genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11794348--11794517	94	1.8	93	87	5	254	26	18	29	25	1.98
11797398--11797617	46	4.7	46	79	9	205	28	18	30	23	1.98
11797445--11797617	93	1.8	95	82	11	223	27	18	31	22	1.97
11798170--11798221	24	2.1	25	85	3	70	50	7	21	21	1.73
11804930--11805197	47	5.8	44	73	16	195	29	19	29	21	1.98
11804972--11805196	46	4.8	46	77	11	145	28	20	30	20	1.98
11804930--11805195	140	1.9	141	84	6	362	28	19	30	21	1.98
11814468--11814504	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
11823024--11823131	24	4.6	24	85	6	141	33	3	40	22	1.71
11824561--11824661	27	3.8	26	82	8	105	20	22	18	37	1.94
11824553--11824654	54	1.9	52	84	7	134	20	22	19	37	1.95
11835874--11836044	46	3.7	47	77	13	149	28	18	30	22	1.97
11837165--11837318	77	2.0	77	97	0	290	35	11	21	31	1.88
11838474--11838606	67	2.0	67	98	0	257	24	27	13	34	1.93
11839231--11839408	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
11839252--11839407	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
11839231--11839422	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
11852245--11852365	43	2.9	41	77	9	136	30	11	25	32	1.91
11853981--11854052	20	3.6	20	90	0	108	22	33	26	18	1.96
11867586--11867671	24	3.5	24	71	7	75	29	26	16	27	1.97
11867535--11867670	49	2.8	47	80	10	125	26	29	16	27	1.97
11871860--11871981	43	2.9	42	77	7	147	34	13	22	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11882025--11882227	40	5.1	40	80	10	211	24	28	22	24	1.99
11882046--11882228	79	2.3	81	83	9	225	25	28	22	24	1.99
11884954--11884978	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
11884951--11885019	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
11886819--11886964	37	3.9	37	94	0	229	26	30	18	24	1.98
11887171--11887364	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	34	1.90
11899695--11899745	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
11906199--11906261	27	2.3	27	80	0	72	34	17	20	26	1.95
11906241--11906304	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
11906868--11906932	25	2.6	25	90	0	103	20	23	13	43	1.87
11906890--11906958	6	11.3	6	73	14	61	18	18	14	47	1.82
11908403--11908453	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
11911665--11911743	41	1.9	41	94	0	140	50	3	22	22	1.65
11913011--11913053	18	2.4	18	82	14	54	16	18	6	58	1.60
11916775--11916851	29	2.7	29	85	0	109	27	31	12	28	1.93
11916782--11916874	29	3.2	29	84	1	107	26	29	13	30	1.95
11918702--11918785	24	3.5	24	78	3	89	21	14	21	42	1.88
11935658--11935682	7	3.6	7	100	0	50	12	0	60	28	1.32
11938249--11938338	27	3.3	27	75	9	85	26	23	13	36	1.92
11944966--11945018	27	2.0	27	85	7	72	33	20	24	20	1.97
11945613--11945666	27	2.0	27	85	3	74	33	20	22	24	1.97
11945667--11945757	27	3.4	27	81	0	110	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11946679--11946736	27	2.1	27	80	0	62	32	17	20	29	1.95
11947335--11947375	19	2.3	19	79	8	50	14	4	17	63	1.47
11948986--11949091	23	4.7	21	75	14	95	25	21	17	34	1.96
11949011--11949091	22	3.6	23	81	8	85	27	22	17	33	1.96
11948986--11949091	46	2.3	45	84	9	126	25	21	17	34	1.96
11948986--11949092	24	4.6	24	74	14	91	25	21	17	35	1.95
11950644--11950739	48	2.0	48	95	0	174	20	14	25	39	1.91
11952708--11952745	19	2.0	19	94	0	67	31	23	26	18	1.97
11957200--11957250	26	2.0	26	100	0	102	39	11	11	37	1.79
11960893--11961016	51	2.4	51	93	0	212	29	24	12	33	1.92
11960992--11961030	7	5.6	7	90	0	60	20	30	7	41	1.80
11960992--11961030	14	2.8	14	96	0	69	20	30	7	41	1.80
11960941--11961079	65	2.1	65	89	2	208	28	25	13	31	1.94
11965816--11965858	18	2.4	18	96	0	77	65	6	4	23	1.37
11979885--11980014	44	3.0	42	75	12	111	29	20	23	26	1.99
11986306--11986373	36	1.9	36	84	3	93	39	20	10	29	1.86
