genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87211963--87212010	18	2.7	18	90	0	78	47	16	16	18	1.82
87212409--87212478	27	2.6	27	86	4	97	18	14	20	47	1.83
87212879--87212919	8	5.1	8	84	0	55	7	29	17	46	1.74
87212881--87212916	16	2.2	16	95	0	63	5	27	16	50	1.68
87214655--87214732	31	2.5	31	91	2	122	26	25	19	28	1.99
87214951--87215022	25	2.9	25	93	0	117	29	20	22	27	1.99
87215068--87215118	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
87222605--87222674	31	2.3	31	90	2	106	30	25	15	28	1.96
87222866--87222937	25	3.0	23	82	10	72	27	22	20	29	1.99
87231073--87231156	25	3.2	25	73	12	78	25	7	16	51	1.70
87231982--87232018	19	1.9	19	94	0	65	29	0	5	64	1.15
87233736--87233766	4	8.0	4	92	7	55	48	0	0	51	1.00
87237733--87238250	126	4.1	126	88	3	747	38	16	16	29	1.90
87241824--87241858	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
87241939--87242011	30	2.4	29	84	6	92	8	19	39	32	1.81
87244366--87244417	8	6.8	8	76	24	58	40	1	0	57	1.10
87244366--87244424	14	4.5	14	73	16	63	42	1	0	55	1.09
87244372--87244417	24	1.9	24	95	0	83	39	2	0	58	1.10
87251624--87251665	20	2.1	20	100	0	84	35	14	9	40	1.78
87252913--87252989	29	2.7	29	83	0	91	55	0	29	14	1.39
87258479--87258608	69	1.9	69	91	3	217	42	4	10	43	1.59
87259623--87259681	29	2.0	29	96	0	109	28	5	6	59	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87259633--87259695	29	2.2	29	85	2	83	28	7	4	58	1.47
87260992--87262468	743	2.0	743	100	0	2954	30	11	20	37	1.88
87268374--87268452	38	2.1	38	97	0	149	36	17	11	34	1.86
87268686--87268726	16	2.6	16	96	3	75	39	4	4	51	1.45
87271742--87271903	81	2.0	81	93	2	281	43	13	9	33	1.77
87276469--87276520	24	2.2	24	82	0	59	34	7	5	51	1.54
87278659--87278708	26	1.9	26	91	0	82	42	10	10	38	1.72
87282032--87282251	54	4.1	54	77	4	201	40	15	24	19	1.91
87283833--87283871	7	5.6	7	84	0	51	23	5	48	23	1.70
87283828--87283871	14	3.1	14	81	12	54	25	4	47	22	1.70
87284366--87284420	24	2.2	25	87	9	85	12	0	41	45	1.42
87288552--87288659	26	4.2	26	87	0	162	31	8	24	36	1.85
87295274--87295305	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
87295274--87295304	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
87299975--87300019	23	2.0	23	82	8	56	68	8	11	11	1.39
87313997--87314166	93	1.8	93	88	2	261	31	28	18	21	1.97
87313991--87314163	46	3.7	47	77	13	178	31	27	17	22	1.97
87317028--87317180	52	2.9	52	80	10	150	26	15	27	30	1.96
87317095--87317236	53	2.8	51	74	20	127	23	15	30	30	1.95
87320090--87320156	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
87320101--87320156	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
87325260--87325317	28	2.2	26	88	11	84	15	15	18	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87335260--87335345	34	2.5	34	84	0	109	23	19	25	31	1.98
87341228--87341260	17	1.9	17	93	0	57	45	0	12	42	1.41
87341666--87341771	28	3.9	27	77	16	103	19	16	16	47	1.83
87343039--87343086	21	2.3	21	85	7	62	16	16	27	39	1.90
87357457--87357624	46	3.6	46	79	10	189	23	20	27	27	1.99
87357453--87357624	93	1.8	93	92	0	290	23	20	27	27	1.99
87361137--87361343	53	3.8	53	77	4	200	38	17	24	20	1.93
87366705--87366749	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
87368131--87368161	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
87368128--87368167	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
87368240--87368284	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
87368399--87368607	55	3.9	53	78	6	231	22	24	16	35	1.95
87374967--87375063	44	2.2	44	94	0	167	29	18	21	29	1.97
87379000--87379075	21	3.5	21	70	16	64	36	26	14	22	1.92
87383075--87383444	46	7.8	48	74	14	220	27	18	29	24	1.98
87386963--87386994	17	1.9	17	93	6	57	59	0	3	37	1.13
