genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29432864--29433031	90	1.9	90	83	2	221	45	15	17	21	1.85
29436529--29436806	48	5.8	47	74	9	267	23	30	19	26	1.98
29436531--29436817	96	3.0	96	94	0	484	23	30	19	27	1.98
29437735--29437774	15	2.7	16	85	11	50	40	32	0	27	1.57
29438392--29438504	23	4.8	23	74	10	95	33	17	21	27	1.96
29441677--29441773	42	2.3	42	83	0	113	23	35	22	18	1.96
29446832--29446989	23	6.7	23	78	5	129	29	20	16	33	1.95
29453292--29453406	55	2.1	56	82	11	139	35	21	23	19	1.96
29453317--29453406	28	3.2	27	86	10	112	33	23	23	20	1.97
29453317--29453406	27	3.2	28	81	13	114	33	23	23	20	1.97
29453512--29453607	28	3.4	28	92	0	156	32	7	26	34	1.84
29455416--29455559	71	2.0	71	97	0	270	27	27	13	31	1.94
29461059--29461192	56	2.4	58	82	8	161	34	20	25	20	1.96
29461084--29461192	28	3.9	28	89	4	157	32	21	25	21	1.98
29464751--29464889	23	5.8	23	75	13	113	23	21	20	35	1.96
29464776--29464901	23	5.3	24	78	11	136	21	22	19	36	1.95
29464761--29464890	48	2.7	47	83	9	156	23	21	20	35	1.96
29468232--29468276	22	2.1	22	83	4	56	42	20	2	35	1.64
29483943--29484255	40	7.8	40	92	0	518	30	19	27	22	1.98
29486705--29486756	26	2.0	26	96	0	95	36	19	13	30	1.90
29486993--29487145	73	2.1	75	86	6	215	23	29	21	25	1.99
29489037--29489456	37	11.5	37	78	8	279	38	14	19	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29489041--29489456	110	3.8	108	77	8	315	38	14	19	26	1.91
29489037--29489456	73	5.7	73	79	6	343	38	14	19	27	1.90
29489069--29489395	146	2.2	145	82	4	381	38	15	18	26	1.91
29489713--29489744	6	4.9	7	92	7	50	71	0	0	28	0.86
29494937--29494989	22	2.4	23	81	12	67	28	3	22	45	1.70
29501882--29502065	50	3.7	49	81	4	190	26	16	25	30	1.97
29503064--29503178	44	2.7	43	79	6	133	23	18	29	28	1.98
29510151--29510176	12	2.2	12	100	0	52	15	23	38	23	1.92
29513021--29513063	17	2.4	18	80	3	52	9	0	13	76	1.01
29513031--29513062	6	5.5	6	96	3	57	0	0	15	84	0.63
29514898--29515570	335	2.0	335	99	0	1319	34	13	22	29	1.93
29520536--29520837	151	2.0	151	100	0	604	39	17	10	32	1.84
29526438--29526497	31	1.9	32	89	3	95	16	28	33	21	1.95
29536728--29536984	55	4.8	56	80	10	267	35	17	25	22	1.95
29536735--29536984	108	2.4	110	81	9	304	34	17	25	22	1.96
29563169--29563251	43	1.9	43	85	0	112	30	28	18	22	1.97
29570118--29570403	40	7.2	40	93	1	459	24	22	27	25	2.00
29578106--29578384	47	5.9	47	95	0	477	32	8	30	28	1.87
29580338--29580411	29	2.6	29	91	0	112	27	16	31	25	1.96
29580724--29580958	40	5.9	40	82	4	210	23	22	28	25	1.99
29580808--29580874	23	3.2	23	60	24	56	26	22	25	25	2.00
29588858--29589347	47	10.4	47	99	0	971	32	8	29	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29589465--29589543	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
29596131--29596313	40	4.6	40	96	0	321	21	20	28	28	1.98
29603143--29603196	21	2.6	21	76	5	56	68	0	5	25	1.11
29604700--29604758	30	2.0	30	83	6	75	27	27	5	40	1.77
29607203--29607255	15	3.6	14	82	5	61	52	18	15	13	1.74
29614708--29614732	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
29618629--29618781	28	5.5	28	91	1	229	25	13	29	31	1.94
29618629--29618781	83	1.8	83	88	2	236	25	13	29	31	1.94
29628553--29628695	72	2.0	72	98	0	277	40	14	3	41	1.63
29633951--29634189	50	4.8	50	82	3	268	24	26	18	30	1.98
29642944--29643111	47	3.6	44	74	18	137	29	17	29	23	1.97
29642944--29643251	94	3.3	92	77	10	295	27	18	29	24	1.98
29642988--29643289	47	6.4	47	74	10	228	27	19	28	24	1.98
29650573--29650886	94	3.4	93	81	7	343	28	19	29	23	1.98
29650568--29650926	47	7.6	48	72	12	221	28	19	29	22	1.98
29652160--29652304	50	3.0	49	84	5	186	26	27	16	29	1.97
29652407--29652444	20	2.0	20	89	5	60	52	18	0	28	1.45
29654231--29654258	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
