genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20908775--20908813	12	3.2	12	85	3	51	48	2	10	38	1.51
20908773--20908816	13	3.5	13	84	6	63	50	2	9	38	1.47
20909169--20909221	26	2.0	26	88	0	79	18	15	32	33	1.92
20909198--20909518	42	7.6	43	74	10	241	24	18	23	33	1.96
20909195--20909518	85	3.8	85	86	0	425	24	17	24	33	1.97
20916268--20916324	21	2.8	20	76	20	55	38	1	15	43	1.57
20918118--20918183	21	3.2	20	68	12	53	30	19	31	18	1.96
20931506--20931554	23	2.1	23	85	7	64	34	26	4	34	1.76
20936839--20936910	39	1.9	36	83	13	92	50	33	0	16	1.46
20936839--20936894	18	3.1	18	77	12	62	50	33	0	16	1.45
20936915--20936958	22	2.0	22	100	0	88	54	13	22	9	1.67
20937647--20937675	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
20941771--20941814	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
20941793--20941886	44	2.1	44	96	0	170	43	5	12	38	1.66
20941820--20941886	22	3.0	22	66	30	61	44	4	13	37	1.64
20947645--20947763	42	2.8	42	82	5	159	22	18	20	38	1.93
20948080--20948190	42	2.6	42	86	0	141	10	40	17	31	1.84
20948083--20948190	21	5.1	21	76	4	92	10	40	17	31	1.83
20953438--20953462	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
20954686--20954715	8	3.6	8	91	8	51	40	33	0	26	1.57
20956960--20957001	15	2.9	15	96	3	77	50	28	0	21	1.49
20956960--20957029	30	2.4	29	79	13	72	47	30	0	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20957107--20957606	114	4.4	113	73	9	322	26	22	19	31	1.98
20957107--20957715	228	2.7	227	75	9	563	27	22	19	31	1.98
20961007--20961049	20	2.1	20	86	4	59	41	0	2	55	1.12
20972308--20972361	26	2.1	26	100	0	108	22	18	14	44	1.86
20996183--20996231	23	2.1	23	81	11	55	48	12	16	22	1.79
20997190--20997215	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
20997253--20997345	30	3.1	30	92	1	150	47	10	9	32	1.71
20997444--20997506	31	2.1	31	90	3	101	49	11	9	30	1.70
20999921--20999950	15	2.0	15	93	0	51	36	6	10	46	1.64
21002747--21002793	22	2.1	22	100	0	94	46	4	14	34	1.64
21010392--21010441	20	2.5	20	83	0	73	44	16	18	22	1.87
21011923--21011963	21	2.0	21	90	0	64	41	14	12	31	1.83
21014422--21014526	54	1.9	54	84	0	138	30	27	21	20	1.98
21014523--21014562	12	3.3	12	85	0	53	25	17	42	15	1.88
21015256--21015288	17	1.9	17	93	0	57	51	6	0	42	1.26
21018733--21019124	51	7.7	50	71	8	292	27	14	27	30	1.95
21018736--21019124	102	3.8	102	86	4	511	27	14	27	30	1.95
21021613--21021637	10	2.5	10	100	0	50	16	12	40	32	1.84
21025130--21025392	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
21030166--21030989	412	2.0	412	96	0	1513	26	25	22	25	2.00
21033489--21033871	40	9.6	40	90	3	504	26	27	20	25	1.99
21033803--21033880	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21037861--21038137	51	5.5	50	71	10	161	27	14	27	30	1.95
21037861--21038137	102	2.7	102	82	5	312	27	14	27	30	1.95
21038050--21038393	171	2.0	171	100	0	688	32	11	25	30	1.91
21042522--21042582	25	2.4	25	78	10	70	29	21	21	27	1.98
21042526--21042649	50	2.5	49	82	3	151	29	21	24	24	1.99
21042542--21042649	25	4.4	25	75	11	89	30	21	24	24	1.99
21042590--21042658	24	2.8	25	75	14	72	31	24	24	18	1.98
21048452--21048496	23	2.0	22	91	4	72	33	28	13	24	1.93
21061704--21061746	21	2.0	21	100	0	86	48	13	0	37	1.43
21064987--21065207	27	8.3	27	83	4	250	44	22	14	18	1.86
21064987--21065207	81	2.8	81	84	1	293	44	22	14	18	1.86
21064987--21065233	81	3.1	79	76	9	234	43	21	15	19	1.87
21065371--21065477	26	4.1	26	88	0	133	19	18	23	38	1.93
21065371--21065477	52	2.1	52	87	0	151	19	18	23	38	1.93
21065587--21065644	28	2.1	27	90	3	89	24	25	24	25	2.00
21078123--21078219	43	2.3	43	87	0	131	25	25	19	28	1.99
21091125--21091356	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