87390321--87390370	26	2.0	25	92	7	84	20	16	8	56	1.65
87394523--87394764	38	5.9	38	77	14	214	30	14	25	30	1.95
87394558--87394729	48	3.9	47	80	12	204	31	14	23	30	1.94
87394558--87394691	48	2.8	48	89	1	207	30	14	23	31	1.95
87400183--87400259	25	3.2	25	66	14	63	31	9	14	45	1.76
87400535--87400571	19	1.9	19	94	0	65	54	10	5	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87400563--87400600	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
87401086--87401158	37	2.0	36	91	5	112	31	21	23	21	1.97
87401686--87401723	18	2.1	18	100	0	76	44	5	15	34	1.69
87401819--87401847	13	2.3	13	94	5	51	58	6	0	34	1.25
87407137--87407239	51	2.0	51	88	0	152	48	17	17	16	1.81
87411797--87411887	46	2.0	45	93	0	146	19	29	19	29	1.97
87412015--87412059	20	2.2	20	100	0	90	33	35	4	26	1.77
87414350--87414407	29	2.0	30	83	10	75	17	24	34	24	1.96
87420376--87420416	21	2.0	21	100	0	82	14	14	24	46	1.82
87433584--87433691	55	2.0	55	100	0	216	34	18	10	37	1.85
87435793--87435856	23	2.8	23	85	2	94	42	40	0	17	1.49
87436999--87437040	21	2.0	22	85	4	59	35	0	4	59	1.19
87437436--87437461	9	2.9	9	100	0	52	0	0	19	80	0.71
87442352--87442531	46	3.9	45	90	2	261	22	23	13	41	1.89
87447494--87447550	27	2.1	27	100	0	114	35	14	19	31	1.91
87448809--87449621	45	18.1	45	100	0	1626	51	19	11	17	1.75
87449883--87449947	32	2.0	32	100	0	130	24	30	3	41	1.70
87449948--87450109	24	6.8	24	72	8	123	32	29	14	24	1.94
87449950--87450109	48	3.3	48	73	5	144	32	29	14	23	1.94
87452850--87452879	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
87459921--87459958	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87460533--87460592	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87467494--87467553	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
87469105--87469198	48	1.9	48	85	6	127	23	14	28	32	1.94
87471945--87472103	43	3.7	43	74	10	155	25	17	25	31	1.97
87473293--87473665	84	4.5	84	86	5	542	30	23	20	25	1.99
87473293--87473665	169	2.2	165	87	6	538	30	23	20	25	1.99
87473597--87474481	68	13.0	68	99	0	1736	35	21	23	19	1.96
87474594--87474874	86	3.2	86	69	17	263	33	21	19	25	1.97
87474599--87474932	175	1.9	175	92	1	562	32	20	20	26	1.97
87475396--87475475	19	4.3	19	88	6	128	36	8	17	37	1.81
87477817--87477842	13	2.0	13	100	0	52	7	38	30	23	1.83
87484353--87484405	21	2.5	21	93	0	88	28	24	18	28	1.98
87484459--87484508	18	2.8	19	76	11	52	20	30	0	50	1.49
87493220--87493272	28	2.0	26	88	7	79	30	16	13	39	1.87
87505963--87506002	22	1.9	22	85	10	57	37	7	17	37	1.78
87507647--87507679	11	2.8	12	90	9	50	30	0	0	69	0.88
87507804--87507865	30	2.1	30	90	0	97	61	8	3	27	1.40
87516897--87516982	42	2.0	42	100	0	172	23	20	13	41	1.88
87516959--87517082	42	3.0	41	83	10	146	29	25	13	30	1.94
87517042--87517161	46	2.6	46	85	5	154	30	25	15	29	1.96
87517188--87517274	31	2.8	31	92	0	147	26	28	19	25	1.99
87517250--87517378	50	2.5	51	88	5	190	26	21	16	35	1.94
87517863--87517908	23	2.0	23	95	0	83	43	23	8	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87523729--87523820	29	3.2	29	82	14	118	31	28	13	27	1.93
87524823--87524882	26	2.3	26	91	8	104	20	31	20	28	1.97
87528821--87528886	34	1.9	34	87	0	96	22	0	24	53	1.47
87530279--87530377	48	2.0	50	92	3	166	22	21	16	40	1.91
87537667--87537775	57	1.9	57	82	0	137	29	17	23	29	1.97
87540078--87540102	12	2.1	12	100	0	50	28	8	16	48	1.74
87546689--87546803	34	3.4	34	69	7	115	41	17	21	19	1.90
87546672--87546834	69	2.4	69	94	0	281	38	19	23	19	1.93
87548752--87548793	23	2.0	21	86	13	59	38	21	16	23	1.93
87550880--87551002	45	2.7	46	85	6	153	23	22	21	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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