genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77514331--77514492	72	2.3	71	79	14	181	58	1	6	33	1.32
77514391--77514447	19	2.6	22	71	20	57	70	0	8	21	1.14
77514388--77514447	10	5.7	11	81	15	65	68	0	8	23	1.16
77518482--77518646	39	4.2	39	90	1	242	20	21	30	28	1.98
77523938--77523978	20	2.0	20	90	0	64	31	7	7	53	1.56
77523943--77523986	20	2.2	20	87	0	61	34	6	6	52	1.55
77536272--77536370	17	5.6	17	88	7	144	38	12	13	36	1.81
77536264--77536370	35	3.0	35	95	4	187	38	11	14	36	1.81
77536272--77536370	18	5.6	18	90	4	157	38	12	13	36	1.81
77536858--77536923	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
77536900--77536949	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
77538647--77538722	34	2.2	35	85	4	109	28	19	27	23	1.98
77543883--77543976	42	2.2	42	83	3	109	18	24	17	40	1.91
77543916--77543979	21	3.0	21	68	8	58	18	25	15	40	1.90
77543929--77543987	21	2.8	20	72	10	55	16	27	15	40	1.89
77543905--77544006	42	2.4	42	81	3	116	15	23	15	45	1.85
77545553--77545680	29	4.5	28	90	2	184	32	26	12	28	1.93
77545552--77545680	57	2.3	57	90	2	206	32	27	12	27	1.93
77553040--77553071	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
77553318--77553382	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
77553488--77553577	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
77553488--77553602	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77563718--77563842	45	2.8	45	81	2	162	33	28	15	23	1.95
77576334--77576487	28	5.5	28	95	0	256	26	12	27	33	1.92
77577975--77578080	52	2.0	52	96	0	194	12	23	29	34	1.91
77578662--77579195	290	1.8	290	100	0	1068	34	14	24	26	1.94
77590411--77590535	39	3.2	39	90	0	196	32	20	25	22	1.98
77590410--77590564	78	2.0	76	80	5	168	30	20	27	21	1.98
77603366--77603637	94	2.9	94	79	10	308	23	29	19	27	1.98
77603366--77603629	140	1.9	141	85	7	367	23	29	19	28	1.98
77608019--77608179	56	2.9	56	81	3	175	31	23	17	27	1.97
77608032--77608189	28	5.6	28	73	5	131	33	23	17	25	1.96
77609115--77609182	30	2.2	31	84	2	93	42	11	19	26	1.85
77611431--77611531	49	2.1	47	83	7	134	29	15	7	46	1.74
77613256--77613414	27	5.9	27	82	11	148	35	22	23	18	1.95
77613274--77613417	54	2.7	54	91	2	218	36	24	22	16	1.94
77615012--77615093	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
77619128--77619175	23	2.1	23	92	0	78	14	14	31	39	1.86
77621660--77621694	17	2.0	18	88	5	54	31	17	0	51	1.45
77629232--77629335	41	2.5	43	75	12	108	31	26	17	24	1.97
77635311--77635381	31	2.2	31	87	9	99	42	15	9	32	1.80
77636284--77636342	18	3.3	18	83	6	68	55	1	3	38	1.26
77636285--77636351	18	4.0	16	78	17	57	52	1	2	43	1.25
77636302--77636345	18	2.4	18	92	0	70	59	0	2	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77636465--77636604	35	4.0	35	100	0	280	40	11	8	40	1.72
77639297--77639326	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
77639536--77639815	50	5.6	50	77	3	240	32	26	15	25	1.96
77639587--77639768	101	1.8	101	86	0	265	30	25	17	26	1.97
77644336--77644367	14	2.4	14	90	10	50	71	3	0	25	1.00
77647619--77647728	49	2.3	48	87	6	152	29	29	18	23	1.98
77647601--77647921	46	6.8	48	76	10	220	26	28	17	27	1.98
77652953--77652978	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
77653134--77653190	15	3.9	15	86	2	80	35	0	14	50	1.42
77653105--77653188	30	2.9	28	83	11	91	32	1	14	52	1.49
77653586--77653623	20	1.9	20	94	0	67	15	28	26	28	1.96
77656288--77656567	101	2.7	101	80	7	305	35	15	9	39	1.79
77657826--77657869	19	2.4	19	82	14	56	38	0	0	61	0.96
77657831--77657929	21	4.3	23	67	21	66	35	1	2	61	1.14
77657810--77657935	32	3.7	34	77	15	127	34	0	1	63	1.10
77657817--77657894	21	3.6	23	76	13	67	34	1	1	62	1.11
