genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87792591--87792620	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
87793037--87793148	27	4.1	27	80	7	111	18	25	20	35	1.95
87793037--87793148	54	2.1	54	84	3	145	18	25	20	35	1.95
87794157--87794190	14	2.4	14	90	5	50	35	8	5	50	1.58
87800794--87800973	40	4.6	40	89	3	249	24	25	24	25	2.00
87800794--87800973	79	2.3	80	87	3	249	24	25	24	25	2.00
87807988--87808219	40	5.8	41	85	4	303	24	21	28	25	1.99
87807988--87808239	120	2.1	120	91	2	418	23	21	28	26	1.99
87807988--87808219	80	2.9	80	90	1	349	24	21	28	25	1.99
87809815--87809926	59	1.9	59	81	1	134	35	16	24	24	1.94
87816358--87816396	19	2.1	19	85	9	53	38	17	0	43	1.50
87816539--87816584	22	2.1	22	100	0	92	36	17	4	41	1.69
87827827--87827890	32	2.0	32	100	0	128	18	3	37	40	1.67
87829476--87829957	48	10.0	48	89	0	696	27	31	18	22	1.97
87837387--87837559	48	3.7	48	85	4	253	27	31	17	23	1.97
87837387--87837559	93	1.8	94	88	3	267	27	31	17	23	1.97
87839602--87839761	55	3.0	54	80	7	200	35	18	25	21	1.95
87839559--87839756	108	1.8	110	87	4	303	34	17	25	21	1.95
87839998--87840028	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
87844068--87844126	23	2.6	23	92	7	95	27	30	25	16	1.97
87846952--87847059	39	2.7	40	83	8	148	25	21	27	25	1.99
87846957--87847082	39	3.2	40	81	11	145	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87854242--87854471	40	5.8	40	76	9	202	23	24	26	24	2.00
87854284--87854482	40	5.0	40	81	3	240	24	24	26	24	2.00
87855213--87855686	237	2.0	237	90	0	750	39	11	20	28	1.87
87863184--87863220	6	6.3	6	93	6	67	29	0	0	70	0.88
87863184--87863216	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
87875837--87875922	27	3.2	26	86	4	118	38	22	20	18	1.94
87876262--87876344	27	3.1	26	84	5	103	36	21	21	20	1.96
87876567--87876800	27	8.7	27	85	0	270	25	20	19	34	1.96
87876569--87876800	81	2.9	81	85	0	311	25	20	18	34	1.96
87878880--87878987	27	4.0	26	78	5	90	38	22	21	17	1.93
87879145--87879203	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
87879311--87879393	27	3.1	26	84	5	103	38	21	20	19	1.93
87879634--87879910	81	3.4	81	89	1	396	24	17	19	38	1.93
87879616--87879917	27	11.2	27	85	1	358	24	18	19	37	1.94
87887051--87887132	39	2.1	39	95	0	146	21	32	25	19	1.97
87887152--87887478	164	2.0	164	98	0	627	36	23	7	31	1.83
87887817--87888053	118	2.0	119	96	2	442	37	25	12	25	1.91
87890770--87890989	48	4.6	48	83	2	271	25	29	20	25	1.99
87894411--87894606	53	3.7	53	80	10	208	36	17	23	21	1.94
87894808--87894838	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
87898531--87898589	23	2.5	24	86	8	77	37	18	20	23	1.94
87898553--87898599	24	2.0	24	82	0	58	38	19	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87899843--87899906	32	2.0	32	93	0	110	31	12	21	34	1.91
87912294--87912391	40	2.4	41	83	3	119	29	17	25	27	1.97
87915485--87915601	61	1.9	61	91	0	189	20	7	24	47	1.76
87921000--87921146	37	3.9	37	71	15	104	44	10	8	37	1.68
87930070--87930145	40	1.9	40	88	0	116	35	30	14	19	1.92
87931407--87931500	42	2.2	43	81	5	111	19	15	32	31	1.93
87931431--87931511	43	1.9	42	87	2	117	18	16	30	34	1.93
87935256--87935358	42	2.4	43	86	3	136	34	22	17	25	1.95
87935248--87935358	43	2.6	44	82	5	147	34	23	17	25	1.96
87936833--87936873	21	1.9	22	85	5	57	21	2	21	53	1.57
87940847--87941027	27	6.7	27	81	3	213	40	21	8	28	1.83
87940847--87941029	81	2.3	81	85	4	246	40	21	8	28	1.83
87940847--87941050	27	7.6	25	76	11	135	41	21	8	28	1.82
87940847--87941050	54	3.8	52	78	7	155	41	21	8	28	1.82
87941092--87941500	27	15.2	27	85	3	504	33	18	21	26	1.96
87941928--87941992	22	3.0	22	80	8	69	21	21	21	35	1.96
