genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  272  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92774672--92774751	39	2.1	39	100	0	160	27	10	17	45	1.80
92776062--92776261	61	3.2	58	74	18	177	50	4	3	41	1.39
92779334--92779587	42	6.1	42	97	0	465	45	7	2	44	1.45
92781314--92781423	28	3.9	28	84	0	139	27	30	14	28	1.95
92781431--92781514	39	2.1	39	86	2	114	32	27	16	23	1.96
92782865--92782927	27	2.3	27	91	0	99	14	28	22	34	1.93
92788351--92788381	13	2.3	14	94	5	55	12	0	3	83	0.75
92794685--92794716	6	5.3	6	96	0	55	81	3	15	0	0.82
92804220--92804245	9	2.9	9	100	0	52	11	0	0	88	0.52
92805740--92805797	30	1.9	30	86	6	82	36	25	5	32	1.78
92807752--92807811	29	2.1	29	100	0	120	40	8	13	38	1.75
92811801--92811862	18	3.4	19	72	20	60	17	4	6	70	1.26
92813456--92813494	17	2.4	17	86	4	53	23	2	2	71	1.10
92814835--92814985	53	2.8	53	87	4	205	29	28	15	25	1.96
92822366--92822505	53	2.6	53	87	2	192	29	27	17	26	1.97
92828783--92829103	46	6.8	48	72	11	218	24	29	18	27	1.98
92828784--92828963	47	3.7	48	81	8	177	25	30	17	26	1.97
92828886--92829142	140	1.8	140	80	7	315	23	28	18	29	1.98
92835064--92835198	69	2.0	69	95	0	243	33	5	25	35	1.80
92835381--92835502	26	4.5	26	69	10	93	34	17	25	22	1.96
92835356--92835532	81	2.2	80	87	1	246	35	18	21	24	1.96
92836707--92836744	17	2.2	18	85	4	51	31	0	23	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92848420--92848484	21	3.2	21	73	20	75	9	24	26	40	1.85
92848402--92848502	39	2.6	39	93	0	166	11	25	25	36	1.90
92859723--92859819	40	2.5	38	80	8	108	17	24	26	30	1.97
92860151--92860188	13	2.8	13	88	4	58	28	0	18	52	1.45
92860716--92860766	20	2.5	20	90	0	75	21	37	29	11	1.89
92861509--92861768	130	2.0	130	90	1	414	29	11	15	43	1.82
92861962--92862099	73	1.9	73	96	0	258	39	8	23	28	1.84
92865673--92865743	29	2.4	30	76	17	78	47	9	2	39	1.51
92866293--92866338	8	6.1	8	80	14	62	39	0	0	60	0.97
92866293--92866338	13	3.3	13	83	16	65	39	0	0	60	0.97
92866298--92866336	16	2.4	16	95	0	69	41	0	0	58	0.98
92869697--92869722	12	2.2	12	100	0	52	15	15	26	42	1.87
92875238--92875396	31	5.1	31	98	1	300	32	18	9	39	1.83
92876167--92876234	33	2.1	33	86	5	93	29	5	13	51	1.64
92881426--92881467	21	2.0	22	86	13	61	35	19	16	28	1.93
92882138--92882374	90	2.6	90	94	1	404	37	13	26	21	1.91
92884175--92884234	31	1.9	32	82	3	77	23	26	0	50	1.50
92884781--92884831	26	2.0	26	96	0	93	23	35	9	31	1.87
92889187--92889634	224	2.0	224	94	0	788	43	16	14	25	1.86
92891160--92891197	20	1.9	20	94	0	67	21	42	13	23	1.88
92903185--92903223	21	1.9	20	84	5	51	71	5	2	20	1.17
92911252--92911278	14	1.9	14	100	0	54	11	14	7	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92912737--92913155	209	2.0	209	96	0	775	33	9	25	31	1.88
92917896--92918205	155	2.0	155	96	1	577	32	13	19	34	1.90
92918505--92918690	40	4.7	40	84	7	220	24	22	26	25	2.00
92918506--92918723	80	2.7	79	81	8	212	26	22	27	24	2.00
92928197--92928399	40	5.1	40	85	5	252	25	28	22	24	2.00
92933595--92933625	15	2.0	16	93	6	55	38	9	6	45	1.63
92934766--92934822	29	2.0	29	100	0	114	26	17	28	28	1.98
92935129--92935230	49	2.1	49	84	0	132	25	22	6	45	1.77
92941478--92941596	47	2.5	47	84	0	157	27	30	8	33	1.86
92941802--92941962	40	4.1	40	81	10	179	24	27	22	24	2.00
92949381--92949474	43	2.2	43	78	17	97	35	1	21	42	1.60
92957441--92957521	42	1.9	42	95	5	146	33	22	9	34	1.87
92962190--92962263	36	2.1	36	94	0	130	41	24	9	24	1.84
92973682--92973755	28	2.6	28	87	4	105	32	25	13	28	1.94
92981665--92981763	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
92984351--92984417	35	1.9	35	93	6	118	34	20	5	38	1.77
92988219--92988292	36	2.1	36	94	0	130	43	22	9	24	1.83
92989126--92989199	36	2.1	36	94	0	130	43	22	9	24	1.83
