genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18933843--18934028	27	6.9	27	77	4	108	31	7	22	38	1.82
18933952--18934070	27	4.6	27	74	12	115	28	10	20	40	1.86
18948401--18948511	43	2.6	42	79	1	123	24	18	24	32	1.97
18951088--18951144	30	1.9	30	88	0	87	38	7	22	31	1.81
18955621--18955739	46	2.6	44	84	8	159	24	29	19	26	1.98
18957186--18957363	27	6.6	27	85	1	241	39	20	8	30	1.82
18957348--18957522	27	6.3	27	83	9	217	33	21	22	23	1.98
18957186--18957366	54	3.4	54	90	0	292	39	20	8	30	1.84
18957176--18957504	54	6.0	54	80	9	195	36	20	14	27	1.93
18957956--18958019	22	2.9	22	81	9	85	18	21	23	35	1.95
18958179--18958274	27	3.6	27	81	5	113	19	22	20	36	1.95
18958379--18958489	31	3.5	31	87	1	141	20	16	12	50	1.77
18958411--18958498	6	14.3	6	71	17	65	19	17	14	48	1.81
18958906--18959147	122	2.0	122	91	0	396	33	14	15	35	1.89
18960183--18960335	76	2.0	76	98	0	297	40	9	16	32	1.82
18961898--18961962	19	3.2	21	69	18	57	30	7	13	47	1.71
18962654--18962833	89	2.0	89	93	0	306	27	21	18	31	1.97
18964204--18964367	82	2.0	82	97	0	310	39	10	14	35	1.80
18964616--18964648	16	2.1	15	94	5	57	69	15	0	15	1.19
18968406--18968456	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
18970589--18970720	66	2.0	66	96	0	246	30	18	26	25	1.98
18971919--18972085	43	3.9	42	74	9	131	29	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18971911--18972070	86	1.9	85	83	6	207	30	26	18	25	1.98
18974002--18974151	42	3.5	43	76	9	137	28	26	19	25	1.99
18974481--18974624	72	2.0	72	98	0	279	29	23	9	38	1.85
18983124--18983294	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
18983119--18983291	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
18993914--18994136	40	5.6	40	86	3	236	25	20	27	26	1.99
19010297--19010510	40	5.3	40	99	0	419	22	26	20	30	1.98
19013769--19013908	56	2.5	56	85	4	174	33	22	14	30	1.93
19013788--19013908	56	2.2	56	90	0	188	34	23	13	28	1.92
19019358--19019388	11	2.7	11	95	5	53	35	0	25	38	1.56
19023720--19024159	49	9.2	48	95	2	721	32	8	30	28	1.87
19037744--19037871	43	3.0	43	79	8	145	21	16	28	34	1.95
19043604--19043740	47	2.9	47	88	0	202	27	32	8	32	1.87
19043671--19043815	75	1.9	75	90	2	229	26	30	11	31	1.91
19043746--19043975	47	4.9	47	92	1	372	29	29	9	31	1.89
19043624--19043862	122	2.0	122	91	1	390	26	31	10	30	1.91
19049546--19049648	40	2.6	40	96	0	188	25	25	23	26	2.00
19050831--19050909	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19051373--19051430	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
19053408--19053586	85	2.1	85	100	0	358	26	27	8	37	1.85
19064688--19064828	42	3.3	42	83	7	160	32	24	19	23	1.97
19064669--19064827	44	3.7	43	77	10	164	31	25	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19065626--19065654	11	2.5	12	88	11	51	6	17	0	75	1.01
19073625--19073706	42	2.0	42	97	0	155	23	13	25	37	1.91
19075989--19076115	38	3.0	40	71	18	132	31	25	12	29	1.93
19076034--19076167	48	2.8	48	88	1	189	31	24	12	31	1.92
19082189--19082357	38	4.2	38	75	12	176	30	24	14	30	1.95
19082196--19082403	85	2.4	86	91	0	328	28	25	15	30	1.96
19082314--19082453	48	2.9	48	91	0	226	27	22	16	32	1.96
19084501--19084533	12	2.8	12	86	4	50	54	0	36	9	1.32
19084984--19085013	10	3.0	10	95	0	51	70	3	0	26	1.03
19090661--19090764	42	2.5	42	95	0	181	30	17	25	26	1.97
19095576--19095840	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
19095543--19095840	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
19095772--19095849	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19103838--19103965	42	3.0	43	84	6	161	28	28	18	25	1.98
19109920--19110137	48	4.6	48	83	7	266	27	16	28	27	1.97
19109918--19110137	96	2.3	95	85	8	295	27	17	28	26	1.97
19111076--19111107	12	2.7	12	95	0	55	31	25	34	9	1.87
