genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.295.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100274741--100275069	180	1.8	180	92	0	559	38	8	18	34	1.82
100276610--100276784	46	3.8	46	74	14	171	30	29	18	20	1.97
100276618--100276832	93	2.3	93	86	1	306	30	29	18	21	1.97
100276664--100276822	47	3.4	46	76	14	164	32	30	16	20	1.95
100279210--100279278	30	2.3	30	82	7	88	60	14	13	11	1.58
100279210--100279278	15	4.7	15	71	8	52	60	14	13	11	1.58
100282163--100282431	46	5.8	46	72	13	201	29	29	20	20	1.98
100282217--100282379	47	3.5	47	76	8	188	30	30	19	20	1.97
100282170--100282435	93	2.9	93	90	0	415	28	30	20	20	1.98
100284219--100284399	47	3.7	47	80	11	172	23	27	19	29	1.99
100284226--100284445	96	2.3	95	81	12	231	24	27	18	30	1.98
100284221--100284585	140	2.6	141	80	7	348	23	28	18	29	1.98
100293294--100293535	101	2.4	99	82	2	270	27	19	25	28	1.98
100293291--100293536	49	4.9	50	81	2	280	27	18	25	28	1.98
100310312--100310680	96	3.8	96	89	1	533	25	28	17	28	1.98
100310307--100310679	48	7.7	48	81	3	417	25	28	17	28	1.97
100312059--100312283	40	5.7	40	87	5	289	25	27	22	25	2.00
100312059--100312283	79	2.8	79	84	7	294	25	27	22	25	2.00
100312059--100312283	119	1.9	120	84	8	307	25	27	22	25	2.00
100312233--100312445	107	2.0	107	98	0	408	31	25	15	27	1.96
100317097--100317133	18	2.0	19	89	5	58	37	10	8	43	1.69
100317195--100317246	20	2.6	20	81	0	59	36	7	11	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100318849--100318919	33	2.2	33	94	0	124	32	22	5	39	1.77
100322971--100323388	143	2.9	143	84	2	538	28	21	18	31	1.97
100323312--100323573	89	3.0	88	85	3	321	27	22	19	30	1.98
100323325--100323554	44	5.2	44	66	4	147	27	22	19	30	1.98
100323149--100323804	320	2.0	320	85	3	872	28	22	18	30	1.98
100323594--100323804	88	2.4	89	82	2	255	28	25	18	27	1.98
100323008--100324171	231	5.0	231	80	7	1117	28	22	18	30	1.97
100323008--100324171	463	2.5	457	81	6	1248	28	22	18	30	1.97
100323825--100324030	89	2.3	87	81	8	220	29	24	18	28	1.98
100324058--100324151	44	2.1	44	84	2	116	24	21	23	30	1.99
100323902--100324183	142	2.0	142	82	6	349	28	23	17	30	1.97
100330323--100330359	18	2.0	19	89	5	58	37	10	8	43	1.69
100330421--100330472	20	2.6	20	81	0	59	36	7	11	44	1.70
100332075--100332145	33	2.2	33	94	0	124	32	22	5	39	1.77
100336248--100336402	44	3.5	44	76	6	152	27	27	16	28	1.97
100336207--100336364	45	3.5	45	75	8	144	30	25	15	28	1.96
100336202--100336418	89	2.5	88	83	6	251	29	24	17	28	1.97
100336244--100336417	88	2.0	89	86	3	244	29	25	16	27	1.97
100336447--100336540	44	2.1	44	84	2	116	24	21	23	30	1.99
100336291--100336572	142	2.0	142	82	6	349	28	23	17	30	1.97
100338176--100338236	22	2.8	22	75	9	61	32	22	24	19	1.97
100338378--100338496	41	2.9	41	90	5	195	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100338750--100338808	27	2.2	27	81	6	66	33	15	16	33	1.91
100338758--100339074	27	11.7	26	81	7	192	32	9	17	40	1.82
100338778--100339069	54	5.4	52	80	9	230	32	8	18	40	1.80
100338771--100339069	81	3.7	80	77	10	284	32	8	18	41	1.80
100339066--100339143	27	2.9	27	90	1	122	29	24	15	30	1.95
100342109--100342173	22	3.0	22	75	8	60	32	23	23	21	1.98
100342209--100342275	32	2.1	33	88	2	100	34	19	23	22	1.97
100342345--100342469	41	3.0	40	90	4	187	28	28	21	21	1.99
100342762--100342943	27	6.7	27	80	2	168	28	8	20	42	1.80
100342713--100342959	27	9.1	27	75	7	162	29	9	19	41	1.82
100342954--100343032	27	3.0	27	81	1	97	31	22	17	27	1.97
100343208--100343294	43	2.0	43	84	0	111	14	27	26	31	1.95
100352525--100352556	12	2.7	12	100	0	64	31	15	0	53	1.43
100354773--100354828	19	3.1	19	85	15	82	35	12	5	46	1.65
100355123--100355431	46	6.7	46	87	2	381	21	22	14	41	1.90
100355123--100355417	92	3.2	92	88	0	421	21	23	14	41	1.90
