genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39142168--39142266	40	2.4	41	81	8	110	29	26	18	26	1.98
39149283--39149434	43	3.6	42	76	7	137	28	25	19	26	1.98
39150482--39150530	22	2.3	21	89	6	80	59	12	10	18	1.60
39150489--39150541	22	2.4	22	96	0	97	58	15	7	18	1.60
39164019--39164241	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
39164019--39164241	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
39172187--39172254	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
39172076--39172403	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
39172356--39172434	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
39180159--39180336	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
39180180--39180335	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
39180820--39180846	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
39183561--39183780	46	4.7	47	75	11	145	22	28	19	29	1.98
39188850--39189030	38	4.8	38	88	0	254	18	20	23	37	1.95
39188847--39189063	38	5.7	38	84	4	204	18	20	23	36	1.95
39194505--39194699	38	5.1	37	86	3	237	20	19	23	37	1.94
39194505--39194699	76	2.6	76	86	0	282	20	19	23	37	1.94
39197586--39197755	47	3.6	47	75	13	197	21	19	30	29	1.97
39197590--39197762	93	1.9	93	97	0	328	21	18	30	30	1.97
39199785--39199817	15	2.1	16	94	5	59	30	24	15	30	1.95
39201814--39201962	42	3.5	42	78	9	149	28	20	24	26	1.99
39207546--39207585	17	2.4	17	95	0	71	47	20	5	27	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39211401--39211440	8	5.0	8	84	0	53	50	22	22	5	1.68
39213115--39213286	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
39213139--39213320	67	2.8	64	77	8	190	29	15	30	24	1.96
39215003--39215048	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
39215041--39215219	60	3.0	61	80	11	185	27	19	25	27	1.99
39215077--39215182	28	3.7	27	73	21	81	26	18	28	26	1.98
39215606--39215761	78	2.0	78	96	0	285	27	13	20	38	1.90
39215876--39215909	17	2.0	17	94	0	59	41	14	11	32	1.82
39220590--39220715	56	2.2	56	82	0	162	34	24	12	27	1.92
39221851--39221879	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
39224340--39224524	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
39224340--39224522	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
39224341--39224557	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
39242598--39242791	56	3.4	56	82	2	212	30	23	15	30	1.95
39243919--39243947	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
39246441--39246625	40	4.7	40	80	6	207	24	22	27	26	2.00
39246494--39246658	79	2.1	79	81	4	190	26	20	26	26	1.99
39251949--39251993	23	2.0	23	86	0	63	42	24	15	17	1.88
39253232--39253262	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
39253229--39253268	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
39253514--39253716	55	3.8	53	81	6	187	24	24	18	33	1.97
39260935--39260965	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39260932--39260971	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
39261196--39261411	55	4.0	54	78	8	215	23	25	17	33	1.96
39261204--39261403	108	1.8	110	87	4	298	24	25	17	32	1.97
39265442--39265475	17	2.0	17	94	0	59	32	23	8	35	1.86
39280072--39280256	98	1.9	98	82	2	237	28	19	27	25	1.99
39280021--39280263	48	5.0	48	75	5	220	27	18	26	26	1.98
39284525--39284565	17	2.4	17	95	0	73	43	17	24	14	1.86
39285559--39285937	48	7.8	48	78	7	329	27	19	27	24	1.99
39285567--39285939	146	2.6	143	83	7	434	27	19	27	24	1.99
39312222--39312397	46	3.8	46	81	4	219	21	21	29	27	1.98
39312218--39312389	93	1.8	93	93	0	299	20	22	30	26	1.98
39315318--39315386	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
39315309--39315396	30	3.0	30	78	8	90	11	17	14	56	1.66
39315318--39315397	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
39322047--39322470	74	5.4	74	76	14	411	32	15	21	31	1.94
