genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  180  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60674649--60674692	20	2.2	20	91	0	70	34	13	22	29	1.93
60674738--60674867	24	5.4	24	91	7	210	30	19	21	28	1.97
60674920--60675032	59	1.9	59	98	0	217	16	13	43	26	1.85
60675134--60675197	31	2.1	31	87	0	92	40	15	21	21	1.91
60682794--60682836	20	2.2	20	95	0	77	37	13	18	30	1.90
60682801--60682844	20	2.2	20	91	0	70	34	13	22	29	1.93
60682890--60683019	24	5.4	24	90	7	201	31	18	21	28	1.97
60683227--60683290	31	2.1	31	87	0	92	40	15	21	21	1.91
60685601--60685633	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
60685855--60685904	22	2.3	22	82	6	57	60	4	16	20	1.52
60689281--60689390	58	1.9	56	82	15	136	63	2	2	30	1.22
60689281--60689419	57	2.4	58	80	12	144	64	2	3	29	1.25
60689613--60689672	9	6.6	9	76	17	61	26	1	1	70	1.07
60689602--60689646	10	4.3	10	88	5	63	28	0	0	71	0.87
60695118--60695273	40	3.9	40	86	6	235	23	28	23	24	1.99
60699934--60700025	46	2.0	46	95	0	166	26	7	19	46	1.76
60709429--60709615	40	4.6	41	86	6	240	24	21	27	26	2.00
60709429--60709615	81	2.3	81	85	4	245	24	21	27	26	2.00
60717343--60717529	40	4.6	41	86	6	240	24	21	27	26	2.00
60717343--60717529	81	2.3	81	85	4	245	24	21	27	26	2.00
60720554--60720617	33	2.0	32	84	3	83	37	20	21	20	1.94
60742648--60742824	46	3.8	46	76	14	173	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60742656--60742828	93	1.8	95	88	2	269	28	29	20	20	1.98
60743459--60743571	56	2.0	56	96	0	208	32	20	12	34	1.90
60746261--60746420	46	3.5	45	87	5	200	21	31	21	25	1.98
60765381--60765615	50	4.7	49	78	9	242	26	16	24	31	1.96
60765430--60765513	26	3.3	26	63	21	68	27	17	23	30	1.97
60765381--60765619	101	2.4	100	86	4	322	27	16	24	31	1.96
60771840--60771946	46	2.3	46	84	11	128	24	18	28	28	1.98
60780206--60780525	48	6.6	48	85	1	383	27	30	17	25	1.97
60780208--60780481	144	1.9	144	90	0	440	28	30	16	24	1.97
60782787--60782861	22	3.3	22	68	17	71	25	30	12	32	1.92
60782780--60783660	47	18.7	47	97	0	1649	27	31	10	30	1.90
60799391--60799427	18	2.1	18	100	0	74	10	16	40	32	1.83
60803308--60803636	48	6.9	48	85	2	419	27	30	17	24	1.97
60803321--60803636	95	3.3	96	87	2	429	27	30	17	24	1.97
60803308--60803636	143	2.3	144	87	3	475	27	30	17	24	1.97
60807139--60807191	26	2.0	26	100	0	106	30	7	26	35	1.84
60808358--60808387	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
60808779--60808883	27	3.9	26	84	9	108	19	24	21	34	1.96
60812696--60812788	39	2.4	39	89	3	143	31	19	25	23	1.98
60812732--60812957	39	5.7	39	86	3	249	23	22	27	26	1.99
60812696--60812957	78	3.3	78	85	5	253	24	21	27	26	1.99
60821542--60821946	46	8.8	46	92	2	661	20	20	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60831256--60831302	16	3.2	16	74	20	57	40	4	8	46	1.54
60843450--60843623	6	27.8	6	69	20	90	51	14	15	18	1.77
60843450--60843623	31	5.5	31	90	0	240	51	14	15	18	1.77
60843760--60843818	27	2.2	26	84	3	73	37	20	23	18	1.94
60843773--60843833	26	2.3	27	85	2	79	39	22	22	14	1.91
60843992--60844056	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
60844483--60844613	27	4.9	27	84	2	158	25	22	19	32	1.97
60844482--60844613	53	2.5	54	85	2	169	25	21	18	33	1.97
60844411--60844816	202	2.0	203	98	1	780	29	23	18	28	1.98
60844684--60844852	54	3.2	53	82	4	187	26	19	18	34	1.95
60844685--60844818	27	5.0	27	88	0	180	24	22	19	33	1.97
60844807--60845257	81	5.6	81	75	5	367	31	9	20	39	1.84
60844807--60845257	27	16.7	27	80	1	321	31	9	20	39	1.84
60844837--60845257	54	7.8	54	78	4	368	30	8	21	39	1.83
60844999--60845257	27	9.6	27	86	0	331	30	8	20	40	1.82
60852377--60852481	40	2.6	40	75	1	102	27	20	28	23	1.99
60855972--60856010	2	19.5	2	94	0	69	51	46	2	0	1.14
60857938--60858106	46	3.6	47	81	8	168	27	18	31	21	1.97
