genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86669752--86669869	55	2.1	57	93	4	213	15	25	33	25	1.95
86677142--86677365	40	5.7	40	84	7	255	24	22	27	25	2.00
86677142--86677365	79	2.8	80	83	8	269	24	22	27	25	2.00
86677195--86677398	79	2.6	79	82	5	209	25	21	26	25	1.99
86683383--86683442	27	2.3	26	82	2	66	35	16	25	23	1.95
86683482--86683532	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
86686201--86686328	66	1.9	65	79	6	141	32	16	30	21	1.95
86690667--86690970	40	7.7	40	90	4	431	25	27	21	25	1.99
86696670--86697054	193	2.0	193	98	0	743	30	23	19	25	1.98
86697599--86697691	46	2.0	46	100	0	186	33	21	15	30	1.94
86698926--86699189	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
86700349--86700478	42	3.1	42	90	0	197	26	17	23	33	1.96
86702938--86703113	46	3.8	46	74	11	171	22	20	27	29	1.98
86702935--86703106	93	1.8	93	88	2	265	22	20	27	28	1.99
86710834--86710963	40	3.2	40	90	4	206	25	20	22	32	1.98
86710836--86710963	42	3.1	42	89	4	206	25	20	22	32	1.98
86715100--86715149	6	8.5	6	82	4	57	16	8	0	76	1.02
86715143--86715200	25	2.3	26	85	11	77	22	12	1	63	1.37
86716262--86716303	21	2.0	21	100	0	84	23	4	14	57	1.56
86720132--86720353	40	5.6	40	91	1	331	24	22	25	27	2.00
86728209--86728430	40	5.6	40	91	1	340	25	22	26	26	2.00
86730983--86731028	23	2.0	23	95	0	83	34	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86732635--86732669	13	2.7	13	95	0	61	2	28	40	28	1.71
86732762--86732813	20	2.6	20	90	0	86	21	26	34	17	1.95
86737854--86737900	24	2.0	23	87	4	67	51	2	34	12	1.52
86739305--86739375	20	3.5	20	77	7	81	21	25	16	36	1.94
86739298--86739514	120	1.8	120	86	2	319	18	29	15	36	1.92
86739297--86739514	40	5.4	40	84	0	256	18	29	15	36	1.92
86742280--86742801	27	19.2	27	77	9	171	30	10	19	39	1.85
86742321--86742807	54	9.0	53	79	10	425	31	10	19	39	1.84
86742491--86742807	53	5.9	53	83	5	345	31	10	18	38	1.86
86742527--86742825	80	3.7	80	86	3	379	31	10	19	38	1.86
86742491--86742819	27	12.3	27	82	4	371	30	10	19	38	1.86
86743070--86743120	14	3.7	14	68	5	50	43	27	7	21	1.80
86743117--86743204	28	3.1	28	95	0	149	31	37	12	18	1.88
86744257--86744300	19	2.3	19	88	7	63	36	15	0	47	1.46
86744479--86744586	41	2.6	43	79	7	123	28	25	19	25	1.99
86763253--86763429	40	4.4	40	82	4	216	23	21	27	27	1.99
86763657--86763698	22	1.9	22	85	9	59	35	7	14	42	1.73
86771754--86772016	47	5.6	47	89	1	391	28	30	8	32	1.87
86771754--86772016	96	2.8	96	90	2	399	28	30	8	32	1.87
86771756--86772016	143	1.8	141	90	1	405	29	30	8	32	1.87
86774754--86774976	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
86774754--86774976	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86782731--86782992	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
86786706--86786877	40	4.3	40	81	6	208	23	22	26	27	1.99
86786702--86786877	80	2.2	80	87	7	243	23	22	27	26	1.99
86787105--86787146	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
86796709--86796803	48	2.0	48	93	0	163	34	28	22	14	1.93
86800602--86800655	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
86800901--86801145	49	4.9	50	76	4	226	27	18	24	29	1.98
86808309--86808407	28	3.5	28	85	9	105	29	28	14	28	1.95
86810978--86811268	27	10.8	27	90	0	413	26	14	20	38	1.91
86813608--86813647	18	2.2	18	86	0	53	20	5	17	57	1.58
86820261--86820305	15	2.9	15	83	6	63	6	20	15	57	1.60
86820261--86820302	16	2.7	16	88	3	59	7	21	16	54	1.65
86824121--86824157	18	2.1	18	89	0	56	54	16	10	18	1.71
86824462--86824586	27	4.6	27	85	4	153	38	17	16	27	1.91
86824579--86824718	27	5.2	27	82	6	140	19	19	20	41	1.91
86832676--86832787	56	2.0	56	96	0	206	24	24	31	20	1.98
86835360--86835616	40	6.3	40	79	8	230	25	28	21	25	1.99
86835358--86835669	80	3.8	80	82	9	301	25	27	20	25	1.99
