genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18183951--18184169	112	2.0	110	96	1	402	33	21	17	28	1.96
18186070--18186119	25	2.0	25	92	3	84	20	26	28	26	1.99
18186030--18186158	64	2.0	64	88	5	190	24	26	24	24	2.00
18186095--18186187	39	2.4	39	100	0	186	25	26	23	23	2.00
18187325--18187449	53	2.4	52	90	2	187	17	21	8	52	1.72
18188815--18188861	26	1.9	24	83	12	60	74	2	12	10	1.16
18188986--18189059	31	2.5	28	78	10	76	45	14	13	25	1.82
18192843--18192903	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
18198337--18198544	67	3.2	64	78	8	213	31	16	29	22	1.96
18202574--18202734	39	4.1	39	81	7	138	31	31	19	17	1.95
18202592--18202734	39	3.6	39	84	4	173	31	29	20	18	1.96
18207408--18207465	30	1.9	30	82	6	73	13	25	37	22	1.91
18210820--18210907	32	2.8	32	78	11	87	67	3	5	23	1.28
18210820--18210878	3	19.3	3	79	10	66	66	3	3	27	1.24
18211903--18211941	18	2.2	18	86	9	53	71	2	2	23	1.10
18220107--18220174	30	2.3	30	100	0	136	54	20	0	25	1.45
18220760--18220845	43	2.0	43	83	0	109	25	24	20	29	1.99
18220875--18220997	40	3.1	40	84	4	158	34	21	16	27	1.94
18223628--18223677	20	2.5	20	81	9	59	74	2	16	8	1.15
18223628--18223682	19	2.8	20	78	13	60	72	1	18	7	1.16
18229335--18229940	303	2.0	303	100	0	1212	33	17	15	33	1.91
18235699--18235758	31	2.0	30	90	3	93	36	3	10	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18237600--18237642	22	2.0	22	100	0	86	32	13	23	30	1.93
18240829--18240881	20	2.5	22	84	6	74	24	16	18	39	1.91
18241630--18241661	10	3.2	10	90	0	55	53	21	0	25	1.46
18246085--18246135	26	1.9	27	84	4	68	45	0	3	50	1.20
18246319--18246353	17	2.1	17	88	0	52	51	11	8	28	1.67
18248499--18248561	31	2.0	31	82	17	78	22	17	7	52	1.70
18251943--18252098	76	2.1	76	100	0	312	8	15	19	56	1.65
18253942--18254225	144	2.0	143	100	0	559	26	29	11	32	1.91
18254573--18254617	23	2.0	23	82	8	56	15	37	2	44	1.59
18262892--18262950	24	2.4	25	77	11	68	20	23	16	38	1.92
18264004--18264033	12	2.5	12	94	0	51	26	10	43	20	1.83
18272109--18272487	189	2.0	188	97	0	722	27	22	15	33	1.95
18281290--18281319	12	2.5	12	94	0	51	23	33	30	13	1.93
18288867--18289044	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18288888--18289043	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18296932--18297109	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18296953--18297108	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18299646--18299715	35	2.0	36	82	2	88	44	18	11	25	1.83
18299774--18299881	35	3.1	35	81	10	139	43	18	8	29	1.79
18308785--18308915	39	3.3	39	82	1	163	32	19	25	22	1.98
18308787--18308941	78	2.0	77	81	3	177	31	20	25	22	1.98
18315889--18315990	39	2.6	39	79	0	123	32	17	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18320015--18320106	42	2.2	43	86	5	125	27	21	19	31	1.97
18326240--18326287	23	2.1	23	96	0	87	37	25	4	33	1.75
18340837--18341106	134	2.0	134	100	0	540	37	12	20	30	1.89
18375085--18375122	19	2.0	19	85	10	51	7	28	13	50	1.69
18386239--18386369	27	4.7	27	74	12	95	32	7	18	41	1.78
18386239--18386395	54	2.8	55	79	7	158	31	8	18	41	1.81
18386297--18386369	27	2.7	27	84	0	101	28	4	21	45	1.70
18386427--18386518	27	3.4	27	80	5	114	40	8	23	27	1.84
18388130--18388352	94	2.4	92	84	9	265	26	17	29	26	1.97
18409886--18410056	93	1.8	93	92	0	288	28	30	20	19	1.97
18409877--18410052	46	3.8	46	78	10	187	30	30	19	19	1.97
18412453--18412530	15	5.2	15	71	9	52	55	14	17	12	1.70
18414600--18414991	40	9.8	40	86	2	529	24	20	29	25	1.99
18414604--18414992	120	3.2	120	97	0	715	24	20	29	25	1.99
18421669--18421696	13	2.2	13	100	0	56	17	28	32	21	1.96
18430841--18432125	100	12.9	100	95	2	2176	36	6	25	31	1.82
