genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73623462--73623646	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
73623463--73623646	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
73623515--73623679	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
73631391--73631575	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
73631392--73631575	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
73631444--73631608	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
73640494--73640751	40	6.5	40	87	4	337	22	22	28	26	1.99
73642252--73642422	93	1.8	93	87	2	254	30	26	19	22	1.98
73642297--73642438	46	3.1	45	73	18	123	30	27	19	23	1.98
73642842--73642901	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
73646420--73646543	42	2.9	41	76	7	122	28	16	22	33	1.95
73646420--73646538	43	2.8	42	76	8	116	28	16	22	31	1.96
73649787--73649917	42	3.2	42	67	14	128	29	23	16	30	1.96
73655334--73655508	46	3.8	46	77	10	185	29	28	20	22	1.98
73658071--73658185	27	4.3	27	78	11	119	37	23	24	14	1.93
73661404--73661626	40	5.6	40	94	1	306	26	26	25	21	1.99
73662800--73662884	43	2.0	43	97	2	163	24	37	9	28	1.86
73666488--73666996	40	12.7	40	90	1	770	24	27	22	24	2.00
73668076--73668172	49	2.0	49	95	0	176	32	16	19	30	1.94
73671139--73671328	40	4.8	40	90	1	265	24	28	22	25	1.99
73673951--73674157	40	5.2	40	88	2	272	29	27	19	23	1.98
73681483--73681740	40	6.5	40	88	2	342	26	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73697118--73697620	249	2.0	250	85	2	681	34	14	20	30	1.93
73700815--73700971	43	3.7	42	79	11	167	21	18	26	33	1.96
73704060--73705980	960	2.0	960	95	0	3441	30	14	20	33	1.93
73712003--73712120	59	2.0	59	98	0	227	33	14	25	27	1.94
73714109--73714255	74	2.0	74	95	0	267	38	13	17	30	1.89
73718956--73719790	49	17.0	49	100	0	1670	32	16	26	24	1.96
73720507--73720561	26	2.1	26	100	0	110	25	23	10	40	1.87
73722105--73722213	43	2.6	42	79	5	121	29	25	18	26	1.98
73728151--73728201	24	2.1	24	85	0	66	56	19	15	7	1.63
73728427--73728496	29	2.4	29	88	2	97	27	17	28	27	1.97
73731356--73731679	50	6.4	50	77	2	290	25	17	25	31	1.97
73731358--73731679	151	2.1	152	87	1	459	26	17	25	31	1.97
73731662--73731698	19	1.9	19	100	0	74	21	18	27	32	1.97
73731613--73731748	69	2.0	69	88	0	200	25	19	26	28	1.98
73731964--73731995	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
73738466--73738803	50	6.7	50	81	2	338	26	16	26	30	1.96
73739003--73739034	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
73745095--73745119	10	2.5	10	100	0	50	60	0	20	20	1.37
73746016--73746063	22	2.2	22	92	0	78	20	8	14	56	1.64
73747681--73747848	48	3.5	48	78	4	151	30	19	23	27	1.98
73756724--73756795	37	1.9	37	97	0	135	26	31	9	31	1.89
73761018--73761321	48	6.5	47	87	8	417	32	8	28	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73761016--73761321	96	3.2	96	91	2	489	32	8	28	30	1.87
73761498--73761593	37	2.6	37	89	0	147	25	16	30	28	1.97
73765322--73765685	49	7.7	47	76	10	214	27	18	28	25	1.98
73765316--73765583	92	2.9	92	80	8	278	26	19	28	25	1.99
73768996--73769092	49	2.0	49	91	0	158	27	28	13	29	1.94
73769948--73770169	39	5.7	40	84	9	248	23	27	22	25	2.00
73794239--73794398	42	3.8	41	79	8	169	30	23	13	33	1.93
73798352--73798488	46	3.0	46	92	2	222	24	31	10	33	1.89
73798508--73798580	22	3.2	22	65	30	53	24	28	12	34	1.92
73798462--73798981	47	11.1	47	96	0	880	26	29	11	32	1.92
73807866--73807991	28	4.5	28	92	1	191	33	29	11	26	1.91
73810094--73810496	46	8.5	47	72	9	181	26	18	29	25	1.98
73810273--73810505	48	4.8	48	74	8	177	25	17	31	25	1.97
73811670--73811709	21	2.0	21	85	5	55	7	40	30	22	1.81
73817687--73817738	26	2.0	25	85	14	70	30	26	3	38	1.74
73821838--73821883	16	2.9	16	75	12	58	43	15	23	17	1.87
