genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14131643--14131814	86	2.0	86	100	0	344	40	12	18	27	1.87
14137283--14137342	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
14137992--14138130	70	2.0	70	92	2	235	22	19	28	30	1.98
14144786--14144845	27	2.3	26	88	2	84	20	23	21	35	1.96
14145625--14145875	41	6.1	40	83	6	220	37	23	20	19	1.95
14145634--14145875	82	3.0	83	84	3	294	36	23	21	19	1.95
14145634--14145875	123	2.0	123	83	3	308	36	23	21	19	1.95
14146206--14146249	21	2.1	21	83	8	54	18	0	45	36	1.49
14146221--14146318	50	2.0	49	82	6	117	26	1	31	40	1.63
14146448--14146509	22	2.9	22	72	13	58	29	1	24	45	1.63
14146458--14146509	22	2.4	22	80	3	70	26	1	25	46	1.63
14146536--14146561	7	3.7	7	100	0	52	11	0	46	42	1.40
14147137--14147179	21	2.1	20	82	4	50	25	0	23	51	1.49
14147240--14147287	19	2.5	20	93	6	82	68	4	4	22	1.24
14147274--14147307	6	5.3	6	89	10	50	76	0	0	23	0.79
14147281--14147305	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14147281--14147322	15	3.0	14	86	6	50	71	0	4	23	1.05
14150053--14150097	13	3.5	13	84	0	63	51	0	0	48	1.00
14150119--14150159	22	1.9	21	85	5	55	43	2	0	53	1.13
14152917--14152964	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
14156359--14156479	27	4.5	27	84	0	152	35	16	23	23	1.95
14156355--14156479	54	2.3	54	86	4	180	35	16	24	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14156640--14156697	27	2.1	27	81	6	64	22	15	22	39	1.91
14206442--14206638	27	7.3	27	89	1	261	34	19	22	23	1.97
14206443--14206638	80	2.4	81	83	0	250	34	19	22	23	1.97
14206443--14206637	107	1.8	108	87	1	293	33	19	22	24	1.97
14211697--14211767	35	2.0	35	100	0	142	30	33	5	29	1.81
14223583--14223722	29	4.9	28	82	8	151	25	34	15	25	1.94
14223583--14223729	57	2.6	57	84	5	174	25	32	14	27	1.94
14228139--14228217	28	2.8	28	84	0	95	27	31	12	27	1.93
14228724--14228778	27	2.0	27	100	0	110	32	36	3	27	1.74
14231443--14231502	30	2.0	30	86	0	84	38	6	25	30	1.81
14238196--14238245	26	1.9	26	87	0	73	36	20	24	20	1.95
14238275--14238325	20	2.5	20	93	0	93	37	21	21	19	1.95
14243942--14244108	43	3.9	42	75	11	115	25	17	23	32	1.97
14246428--14246536	54	2.0	54	98	0	209	29	11	18	40	1.86
14249492--14249637	73	2.0	73	100	0	292	28	2	17	50	1.60
14254300--14254544	55	4.6	54	78	8	220	22	24	17	36	1.95
14261624--14261745	43	2.9	42	80	9	140	26	18	24	31	1.97
14264500--14264612	46	2.5	44	87	7	147	27	17	30	24	1.97
14267165--14267436	40	6.8	41	85	4	349	24	20	29	26	1.99
14267175--14267456	120	2.4	120	94	0	485	24	20	28	26	1.99
14275445--14276321	40	22.0	40	98	0	1659	29	20	25	24	1.99
14283092--14283202	40	2.8	40	92	0	177	25	22	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14283635--14283743	55	2.0	55	96	0	200	22	21	21	35	1.96
14286219--14286244	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
14287879--14287920	21	2.0	22	90	4	68	61	0	30	7	1.22
14288062--14288111	25	2.0	25	92	7	84	36	24	4	36	1.74
14288946--14289016	31	2.3	31	92	0	124	28	22	18	30	1.97
14289235--14289384	26	5.8	26	91	0	239	26	22	23	27	2.00
14290188--14290274	27	3.2	27	90	3	122	17	26	21	34	1.95
14290390--14290757	27	13.7	27	83	4	296	30	7	21	39	1.82
14294415--14294493	26	3.0	26	85	3	113	39	20	7	32	1.81
14294474--14294614	27	5.2	27	85	1	167	34	18	20	26	1.96
14295311--14295372	33	1.9	32	83	3	79	20	22	20	35	1.96
14299491--14299669	40	4.5	40	91	1	270	27	29	22	21	1.99
14314922--14314973	21	2.5	21	87	6	70	55	0	32	11	1.36
14317680--14317884	27	7.6	27	86	3	216	29	27	14	28	1.95
14322178--14322348	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
14322173--14322345	46	3.7	46	77	10	199	28	26	21	23	1.99
14327481--14327850	47	7.7	47	90	3	517	34	8	28	28	1.87
14327502--14327850	49	7.3	49	90	3	516	34	8	28	28	1.87