60857938--60858138	46	4.3	45	74	9	154	28	19	30	21	1.98
60861635--60861717	43	1.9	43	92	0	139	30	8	30	31	1.87
60863648--60863779	46	2.8	46	79	6	140	26	19	29	24	1.98
60869183--60869362	40	4.5	40	90	2	283	23	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60871036--60871094	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
60871242--60871403	41	4.0	41	88	0	234	25	25	24	24	2.00
60871667--60871728	27	2.3	27	94	0	106	37	12	8	41	1.73
60871852--60871895	23	1.9	23	86	9	63	40	15	6	36	1.74
60877914--60878055	71	2.0	71	94	4	243	44	7	16	30	1.76
60880289--60880397	43	2.5	43	76	5	114	28	19	26	25	1.99
60900414--60900493	6	13.5	6	85	5	101	80	0	3	16	0.86
60902013--60902917	46	19.7	46	96	2	1658	21	17	28	32	1.96
60906163--60906205	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
60911646--60911754	40	2.7	40	87	5	166	25	22	27	24	2.00
60912013--60912056	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
60926633--60926798	43	3.9	43	77	5	158	25	13	27	33	1.94
60927044--60927076	17	2.0	17	88	5	50	21	6	18	54	1.64
60930201--60930350	75	2.0	75	98	0	291	43	8	17	31	1.78
60933125--60933153	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
60934756--60934819	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
60935028--60935110	25	3.4	25	90	5	125	31	21	19	27	1.97
60935183--60935229	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
60938487--60938664	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60938508--60938663	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60953878--60953908	16	1.9	16	100	0	62	51	19	12	16	1.76
60958782--60959007	40	5.7	40	80	8	221	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60958782--60959007	80	2.8	78	79	9	251	25	26	22	25	2.00
60968206--60968642	49	8.8	50	81	4	499	26	18	25	29	1.98
60968198--60968629	150	2.9	150	94	0	733	26	18	25	29	1.98
60971386--60971424	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
60981211--60981250	21	1.9	21	89	0	62	30	10	0	60	1.30
60983768--60984031	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
60983768--60984064	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
60993044--60993307	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
60993044--60993340	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
61000437--61000485	21	2.3	21	89	3	71	46	14	6	32	1.69
61003899--61004092	47	4.1	47	90	0	289	33	11	28	26	1.91
61004299--61004448	37	4.1	37	94	0	246	23	18	30	27	1.98
61004764--61004973	71	3.0	71	100	0	420	39	10	24	26	1.86
61005973--61006058	27	3.2	27	83	4	86	26	19	10	43	1.84
61006016--61006073	26	2.2	26	93	0	98	27	17	13	41	1.87
61006027--61006219	27	7.2	26	69	17	69	37	21	10	30	1.88
61006095--61006218	27	4.6	27	77	7	119	41	23	8	27	1.82
61006174--61006281	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
61006322--61006399	27	2.9	27	75	11	79	37	20	20	21	1.95
61007208--61007277	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
61007207--61007302	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
61007208--61007302	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61007497--61007579	31	2.7	30	87	7	123	30	16	24	28	1.97
61010980--61011106	42	3.0	42	80	10	143	33	26	13	26	1.93
61030793--61030961	84	2.0	84	94	0	293	24	10	27	37	1.87
61050823--61050872	26	1.9	26	87	0	73	38	28	20	14	1.91
61056921--61057034	42	2.7	43	77	8	117	27	24	19	28	1.98
61066143--61066299	46	3.4	46	91	1	253	28	25	22	23	1.99
61066143--61066308	69	2.4	70	90	7	259	28	24	22	24	1.99
61066143--61066299	23	6.8	23	85	5	228	28	25	22	23	1.99
61071586--61071667	31	2.6	31	86	5	103	50	13	18	18	1.79
61071804--61071905	27	3.8	26	88	5	132	36	21	23	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297