Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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This is table  126  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44165169--44165273
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1.96
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0
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22
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24
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2.0
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86
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2.6
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2.0
64
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18
32
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.97
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2.0
64
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186
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18
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1.89
44201076--44201134
5
12.0
5
75
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20
22
1.91
44201067--44201132
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63
4
0
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4
34
1.32
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38
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1
37
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5
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1.9
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53
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4.8
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24
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2.0
79
98
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118
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2.3
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24
1.49
44213633--44213756
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3.2
37
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15
115
60
9
5
24
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.82
44214272--44214363
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2.4
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139
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10
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1.82
44214272--44214379
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20
103
35
15
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2.0
45
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25
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205
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1.97
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25
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0
66
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44239087--44239131
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1.23
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1.61
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50
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0
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2.8
21
89
0
91
1
50
18
28
1.56
44257274--44257341
9
7.6
9
80
5
57
36
1
13
48
1.51
44257274--44257341
18
3.8
18
80
3
75
36
1
13
48
1.51
44257478--44257532
14
3.8
15
76
23
64
54
0
0
45
0.99
44257480--44257532
29
1.9
26
88
11
79
54
0
0
45
0.99
44257717--44257787
24
3.0
24
87
0
106
45
7
18
29
1.76
44259378--44259429
24
2.2
23
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3
59
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5
11
30
1.61
44260419--44260458
15
2.7
15
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0
53
45
2
25
27
1.66
44261006--44261044
19
2.1
19
95
4
71
56
10
0
33
1.33
44261269--44261322
21
2.6
21
78
0
72
53
35
1
9
1.44
44261614--44261692
21
3.8
20
75
8
68
41
32
0
25
1.56
44261619--44261694
28
2.7
28
74
10
82
43
31
0
25
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44261679--44261752
22
3.4
21
74
5
58
47
24
0
28
1.52
44261751--44261790
15
2.7
15
88
3
55
20
55
2
22
1.56
44261766--44261818
22
2.4
22
81
6
63
30
45
0
24
1.54
44262461--44262570
40
2.8
40
80
8
134
29
25
18
27
1.98
44262628--44262714
40
2.2
39
80
10
95
25
24
20
29
1.99
44262640--44262716
40
2.0
40
84
7
104
24
24
20
29
1.99
44264945--44264994
15
3.3
15
77
5
55
76
6
0
18
0.99
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16
2.3
16
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15
10
0
73
1.09
44265918--44265958
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2.4
18
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19
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17
9
0
73
1.09
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3
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3
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14
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29
8
0
61
1.30
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24
4.4
23
79
17
104
28
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0
61
1.33
44266907--44267010
3
35.0
3
76
9
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28
8
0
61
1.32
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2
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2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
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10
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10
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1
0
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1.05
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13.7
9
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18
62
33
1
0
64
1.03
44271115--44271227
30
3.7
29
77
10
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37
1
0
61
1.07
44271183--44271237
19
2.8
18
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13
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30
1
0
67
1.01
44271548--44271633
33
2.5
34
79
9
102
38
3
3
54
1.34
44279147--44279200
26
2.1
26
96
0
99
44
1
0
53
1.11
44285932--44285979
24
2.0
24
100
0
96
16
20
20
41
1.90
44287303--44287352
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
44288107--44288136
6
5.0
6
100
0
60
16
0
50
33
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
44289036--44289113
39
2.0
39
94
0
138
26
19
2
51
1.60
44290178--44290216
18
2.2
18
85
0
51
56
17
10
15
1.66
44292138--44292171
9
3.6
10
88
11
54
70
0
0
29
0.87
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23
1.9
22
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13
61
46
9
16
27
1.77
44293499--44293541
22
1.9
23
86
13
63
46
9
16
27
1.77
44293875--44293925
3
17.0
3
76
15
52
64
1
0
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1.05
44293875--44293925
15
3.4
15
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1
0
33
1.05
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85
100
0
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15
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1.63
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2.0
22
100
0
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6
4
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32
1.47
44295705--44295884
90
2.0
91
82
3
220
39
17
7
36
1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297