14327481--14327850	96	3.9	96	88	4	525	34	8	28	28	1.87
14327502--14327850	143	2.4	143	90	0	545	34	8	28	28	1.87
14327969--14328047	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14330894--14330993	40	2.5	40	85	3	112	23	30	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14330934--14331114	94	1.9	93	83	3	229	28	27	18	24	1.98
14334179--14334563	168	2.3	168	84	0	493	33	23	14	28	1.94
14334206--14334550	56	6.2	56	87	0	465	33	23	14	28	1.94
14334538--14334819	43	6.6	43	88	0	420	28	29	16	25	1.97
14336244--14336313	25	2.8	23	83	12	77	25	20	22	31	1.98
14336264--14336320	25	2.4	25	85	5	64	29	21	19	29	1.97
14338993--14339177	40	4.6	40	92	1	291	23	23	27	25	2.00
14338989--14339209	80	2.8	79	85	7	286	26	22	25	25	2.00
14339436--14339479	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
14353312--14353345	14	2.5	13	86	9	50	67	11	2	17	1.34
14357801--14357865	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
14357971--14358060	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
14358525--14358563	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
14365627--14365691	28	2.3	28	91	0	103	32	27	10	29	1.90
14365797--14365886	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
14366352--14366390	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
14371335--14371512	45	4.0	45	76	11	156	24	18	25	31	1.98
14372981--14373092	40	2.8	40	85	8	156	24	25	25	25	2.00
14375819--14375852	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
14377155--14377320	40	4.2	40	97	0	307	22	22	27	26	1.99
14383717--14383849	45	3.0	45	80	8	144	22	18	27	32	1.97
14386195--14386457	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14395185--14395527	40	8.6	40	91	2	485	27	27	20	24	1.99
14398389--14398430	20	2.0	21	86	4	59	40	11	0	47	1.40
14399036--14399063	14	2.0	14	100	0	56	85	0	0	14	0.59
14401050--14401084	12	3.0	12	87	8	54	48	0	17	34	1.47
14402002--14402114	33	3.5	32	81	7	131	37	13	23	25	1.91
14404644--14404759	31	3.8	30	84	5	160	27	15	27	29	1.96
14404859--14404919	27	2.3	27	82	0	68	44	13	21	21	1.86
14404961--14405035	34	2.2	34	83	4	80	28	14	26	30	1.95
14406096--14406147	19	2.6	19	76	11	50	28	7	17	46	1.75
14416254--14416283	15	2.0	15	93	0	51	23	26	16	33	1.96
14427913--14427976	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
14432365--14432457	44	2.1	44	93	0	168	27	4	27	39	1.75
14433039--14433216	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14433040--14433195	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14433036--14433216	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14440950--14441032	34	2.4	34	82	9	98	25	21	27	25	1.99
14465344--14465390	22	2.1	23	92	4	78	40	8	29	21	1.83
14472790--14472852	25	2.5	25	100	0	126	61	0	0	38	0.96
14473725--14473801	37	2.1	37	90	0	118	40	5	10	44	1.61
14476827--14476878	26	2.0	26	85	14	72	38	0	1	59	1.08
14481849--14481889	20	2.0	20	100	0	82	43	9	24	21	1.83
14484250--14484298	8	5.8	8	83	11	62	73	14	2	10	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14484247--14484302	16	3.2	17	78	12	69	73	12	1	12	1.18
14484250--14484302	18	3.0	19	86	8	69	73	13	1	11	1.18
14484298--14484372	17	4.7	17	71	25	58	65	1	9	24	1.30
14493840--14494037	40	4.9	40	92	0	324	28	29	19	22	1.98
14500008--14500115	40	2.7	40	98	0	207	27	28	19	24	1.98
14501613--14501643	15	2.1	15	100	0	62	12	19	6	61	1.53
14503828--14503949	47	2.6	45	82	12	140	27	20	30	22	1.98
14503828--14503999	92	1.8	93	82	4	222	28	21	29	20	1.98
14505700--14505770	30	2.4	30	95	0	124	29	8	23	38	1.85
14514820--14514858	19	2.1	19	85	9	53	23	15	7	53	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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