genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17074260--17074302	23	1.9	22	85	4	59	23	2	25	48	1.62
17076183--17076242	31	1.9	31	89	0	93	45	20	15	20	1.86
17083478--17083567	28	3.2	28	93	0	144	22	14	38	24	1.91
17085306--17085423	29	4.2	28	73	15	100	26	31	13	28	1.94
17085308--17085419	57	2.0	57	82	3	136	25	32	14	28	1.94
17085634--17085684	8	6.5	8	80	10	52	5	19	21	52	1.66
17086909--17086939	16	1.9	16	93	0	53	12	3	29	54	1.53
17087219--17087693	27	17.7	27	83	3	444	38	20	10	30	1.86
17087232--17087667	81	5.4	81	82	7	489	38	20	10	30	1.86
17087219--17087613	134	2.9	134	84	4	517	38	21	9	30	1.85
17087605--17087707	54	1.9	54	84	4	136	37	17	15	29	1.91
17090058--17090174	29	4.1	29	93	2	184	25	15	31	27	1.96
17090058--17090174	57	2.1	57	90	3	182	25	15	31	27	1.96
17091366--17091399	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
17094663--17094751	28	3.1	28	85	3	97	25	14	31	28	1.95
17095937--17095970	18	1.9	18	94	5	61	44	11	17	26	1.83
17096542--17096698	43	3.7	43	73	9	142	24	17	26	32	1.96
17097458--17097500	23	1.9	22	85	4	59	23	0	25	51	1.49
17102333--17102542	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
17102280--17102542	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
17102281--17102577	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
17112262--17112317	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17112792--17114058	326	3.9	326	94	1	2096	40	12	11	35	1.79
17112792--17114058	653	1.9	650	91	1	2092	40	12	11	35	1.79
17114680--17114717	20	2.0	20	89	5	60	55	10	10	23	1.65
17117102--17117194	42	2.2	44	88	5	145	18	21	18	41	1.90
17135554--17135737	54	3.4	54	71	1	134	39	19	20	20	1.92
17135586--17135766	54	3.3	54	68	3	157	40	17	20	21	1.91
17140248--17140803	278	2.0	278	100	0	1112	34	11	21	33	1.89
17164027--17164115	30	3.0	30	80	8	101	57	16	15	10	1.65
17164027--17164106	15	5.4	15	80	7	92	58	15	16	10	1.62
17167049--17167220	93	1.8	93	90	2	274	28	29	19	22	1.98
17167042--17167217	46	3.8	46	75	14	173	29	29	19	21	1.98
17172983--17173041	27	2.2	26	85	5	82	38	20	13	27	1.90
17172991--17173048	27	2.1	27	96	0	107	36	18	13	31	1.90
17174696--17174837	27	5.3	27	78	3	124	29	11	21	36	1.90
17183093--17183336	43	5.7	44	78	12	251	31	25	18	25	1.97
17183093--17183337	85	2.9	84	88	4	366	31	24	18	24	1.97
17190911--17190980	35	2.0	35	97	0	131	24	20	20	35	1.96
17191344--17191440	48	2.0	48	100	0	194	28	21	14	35	1.93
17192649--17192820	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
17192651--17192873	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
17192649--17192873	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
17192805--17192882	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17202343--17202469	61	2.1	61	94	2	220	36	8	20	34	1.83
17202913--17202997	27	3.1	27	85	6	100	43	9	20	27	1.82
17203022--17203187	79	2.1	79	92	1	271	28	23	23	24	1.99
17204933--17205292	27	13.4	27	84	4	426	43	18	19	18	1.89
17205464--17205515	26	2.0	26	88	0	77	11	21	26	40	1.87
17215868--17216173	76	4.0	76	98	0	578	40	8	27	22	1.84
17233578--17233635	28	2.0	29	80	9	66	18	6	18	55	1.65
17233578--17233639	29	2.1	29	82	11	74	19	6	19	54	1.65
17237398--17237426	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
17250830--17250867	19	2.0	19	94	0	67	26	7	26	39	1.83
17253691--17253836	40	3.6	41	81	9	176	25	28	22	23	2.00
17256638--17256691	28	1.9	28	88	0	81	18	24	11	46	1.81
17272639--17272686	20	2.5	19	83	9	71	4	37	10	47	1.57
17272797--17272908	56	2.0	56	96	0	206	23	51	17	7	1.70
17273030--17273067	19	2.0	19	85	10	51	28	2	2	65	1.19
17275083--17275179	28	3.5	27	84	10	108	28	27	12	30	1.93
17276825--17276907	35	2.4	35	85	4	96	28	15	15	39	1.88
