genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82775709--82775866	81	2.0	81	94	0	280	44	13	13	28	1.82
82779500--82779544	21	2.2	21	88	4	65	40	6	11	42	1.67
82779988--82780021	16	2.2	16	89	5	52	26	8	14	50	1.72
82784621--82784798	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82784642--82784797	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
82792705--82792882	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82792726--82792881	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
82800466--82800692	49	4.7	47	86	5	285	32	9	31	26	1.88
82800466--82800692	96	2.4	94	84	5	294	32	9	31	26	1.88
82800811--82800926	37	3.1	37	94	0	196	22	18	32	25	1.97
82802595--82802752	51	3.1	51	91	0	253	31	17	22	28	1.96
82818145--82818424	39	7.2	39	81	5	309	18	30	17	32	1.95
82818145--82818424	78	3.6	77	81	5	341	18	30	17	32	1.95
82820655--82820702	22	2.2	22	85	7	62	37	31	16	14	1.89
82830952--82830977	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
82839583--82839651	31	2.3	31	94	2	122	28	13	11	46	1.78
82840607--82840891	80	3.5	80	81	6	285	39	20	11	28	1.88
82840607--82840890	27	10.6	27	76	6	197	39	20	11	28	1.88
82840818--82841231	27	15.4	27	82	3	460	36	18	19	25	1.94
82840821--82841231	81	5.1	81	88	1	565	36	18	19	25	1.94
82840821--82841213	54	7.3	54	86	1	520	36	19	19	24	1.94
82841516--82841563	20	2.4	20	82	0	69	14	18	29	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82841578--82841638	22	2.8	22	79	0	68	19	26	21	32	1.97
82841796--82841876	27	3.0	26	83	5	99	17	20	23	38	1.93
82841996--82842136	31	4.5	31	86	0	183	20	17	14	48	1.81
82841996--82842145	6	24.3	6	67	17	76	21	16	14	48	1.81
82844352--82844535	40	4.7	40	79	11	177	25	22	26	25	2.00
82844352--82844535	79	2.3	81	81	11	204	25	22	26	25	2.00
82844404--82844558	79	2.0	79	80	10	174	26	21	26	25	2.00
82845926--82846123	47	4.2	47	93	0	324	27	31	9	31	1.88
82859515--82859567	16	3.3	16	97	0	97	37	5	18	37	1.75
82861101--82861343	121	2.0	121	100	0	486	36	18	11	33	1.87
82862932--82863011	27	3.0	27	86	0	115	33	17	21	27	1.96
82862997--82863337	27	12.7	27	78	3	258	39	18	9	32	1.84
82863575--82863695	41	3.0	41	91	0	197	23	21	28	26	1.99
82871629--82871670	12	3.5	12	76	23	52	50	0	30	19	1.48
82874706--82874796	47	1.9	47	90	0	146	26	7	13	52	1.66
82876589--82876628	10	3.9	10	84	15	55	60	0	27	12	1.33
82881132--82881286	43	3.6	43	71	13	131	26	12	28	32	1.93
82882248--82882285	18	2.1	19	85	5	51	7	31	26	34	1.85
82882705--82882746	18	2.4	17	84	11	50	19	2	26	52	1.58
82888797--82888964	43	3.9	44	78	10	145	27	17	23	30	1.97
82895753--82896178	213	2.0	213	100	0	852	37	9	23	29	1.87
82896514--82896590	21	3.5	21	70	16	66	20	14	25	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82899633--82899708	40	1.9	40	91	0	125	26	22	27	23	1.99
82913894--82914086	56	3.4	56	89	1	280	27	12	23	35	1.92
82913900--82914117	112	1.9	112	83	5	280	26	13	25	35	1.92
82923144--82923326	40	4.5	40	76	13	151	24	13	27	34	1.92
82924770--82926292	765	2.0	767	92	1	2570	33	13	20	33	1.91
82936484--82936723	28	8.5	28	91	3	349	34	27	11	26	1.91
82936485--82936695	57	3.7	57	95	1	363	34	26	11	27	1.91
82936484--82936723	57	4.2	57	92	2	351	34	27	11	26	1.91
82948681--82948732	21	2.5	22	71	9	54	59	9	0	30	1.29
82949706--82949736	16	1.9	16	93	0	53	48	6	19	25	1.72
82949905--82949993	26	3.5	24	69	13	61	48	3	1	47	1.26
82950772--82950803	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
82952490--82952519	13	2.4	12	94	5	51	70	0	0	30	0.88
82954441--82954497	30	1.9	30	85	0	78	43	7	22	26	1.78
82958409--82958589	40	4.6	40	91	2	278	22	27	23	26	1.99
82962406--82962447	15	2.8	15	82	13	59	14	11	16	57	1.66