100357170--100357203	14	2.5	13	86	13	50	67	0	0	32	0.91
100359657--100359708	19	2.7	20	82	5	63	40	13	21	25	1.89
100361206--100361235	15	2.0	15	93	0	51	60	36	0	3	1.14
100370754--100370800	23	2.0	23	84	8	60	48	21	2	27	1.61
100371572--100371673	43	2.4	43	85	3	125	26	25	19	28	1.99
100375208--100375257	19	2.7	19	78	6	59	54	0	4	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100376344--100376387	21	2.0	22	83	12	56	38	0	4	56	1.20
100391208--100391273	30	2.1	32	83	10	84	45	1	3	50	1.26
100393175--100393222	24	2.0	24	100	0	96	54	4	12	29	1.56
100398264--100398342	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
100401259--100401315	30	1.9	30	88	0	87	43	8	19	28	1.80
100406068--100406124	29	2.0	29	86	3	80	21	42	19	17	1.90
100423083--100423303	45	5.0	44	86	4	284	25	27	21	25	1.99
100423083--100423303	90	2.5	90	88	3	315	25	27	21	25	1.99
100424082--100424223	47	3.0	47	95	1	250	44	14	12	28	1.82
100430909--100431126	40	5.5	40	90	1	314	24	23	27	23	2.00
100438792--100438886	40	2.4	39	84	5	120	26	21	28	24	1.99
100441642--100442845	45	26.8	45	96	1	2067	28	23	20	27	1.99
100443648--100443789	47	3.0	47	94	1	250	45	14	11	28	1.81
100445222--100445274	26	2.0	26	82	7	63	22	16	20	39	1.92
100446522--100446627	24	4.4	24	86	4	142	18	36	5	38	1.75
100454520--100454614	12	7.9	12	65	9	50	21	36	6	35	1.79
100454516--100454619	24	4.3	24	87	4	147	19	37	5	37	1.76
100459115--100459182	29	2.4	28	83	9	84	50	10	5	33	1.61
100466527--100466584	25	2.3	25	90	0	89	29	12	27	31	1.92
100476075--100476132	30	2.0	29	86	3	80	37	3	5	53	1.40
100476266--100476335	31	2.4	29	76	19	74	42	18	10	28	1.82
100479313--100479354	19	2.0	22	82	13	54	38	11	4	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100479907--100479939	5	6.6	5	89	10	50	81	0	0	18	0.68
100484358--100484390	5	6.6	5	89	10	50	81	0	0	18	0.68
100485079--100485134	13	4.5	13	75	20	57	35	0	17	46	1.49
100495633--100495666	15	2.3	15	89	0	50	82	0	0	17	0.67
100496235--100496266	13	2.5	13	100	0	64	37	0	12	50	1.41
100497123--100497171	19	2.6	19	87	6	64	24	6	0	69	1.11
100497139--100497176	18	2.1	19	90	5	60	21	7	0	71	1.11
100497569--100497646	22	3.6	22	89	1	113	32	16	23	28	1.96
100499433--100499584	46	3.3	46	73	18	143	19	18	30	31	1.95
100501613--100501781	46	3.7	46	76	6	155	31	15	23	29	1.95
100504330--100504384	25	2.2	26	83	9	69	47	10	7	34	1.66
100520100--100520311	40	5.3	41	82	9	226	26	25	21	25	1.99
100526048--100526173	46	2.7	46	92	0	207	20	20	28	30	1.98
100527929--100528070	47	2.9	50	83	8	202	23	30	19	26	1.98
100530473--100530638	6	26.8	6	72	17	117	48	14	18	18	1.82
100530478--100530635	19	7.8	19	70	22	108	47	15	18	18	1.83
100530473--100530587	37	3.1	37	80	7	119	49	16	18	15	1.80
100530509--100530575	25	2.7	25	90	0	107	47	16	19	16	1.82
100530468--100530637	62	2.7	62	93	0	277	48	14	18	18	1.82
100530534--100530607	37	2.0	37	86	0	103	48	14	17	18	1.81
100530741--100531028	67	4.3	67	99	0	558	31	22	28	18	1.97
100530824--100530875	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100530891--100530942	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
100530958--100531009	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
100531255--100531528	27	10.2	27	81	5	243	25	17	19	36	1.94
100531272--100531528	54	4.8	55	83	4	292	25	17	20	37	1.93
100531281--100531528	81	3.1	80	80	6	268	25	16	19	37	1.93
100531254--100531528	134	2.1	134	84	4	349	25	17	19	36	1.94
100531533--100531950	27	15.4	27	82	4	338	37	9	22	31	1.85
100531458--100531815	191	1.9	189	84	4	488	34	10	21	33	1.88
100531876--100532071	27	7.3	26	75	10	108	32	7	21	37	1.82
100531513--100532075	54	10.4	54	76	9	223	35	9	21	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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