86835470--86835645	87	2.0	87	98	0	343	24	27	20	27	1.99
86835514--86835669	40	3.7	40	68	19	120	25	26	21	26	2.00
86835430--86835669	127	1.9	127	82	6	308	24	27	21	26	1.99
86835601--86835678	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86836087--86836240	78	2.0	78	97	1	290	24	22	15	37	1.93
86836097--86836263	79	2.2	77	89	5	248	26	22	13	36	1.92
86842632--86842974	40	8.6	40	91	2	485	27	27	20	25	1.99
86849786--86849829	19	2.3	19	88	7	63	36	15	0	47	1.46
86851549--86851578	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
86858335--86858429	46	2.1	46	95	0	172	35	30	8	25	1.86
86863458--86863642	40	4.7	40	80	6	198	25	21	27	25	2.00
86863461--86863614	79	1.9	80	81	6	188	25	20	27	25	1.99
86866086--86866167	42	1.9	42	85	7	112	23	18	25	32	1.97
86866085--86866178	43	2.2	43	81	11	113	23	18	27	30	1.97
86886047--86886071	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
86900779--86900938	24	6.6	24	67	11	85	31	30	14	24	1.94
86905248--86905472	40	5.7	40	84	6	260	26	28	20	24	1.99
86907198--86907310	40	2.8	40	83	1	102	25	29	23	22	1.99
86907223--86907367	40	3.6	40	83	4	175	24	25	24	26	2.00
86911285--86911345	31	2.0	31	96	0	113	36	18	14	31	1.91
86914340--86914415	24	3.3	22	68	13	62	35	19	11	32	1.88
86914339--86914431	48	1.9	48	95	0	168	34	21	11	32	1.90
86917685--86917717	16	2.1	16	100	0	66	18	18	0	63	1.31
86918659--86918746	27	3.3	26	80	4	104	38	21	20	19	1.93
86918933--86919047	27	4.3	27	81	4	115	26	18	16	39	1.91
86922691--86922758	23	3.0	23	84	2	93	47	30	0	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86922667--86922808	22	6.2	22	74	11	115	45	33	2	19	1.63
86922672--86922804	48	2.9	45	79	7	142	46	30	2	20	1.63
86924774--86924847	34	2.2	33	83	11	89	58	5	1	35	1.30
86931024--86931197	46	3.8	46	78	13	203	28	29	20	21	1.98
86931031--86931202	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
86938572--86938797	120	1.9	120	99	0	443	29	30	20	19	1.97
86938712--86938799	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
86941593--86941762	46	3.7	46	71	17	136	23	28	20	27	1.99
86944306--86944424	27	4.4	27	80	0	130	38	16	18	26	1.92
86944317--86944419	54	1.9	54	90	2	163	38	15	19	26	1.91
86945164--86945223	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
86945074--86945533	98	4.7	98	98	0	868	22	25	19	31	1.98
86945262--86945321	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
86945360--86945419	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
86945458--86945517	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
86945555--86945608	25	2.2	25	96	0	99	16	25	33	24	1.96
86951866--86952098	27	8.6	27	87	3	297	30	28	15	26	1.96
86951866--86952098	55	4.3	54	87	2	306	30	28	15	26	1.96
86951866--86952097	82	2.8	82	88	3	315	30	28	15	26	1.96
86954618--86954736	27	4.4	27	83	0	148	36	19	20	24	1.95
86960039--86960076	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
86960305--86960475	46	3.7	46	76	4	191	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86960306--86960476	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
86960894--86960981	41	2.2	40	89	4	140	29	15	10	44	1.80
86965636--86965673	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
86965903--86966073	93	1.8	93	93	0	297	29	29	20	21	1.98
86965898--86966070	46	3.7	46	77	13	201	30	28	20	21	1.98
86970203--86970272	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
86978848--86978999	27	5.6	27	92	3	223	30	29	13	26	1.94
86978848--86979024	55	3.2	55	89	0	255	31	29	12	25	1.93
86982208--86982385	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
86982205--86982385	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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