77669670--77669791	43	2.9	42	80	7	140	28	24	16	30	1.96
77676586--77676716	50	2.7	50	79	9	144	25	25	20	28	1.99
77676727--77676897	46	3.7	46	76	4	182	23	29	19	27	1.98
77691662--77691846	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
77691663--77691846	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
77691663--77691879	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77702786--77702829	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
77702915--77703036	43	2.9	41	75	11	111	27	22	14	34	1.94
77705598--77705632	17	2.1	17	94	0	61	40	22	5	31	1.78
77717001--77717034	8	4.4	8	88	3	52	61	0	0	38	0.96
77717055--77717092	18	2.0	19	90	10	60	76	0	13	10	1.02
77717055--77717092	9	4.1	9	86	10	51	76	0	13	10	1.02
77718173--77718214	20	2.0	20	82	13	50	54	2	14	28	1.52
77722847--77722881	18	2.0	17	94	5	61	71	0	28	0	0.86
77722847--77722896	15	3.2	15	85	5	55	66	0	34	0	0.92
77723214--77723352	36	3.9	36	90	1	181	17	8	23	50	1.73
77723235--77723294	20	3.2	20	67	26	58	15	6	25	53	1.65
77723556--77723601	23	2.0	24	86	4	67	26	21	4	47	1.69
77724899--77725824	2	463.5	2	99	0	1809	49	50	0	0	1.00
77727720--77727857	62	2.2	62	90	0	222	47	23	7	21	1.76
77728170--77728245	6	12.7	6	90	0	98	61	13	5	19	1.50
77728913--77729005	48	1.9	49	91	6	154	50	1	1	47	1.15
77732850--77733019	84	2.0	85	90	4	272	28	22	18	30	1.98
77734385--77734451	18	3.6	18	72	16	57	43	8	1	46	1.44
77740726--77740901	88	2.0	88	98	0	343	37	14	16	31	1.89
77741781--77741909	46	2.8	47	81	11	167	22	20	27	28	1.99
77742987--77743201	39	5.5	40	85	6	262	24	26	22	26	2.00
77743020--77743205	39	4.7	40	86	6	263	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77745906--77745962	28	2.0	28	100	0	114	14	22	28	35	1.93
77755412--77755527	39	3.0	39	76	0	133	31	9	18	39	1.83
77755496--77756019	37	14.4	37	77	4	469	29	15	20	35	1.93
77755470--77756019	73	7.5	74	78	3	522	29	14	20	36	1.92
77755470--77756014	110	5.0	110	80	4	492	28	15	20	35	1.92
77757636--77757664	15	1.9	15	100	0	58	48	0	17	34	1.47
77764452--77764556	54	1.9	54	100	0	210	39	22	8	29	1.84
77772571--77772601	16	1.9	16	93	0	53	22	12	25	38	1.90
77775162--77775259	49	2.0	49	84	4	126	35	11	33	19	1.87
77775366--77775396	12	2.7	11	90	9	53	48	0	19	32	1.49
77775384--77775431	23	2.1	22	81	11	53	60	0	12	27	1.32
77776126--77776185	20	3.0	19	79	15	68	68	1	6	23	1.22
77776126--77776178	10	5.3	10	80	13	65	69	1	7	20	1.22
77776131--77776177	24	2.0	24	83	8	60	68	2	6	23	1.24
77779066--77779564	46	10.8	46	93	3	842	22	20	27	29	1.98
77782489--77782544	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
77785124--77785224	50	2.0	50	100	0	202	38	5	31	23	1.79
77787997--77788052	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
77795112--77795180	21	3.2	21	78	13	63	23	23	36	17	1.95
77796279--77796360	5	16.4	5	74	20	66	73	0	4	21	1.02
77800066--77800115	10	5.0	10	76	13	50	70	2	6	22	1.20
77802138--77802196	10	5.9	10	81	0	55	69	1	6	22	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77802138--77802196	20	3.0	20	82	5	66	69	1	6	22	1.21
77802214--77802246	13	2.8	12	90	9	50	51	12	0	36	1.39
77802815--77802850	18	1.9	19	94	5	65	8	11	0	80	0.90
77802866--77802909	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
77802896--77803076	98	1.8	100	82	7	233	32	23	14	30	1.94
77804968--77805005	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
77804968--77805046	19	4.2	19	85	9	108	39	10	16	34	1.82
77805297--77805385	45	2.0	45	97	0	169	25	13	3	57	1.52
77811839--77811916	7	9.6	8	74	19	56	82	0	17	0	0.68
77811839--77811916	8	10.7	7	80	19	81	82	0	17	0	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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