genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
568--708	27	5.2	26	84	6	174	17	23	24	34	1.96
568--708	54	2.6	54	92	2	230	17	23	24	34	1.96
7443--8357	54	17.0	54	98	0	1735	17	23	23	35	1.95
17922--18157	48	4.9	48	79	4	224	26	17	30	25	1.98
17931--18155	97	2.3	96	79	7	242	27	18	29	24	1.98
19352--19399	21	2.3	21	100	0	96	12	37	29	20	1.90
19352--19411	21	2.9	21	92	0	84	11	36	28	23	1.90
24952--25108	43	3.7	42	81	7	165	26	17	24	31	1.97
26578--26663	27	3.2	27	91	0	127	41	24	18	15	1.89
29284--29409	46	2.7	46	96	0	225	20	22	27	29	1.98
30934--30972	17	2.2	19	90	9	64	69	5	23	2	1.21
33078--33115	19	2.0	19	89	0	58	57	2	0	39	1.12
33412--33450	20	2.0	20	90	10	62	48	28	0	23	1.51
33405--33470	13	4.8	13	79	3	60	48	25	1	24	1.60
36490--36571	40	2.1	39	86	2	110	25	15	28	30	1.96
39314--39438	50	2.6	47	78	6	137	28	15	28	28	1.96
39445--39554	43	2.6	43	81	5	141	29	14	24	31	1.95
41543--41617	6	13.0	5	85	14	60	17	6	1	74	1.10
41543--41615	12	6.2	11	87	10	76	16	6	1	75	1.09
41543--41622	18	4.5	17	83	10	81	16	6	2	75	1.12
48575--48722	43	3.4	43	79	1	145	22	15	29	31	1.95
67067--67129	29	2.3	26	82	15	74	74	0	4	20	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67089--67136	14	3.1	15	82	11	53	77	0	4	18	0.93
68854--68957	55	1.9	55	83	0	136	17	25	30	26	1.97
71655--71723	34	2.0	34	97	0	129	34	17	17	30	1.93
75317--75391	26	2.9	25	88	5	105	5	1	44	49	1.33
78612--78705	48	2.0	48	95	0	170	38	9	15	36	1.81
81981--82028	24	2.0	24	100	0	96	12	29	25	33	1.92
82981--83013	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
83298--83563	46	5.8	46	77	9	274	20	22	14	42	1.88
83298--83563	138	1.9	138	83	4	340	20	22	14	42	1.88
83305--83555	92	2.7	92	95	1	441	19	22	14	42	1.88
85653--85677	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
94810--94889	28	2.8	29	78	3	99	35	22	25	17	1.95
108364--108399	18	2.0	18	100	0	72	22	11	27	38	1.88
115076--115150	38	2.0	38	91	0	123	30	17	22	29	1.97
134995--135148	42	3.6	42	75	8	143	31	20	16	32	1.94
138159--138250	25	3.7	25	77	0	76	27	21	23	27	1.99
138237--138336	41	2.4	41	89	0	146	28	24	27	21	1.99
142975--143078	42	2.5	42	88	0	154	28	14	26	29	1.95
145723--145784	31	2.0	31	100	0	124	29	41	6	22	1.78
152856--152907	5	9.6	5	88	12	68	17	0	3	78	0.89
152856--152908	6	9.5	6	89	2	60	16	0	3	79	0.88
155415--155448	17	2.0	17	100	0	68	29	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158117--158149	10	3.3	10	91	8	50	72	3	0	24	0.98
158399--158550	60	2.5	60	81	9	168	30	25	17	26	1.97
162424--162466	18	2.4	19	81	14	56	58	2	0	39	1.11
162654--162686	17	2.0	17	94	5	59	48	0	0	51	1.00
165699--165770	34	2.1	34	94	0	126	25	34	12	27	1.92
167399--167434	15	2.4	15	95	0	63	30	13	2	52	1.55
173818--173923	27	3.9	26	91	2	140	25	22	19	32	1.98
173907--174101	27	7.2	27	79	4	187	32	10	21	35	1.88
173908--174101	54	3.6	53	79	6	210	31	10	21	36	1.88
175727--175768	17	2.5	17	80	7	50	7	33	4	54	1.49
177574--177605	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
182695--182731	18	2.1	18	100	0	74	13	27	32	27	1.94
187138--187172	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
189811--189927	43	2.7	43	80	5	139	31	24	17	25	1.97
194876--194908	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
194874--194908	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
195022--195064	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
197485--197514	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
