genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5875989--5876197	45	4.6	45	76	9	181	23	29	19	28	1.98
5875989--5876228	46	5.2	46	74	7	195	23	29	19	27	1.98
5883988--5884087	50	2.0	50	98	0	191	18	18	31	33	1.94
5888380--5888507	64	2.0	63	92	1	211	34	12	13	39	1.82
5888673--5888809	68	2.0	68	98	0	265	34	17	10	37	1.85
5893204--5893321	48	2.5	48	81	0	128	29	24	16	28	1.97
5893243--5893419	48	3.7	48	79	7	162	27	25	17	28	1.98
5900732--5900915	79	2.3	80	82	10	218	25	22	27	25	2.00
5900732--5900915	39	4.7	40	82	7	216	25	22	27	25	2.00
5915593--5915782	98	1.9	99	84	7	251	43	2	11	42	1.55
5915437--5915926	262	1.9	256	85	7	675	45	3	11	39	1.58
5915902--5915942	20	2.0	21	85	4	57	43	7	4	43	1.53
5915902--5915941	22	1.9	21	85	10	55	45	5	5	45	1.47
5915685--5915998	157	2.0	153	84	6	409	43	3	11	40	1.58
5915954--5916013	20	3.0	20	78	4	66	38	3	13	45	1.60
5916156--5916241	43	2.0	43	97	0	163	38	6	15	39	1.74
5933407--5933476	22	3.0	22	66	18	61	11	25	18	44	1.83
5933382--5933505	47	2.6	47	89	0	185	12	20	19	48	1.80
5933381--5933460	25	3.3	25	66	16	69	8	20	23	47	1.77
5933502--5933553	22	2.4	21	83	6	59	15	15	25	44	1.85
5938902--5939042	57	2.5	57	80	5	144	27	27	17	27	1.97
5942606--5942697	46	2.0	46	83	12	118	29	16	22	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5943573--5943628	27	2.0	28	89	3	87	44	17	1	35	1.60
5945468--5945575	39	2.7	40	83	8	157	25	22	27	25	2.00
5945468--5945589	40	3.1	40	78	13	144	27	21	27	24	1.99
5945473--5945608	39	3.5	39	77	12	127	25	21	27	25	1.99
5949355--5949501	49	3.0	49	88	5	190	34	20	21	23	1.97
5949370--5949496	25	5.2	24	78	11	123	33	21	22	22	1.97
5956099--5956207	37	2.9	37	94	0	182	25	31	20	22	1.98
5956353--5957303	48	19.8	48	99	0	1875	31	29	6	33	1.82
5957273--5957466	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	33	1.90
5957366--5957437	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
5956369--5957466	96	11.5	93	95	1	616	30	29	7	33	1.84
5961316--5962267	40	23.8	40	98	0	1787	25	27	22	24	2.00
5967327--5968117	264	3.0	263	95	0	1456	31	18	18	31	1.95
5975803--5975922	60	2.0	60	100	0	240	41	13	15	30	1.85
5982471--5982610	70	2.0	70	95	0	253	30	21	6	42	1.78
5992439--5992484	24	1.9	24	86	0	65	43	4	34	17	1.69
6012302--6012371	25	2.8	25	91	0	104	24	21	27	27	1.99
6012402--6012432	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
6013299--6013384	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
6013362--6013545	27	6.8	27	77	5	176	28	9	19	41	1.83
6013362--6013545	81	2.3	81	79	5	194	28	9	19	41	1.83
6013544--6013635	27	3.4	27	74	5	96	45	7	18	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6014917--6015004	46	1.9	46	86	2	124	21	18	27	32	1.96
6016535--6016608	38	1.9	39	88	2	114	24	29	29	16	1.96
6026276--6026360	42	2.0	43	83	2	109	18	14	34	32	1.91
6030393--6030433	16	2.7	15	81	7	55	9	9	19	60	1.55
6032964--6033138	46	3.8	46	78	13	214	27	30	22	20	1.98
6032971--6033142	93	1.8	93	97	0	326	26	30	22	20	1.98
6033547--6033699	77	2.0	77	96	0	279	27	24	8	39	1.84
6045192--6045449	46	5.6	46	100	0	516	19	23	29	27	1.98
6059175--6059216	17	2.4	18	80	11	52	30	45	14	9	1.77
6069200--6070163	39	24.6	39	97	1	1733	23	28	22	25	2.00
6080711--6080792	33	2.5	33	80	5	94	17	1	45	36	1.56
6085726--6085831	48	2.2	48	91	0	167	34	5	26	33	1.80
6085964--6086035	37	1.9	37	91	0	117	22	19	34	23	1.96
6090846--6091037	40	4.8	40	86	0	249	26	28	21	24	1.99