18457646--18457723	29	2.7	29	91	0	120	16	20	23	39	1.92
18458796--18458931	68	2.0	68	98	0	263	34	33	11	20	1.88
18463669--18463797	64	2.0	64	98	0	249	46	9	4	39	1.57
18467655--18467708	25	2.3	23	76	14	56	22	14	18	44	1.86
18467681--18467733	28	2.0	26	81	7	61	22	13	18	45	1.84
18471716--18471812	40	2.4	41	84	6	128	27	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18475464--18475529	32	2.1	32	88	0	96	18	3	12	66	1.36
18477080--18477122	19	2.3	19	91	0	68	18	32	20	27	1.96
18505088--18505214	47	2.7	47	87	4	166	25	29	19	25	1.99
18509587--18509630	22	2.0	22	82	8	54	38	2	2	56	1.24
18512611--18512641	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
18514481--18514893	195	2.1	195	94	0	727	26	32	21	18	1.97
18518208--18518425	46	4.7	45	78	12	185	23	29	19	27	1.98
18518205--18518424	94	2.4	90	82	10	259	23	30	20	26	1.98
18522214--18522256	20	2.2	20	100	0	86	51	16	9	23	1.73
18533640--18533858	46	4.8	44	77	10	190	23	29	19	27	1.98
18537022--18537082	13	4.4	14	76	15	56	37	18	6	37	1.76
18537145--18537219	25	3.0	25	84	2	96	33	16	21	29	1.95
18541744--18541883	27	5.2	27	86	0	199	36	14	21	27	1.92
18541863--18541904	19	2.2	19	100	0	84	26	23	23	26	2.00
18541836--18541931	46	2.1	46	86	0	129	30	19	23	26	1.98
18543648--18543879	40	5.8	40	87	2	331	25	29	20	24	1.99
18543619--18543878	120	2.2	120	92	0	441	26	28	20	24	1.99
18551585--18551638	22	2.5	22	76	11	65	18	24	22	35	1.96
18551905--18552004	6	16.3	6	72	15	71	18	16	14	52	1.76
18551905--18551995	37	2.5	37	88	0	128	17	16	13	52	1.74
18551908--18551975	19	3.7	18	78	11	66	17	17	14	50	1.79
18553988--18554104	27	4.3	27	80	2	119	35	16	20	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18554636--18554691	22	2.5	22	75	11	60	17	23	23	35	1.95
18554918--18555056	6	23.0	6	66	17	65	20	17	13	48	1.80
18554921--18555009	25	3.6	25	83	6	108	20	19	13	47	1.82
18557058--18557164	27	4.0	27	68	4	63	36	22	7	33	1.82
18557146--18557287	27	5.3	27	78	6	135	33	16	21	28	1.96
18557146--18557288	54	2.6	54	80	2	162	33	16	21	27	1.95
18557429--18557459	16	1.9	16	93	0	53	29	22	12	35	1.91
18557812--18557915	6	16.8	6	71	16	70	19	21	13	46	1.84
18557815--18557879	25	2.6	25	85	0	85	20	20	13	46	1.84
18557834--18557927	37	2.5	37	84	0	125	20	21	11	46	1.82
18559916--18560081	27	6.1	27	86	0	197	35	17	21	25	1.95
18559919--18560080	54	3.0	54	88	3	220	35	17	22	24	1.95
18560598--18560661	22	2.9	22	75	9	67	15	25	25	34	1.95
18560881--18560993	6	18.3	6	67	18	63	20	17	13	48	1.80
18560884--18560972	25	3.6	25	83	6	108	20	19	13	47	1.82
18562075--18562150	38	2.0	38	97	0	143	28	13	27	30	1.94
18563006--18563066	27	2.3	27	82	0	77	39	24	6	29	1.80
18563070--18563256	27	6.9	27	81	3	180	34	17	20	27	1.95
18563070--18563240	81	2.1	80	81	5	202	33	18	20	26	1.96
18563070--18563257	54	3.5	54	81	5	202	34	18	20	27	1.96
18563771--18563826	22	2.5	22	75	11	60	19	25	19	35	1.95
18564125--18564169	13	3.5	13	77	17	58	20	24	13	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18564091--18564181	25	3.7	25	80	1	103	21	19	10	47	1.80
18567803--18567859	5	11.4	5	100	0	114	40	19	0	40	1.51
18572183--18572284	27	3.8	26	79	7	96	19	23	19	37	1.94
18572183--18572291	54	2.0	54	83	3	139	18	22	21	37	1.94
18576954--18577009	27	2.1	27	89	0	85	33	16	30	19	1.94
18580049--18580159	27	4.1	26	84	7	132	16	23	24	36	1.94
18580049--18580159	54	2.1	54	87	3	161	16	23	24	36	1.94
18581838--18581966	67	1.9	66	85	4	179	32	17	29	20	1.95
18586081--18586145	28	2.3	28	86	0	94	38	10	21	29	1.87
18586218--18586401	39	4.7	39	91	2	262	17	21	29	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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