genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21948418--21948482	25	2.8	22	73	13	58	29	3	4	63	1.30
21950287--21950351	25	2.8	22	73	13	58	63	4	3	29	1.30
21954457--21954488	6	5.3	6	100	0	64	50	15	0	34	1.45
21959269--21959375	53	2.0	53	98	0	205	28	13	30	27	1.94
21960551--21960664	59	1.9	59	94	3	203	11	37	37	13	1.80
21961024--21961068	17	2.5	19	79	20	60	4	0	33	62	1.15
21961030--21961073	17	2.6	17	92	3	72	4	0	38	56	1.20
21961036--21961074	18	2.2	17	90	4	60	5	0	46	48	1.24
21961846--21962063	78	2.8	78	83	6	246	34	19	16	29	1.94
21962067--21962209	74	1.9	75	89	2	225	27	23	18	30	1.97
21961903--21962468	166	3.4	167	90	1	857	30	20	19	28	1.97
21962144--21962318	92	1.9	89	85	4	235	32	20	20	28	1.97
21962233--21962375	74	1.9	75	88	2	216	26	22	20	30	1.98
21962541--21962800	62	4.1	62	82	6	333	28	25	16	29	1.97
21962390--21963019	130	4.6	134	82	9	632	30	22	17	29	1.97
21962733--21963035	77	4.1	75	85	7	404	33	21	17	27	1.95
21963087--21963222	71	1.9	71	93	0	236	29	18	17	34	1.94
21963181--21963347	88	1.9	86	85	7	228	41	16	13	28	1.86
21963342--21963656	77	4.2	74	83	8	354	33	20	17	29	1.95
21963381--21963743	77	4.7	77	79	13	410	34	19	15	30	1.93
21963079--21963899	416	2.0	407	83	6	1037	35	19	16	29	1.93
21963574--21963743	88	2.0	85	86	6	234	38	17	14	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21963574--21963757	86	2.1	84	84	7	228	40	15	14	29	1.87
21963727--21963772	13	3.5	13	82	5	65	67	2	10	19	1.31
21963751--21963918	73	2.3	74	87	1	239	33	20	17	27	1.96
21971383--21971480	49	2.0	49	97	0	187	25	29	16	28	1.97
21973472--21973722	119	2.1	117	95	1	457	33	14	22	29	1.94
21977586--21977621	17	2.0	19	89	10	58	22	0	11	66	1.22
21978112--21978321	102	2.1	102	98	0	404	40	1	5	51	1.36
21978631--21978668	19	2.0	20	89	5	60	47	0	0	52	1.00
21978650--21978693	23	1.9	23	85	0	61	54	0	2	43	1.12
21998478--21998609	40	3.3	40	86	2	176	26	28	21	23	1.99
21998594--21998671	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
22000257--22000299	22	2.0	21	86	4	59	25	27	2	44	1.66
22001371--22001497	66	1.9	67	90	4	204	45	6	26	21	1.75
22015892--22016114	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
22016046--22016123	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
22018922--22018984	27	2.3	27	97	0	117	33	30	25	11	1.90
22018949--22019052	43	2.4	43	86	0	163	32	29	25	11	1.91
22019045--22019177	38	3.5	38	85	4	171	31	27	18	22	1.97
22028129--22028212	27	3.1	27	77	3	80	22	20	17	39	1.92
22028758--22028782	7	3.6	7	100	0	50	16	0	12	72	1.13
22041561--22041614	15	3.4	15	71	14	54	64	14	11	9	1.48
22041557--22041622	33	2.0	33	96	0	123	62	15	13	9	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22042531--22042669	2	73.5	2	67	20	50	38	2	3	56	1.29
22042531--22042698	13	12.8	13	69	20	73	36	2	2	57	1.27
22042568--22042698	16	8.2	16	71	16	94	36	2	1	59	1.19
22042628--22042709	14	5.7	15	70	21	52	36	3	3	56	1.35
22042686--22042807	23	5.4	23	68	18	71	31	4	3	59	1.34
22042685--22042758	24	3.0	24	70	16	62	31	4	5	59	1.38
22042772--22042805	3	11.3	3	87	12	52	32	0	0	67	0.91
22043042--22043086	17	2.4	18	82	17	56	31	6	6	55	1.52
22046567--22046742	46	3.8	46	76	4	183	22	20	28	28	1.98
22049064--22049111	21	2.3	21	92	0	78	27	29	29	14	1.95
22050270--22050322	23	2.3	22	81	15	63	33	11	5	49	1.62
22050508--22050619	55	2.0	55	98	0	215	48	8	1	41	1.45
22055826--22055875	22	2.3	22	86	3	66	12	30	38	20	1.88
22060665--22060708	22	2.0	22	100	0	88	45	27	13	13	1.81
22061257--22061316	30	2.0	29	87	3	84	55	13	5	26	1.59
22070917--22070949	17	1.9	17	93	0	57	15	0	21	63	1.30