87942157--87942258	27	3.8	27	82	11	120	21	22	19	36	1.95
87942150--87942258	54	2.0	54	85	7	150	20	22	21	36	1.95
87942372--87942507	31	4.4	31	82	7	143	18	16	15	50	1.79
87942402--87942491	6	14.7	6	73	17	78	18	17	15	47	1.82
87963723--87963755	15	2.3	15	89	5	50	75	0	18	6	1.00
87963718--87963763	21	2.1	21	84	4	56	71	2	21	4	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87966716--87966766	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
87972034--87972073	15	2.7	15	84	0	53	15	17	17	50	1.79
87974493--87974552	29	2.1	29	96	0	111	40	11	23	25	1.88
87979444--87979486	16	2.7	16	85	0	59	9	25	18	46	1.79
87988049--87988221	46	3.8	46	93	0	274	21	32	9	35	1.87
87988245--87988391	47	3.1	47	92	0	249	27	27	9	36	1.88
87988205--87988391	94	2.0	94	86	4	261	26	28	10	34	1.89
87988660--87988792	71	1.9	71	100	0	266	41	18	10	30	1.84
87991802--87991856	25	2.2	25	90	6	85	27	30	12	29	1.93
87992016--87992352	40	8.4	40	96	0	593	26	30	21	21	1.98
87992304--87992407	55	1.9	55	95	0	190	30	30	20	18	1.96
87992359--87992551	40	4.8	40	95	0	341	25	28	22	22	1.99
87992264--87992447	95	1.9	95	96	0	341	28	29	21	20	1.98
87992184--87992527	175	2.0	175	97	0	652	26	29	21	21	1.99
87992144--87992551	215	1.9	215	97	0	771	26	29	22	22	1.99
87994029--87994201	46	3.8	46	92	0	265	23	33	8	34	1.86
87994225--87994371	47	3.1	47	94	0	258	26	27	10	36	1.89
87994185--87994371	94	2.0	94	86	4	261	26	28	10	34	1.89
87994961--87995099	70	2.0	70	95	0	251	30	9	10	49	1.69
87996950--87997164	46	4.8	45	76	15	189	18	20	31	30	1.96
87996947--87997118	93	1.8	93	92	0	290	19	20	31	29	1.97
88013545--88013589	21	2.2	21	92	4	74	28	2	8	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88013551--88013593	21	2.0	21	100	0	86	34	0	9	55	1.32
88013813--88013857	21	2.2	21	92	4	74	28	2	8	60	1.39
88013819--88013861	21	2.0	21	100	0	86	34	0	9	55	1.32
88013518--88014053	268	2.0	268	100	0	1072	34	12	13	39	1.82
88014909--88014952	22	2.0	22	100	0	88	36	4	22	36	1.75
88016984--88017097	54	2.1	53	93	1	192	33	10	20	35	1.87
88017098--88017131	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
88022831--88022887	29	2.1	28	90	9	91	56	8	0	35	1.31
88025335--88025379	20	2.2	20	92	0	72	40	13	17	28	1.88
88027147--88027186	18	2.3	18	87	8	57	35	15	0	50	1.44
88027336--88027455	55	2.2	55	96	1	224	35	10	6	47	1.63
88027329--88027423	27	3.3	31	65	31	75	36	9	7	46	1.64
88027363--88027447	27	3.2	24	66	30	66	34	11	5	48	1.64
88027456--88027488	13	2.5	13	100	0	66	51	9	9	30	1.64
88047971--88048082	42	2.7	42	78	13	131	24	16	26	32	1.96
88055473--88055631	85	1.9	85	82	10	200	25	20	23	30	1.98
88055476--88055631	43	3.7	42	80	6	163	25	19	23	30	1.98
88060076--88060217	69	2.1	69	98	0	275	39	11	15	33	1.84
88068592--88068703	43	2.6	42	76	16	113	31	24	16	28	1.96
88075767--88075914	43	3.4	43	79	8	167	27	16	24	32	1.96
88079884--88079914	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
88079881--88079920	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88080158--88080360	55	3.8	54	77	12	181	24	23	17	34	1.95
88084387--88084436	17	2.9	17	79	5	57	20	18	22	40	1.92
88088484--88088668	48	3.9	48	91	0	280	26	15	30	27	1.96
88088498--88088712	48	4.5	49	87	2	177	25	16	29	28	1.96
88088484--88088759	96	2.9	96	81	4	269	26	15	29	29	1.96
88088592--88088799	42	4.7	42	72	12	123	25	17	27	29	1.97
88094718--88094901	40	4.6	40	76	10	180	25	26	21	26	2.00
88094718--88094902	79	2.3	81	81	7	200	25	26	21	25	2.00
88101662--88101705	22	2.0	22	100	0	88	50	13	4	31	1.62
88102282--88102466	79	2.3	81	81	7	200	26	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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