--57543289	73	2.2	72	87	4	236	23	17	22	36	1.95
57543294--57543577	72	3.8	76	81	7	353	31	14	20	33	1.93
57541891--57544273	970	2.5	968	91	5	3726	28	15	21	34	1.94
57543731--57543872	72	2.0	73	90	1	223	21	15	24	38	1.92
57543868--57544092	73	3.1	72	81	4	254	30	15	21	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57543864--57544063	73	2.8	71	83	2	256	31	14	21	33	1.93
57544083--57544117	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
57543936--57544276	162	2.1	162	89	0	511	24	16	21	37	1.93
57544242--57544283	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
57544245--57544294	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
57545044--57545216	30	5.8	30	91	0	283	24	48	3	23	1.66
57545044--57545216	60	2.9	60	96	0	319	24	48	3	23	1.66
57545780--57545923	25	5.6	25	74	12	87	34	6	2	56	1.41
57546072--57546119	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
57546072--57546123	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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