92993719--92993785	32	2.1	32	100	0	134	20	5	17	55	1.63
92997414--92997492	31	2.5	31	91	0	140	27	25	17	29	1.98
92997516--92997649	42	3.2	42	96	0	250	33	20	14	30	1.93
92997779--92997848	25	2.8	25	86	4	97	25	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92998754--92999205	27	16.7	27	81	4	444	30	9	20	39	1.84
92998839--92999205	27	13.6	27	85	1	459	29	8	20	40	1.83
92998756--92999205	81	5.5	81	89	1	614	30	9	20	39	1.84
92999237--92999378	27	5.3	27	89	3	187	40	8	23	28	1.83
93004737--93004932	53	3.6	54	76	7	200	36	17	24	21	1.95
93012072--93012201	55	2.4	54	81	1	152	36	20	22	20	1.95
93022042--93022071	13	2.3	13	94	0	51	20	33	33	13	1.91
93024435--93024472	15	2.5	15	95	0	67	23	39	31	5	1.77
93030329--93030500	93	1.8	93	90	2	274	27	28	21	22	1.99
93030321--93030496	46	3.8	46	77	14	182	28	28	21	22	1.99
93030329--93030515	46	4.0	46	75	15	154	28	28	20	22	1.99
93032891--93032940	15	3.4	16	81	10	54	60	10	18	12	1.59
93032900--93032940	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
93032902--93032949	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
93035976--93036281	153	2.0	153	100	0	612	28	26	16	28	1.97
93043539--93043611	36	2.0	36	94	0	128	19	17	34	28	1.95
93046264--93046319	25	2.1	27	80	6	62	33	3	1	60	1.24
93046260--93046321	26	2.3	28	78	10	76	35	3	1	59	1.23
93055550--93055588	18	2.2	18	95	0	69	30	12	17	38	1.88
93064347--93064569	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
93064345--93064569	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
93064347--93064569	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93072259--93072481	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
93072257--93072481	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
93072259--93072481	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
93079358--93079399	15	2.7	16	96	3	77	19	11	4	64	1.44
93079436--93079481	12	3.8	12	91	0	65	21	2	4	71	1.14
93079441--93079481	13	3.2	13	89	3	57	17	2	4	75	1.08
93079594--93079626	16	2.1	16	94	5	59	24	15	6	54	1.63
93079663--93079707	12	3.8	12	91	5	74	17	2	4	75	1.07
93079666--93079710	11	4.0	11	88	5	72	17	2	6	73	1.15
93079663--93079710	23	2.1	23	96	0	87	20	2	6	70	1.19
93079367--93079781	226	1.8	227	97	0	787	27	15	12	44	1.82
93083586--93083932	178	1.9	178	93	1	597	33	19	15	31	1.93
93084491--93084556	23	3.2	23	60	28	56	43	18	13	24	1.86
93084481--93084558	39	2.0	39	94	0	138	42	21	14	21	1.88
93084834--93085094	40	6.6	40	79	11	277	25	26	21	26	1.99
93084827--93085046	81	2.7	81	93	4	358	25	27	21	26	1.99
93084836--93085094	81	3.3	79	87	9	325	25	26	21	26	2.00
93086621--93086697	39	2.0	39	100	0	154	20	12	20	45	1.84
93091092--93091239	43	3.5	41	76	9	127	32	27	14	25	1.95
93097539--93097599	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
93106760--93106791	16	2.0	16	93	0	55	59	6	28	6	1.46
93112387--93112417	16	2.0	15	93	6	53	25	3	12	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93113390--93113500	27	4.1	26	85	7	141	36	21	24	17	1.94
93113391--93113497	54	2.0	54	88	3	162	37	20	24	17	1.94
93114688--93114720	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
93123185--93123356	93	1.8	93	89	0	272	28	29	20	22	1.98
93123177--93123352	46	3.8	46	76	12	180	29	28	19	22	1.98
93125276--93125364	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
93125276--93125358	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
93125287--93125364	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
93127802--93127967	40	4.2	40	82	0	199	27	26	20	25	1.99
93129401--93129443	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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