genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33880782--33881172	31	12.8	31	76	7	307	44	16	7	31	1.75
33880782--33881172	61	6.4	62	76	7	318	44	16	7	31	1.75
33880782--33881172	92	4.3	91	84	2	446	44	16	7	31	1.75
33894658--33894701	21	2.1	21	95	0	79	27	15	9	47	1.76
33899563--33899618	26	2.2	26	93	3	96	41	1	14	42	1.56
33913143--33913183	19	2.2	19	86	4	57	26	0	9	63	1.25
33915651--33915678	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
33917575--33917616	15	3.0	14	86	10	59	14	0	11	73	1.09
33918071--33918796	360	2.0	357	92	1	1211	28	29	8	34	1.86
33919924--33919949	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
33921133--33921285	63	2.4	63	82	0	189	24	18	26	30	1.98
33924130--33924215	37	2.3	37	79	0	100	40	12	16	30	1.86
33924048--33924279	112	2.1	112	84	0	293	39	13	14	31	1.86
33932844--33932884	16	2.5	17	77	22	52	4	17	4	73	1.19
33944410--33944450	15	2.6	16	78	14	50	0	29	0	70	0.87
33963735--33963772	19	2.0	20	84	5	51	55	13	10	21	1.67
33971990--33972051	30	2.1	30	87	6	90	32	6	8	53	1.56
33976891--33976924	17	1.9	18	88	5	52	29	5	17	47	1.71
33977451--33977510	27	2.2	27	88	11	88	38	21	23	16	1.93
33987639--33987674	13	2.8	13	95	0	63	44	19	0	36	1.51
33991094--33991193	50	2.0	50	96	0	182	27	19	22	32	1.97
33991934--33991958	11	2.3	11	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34000962--34000992	14	2.2	14	100	0	62	22	6	22	48	1.73
34012093--34012167	36	2.1	36	97	0	141	22	5	22	49	1.70
34012098--34012177	36	2.2	36	88	4	117	26	6	21	46	1.75
34018091--34018313	39	5.7	38	83	7	270	17	32	17	32	1.93
34018090--34018313	78	2.9	79	85	7	298	17	32	17	32	1.93
34018089--34018313	117	1.9	117	88	3	337	17	32	17	32	1.93
34019280--34019313	18	1.9	17	88	5	50	17	14	41	26	1.88
34022687--34022899	70	3.0	70	81	2	257	30	23	20	26	1.98
34030143--34030234	42	2.2	43	88	4	141	35	4	7	52	1.50
34035819--34035891	15	4.6	16	71	11	51	8	27	1	63	1.31
34035841--34035890	16	3.1	17	74	11	50	8	22	2	68	1.26
34035867--34035909	21	2.0	21	82	8	52	6	18	2	72	1.19
34049162--34049209	22	2.2	22	88	0	69	33	39	4	22	1.74
34049528--34049563	18	1.9	19	88	5	56	38	19	8	33	1.82
34051845--34051902	29	2.0	29	83	6	73	18	31	15	34	1.93
34051772--34051943	87	2.0	87	84	0	227	20	27	15	36	1.93
34058870--34058991	23	5.3	23	87	0	181	31	25	18	23	1.97
34058870--34058991	46	2.7	46	93	0	208	31	25	18	23	1.97
34063297--34063336	12	3.3	12	89	0	62	12	12	40	35	1.81
34063922--34063973	25	2.1	25	82	13	63	50	30	9	9	1.67
34066696--34067026	40	8.3	40	86	0	464	27	26	19	26	1.99
34066696--34067026	80	4.1	80	89	0	518	27	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34068435--34068495	31	2.0	31	96	0	113	45	21	0	32	1.52
34068550--34068671	46	2.7	46	88	0	172	27	31	8	33	1.86
34068645--34068814	47	3.6	47	87	3	225	27	30	11	30	1.91
34068738--34068889	75	2.0	75	96	0	277	25	30	15	28	1.95
34068785--34068842	28	2.1	28	93	0	98	27	31	13	27	1.94
34068677--34068983	169	1.8	169	93	0	533	24	30	13	30	1.94
34068813--34069051	94	2.5	94	94	0	397	25	30	13	30	1.94
34068904--34068978	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
34068813--34069022	47	4.5	47	96	0	393	23	30	15	30	1.95
34073849--34074026	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
34073870--34074025	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
34076422--34076546	42	2.9	43	83	10	150	31	24	18	25	1.98
34077855--34077943	45	2.0	45	88	0	133	40	23	10	25	1.86
34079395--34079454	30	2.0	30	93	0	102	30	3	20	46	1.66
34079573--34079632	30	2.0	30	100	0	120	23	16	13	46	1.82
34082650--34082959	40	7.8	40	92	1	453	26	29	22	22	1.99
34086020--34086117	48	2.0	48	98	0	187	35	13	15	35	1.86