11988355--11988529	29	6.0	29	83	2	244	36	12	26	24	1.91
11988355--11988529	87	2.0	87	90	0	278	36	12	26	24	1.91
11994305--11994451	41	3.6	41	83	1	206	20	23	28	27	1.99
12004867--12004892	11	2.4	11	100	0	52	84	7	0	7	0.77
12008559--12008639	29	2.8	27	75	14	81	41	13	11	33	1.80
12029224--12029275	27	1.9	27	96	0	95	5	3	32	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12029224--12029269	15	3.3	15	70	17	53	6	4	30	58	1.43
12044990--12045295	85	3.6	85	99	0	603	36	9	26	26	1.88
12047589--12048277	47	14.6	47	91	2	990	32	8	28	30	1.87
12047589--12048277	96	7.3	96	95	1	1105	32	8	28	30	1.87
12048396--12048497	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
12048687--12049585	450	2.0	450	94	0	1568	29	15	20	35	1.93
12050423--12050470	20	2.4	20	100	0	96	16	35	35	12	1.87
12062897--12063041	42	3.4	43	76	13	131	32	26	18	22	1.97
12062897--12063016	43	2.8	43	82	9	122	31	25	18	25	1.97
12063552--12063605	28	2.0	28	82	10	67	27	27	3	40	1.73
12064940--12064977	16	2.4	17	86	13	62	52	21	21	5	1.66
12064948--12064982	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
12065192--12065306	29	4.0	29	82	6	128	27	16	29	26	1.97
12065205--12065315	57	1.9	58	85	1	152	27	17	29	25	1.97
12088647--12088704	30	1.9	30	85	0	80	12	24	36	27	1.91
12090533--12090593	6	10.7	6	82	7	74	80	0	1	18	0.80
12095796--12096013	40	5.5	40	82	4	246	25	21	29	23	1.99
12125672--12125896	40	5.6	40	87	2	290	33	26	20	19	1.97
12126866--12126957	45	2.0	45	97	0	175	22	17	7	52	1.70
12129869--12130024	43	3.6	42	74	11	120	26	17	23	32	1.96
12129869--12129994	42	3.0	40	72	17	112	23	17	26	32	1.97
12134507--12134874	123	3.0	123	99	0	727	37	14	22	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12135218--12135274	30	1.9	30	85	0	78	42	8	22	26	1.83
12135935--12136186	68	3.8	63	77	9	204	30	15	28	25	1.96
12147305--12147364	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
12156839--12157101	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
12165085--12165229	40	3.6	40	88	2	211	26	27	22	24	1.99
12172795--12172943	40	3.7	40	91	3	246	25	27	22	24	2.00
12172772--12172939	80	2.1	80	89	5	252	25	27	23	23	2.00
12193540--12193763	40	5.6	40	81	8	192	25	27	21	25	1.99
12193540--12193711	79	2.2	80	83	5	215	26	27	20	25	1.99
12205746--12205781	18	2.0	18	100	0	72	38	0	16	44	1.48
12206095--12206215	61	2.0	61	98	0	233	43	4	24	27	1.72
12210840--12210908	30	2.3	30	89	0	111	14	20	36	28	1.92
12219540--12219599	27	2.3	26	85	2	75	33	20	23	23	1.97
12219645--12219695	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
12224932--12224991	28	2.1	28	87	0	84	30	28	10	31	1.89
12224943--12225001	28	2.1	28	87	0	82	28	28	8	33	1.87
12226615--12226696	10	8.0	10	74	5	65	46	20	19	13	1.83
12226623--12226696	31	2.4	31	100	0	148	45	22	17	13	1.83
12229313--12229441	50	2.5	51	87	2	188	34	18	20	26	1.96
12229419--12229565	31	4.7	31	88	3	224	26	19	27	27	1.99
12229641--12229796	42	3.6	42	79	11	129	32	16	23	28	1.96
12229684--12229781	42	2.3	42	89	3	144	31	15	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12229684--12229796	42	2.7	42	83	5	140	30	15	24	28	1.96
12234507--12234635	50	2.5	51	88	5	190	34	17	22	25	1.96
12234613--12234840	31	7.3	31	88	4	318	27	16	28	27	1.97
12234613--12234840	62	3.6	62	91	4	352	27	16	28	27	1.97
12234613--12234840	93	2.4	93	88	4	350	27	16	28	27	1.97
12234940--12235054	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
12236581--12236635	22	2.5	22	82	5	67	5	21	0	72	1.04
12259017--12259489	47	10.1	47	89	0	703	27	31	8	33	1.86
12259017--12259489	141	3.4	141	97	0	892	27	31	8	33	1.86
12260509--12260534	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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