genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71162581--71162694	47	2.4	47	92	0	183	28	30	7	34	1.84
71163299--71163338	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
71166708--71166919	40	5.3	40	80	2	248	24	20	27	27	1.99
71166712--71166928	80	2.7	79	88	3	310	24	21	27	26	1.99
71187351--71187403	25	2.2	24	82	3	61	39	20	20	18	1.92
71188701--71188777	38	2.0	38	100	0	154	38	7	10	42	1.68
71189797--71189951	54	2.9	54	81	0	157	25	20	30	23	1.99
71197571--71197631	32	1.9	32	93	0	104	27	1	11	59	1.42
71197847--71197894	21	2.3	21	79	10	55	68	4	0	27	1.07
71207115--71207265	42	3.5	43	77	11	148	27	26	19	25	1.99
71215292--71215554	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
71215292--71215554	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
71215486--71215563	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71219778--71220311	271	2.0	271	99	0	1050	27	25	18	28	1.98
71223638--71223705	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
71223527--71223854	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
71223807--71223885	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
71226957--71227072	28	4.2	28	90	2	164	36	21	25	17	1.95
71228298--71228352	18	3.2	17	73	16	51	63	1	30	3	1.22
71228603--71228712	55	2.0	55	85	0	148	30	34	10	24	1.90
71231767--71231915	42	3.5	43	77	9	135	28	26	18	26	1.98
71234996--71235033	16	2.4	16	78	4	51	42	23	5	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71235482--71235646	80	2.0	82	90	2	262	39	10	9	40	1.72
71237690--71237746	28	2.0	28	100	0	114	24	3	21	50	1.64
71249888--71249987	48	2.1	48	96	0	182	18	18	22	42	1.90
71254322--71254448	64	2.0	64	93	0	218	40	14	4	39	1.68
71258964--71259148	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71258945--71259148	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71266321--71267070	379	2.0	379	97	0	1401	28	26	17	28	1.98
71267536--71267620	42	2.0	42	93	0	143	37	24	21	16	1.93
71270156--71270361	104	2.0	104	95	0	367	23	14	33	29	1.94
71273853--71274030	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71273854--71274009	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71273850--71274030	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71279194--71279260	20	3.3	20	83	6	73	11	26	16	44	1.82
71281426--71281511	27	3.2	26	88	4	109	37	20	23	18	1.94
71281428--71281533	27	4.0	27	85	6	92	38	19	22	18	1.93
71281426--71281533	54	2.0	53	83	1	135	37	21	22	18	1.94
71281876--71281938	27	2.3	26	89	5	90	34	26	22	15	1.94
71282162--71282277	27	4.3	27	83	4	128	25	18	17	37	1.93
71284467--71284570	27	3.9	26	82	6	118	38	20	22	19	1.94
71284463--71284570	54	2.0	53	83	5	137	37	21	22	18	1.94
71284728--71284786	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
71284897--71284976	27	3.0	26	87	3	97	36	21	23	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71285202--71285306	27	3.9	27	81	2	104	27	20	16	35	1.94
71285229--71285314	27	3.2	27	86	0	118	27	17	16	38	1.91
71285607--71285631	9	2.8	9	100	0	50	20	36	20	24	1.95
71285777--71285811	16	2.2	16	100	0	70	37	14	11	37	1.82
71287535--71287668	27	5.0	26	84	7	110	38	19	21	20	1.93
71287558--71287668	54	2.1	54	83	6	136	37	20	20	20	1.94
71287558--71287653	27	3.5	27	92	4	149	38	19	19	21	1.93
71287682--71287757	32	2.4	32	82	4	82	35	25	18	21	1.95
71287826--71287884	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
71287992--71288074	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
71288298--71288404	27	4.0	27	86	0	142	24	21	19	34	1.96
71288302--71288404	54	1.9	53	90	2	161	24	22	18	34	1.96
71289387--71289432	23	2.0	23	100	0	92	43	4	8	43	1.55
71292114--71292614	94	5.3	94	91	0	723	33	11	28	26	1.91
71292185--71292259	24	3.2	24	63	24	59	30	12	32	25	1.92