203809--203885	21	3.6	22	89	10	124	35	27	24	12	1.92
203991--204045	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
206906--207206	157	1.9	156	83	6	394	30	19	21	27	1.98
211421--211458	20	1.9	20	89	10	60	31	15	18	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213786--213814	3	10.0	3	92	7	51	34	31	0	34	1.58
216514--216544	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
218168--218361	48	4.1	48	73	12	166	27	19	24	27	1.99
219644--219819	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
219641--219812	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
228990--229087	42	2.3	42	91	0	151	30	25	14	29	1.95
230123--230284	81	2.0	81	98	0	315	41	12	12	33	1.80
235222--235281	26	2.3	26	88	0	93	38	21	21	18	1.94
236377--236498	50	2.6	47	81	5	138	36	13	22	27	1.92
238884--238961	15	5.2	15	83	6	88	11	15	15	57	1.65
243986--244201	46	4.7	45	79	6	213	25	20	29	24	1.99
243986--244202	93	2.4	89	83	7	258	25	20	29	24	1.99
250062--250370	48	6.4	48	94	0	537	33	7	28	30	1.84
250543--250645	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
253038--253069	12	2.7	12	100	0	64	31	28	34	6	1.82
260242--260288	21	2.2	21	100	0	94	21	27	12	38	1.90
262359--262603	40	6.2	40	90	2	352	24	22	27	25	2.00
264644--264676	13	2.5	14	85	14	52	30	39	27	3	1.72
265668--265781	33	3.5	33	80	7	133	33	23	11	31	1.90
272223--272617	51	7.8	51	96	1	681	29	15	27	27	1.96
272854--272965	37	3.0	37	94	0	188	25	16	30	27	1.97
276297--276407	43	2.6	42	77	8	116	27	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277912--277958	22	2.1	22	100	0	94	36	0	17	46	1.48
279606--279698	29	3.3	28	89	10	154	23	17	8	50	1.73
283599--283650	27	1.9	27	96	0	95	40	15	1	42	1.58
283704--283748	23	2.0	23	86	0	63	66	15	0	17	1.25
283790--283873	41	2.0	41	95	0	150	40	11	4	42	1.63
283858--283901	18	2.4	18	92	3	70	0	27	0	72	0.85
283861--283912	5	10.8	5	86	12	56	0	32	0	67	0.91
306957--306984	13	2.2	13	100	0	56	42	7	0	50	1.30
334085--334127	19	2.3	19	80	12	52	39	2	9	48	1.48
334818--334890	36	2.0	36	100	0	146	38	2	24	34	1.70
338165--338532	46	7.7	46	73	14	280	21	19	30	28	1.97
338158--338525	93	3.8	93	83	7	493	21	20	30	27	1.98
338144--338534	196	2.0	196	97	1	748	21	19	30	28	1.98
338547--338933	194	2.0	194	97	0	729	31	13	23	30	1.94
338952--339121	46	3.7	46	75	17	172	22	21	27	28	1.99
338949--339119	93	1.8	93	91	2	281	22	21	28	28	1.99
354792--354903	27	4.2	26	83	7	125	16	24	23	35	1.95
354792--354903	54	2.1	54	84	3	145	16	24	23	35	1.95
355863--355898	16	2.3	15	86	9	54	50	11	8	30	1.67
358578--358760	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
358614--358795	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
374136--374313	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
374137--374292	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
374133--374313	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
376269--376341	29	2.5	29	86	4	94	26	30	16	27	1.97
388899--388971	29	2.5	29	88	4	103	26	16	32	24	1.96
393032--393075	22	2.0	22	100	0	88	22	27	13	36	1.92
407511--407749	40	6.0	40	92	1	349	26	26	22	23	2.00
412816--412929	55	2.1	55	83	0	138	28	29	23	17	1.97
418650--418719	26	2.6	27	78	13	65	34	12	20	32	1.90
440297--440558	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
442706--442820	49	2.3	49	83	2	133	40	16	14	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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