19129842--19130016	46	3.8	46	75	13	169	25	30	18	25	1.98
19130665--19130839	46	3.8	46	75	13	169	25	30	18	25	1.98
19129690--19131336	823	2.0	823	100	0	3294	30	24	14	31	1.94
19138447--19138703	45	5.6	46	85	3	234	45	15	20	18	1.86
19138489--19138703	45	4.7	46	88	2	245	45	16	20	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19145302--19145341	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
19149362--19149401	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
19150552--19150602	21	2.4	21	100	0	102	50	17	0	31	1.46
19152590--19152854	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
19152557--19152854	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
19152786--19152863	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19155665--19155735	16	4.4	16	89	0	106	36	5	28	29	1.80
19155717--19155810	44	2.1	44	90	4	143	34	5	25	35	1.79
19155712--19155825	39	2.7	39	76	18	104	32	5	25	36	1.78
19155982--19156014	17	1.9	17	100	0	66	63	0	0	36	0.95
19156519--19156553	18	1.9	18	88	0	52	34	20	17	28	1.95
19156561--19156805	40	6.1	40	92	0	382	33	15	8	42	1.78
19156557--19156805	120	2.1	120	93	0	426	32	15	9	42	1.79
19162340--19162373	17	2.0	17	100	0	68	35	11	23	29	1.90
19162716--19162779	31	2.1	31	96	0	119	54	9	20	15	1.68
19168179--19168232	28	1.9	28	100	0	108	20	22	9	48	1.78
19168222--19168351	33	3.9	33	93	0	215	33	40	8	17	1.80
19169434--19169658	117	1.9	117	97	0	423	35	18	23	22	1.96
19171400--19171498	51	1.9	52	97	2	191	43	12	10	34	1.76
19177607--19177659	23	2.3	22	75	12	54	45	1	13	39	1.54
19178023--19178074	19	2.7	20	76	11	63	32	23	13	30	1.93
19178022--19178074	20	2.7	20	77	11	65	32	22	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19185420--19185464	15	3.0	15	76	0	54	57	15	22	4	1.56
19190043--19190153	42	2.6	42	85	0	132	19	35	21	23	1.96
19192442--19192774	49	6.7	49	79	3	351	30	25	17	25	1.97
19192442--19192770	100	3.3	98	80	3	280	31	25	17	26	1.97
19192442--19192775	150	2.2	150	100	0	668	30	25	17	26	1.97
19198309--19198354	20	2.3	20	81	7	58	73	4	4	17	1.15
19198935--19198971	19	2.0	19	94	5	67	21	5	13	59	1.54
19198953--19199008	27	2.0	27	82	3	67	32	8	10	48	1.69
19201939--19201997	30	1.9	31	86	3	84	47	1	22	28	1.61
19202207--19202272	30	2.2	30	83	5	89	36	0	3	60	1.12
19204582--19204622	18	2.4	16	88	8	55	80	0	17	2	0.82
19204592--19204638	20	2.3	21	78	14	53	74	0	21	4	0.99
19218233--19218267	18	1.9	18	94	0	61	20	31	2	45	1.65
19219714--19219776	26	2.6	24	76	16	67	53	3	0	42	1.16
19228468--19228679	39	5.5	39	89	3	304	22	22	26	28	1.99
19230145--19230224	34	2.4	34	82	4	99	30	18	23	27	1.98
19235134--19235232	41	2.3	43	81	10	116	28	14	30	27	1.95
19240602--19240655	25	2.2	25	100	0	108	64	3	3	27	1.27
19242669--19243197	180	3.0	174	83	6	658	26	23	17	32	1.97
19247450--19247502	27	2.0	27	100	0	106	49	15	9	26	1.74
19251117--19251156	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
19265591--19265769	85	2.1	85	100	0	358	26	27	8	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266942--19268486	774	2.0	775	85	4	2112	29	14	16	38	1.89
19271617--19271696	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
19271668--19271813	43	3.4	43	93	1	233	13	23	34	28	1.93
19272130--19272237	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
19295633--19295670	20	1.9	20	89	10	60	39	5	7	47	1.55
19297590--19297625	18	2.0	18	94	0	63	30	19	11	38	1.86
19300494--19303572	47	65.4	47	99	0	5878	31	8	29	29	1.87
19305242--19305353	35	3.2	35	79	3	109	25	16	30	26	1.97
19311225--19311291	28	2.5	28	79	15	79	28	22	19	29	1.98
19314802--19314889	45	2.0	45	88	0	131	21	17	23	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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