82968403--82968494	26	3.5	26	80	5	114	28	20	9	41	1.84
82971189--82971248	30	2.0	30	90	6	95	38	6	26	28	1.81
82971897--82972191	49	5.9	49	84	2	347	26	18	26	28	1.98
82974620--82974672	22	2.4	22	83	0	79	35	22	13	28	1.92
82975331--82975500	93	1.8	93	97	0	322	39	13	18	28	1.89
82981878--82982039	80	2.0	80	93	0	279	32	25	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82983199--82983230	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
82983572--82983610	20	1.9	21	85	15	55	30	5	2	61	1.31
82986662--82986722	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
82987640--82987762	26	4.7	26	84	3	149	29	22	11	36	1.89
82987640--82987762	51	2.4	52	83	6	151	29	22	11	36	1.89
82994699--82994792	34	2.8	34	85	3	127	25	24	24	25	2.00
82995139--82995209	27	2.6	27	88	2	97	35	18	12	33	1.89
82995200--82995304	27	4.0	27	85	2	142	17	16	23	42	1.88
82997511--82997557	6	7.8	6	86	9	69	53	0	29	17	1.44
82997513--82997558	24	1.9	24	95	0	83	52	0	30	17	1.45
83003898--83003945	15	3.1	16	80	14	55	31	20	2	45	1.63
83004428--83004505	26	2.9	27	79	5	79	39	19	23	17	1.92
83004386--83004521	26	5.4	25	71	15	75	34	20	26	18	1.96
83005516--83005794	95	2.9	95	88	0	398	35	20	18	26	1.95
83007170--83007430	47	5.6	46	76	14	216	21	31	20	26	1.98
83007167--83007430	94	2.8	92	76	12	279	21	31	20	26	1.98
83014794--83014938	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
83024107--83024284	47	3.8	47	81	5	191	21	19	27	32	1.97
83024156--83024284	46	2.8	46	85	3	170	20	20	26	32	1.97
83035528--83035744	122	1.8	119	80	11	264	47	22	5	24	1.71
83047367--83047450	29	2.9	29	82	8	100	35	3	10	50	1.55
83056077--83056152	34	2.2	34	92	0	125	51	6	15	26	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83056089--83056141	17	3.1	17	68	10	54	45	9	18	26	1.80
83056089--83056156	34	2.0	34	100	0	136	47	8	17	26	1.77
83057118--83057182	30	2.2	30	86	2	96	61	12	1	24	1.39
83059797--83059965	43	4.0	41	77	12	146	24	16	24	33	1.96
83077326--83077463	42	3.2	42	79	9	143	23	13	24	39	1.90
83077384--83077486	42	2.4	42	81	1	116	26	16	23	33	1.95
83077322--83077494	43	4.0	43	76	5	152	24	15	24	35	1.94
83089059--83089100	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
83093144--83093591	54	8.3	54	74	8	286	29	20	13	37	1.90
83093111--83093570	108	4.2	108	78	5	367	28	20	13	37	1.90
83093200--83093566	162	2.3	163	79	7	363	29	20	13	37	1.90
83094704--83094774	26	2.7	27	80	8	92	40	8	0	50	1.33
83108236--83108274	21	1.9	20	89	5	60	17	30	41	10	1.83
83109518--83109755	48	4.9	48	76	4	253	28	26	15	28	1.96
83109476--83109755	98	2.9	97	82	3	332	27	26	16	29	1.97
83119440--83119502	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
83130285--83130370	31	2.8	29	84	7	91	40	3	8	47	1.50
83132210--83132268	29	2.0	29	100	0	118	32	16	13	37	1.88
83140497--83140753	40	6.5	40	92	2	396	22	23	28	25	1.99
83142622--83142657	19	2.0	18	89	10	56	30	19	33	16	1.94
83151422--83151526	27	3.9	27	87	7	142	33	21	25	19	1.97
83152871--83152954	26	3.2	26	94	0	150	35	25	5	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83153821--83153864	22	2.0	22	86	8	63	20	4	4	70	1.23
83155346--83155420	39	1.9	39	97	0	141	42	26	16	14	1.86
83158500--83158524	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
83168478--83168558	41	2.0	42	82	7	103	20	29	19	29	1.97
83177470--83177547	40	1.9	41	84	2	104	26	28	19	25	1.99
83177535--83177661	43	3.0	43	79	2	132	22	29	21	26	1.99
83177589--83177702	43	2.6	46	79	8	114	25	26	22	25	2.00
83210238--83210414	40	4.4	40	83	6	218	23	22	27	26	2.00
83210238--83210414	80	2.2	81	86	6	247	23	22	27	26	2.00
83210641--83210682	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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