29659174--29659441	3	91.0	3	65	13	94	26	7	5	60	1.46
29659727--29659763	18	2.1	18	85	14	51	32	10	2	54	1.49
29661738--29661807	28	2.5	28	90	0	104	32	11	25	30	1.91
29661747--29661812	28	2.4	28	92	2	107	36	9	27	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29661990--29662136	40	3.6	41	75	5	118	28	19	27	24	1.99
29666512--29666683	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
29666504--29666679	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
29670364--29670574	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
29687550--29687705	78	2.0	78	97	0	294	32	31	6	29	1.83
29690060--29690131	24	2.9	24	89	4	108	31	19	23	25	1.98
29690062--29690142	24	3.4	23	88	6	101	32	19	22	25	1.98
29690060--29690153	46	2.0	48	83	12	122	31	20	22	25	1.98
29696019--29696126	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29698980--29699121	48	3.0	48	86	5	171	25	16	29	28	1.97
29698995--29699266	48	5.6	48	74	6	210	28	17	26	27	1.98
29698995--29699269	96	2.8	97	78	7	263	28	17	26	26	1.98
29699391--29699431	20	2.0	20	95	0	73	39	14	21	24	1.91
29708928--29709046	29	4.2	29	81	2	134	31	27	13	27	1.94
29710809--29711135	50	6.5	50	76	6	320	28	25	18	27	1.98
29710801--29711085	151	1.9	151	86	0	408	29	23	18	28	1.98
29712432--29712549	50	2.4	50	90	4	177	22	16	29	30	1.96
29712762--29712791	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
29713665--29713696	16	2.1	15	94	5	55	12	12	31	43	1.80
29718491--29718523	16	2.1	16	100	0	66	30	18	27	24	1.98
29718507--29718773	48	5.6	48	76	7	247	26	19	27	25	1.99
29718507--29718773	96	2.8	96	82	3	288	26	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29723504--29723570	24	2.7	24	90	4	98	32	19	19	28	1.96
29723525--29723630	23	4.6	23	79	3	124	33	17	21	27	1.96
29731848--29731888	15	2.8	14	89	10	64	78	7	2	12	1.06
29733700--29733730	16	1.9	16	100	0	62	58	6	0	35	1.24
29736072--29736187	46	2.5	46	86	6	146	28	20	29	21	1.98
29740560--29740600	19	2.2	19	86	8	57	34	4	7	53	1.50
29740528--29740650	54	2.3	54	85	4	169	35	6	10	47	1.64
29750762--29751116	40	8.8	40	88	3	478	23	21	29	25	1.99
29750762--29751116	82	4.4	80	87	2	478	23	21	29	25	1.99
29750762--29751116	122	2.9	122	93	0	579	23	21	29	25	1.99
29762361--29762546	40	4.7	40	86	5	218	25	22	26	25	2.00
29771665--29771785	60	2.0	60	98	0	233	29	26	21	22	1.99
29807535--29807676	43	3.3	43	88	0	212	26	19	29	24	1.98
29807551--29807783	43	5.6	42	75	15	155	29	18	27	24	1.98
29807535--29807783	86	3.0	84	78	10	226	28	18	28	24	1.98
29811374--29811507	47	2.9	47	81	5	139	24	32	17	24	1.97
29822164--29822290	47	2.7	48	85	6	163	23	29	18	27	1.98
29824013--29824044	14	2.3	14	94	0	55	40	15	0	43	1.47
29824221--29824248	12	2.3	12	100	0	56	42	17	14	25	1.87
29826280--29826332	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
29828943--29829158	47	4.6	47	76	13	180	23	29	18	29	1.97
29828952--29829158	94	2.2	93	83	5	256	23	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29831774--29831897	24	5.0	24	86	9	169	38	16	20	25	1.92
29831765--29831897	52	2.6	52	88	6	186	36	15	21	25	1.93
29831933--29832080	51	2.9	51	92	0	251	31	14	24	29	1.95
29834743--29834807	32	2.0	32	96	0	121	46	13	15	24	1.82
29845436--29845613	27	6.6	27	80	6	146	29	26	15	28	1.96
29845457--29845612	82	1.9	81	88	3	233	29	26	15	28	1.96
29845436--29845625	82	2.3	83	78	12	221	30	25	14	28	1.95
29860978--29861149	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
29860971--29861146	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
29872893--29872933	20	2.0	20	100	0	82	34	19	4	41	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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