genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  238  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81281064--81281186	43	2.9	43	86	0	165	21	17	17	43	1.88
81281069--81281222	43	3.6	43	80	3	148	20	16	20	42	1.89
81281059--81281257	86	2.3	86	79	0	200	21	17	19	41	1.90
81285578--81285700	43	2.9	43	86	0	165	21	17	17	43	1.88
81285583--81285736	43	3.6	43	80	3	148	20	16	20	42	1.89
81285573--81285771	86	2.3	86	79	0	200	21	17	19	41	1.90
81290402--81290459	30	1.9	30	82	6	73	31	12	27	29	1.92
81290797--81291006	46	4.6	44	73	15	158	27	17	30	25	1.97
81292660--81293515	436	2.0	436	92	0	1444	29	23	25	20	1.99
81295225--81295259	17	2.1	17	100	0	70	34	37	28	0	1.58
81308560--81308618	30	2.0	30	82	0	73	32	11	27	28	1.92
81308957--81309178	46	4.8	44	75	13	171	27	20	29	23	1.99
81312774--81312989	118	1.8	118	79	2	254	31	24	18	25	1.97
81313047--81313265	110	2.0	110	98	0	420	34	17	15	32	1.91
81314318--81314376	26	2.2	28	82	14	79	55	0	3	40	1.16
81315198--81315251	28	1.9	28	84	0	72	48	3	1	46	1.30
81316252--81316489	120	2.0	120	99	0	467	37	15	19	27	1.91
81319478--81319956	48	9.9	48	76	1	438	29	18	25	26	1.98
81319478--81319951	96	4.9	96	86	0	624	29	18	25	26	1.98
81327386--81327600	48	4.5	48	88	1	288	26	18	29	25	1.98
81329362--81329643	48	5.9	48	78	2	296	29	18	26	25	1.98
81329362--81329645	96	2.9	96	89	0	424	29	18	27	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81330826--81330873	21	2.3	21	81	0	60	14	41	25	18	1.88
81336789--81336820	6	5.7	6	92	7	50	75	0	9	15	1.05
81340379--81340556	91	2.0	90	92	1	293	39	24	13	23	1.90
81343939--81344124	48	3.9	48	84	0	228	28	18	28	24	1.98
81343955--81344196	96	2.5	96	79	4	245	29	19	27	23	1.98
81352437--81352462	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
81352922--81352966	15	2.9	15	86	3	54	28	0	20	51	1.48
81353265--81353506	43	5.7	42	80	10	244	26	16	27	29	1.97
81353263--81353488	83	2.7	83	84	10	284	25	15	27	30	1.96
81353265--81353498	126	1.8	126	85	3	326	26	16	26	29	1.97
81358128--81358224	34	2.7	36	78	14	110	28	23	19	27	1.98
81369084--81369328	55	4.6	52	79	9	205	35	17	24	22	1.95
81369084--81369281	108	1.8	110	85	4	285	34	17	24	23	1.96
81376674--81376918	55	4.6	54	78	9	222	35	17	25	21	1.95
81376664--81376920	108	2.4	103	80	10	311	35	17	25	21	1.95
81377110--81377140	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
81379974--81380198	40	5.7	40	84	7	280	24	28	22	24	1.99
81379976--81380198	119	1.9	120	83	8	294	24	28	22	25	1.99
81381375--81381606	56	4.1	56	99	0	455	21	21	10	46	1.81
81389022--81389143	55	2.2	56	88	2	174	26	12	27	33	1.92
81389022--81389143	28	4.4	28	90	2	174	26	12	27	33	1.92
81389047--81389157	28	4.0	27	90	3	116	29	11	25	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81401425--81401474	26	1.9	26	100	0	100	32	10	20	38	1.85
81416771--81416831	20	3.1	20	74	21	58	73	6	18	1	1.12
81417248--81417323	38	2.0	37	87	2	107	44	15	6	31	1.72
81423440--81423615	49	3.6	50	79	9	186	26	31	17	24	1.97
81423440--81423797	46	7.6	49	76	11	279	24	30	17	27	1.97
81423440--81423799	140	2.5	142	79	11	391	25	30	17	26	1.97
81430530--81430693	46	3.5	47	82	8	201	29	16	28	25	1.97
81430530--81430784	47	5.5	46	77	11	207	29	16	28	25	1.97
81430530--81430784	140	1.8	140	83	5	336	29	16	28	25	1.97
81432997--81433024	13	2.2	13	100	0	56	14	39	17	28	1.89
81434045--81434360	46	6.7	46	75	12	202	25	28	18	28	1.98
81434186--81434407	46	4.8	46	79	10	179	22	28	20	28	1.98
81434045--81434408	46	7.7	47	70	14	173	23	28	19	28	1.98
81435845--81435907	25	2.5	25	80	12	67	23	23	22	30	1.99
81435858--81435907	26	2.0	25	88	4	73	28	20	22	30	1.98
81438781--81438861	40	2.0	40	100	0	162	48	9	12	29	1.73
81439155--81439372	47	4.7	45	75	18	153	25	31	17	24	1.97