73824960--73825098	28	4.9	29	83	1	158	25	13	30	30	1.94
73824960--73825098	57	2.5	57	84	3	174	25	13	30	30	1.94
73828614--73829603	47	21.1	47	98	0	1856	32	12	29	25	1.93
73834768--73834869	51	2.0	51	100	0	204	33	17	11	37	1.86
73844520--73844545	9	2.9	9	100	0	52	34	53	0	11	1.37
73862472--73862554	30	2.8	30	98	1	159	26	15	22	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73862526--73862623	39	2.3	43	83	13	125	23	19	26	30	1.98
73869865--73869925	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
73873319--73873431	27	4.2	27	80	9	124	38	22	23	16	1.93
73873319--73873431	54	2.1	54	85	3	147	38	22	23	16	1.93
73881163--73881275	27	4.2	26	81	7	118	39	22	22	15	1.91
73881163--73881275	54	2.1	54	85	6	149	39	22	22	15	1.91
73884097--73884288	40	4.8	40	90	1	235	27	27	20	24	1.99
73886443--73886613	86	2.0	86	96	0	315	26	25	15	32	1.95
73886889--73887274	193	2.0	193	95	1	702	27	23	16	33	1.96
73891823--73892158	41	8.2	41	84	1	397	27	19	22	29	1.98
73891840--73892152	122	2.6	122	85	3	398	27	20	23	28	1.99
73893910--73893951	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
73901508--73901552	22	2.0	22	95	0	81	42	2	17	37	1.62
73904495--73904564	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
73904495--73904592	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
73906276--73906306	15	2.1	15	93	0	53	19	12	3	64	1.41
73909845--73910023	94	1.9	94	83	2	234	27	18	29	25	1.98
73911951--73912126	56	3.1	56	97	0	334	44	9	22	22	1.82
73913295--73913438	40	3.6	40	79	12	145	25	23	27	24	2.00
73913347--73913445	39	2.5	39	86	4	110	25	22	28	24	1.99
73913294--73913444	79	1.9	80	81	6	182	25	23	27	23	2.00
73915648--73915796	74	2.0	74	86	2	210	41	10	12	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73919217--73919323	42	2.5	42	81	3	144	29	19	33	16	1.94
73925215--73925239	13	1.9	13	100	0	50	28	16	48	8	1.74
73936074--73936203	50	2.5	51	87	3	181	30	27	16	24	1.97
73950888--73951399	49	10.7	49	94	2	855	28	30	9	31	1.89
73950888--73951399	192	2.7	192	93	1	893	28	30	9	31	1.89
73957293--73957463	46	3.7	46	82	6	211	27	19	29	23	1.98
73966976--73967103	40	3.2	40	79	10	145	25	22	28	24	2.00
73971809--73972188	189	2.0	189	97	0	715	35	6	16	41	1.75
73976809--73976849	17	2.5	16	85	14	57	17	7	2	73	1.17
73989385--73989452	6	11.3	6	75	12	59	11	1	7	79	0.99
73989388--73989459	31	2.3	30	80	15	76	11	2	6	79	1.03
73989426--73989468	20	2.3	19	84	8	52	18	4	6	69	1.29
74011580--74011696	50	2.5	47	83	10	134	29	18	29	23	1.98
74011621--74011745	50	2.6	47	86	8	155	25	18	31	24	1.98
74011623--74011749	47	2.6	49	86	8	163	25	18	30	24	1.98
74012359--74012384	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
74012936--74012976	22	1.9	21	85	14	57	14	41	24	19	1.89
74012936--74012976	21	1.9	22	85	14	59	14	41	24	19	1.89
74017534--74017558	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
74027067--74027382	39	8.1	39	100	0	632	23	31	25	20	1.98
74033331--74033604	49	5.6	49	83	3	297	24	25	19	31	1.98
74033577--74033742	46	3.7	45	83	8	203	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74033577--74033690	43	2.6	44	92	5	194	22	30	18	28	1.97
74036300--74036348	23	2.1	23	88	0	71	30	18	30	20	1.96
74038391--74038460	30	2.3	30	97	0	131	20	38	0	41	1.52
74040098--74040140	22	2.0	22	86	9	61	55	18	0	25	1.42
74041575--74041606	11	2.9	11	95	0	55	9	6	3	81	0.97
74059449--74059550	40	2.6	40	87	7	138	25	27	22	24	2.00
74063030--74063153	49	2.5	49	97	0	230	24	18	29	28	1.98
74065563--74065734	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
74065556--74065731	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
74073130--74073396	46	5.8	46	96	0	471	30	29	19	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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