71292374--71292449	22	3.3	22	66	16	64	32	11	28	26	1.92
71292515--71292590	22	3.3	22	66	28	59	35	13	27	23	1.92
71292145--71292593	47	9.6	47	93	0	700	34	12	28	25	1.91
71310002--71310046	21	2.1	21	100	0	90	42	13	4	40	1.64
71312715--71312760	22	2.0	23	83	4	58	56	6	8	28	1.54
71313671--71313696	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
71318419--71318482	7	8.9	7	83	6	74	48	34	0	17	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71318418--71318474	15	3.9	15	74	4	62	50	31	0	17	1.46
71328582--71328919	168	2.0	169	91	1	554	32	11	18	38	1.86
71335444--71335528	29	3.0	27	83	11	91	22	24	20	32	1.97
71335460--71335528	29	2.4	29	90	2	104	21	24	21	31	1.98
71338710--71338758	24	2.0	24	100	0	98	38	20	4	36	1.72
71339444--71339582	40	3.6	39	78	11	144	34	23	17	24	1.96
71339440--71339581	74	1.9	75	86	1	205	34	23	16	25	1.95
71344089--71344175	29	3.0	29	83	1	113	34	24	14	26	1.94
71346608--71346832	40	5.6	40	94	0	378	23	24	28	24	2.00
71347090--71347133	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
71350521--71350750	50	4.6	50	77	7	225	29	24	18	27	1.98
71358042--71358122	25	3.2	26	64	30	66	29	30	14	24	1.95
71358042--71358228	50	3.8	48	81	5	203	30	26	17	25	1.97
71361511--71361748	49	4.8	50	85	7	290	25	18	27	28	1.98
71361504--71361742	99	2.4	100	85	3	313	24	18	28	28	1.98
71364243--71364319	6	13.7	6	81	8	74	16	3	2	76	1.05
71364241--71364312	16	4.4	17	84	13	96	18	4	1	76	1.02
71364243--71364317	27	2.7	27	86	12	107	17	4	2	76	1.06
71364637--71364705	35	2.0	34	94	0	111	20	14	8	55	1.65
71367263--71367295	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
71377589--71377688	45	2.2	46	90	3	157	26	18	9	47	1.78
71378328--71378456	46	2.8	46	91	0	204	28	27	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71380846--71380934	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71380846--71380925	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71380857--71380934	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71383851--71383996	46	3.1	47	74	11	140	30	26	19	22	1.98
71384242--71384340	50	2.0	50	95	0	180	31	23	11	34	1.90
71393264--71393296	14	2.5	13	90	9	57	60	9	15	15	1.58
71395700--71395732	7	4.9	7	85	7	50	69	0	3	27	1.03
71403659--71403696	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
71403924--71404092	47	3.6	46	76	10	173	28	28	20	22	1.98
71409084--71409139	28	2.0	28	96	0	103	25	26	21	26	1.99
71411544--71411714	93	1.8	93	88	2	263	30	28	19	22	1.98
71411539--71411711	46	3.7	46	75	11	174	31	27	19	22	1.98
71411589--71411730	46	3.1	45	71	18	114	29	27	19	23	1.98
71417225--71417249	10	2.5	10	100	0	50	32	12	0	56	1.36
71419358--71419430	34	2.2	33	85	7	94	26	21	23	28	1.99
71421915--71422010	26	3.8	26	94	2	153	30	22	20	26	1.99
71422061--71422117	20	2.8	20	94	0	96	31	19	12	36	1.89
71434337--71434476	48	2.9	48	88	3	192	29	20	22	27	1.98
71435068--71435186	55	2.2	54	79	8	125	25	24	25	25	2.00
71443470--71443682	49	4.5	47	75	10	177	25	28	18	27	1.98
71443512--71443682	91	1.9	94	86	6	251	26	28	18	26	1.98
71443561--71443692	44	3.0	43	80	10	158	29	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71444446--71444524	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
71444643--71444809	47	3.6	47	89	0	235	28	31	8	32	1.87
71453440--71453668	29	7.9	29	72	3	156	21	25	14	38	1.91
71453453--71453697	58	4.2	58	77	6	244	22	25	13	38	1.91
71453449--71453697	87	2.9	87	72	8	227	22	26	13	38	1.91
71456753--71456816	33	2.0	33	81	9	78	28	26	21	23	1.99
71458444--71458482	5	7.8	5	85	8	53	74	0	25	0	0.82
71458415--71458521	57	2.0	55	87	9	157	65	0	30	3	1.10
71458417--71458529	14	8.2	14	69	16	76	65	0	30	4	1.12
71458436--71458501	19	3.5	19	74	12	55	65	0	30	4	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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