21095093--21095127	18	1.9	18	88	11	54	54	25	2	17	1.57
21096724--21096852	39	3.3	39	82	0	141	46	20	4	28	1.70
21098851--21098886	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
21102653--21102791	39	3.6	39	80	2	138	45	22	3	28	1.69
21109773--21109822	20	2.5	20	93	0	82	24	34	0	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21110324--21110374	25	2.0	25	84	3	66	31	0	31	37	1.58
21115487--21115829	40	8.6	40	91	2	485	27	27	20	24	1.99
21127297--21127340	17	2.8	16	83	10	63	31	20	2	45	1.64
21130331--21130381	20	2.5	20	90	0	75	31	25	23	19	1.98
21131244--21131588	27	12.9	27	78	6	233	42	18	15	23	1.89
21131244--21131588	107	3.2	106	83	4	354	42	18	15	23	1.89
21131274--21131588	54	5.9	54	84	4	343	41	19	15	23	1.89
21131245--21131607	54	6.8	54	83	4	324	41	18	16	23	1.89
21131801--21131892	26	3.5	26	83	0	121	17	22	22	36	1.94
21132020--21132122	30	3.5	30	80	5	113	22	27	22	28	1.99
21137882--21137918	3	12.0	3	88	5	56	62	2	2	32	1.23
21141758--21141794	3	12.0	3	88	5	56	62	2	2	32	1.23
21142536--21142566	16	1.9	16	93	0	53	6	6	9	77	1.12
21143301--21144156	50	17.1	49	68	9	397	23	19	23	33	1.97
21143276--21144186	100	9.1	100	86	3	1170	23	19	23	33	1.97
21144284--21144406	44	2.8	44	87	2	176	27	21	21	29	1.99
21144479--21144732	129	2.0	129	92	0	427	24	22	18	34	1.96
21146851--21146889	14	2.8	14	84	0	60	15	2	5	76	1.06
21151067--21151187	46	2.8	42	77	11	113	57	4	8	30	1.47
21151495--21151528	3	11.0	3	87	6	50	61	2	2	32	1.26
21151487--21151525	16	2.5	16	87	4	62	64	5	2	28	1.28
21166176--21166230	23	2.3	24	75	9	60	56	3	1	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21169200--21169239	16	2.5	16	95	0	71	42	2	30	25	1.68
21169485--21169516	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
21169505--21169554	12	4.2	12	78	12	50	44	2	0	54	1.11
21169501--21169553	11	4.7	11	75	11	54	39	1	0	58	1.09
21169578--21169619	16	2.7	16	85	3	50	0	26	57	16	1.40
21170636--21170661	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
21177408--21177592	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
21177409--21177592	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
21177461--21177625	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
21186966--21187053	46	1.9	46	81	4	106	36	15	21	26	1.94
21187284--21187441	32	4.9	32	83	7	178	40	20	17	21	1.91
21187457--21187520	27	2.4	27	80	12	71	32	23	25	18	1.97
21187668--21187982	27	11.7	27	82	6	336	25	21	19	33	1.96
21192293--21192381	44	2.0	44	95	0	160	37	8	17	35	1.82
21199074--21199257	40	4.6	41	81	12	199	26	22	26	25	2.00
21199074--21199257	79	2.3	81	81	11	213	26	22	26	25	2.00
21199126--21199290	79	2.1	79	81	8	185	27	21	26	24	1.99
21204969--21205069	50	2.0	50	98	0	193	38	11	25	23	1.89
21207121--21207345	40	5.7	40	87	5	296	24	22	27	25	2.00
21207121--21207378	119	2.2	119	81	8	285	25	21	27	25	2.00
21212501--21213464	51	18.9	51	98	0	1813	34	23	11	29	1.91
21213500--21213578	24	3.1	24	83	13	104	25	22	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21213488--21213571	28	3.2	26	85	13	109	26	26	13	34	1.93
21220098--21220347	51	4.9	51	88	1	340	30	25	12	32	1.92
21220358--21220456	49	2.0	49	92	0	162	31	22	17	29	1.96
21220432--21220503	24	3.0	24	89	4	101	27	20	15	36	1.93
21221556--21221662	51	2.1	51	85	3	144	30	22	15	30	1.95
21237083--21237253	44	3.8	44	72	10	130	23	28	21	27	1.99
21238008--21238033	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
21241782--21241909	28	4.5	28	85	2	157	28	11	26	32	1.92
21241782--21241909	57	2.2	57	86	2	168	28	11	26	32	1.92
21244963--21245050	45	2.0	45	88	0	131	23	10	25	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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