39322266--39322305	21	1.9	21	100	0	80	25	20	35	20	1.96
39322122--39322451	170	1.9	170	93	3	576	33	15	20	31	1.93
39322291--39322516	74	3.1	71	83	8	242	30	15	21	32	1.94
39322590--39322624	17	2.0	18	88	5	54	17	11	5	65	1.43
39323511--39323814	152	2.0	152	99	0	599	38	16	15	29	1.90
39324415--39324458	3	14.3	3	85	4	61	31	0	2	65	1.05
39324417--39324449	16	2.1	16	94	0	57	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39324433--39324466	9	3.7	9	92	4	50	26	2	5	64	1.30
39324557--39324589	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
39324437--39324661	120	1.9	122	82	6	287	29	6	7	56	1.51
39324769--39324823	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
39330232--39330271	15	2.7	15	96	0	71	10	40	25	25	1.86
39340265--39340297	16	2.0	17	88	5	50	57	12	9	21	1.62
39342709--39342832	61	2.0	61	100	0	248	49	1	17	31	1.57
39342713--39342808	30	3.2	30	68	24	92	51	1	17	30	1.53
39345115--39345149	17	2.1	16	89	5	52	74	2	0	22	0.95
39345806--39345839	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
39355608--39355654	24	2.0	24	88	8	71	42	0	2	55	1.12
39357414--39357448	16	2.1	17	89	5	54	28	2	11	57	1.48
39357695--39357719	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
39372268--39372353	43	2.0	43	95	0	154	36	8	17	38	1.79
39376836--39376890	29	2.0	28	82	13	69	25	3	3	67	1.23
39377201--39377252	27	1.9	27	88	0	77	55	5	11	26	1.58
39377979--39378039	9	7.1	9	74	7	56	57	1	0	40	1.08
39381448--39381662	92	2.3	91	84	4	279	25	18	20	35	1.95
39383086--39383119	14	2.4	14	90	0	50	44	8	17	29	1.79
39383583--39383639	15	3.5	15	71	17	51	47	3	1	47	1.29
39383720--39383775	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
39385056--39385112	15	3.5	15	71	17	51	47	3	1	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39385193--39385248	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
39388099--39388204	40	2.7	41	88	4	155	22	24	27	25	2.00
39389743--39389787	17	2.6	18	82	7	56	42	13	13	31	1.82
39389761--39389800	18	2.2	18	86	0	53	40	15	10	35	1.80
39389789--39389837	18	2.7	18	87	6	64	34	16	6	42	1.73
39389810--39389852	18	2.4	18	84	7	52	34	13	11	39	1.82
39389967--39389997	6	5.2	6	92	0	53	45	19	19	16	1.86
39389967--39390001	12	2.9	12	91	0	61	42	17	22	17	1.88
39389977--39390095	51	2.3	53	85	7	154	41	19	21	18	1.91
39397618--39397663	24	1.9	24	95	0	83	34	8	10	45	1.70
39398862--39398982	42	2.9	41	75	8	109	22	21	14	42	1.88
39399559--39399592	12	2.8	12	90	0	50	17	17	38	26	1.92
39407045--39407095	20	2.4	22	83	9	61	17	1	3	76	1.03
39407465--39407497	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
39407789--39407954	43	3.9	43	81	2	174	32	24	15	27	1.95
39415377--39415407	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
39415374--39415413	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
39419236--39419339	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
39419236--39419361	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
39420248--39420304	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
39426558--39426635	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
39426588--39426915	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39428338--39428585	55	4.7	54	77	7	224	21	23	19	35	1.96
39428382--39428582	108	1.8	110	86	4	291	21	24	18	34	1.96
39430873--39430905	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
39431143--39431308	43	3.9	43	82	2	192	33	24	15	27	1.95
39439290--39439461	50	3.5	50	79	10	160	25	30	18	25	1.98
39439425--39439642	46	4.7	46	79	8	212	22	30	20	26	1.98
39439472--39439645	94	1.9	92	86	4	251	21	31	21	26	1.98
39446217--39446390	46	3.8	46	81	10	210	21	21	28	28	1.98
39453810--39453982	46	3.7	46	78	10	190	21	20	28	30	1.98
39453807--39453977	93	1.8	93	91	0	279	21	20	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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