genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62885925--62885956	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
62901865--62901970	44	2.5	40	83	13	115	36	21	14	27	1.92
62913738--62913826	34	2.6	35	82	10	89	28	21	23	26	1.99
62928153--62928212	19	3.1	19	74	13	59	56	28	0	15	1.39
62934312--62934350	21	1.9	20	85	15	53	51	2	10	35	1.50
62956575--62956671	44	2.2	44	79	15	105	23	17	23	35	1.96
62956574--62956718	43	3.4	41	76	14	116	23	16	24	35	1.95
62958772--62959200	43	10.0	43	77	11	416	22	17	29	30	1.97
62958783--62959200	86	4.9	86	79	9	467	22	18	29	29	1.97
62958786--62959200	129	3.2	129	100	0	830	22	18	29	29	1.97
62968034--62968183	43	3.5	43	80	5	153	30	13	21	34	1.92
62974204--62974237	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
62974206--62974246	17	2.4	17	87	0	55	56	0	12	31	1.36
62978417--62978468	26	2.0	26	92	0	86	36	21	21	21	1.95
62985248--62985510	69	3.8	69	97	0	490	33	13	15	37	1.87
62986297--62986685	40	9.8	39	84	5	487	22	22	28	26	1.99
62986277--62986706	79	5.4	80	81	7	486	21	22	28	27	1.99
62986304--62986706	119	3.4	119	95	0	700	21	22	28	27	1.99
62986677--62986753	39	2.0	39	92	0	127	20	19	25	33	1.96
62986275--62986756	40	12.2	39	84	3	144	21	22	27	28	1.99
62989980--62990125	40	3.7	39	78	10	136	23	21	28	26	1.99
62991284--62991635	195	1.8	195	92	0	605	37	14	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62998049--62998258	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
62997996--62998258	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
62997997--62998293	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
63001209--63001331	47	2.6	46	82	3	138	34	26	16	22	1.95
63004880--63005163	40	7.2	40	90	4	373	24	20	27	27	1.99
63005233--63005366	67	2.0	67	88	0	196	29	13	15	41	1.86
63008236--63008635	200	2.0	200	95	0	710	30	22	18	29	1.97
63009541--63009765	40	5.7	40	83	6	242	25	27	21	25	1.99
63009697--63009774	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
63010124--63010344	110	2.0	110	99	0	433	33	23	11	32	1.90
63017594--63017778	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
63017561--63017778	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
63028615--63029040	213	2.0	213	100	0	852	44	20	8	27	1.80
63041992--63042038	6	7.8	6	95	0	85	53	0	46	0	1.00
63041991--63042038	24	2.0	24	100	0	96	54	0	45	0	0.99
63042996--63043024	14	2.1	14	100	0	58	34	0	6	58	1.25
63044044--63044105	32	2.0	33	84	9	85	48	1	1	48	1.21
63045132--63045192	30	2.1	29	82	14	72	24	4	0	70	1.07
63045175--63045213	19	2.0	19	85	5	51	23	10	5	61	1.48
63046248--63046276	12	2.5	12	94	5	51	58	24	6	10	1.55
63049610--63049670	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
63052972--63053145	46	3.8	46	98	0	330	21	21	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63054527--63054632	44	2.5	43	77	13	112	33	25	18	21	1.96
63078509--63078885	28	13.5	28	94	0	587	32	29	14	24	1.94
63081125--63081173	20	2.5	19	76	3	53	42	8	8	40	1.64
63081443--63081486	21	2.1	21	91	0	70	18	13	29	38	1.89
63087839--63087931	40	2.3	40	85	3	125	35	22	21	20	1.96
63088671--63088722	15	3.5	15	81	2	61	26	0	32	40	1.57
63088731--63088831	7	13.4	7	72	13	76	23	0	40	35	1.55
63088731--63088831	15	6.7	15	75	10	82	23	0	40	35	1.55
63088734--63088793	22	2.6	22	89	5	84	23	0	36	40	1.55
63088728--63088865	38	3.7	37	83	4	152	23	0	39	36	1.60
63088755--63088831	30	2.6	30	80	12	95	24	0	41	33	1.55
63088910--63088962	28	1.9	27	88	3	79	20	1	41	35	1.64
63088905--63088971	14	4.7	14	72	9	55	19	1	38	40	1.61
63089064--63089097	7	4.7	7	85	7	50	14	0	52	32	1.42
63089062--63089090	15	1.9	15	100	0	58	20	0	48	31	1.50
63089142--63089258	51	2.3	51	85	7	164	43	7	3	45	1.49
63089212--63089258	16	2.9	16	78	12	51	40	10	0	48	1.38