34092419--34092558	49	2.8	51	88	4	205	29	25	18	27	1.98
34094012--34094171	39	4.1	39	98	0	302	23	31	25	20	1.98
34099574--34099672	49	2.0	49	98	0	189	32	12	13	42	1.81
34104439--34104471	16	2.1	16	88	11	50	18	21	6	54	1.64
34105548--34105580	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34105584--34105621	5	7.8	5	85	5	51	0	26	60	13	1.33
34105584--34105622	19	2.1	19	90	0	60	0	28	58	12	1.34
34105584--34105621	14	2.6	15	83	8	51	0	26	60	13	1.33
34119463--34119511	16	2.9	16	82	11	53	20	6	0	73	1.04
34119483--34119526	22	2.0	22	82	8	54	20	4	0	75	0.98
34126670--34126723	6	9.0	6	87	0	63	14	7	1	75	1.09
34126670--34126723	18	3.0	18	83	0	72	14	7	1	75	1.09
34138820--34139081	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
34141529--34141582	18	2.9	18	75	5	54	29	5	3	61	1.36
34144659--34144701	16	2.7	16	85	0	59	51	18	20	9	1.74
34144910--34145024	29	4.0	28	86	2	140	26	14	29	28	1.95
34144923--34145033	57	1.9	58	88	1	170	26	14	30	28	1.95
34147988--34148045	30	1.9	30	89	6	91	20	41	25	12	1.87
34150742--34150940	84	2.4	84	78	8	194	32	12	8	47	1.71
34153882--34153941	24	2.4	25	94	2	104	23	20	20	36	1.95
34165475--34165535	23	2.7	22	80	9	70	57	0	0	42	0.98
34165475--34165537	22	2.8	22	72	18	58	57	0	0	42	0.99
34166269--34166314	21	2.2	21	100	0	92	50	15	10	23	1.75
34169583--34169630	17	2.8	17	83	0	60	27	27	18	27	1.98
34181566--34181619	27	2.0	27	96	0	99	25	7	27	38	1.83
34193656--34193725	20	3.2	24	64	35	68	40	5	20	34	1.76
34193647--34193725	40	2.0	40	100	0	158	43	5	20	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34196834--34196870	17	2.2	17	90	0	56	35	10	10	43	1.75
34197887--34197941	27	2.0	27	85	0	74	40	7	14	38	1.74
34198189--34198433	51	4.9	52	82	5	272	26	17	25	30	1.98
34205313--34205430	43	2.8	42	81	7	148	30	16	23	28	1.97
34207110--34207151	20	2.1	20	100	0	84	45	0	26	28	1.54
34215628--34215652	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
34216733--34216771	20	2.0	20	89	0	60	33	0	20	46	1.51
34230550--34230727	90	2.0	90	82	6	218	29	25	17	27	1.98
34234134--34234451	159	2.0	159	100	0	636	37	9	21	31	1.85
34240262--34240360	48	2.1	48	98	0	189	25	20	24	30	1.99
34242621--34242655	13	2.7	13	91	8	54	25	17	28	28	1.97
34253666--34253764	50	2.0	50	97	0	189	24	23	4	48	1.68
34254370--34254434	28	2.3	30	78	10	73	32	3	3	61	1.27
34254564--34254639	31	2.5	31	82	0	89	30	13	9	47	1.73
34255399--34255449	16	2.8	18	80	17	61	37	0	0	62	0.95
34262363--34262419	30	1.9	30	92	0	96	31	12	24	31	1.92
34273858--34273900	22	2.0	22	86	9	61	23	13	27	34	1.93
34292657--34292697	20	2.0	20	95	0	73	14	21	19	43	1.87
34308103--34308142	15	2.7	15	100	0	80	37	40	0	22	1.54
34310549--34310810	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
34314702--34314803	50	2.0	50	100	0	204	35	12	17	34	1.88
34316326--34316513	40	4.7	40	95	0	304	22	26	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34323166--34323220	23	2.4	23	100	0	110	47	10	20	21	1.80
34325032--34325254	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
34325032--34325254	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
34325032--34325287	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
34327807--34328041	118	2.0	118	94	0	416	26	23	18	31	1.98
34329011--34329153	40	3.6	39	86	8	184	24	27	23	24	2.00
34329011--34329161	79	1.9	79	86	8	218	25	26	22	25	2.00
34329011--34329227	39	5.7	40	80	15	221	24	26	22	25	2.00
34329175--34329303	65	2.0	65	100	0	258	28	26	20	24	1.99
34331417--34331614	100	2.0	100	98	0	387	25	26	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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