22070916--22070954	9	4.4	9	87	6	53	23	0	17	58	1.38
22073396--22073548	55	2.8	56	88	4	238	28	15	24	32	1.96
22073396--22073576	56	3.3	55	82	7	215	27	16	25	31	1.96
22076686--22076748	30	2.1	30	84	0	81	31	7	22	38	1.83
22077067--22077337	46	5.8	47	77	11	231	27	18	29	23	1.98
22081884--22082163	146	1.9	147	90	0	445	28	14	20	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22098883--22098908	13	2.0	13	100	0	52	15	7	0	76	0.99
22099878--22099974	40	2.5	38	72	6	104	17	12	34	36	1.87
22106920--22107067	43	3.5	43	78	5	158	27	19	25	27	1.99
22112856--22112952	30	3.2	30	75	2	106	28	15	26	28	1.96
22115133--22115163	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
22115224--22115273	6	8.2	6	81	16	50	2	20	2	76	0.99
22115213--22115283	37	1.9	37	86	11	101	2	18	2	76	1.04
22115209--22115269	16	3.8	16	77	14	63	3	19	1	75	1.03
22116202--22116246	12	3.8	12	97	2	83	17	6	0	75	1.01
22116209--22116273	25	2.7	24	83	4	76	16	13	0	69	1.20
22117934--22118030	30	3.2	30	75	2	97	29	15	25	28	1.96
22121031--22121163	42	3.1	42	76	5	133	27	17	24	30	1.97
22121041--22121157	43	2.8	42	79	5	128	27	18	25	28	1.98
22127377--22127532	27	5.8	27	89	0	222	30	23	7	38	1.83
22127350--22127532	81	2.3	81	85	1	242	32	22	7	37	1.83
22127350--22127562	54	3.9	54	81	4	198	32	22	7	37	1.83
22127536--22127680	27	5.4	27	85	3	175	39	23	8	28	1.85
22127553--22127787	27	8.7	27	82	5	201	39	21	11	27	1.87
22127526--22127787	81	3.2	81	78	6	228	39	20	11	29	1.87
22127722--22127910	54	3.5	54	89	0	279	37	18	19	25	1.94
22127723--22127893	27	6.3	27	86	2	245	38	19	18	24	1.93
22128114--22128183	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22128112--22128208	25	3.9	24	80	9	97	27	23	22	25	2.00
22128114--22128208	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
22128395--22128456	31	2.0	31	90	6	99	29	16	24	30	1.96
22132978--22133041	32	2.0	32	96	0	119	31	7	21	39	1.82
22136531--22136564	11	3.0	11	91	4	50	2	23	0	73	0.97
22138377--22138517	51	2.8	51	92	2	230	29	27	12	30	1.93
22138541--22138659	52	2.3	52	92	0	202	25	22	15	36	1.94
22138541--22138656	24	4.4	27	80	15	145	25	23	15	36	1.94
22140999--22141314	46	6.7	48	76	10	260	25	17	31	25	1.97
22143276--22143315	21	1.9	21	84	0	53	30	17	10	42	1.82
22147094--22147191	28	3.6	29	73	17	77	66	3	2	28	1.18
22147103--22147264	73	2.2	73	79	9	170	65	4	1	28	1.21
22147240--22147283	21	2.1	21	86	0	61	72	2	2	22	1.07
22147436--22147479	14	3.2	14	77	3	54	36	0	0	63	0.95
22147841--22147909	19	3.7	19	70	16	56	33	0	4	62	1.15
22147932--22147999	8	8.5	8	79	9	50	26	0	0	73	0.83
22147950--22147980	14	2.2	14	100	0	62	38	0	0	61	0.96
22147932--22148012	16	4.9	17	71	10	62	27	0	0	72	0.84
22147932--22148010	9	8.3	9	71	18	54	26	0	0	73	0.84
22147976--22148012	8	4.4	8	93	6	56	18	0	0	81	0.70
22150292--22150368	39	2.0	39	89	0	118	27	28	22	22	1.99
22160161--22160357	59	3.3	59	100	0	394	32	25	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22161629--22161793	84	2.0	85	95	1	296	37	22	5	34	1.77
22165100--22165159	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
22165165--22165196	2	16.0	2	93	0	55	3	0	46	50	1.17
22176938--22176993	21	2.8	21	75	5	62	62	3	3	30	1.29
22181061--22181107	18	2.7	17	87	6	67	23	2	4	70	1.16
22181068--22181106	18	2.2	18	95	0	69	20	2	5	71	1.17
22184844--22184921	39	2.0	39	100	0	156	38	23	10	28	1.87
22193330--22193554	40	5.6	39	82	8	224	24	20	28	27	1.99
22193411--22193573	40	4.1	40	83	7	104	24	20	28	25	1.99
22193891--22194122	62	3.7	62	99	0	455	24	15	9	50	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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