81439155--81439469	94	3.4	93	77	6	325	25	31	18	25	1.98
81440601--81440625	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
81446039--81446570	47	11.3	47	93	0	866	32	8	29	28	1.87
81446693--81446767	37	2.0	37	87	5	107	21	21	30	26	1.98
81450988--81451152	47	3.6	44	78	9	145	24	30	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81452724--81452770	23	2.0	23	100	0	94	27	21	21	29	1.98
81465790--81465824	17	2.1	17	100	0	70	17	11	28	42	1.83
81465824--81465888	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
81465820--81465888	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
81468496--81468531	19	2.0	19	89	10	58	66	0	30	2	1.06
81468584--81468640	22	2.5	23	78	13	64	68	0	22	8	1.17
81469056--81469090	17	1.9	19	88	11	56	65	5	2	25	1.28
81473067--81473323	129	2.0	129	84	3	338	27	29	14	28	1.95
81474638--81474686	19	2.4	21	76	16	57	0	28	6	65	1.16
81481178--81481480	162	1.9	161	87	6	452	36	8	9	45	1.67
81481599--81481638	19	2.1	19	90	0	62	72	2	2	22	1.09
81481895--81481949	28	2.0	27	85	3	74	52	1	0	45	1.11
81482065--81482114	24	2.1	23	81	3	55	56	0	4	40	1.18
81482507--81482580	29	2.5	30	86	4	96	21	12	16	50	1.77
81483667--81483778	58	1.9	59	92	1	190	53	7	8	31	1.57
81487518--81487544	13	2.1	13	100	0	54	44	7	14	33	1.73
81488731--81488756	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
81488745--81488864	57	2.1	58	85	4	163	26	16	8	48	1.75
81494553--81494583	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
81494550--81494589	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
81494662--81494706	23	1.9	24	86	4	65	22	22	11	44	1.84
81494780--81495035	55	4.8	54	78	9	226	22	24	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81517287--81517462	46	3.8	46	78	10	205	21	20	28	28	1.98
81517284--81517454	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
81522809--81522984	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
81522806--81522976	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
81535506--81535768	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
81535506--81535768	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
81535700--81535777	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81549121--81549289	27	6.3	27	85	0	194	39	21	8	30	1.84
81549121--81549325	54	3.8	54	83	0	212	38	21	8	31	1.83
81549310--81549585	27	10.2	27	82	6	272	36	16	19	27	1.93
81549974--81550038	22	3.0	22	77	8	69	23	26	20	30	1.98
81550380--81550428	25	2.0	25	83	0	62	24	22	8	44	1.79
81550390--81550468	37	2.1	37	85	0	104	22	18	12	45	1.84
81550396--81550466	19	3.8	19	72	10	65	21	19	12	46	1.83
81550405--81550483	37	2.1	37	88	0	113	20	17	12	49	1.79
81559742--81559832	28	3.2	28	81	6	121	26	16	34	23	1.95
81559742--81559856	56	2.1	56	91	0	185	27	18	31	22	1.97
81559758--81559856	28	3.5	28	81	0	126	29	19	28	23	1.98
81559935--81560029	32	3.0	32	92	0	145	33	10	27	28	1.90
81562462--81562495	17	2.0	17	88	0	50	26	0	2	70	1.01
81563256--81563328	32	2.4	31	84	8	96	67	0	5	27	1.13
81563312--81563393	21	3.9	21	82	4	85	68	0	6	25	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81563247--81563395	10	14.7	10	68	19	78	67	0	5	27	1.12
81564118--81564158	13	3.2	13	80	13	57	34	0	0	65	0.93
81564693--81564816	34	3.7	33	73	8	110	41	1	15	41	1.56
81564916--81565313	126	3.2	125	87	1	598	36	15	18	29	1.91
81568629--81568804	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.97
81568637--81568808	93	1.8	93	94	0	308	27	31	20	19	1.97
81575495--81575544	7	7.0	7	93	2	82	58	14	2	26	1.47
81575489--81575544	21	2.6	21	83	13	78	57	14	1	26	1.48
81576433--81576506	31	2.3	33	77	13	84	63	2	4	29	1.26
81579394--81579449	29	1.9	29	100	0	112	32	21	12	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297