63089145--63089260	26	4.5	26	89	4	146	43	7	2	46	1.46
63091506--63091611	42	2.5	42	81	3	122	36	26	20	16	1.93
63091506--63091590	21	4.0	21	89	0	116	34	27	23	15	1.95
63091984--63092041	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
63095487--63095624	67	2.1	67	95	0	249	39	21	16	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63096230--63096276	24	2.0	24	86	0	67	31	19	6	42	1.76
63096490--63096566	14	5.6	14	72	17	63	44	0	1	54	1.08
63096490--63096544	24	2.3	24	81	6	67	43	0	1	54	1.10
63096511--63096576	29	2.3	29	89	5	98	42	0	0	57	0.98
63096497--63096566	29	2.6	26	82	13	72	45	0	1	52	1.09
63096490--63096549	20	3.0	20	70	4	59	41	0	1	56	1.09
63096513--63096572	16	4.0	15	76	22	63	45	0	0	55	0.99
63096848--63096959	9	12.4	9	90	0	152	44	26	0	27	1.60
63096848--63096961	27	4.2	27	90	0	174	44	26	0	28	1.60
63101255--63101380	65	2.0	64	93	1	216	26	18	23	31	1.97
63102113--63102141	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
63102543--63102597	21	2.6	21	82	0	74	29	16	50	3	1.62
63102852--63102917	31	2.1	31	94	0	96	16	9	21	53	1.71
63103508--63103574	35	1.9	35	85	11	93	32	8	20	37	1.84
63109225--63109381	40	3.9	40	80	3	163	37	17	28	16	1.92
63109208--63109381	80	2.2	80	79	4	190	36	17	28	18	1.93
63111335--63111394	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
63111895--63111925	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
63118461--63118520	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
63118488--63118629	67	2.1	67	84	7	178	31	21	27	19	1.97
63119262--63119460	27	7.4	27	86	2	267	24	21	19	34	1.96
63129559--63129742	40	4.6	40	82	6	221	25	23	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63129559--63129778	80	2.8	80	84	5	270	25	23	26	25	2.00
63136172--63136434	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
63136172--63136434	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
63136366--63136443	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
63142726--63142887	45	3.6	45	88	3	222	22	23	28	25	1.99
63143016--63143153	69	2.0	69	97	0	258	33	7	20	39	1.80
63145327--63145460	46	2.9	46	80	5	162	20	21	29	27	1.98
63145327--63145454	47	2.7	47	83	4	161	21	22	29	26	1.99
63159590--63159653	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
63159677--63159726	24	2.1	24	85	7	66	32	32	10	26	1.89
63159682--63160151	94	5.0	94	97	0	868	41	19	8	30	1.82
63162746--63162789	17	2.6	17	96	0	79	9	34	38	18	1.82
63164822--63164974	40	3.8	40	84	5	204	27	28	21	22	1.99
63175879--63176056	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
63175900--63176055	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
63191221--63191347	39	3.3	39	78	0	155	43	18	3	33	1.69
63199474--63199504	12	2.6	12	100	0	62	32	19	41	6	1.77
63216460--63216500	21	2.0	21	85	0	55	17	19	36	26	1.94
63219348--63219394	22	2.1	22	96	0	85	34	12	10	42	1.78
63219691--63219758	34	2.0	34	94	0	118	30	10	19	39	1.85
63224103--63224263	43	3.7	43	79	10	186	22	18	26	32	1.97
63229966--63230013	23	2.1	22	85	11	62	25	4	18	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63230686--63230842	43	3.7	43	76	10	169	22	15	27	33	1.95
63233812--63233930	27	4.4	27	89	0	166	33	18	21	26	1.96
63234582--63234632	26	2.0	26	84	7	68	15	27	21	35	1.94
63234571--63234700	71	1.9	66	84	7	170	19	29	20	31	1.97
63243140--63243242	51	2.0	52	86	5	147	38	14	17	29	1.89
63246690--63246743	21	2.6	21	75	0	63	25	35	25	12	1.92
63249095--63249491	27	14.7	27	87	0	533	29	21	8	41	1.82
63249095--63249493	54	7.4	54	89	0	609	29	21	8	41	1.82
63249470--63249555	27	3.2	27	80	3	75	40	22	8	29	1.82
63249095--63249491	108	3.7	108	98	0	749	29	21	8	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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