17279079--17279143	10	6.5	10	71	11	53	60	3	0	36	1.13
17279106--17279151	22	2.1	22	84	8	58	65	2	0	32	1.05
17289234--17289275	19	2.2	19	100	0	84	35	0	9	54	1.33
17289553--17289916	64	5.7	64	100	0	728	34	25	11	28	1.91
17291649--17291692	11	3.8	12	79	11	56	45	15	9	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17291647--17291692	22	2.0	23	91	4	76	45	15	10	28	1.79
17297438--17297476	19	2.1	19	100	0	78	35	10	20	33	1.86
17308580--17308671	22	4.2	22	87	0	130	38	21	13	27	1.90
17312212--17312275	34	1.9	33	84	9	85	48	7	31	12	1.69
17335978--17336055	41	1.9	40	82	10	88	19	28	6	44	1.75
17342047--17342085	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
17349369--17349751	40	9.6	40	90	5	539	25	21	27	25	1.99
17350547--17350630	42	2.0	42	97	0	159	42	13	14	29	1.83
17352818--17352856	20	2.0	20	84	0	51	74	7	0	17	1.05
17352876--17352952	9	8.6	9	82	0	91	25	9	22	42	1.82
17354392--17354443	26	2.0	25	82	10	61	34	0	11	53	1.37
17358808--17359203	48	8.2	48	90	3	598	36	5	25	32	1.79
17358797--17359194	98	4.1	98	91	3	626	36	5	24	33	1.78
17358808--17359218	146	2.8	144	87	6	610	35	5	26	33	1.78
17384234--17384352	6	19.3	6	69	17	66	47	13	18	20	1.81
17384255--17384324	25	2.8	25	88	0	104	45	12	21	20	1.84
17384255--17384352	31	3.4	30	73	16	98	46	13	19	20	1.83
17384255--17384352	25	3.7	25	72	15	88	46	13	19	20	1.83
17384854--17385318	27	17.2	27	86	1	538	41	6	21	30	1.79
17385297--17385440	27	5.4	25	74	12	92	28	9	21	40	1.85
17385187--17385461	54	5.1	54	77	9	175	33	9	22	34	1.87
17384854--17385372	81	6.4	81	83	1	457	39	7	21	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17389015--17389079	27	2.4	27	75	10	69	33	15	24	26	1.95
17389235--17389354	27	4.4	27	85	4	161	22	22	20	34	1.97
17389238--17389370	27	4.9	27	82	3	97	24	21	21	33	1.97
17389236--17389376	54	2.6	54	75	8	142	23	21	20	34	1.97
17392259--17392424	40	4.2	40	84	2	210	28	27	20	23	1.99
17420836--17420899	33	1.9	33	87	6	94	46	9	26	17	1.78
17422420--17422627	53	3.9	53	75	6	186	20	23	18	37	1.94
17434720--17434890	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
17434715--17434887	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
17435310--17435369	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
17438830--17438965	57	2.4	56	81	2	173	33	16	17	33	1.92
17446020--17446115	25	3.8	25	78	8	106	31	19	23	25	1.98
17446020--17446126	50	2.1	51	81	10	123	31	19	23	25	1.98
17446020--17446126	25	4.3	25	77	9	103	31	19	23	25	1.98
17446466--17446507	17	2.4	18	84	4	59	52	7	0	40	1.29
17455325--17455386	32	1.9	32	93	0	106	50	9	27	12	1.72
17460488--17460522	18	1.9	18	100	0	70	22	34	22	20	1.97
17467552--17467604	26	2.0	26	85	0	70	37	11	5	45	1.64
17468391--17468440	10	4.8	10	80	9	55	28	0	12	60	1.32
17480699--17480854	45	3.7	43	76	13	153	23	17	28	30	1.97
17486338--17486407	33	2.1	33	81	5	79	25	22	25	25	2.00
17489533--17489622	39	2.3	39	90	0	135	26	24	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17497285--17497395	39	2.8	39	84	2	143	25	22	28	23	1.99
17501929--17501953	13	1.9	13	100	0	50	16	12	24	48	1.79
17505042--17505134	39	2.4	39	90	0	141	24	23	29	22	1.99
17505735--17505772	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
17513785--17513817	13	2.5	13	95	0	57	12	30	18	39	1.87
17515155--17515230	12	6.4	12	82	14	104	25	9	7	57	1.56
17515155--17515230	35	2.1	35	90	7	118	25	9	7	57	1.56
17518537--17518798	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
17527513--17527776	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
17527513--17527809	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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