6092238--6092316	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
6092578--6092670	48	1.9	48	93	0	159	26	31	8	33	1.87
6092648--6092770	47	2.6	47	88	0	165	26	29	10	33	1.90
6096363--6096585	40	5.6	40	81	5	229	23	26	23	26	2.00
6096355--6096585	120	1.9	120	82	5	288	24	25	23	26	2.00
6096893--6096971	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
6105362--6105398	18	2.1	18	90	10	58	27	8	13	51	1.69
6106104--6106362	143	1.8	143	90	1	421	29	20	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6108311--6108375	20	3.2	20	82	0	76	41	15	4	38	1.68
6108311--6108401	40	2.3	40	79	7	96	40	13	4	41	1.64
6108359--6108401	20	2.2	20	86	0	59	39	11	2	46	1.53
6108492--6108540	21	2.4	21	86	10	66	38	12	10	38	1.77
6108624--6108727	20	5.2	20	70	4	84	36	11	5	46	1.64
6108607--6108777	40	4.2	40	83	2	164	40	10	6	42	1.65
6108609--6108780	20	8.6	20	69	10	82	40	10	6	43	1.65
6108789--6108837	20	2.5	20	79	0	53	38	12	6	42	1.67
6108872--6109096	20	11.4	20	68	12	124	42	14	6	36	1.71
6108905--6109005	38	2.6	38	86	9	125	41	16	5	35	1.73
6108883--6109066	98	1.9	98	84	4	246	42	14	6	35	1.72
6108872--6109098	40	5.7	40	76	9	187	42	14	6	36	1.71
6109193--6109245	20	2.7	20	75	0	52	47	13	1	37	1.54
6109769--6109800	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
6114882--6114913	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
6115813--6116212	200	2.0	200	98	0	764	29	26	20	24	1.99
6116692--6116771	42	1.9	42	100	0	160	28	23	13	33	1.93
6119709--6119740	14	2.3	14	94	0	55	3	15	46	34	1.62
6120267--6120396	65	2.0	65	93	0	224	31	20	16	31	1.95
6123991--6124034	16	2.8	16	82	0	61	54	15	18	11	1.70
6124253--6124355	29	3.6	27	72	11	82	30	15	31	23	1.95
6141174--6141221	22	2.1	22	85	11	62	45	0	25	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6141490--6141566	28	2.8	28	72	14	79	41	0	23	35	1.55
6156437--6156518	42	2.0	42	100	0	164	31	24	29	14	1.95
6165319--6165506	40	4.7	40	93	0	304	30	20	26	21	1.98
6166909--6167003	47	2.0	47	100	0	190	25	22	18	33	1.97
6177169--6177213	19	2.3	20	84	3	56	55	4	2	37	1.32
6177237--6177274	20	1.9	20	88	0	58	55	5	0	39	1.23
6177242--6177308	20	3.2	21	73	19	59	64	5	1	28	1.26
6186614--6186758	59	2.4	59	93	1	245	32	4	7	55	1.49
6188345--6188383	7	5.6	7	100	0	78	43	0	0	56	0.99
6188338--6188383	21	2.2	21	92	0	74	43	2	0	54	1.12
6192622--6192793	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	20	1.98
6192623--6192790	46	3.6	46	79	10	189	29	29	20	20	1.98
6193211--6193271	30	2.0	30	87	0	86	29	19	6	44	1.76
6194568--6194651	25	3.2	25	63	21	62	58	11	11	17	1.63
6194569--6194657	26	3.2	28	63	30	73	60	11	12	15	1.58
6194552--6194661	55	2.0	55	98	0	211	59	12	10	18	1.61
6196908--6196949	20	2.0	21	86	4	59	35	16	0	47	1.47
6200380--6200418	19	2.1	19	85	9	53	51	2	20	25	1.60
6212229--6212411	65	2.8	65	98	0	348	30	7	26	35	1.84
6219073--6219135	30	2.1	30	82	11	76	39	7	4	47	1.54
6222606--6222656	22	2.4	22	77	9	52	39	25	3	31	1.74
6226523--6226588	30	2.1	33	91	8	111	37	0	9	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6228528--6228569	22	1.9	22	100	0	84	35	9	4	50	1.56
6229888--6229942	13	4.3	13	77	11	51	40	0	3	56	1.17
6232898--6232926	15	1.9	15	100	0	58	24	0	34	41	1.55
6233592--6233616	13	1.9	13	100	0	50	12	8	16	64	1.49
6238046--6238090	23	2.0	23	95	4	83	40	13	4	42	1.64
6239831--6239868	16	2.2	18	86	9	53	47	2	0	50	1.15
6244584--6244670	25	3.5	24	73	4	84	31	24	19	25	1.98
6245575--6245973	31	12.8	31	96	1	717	25	26	19	28	1.98
6245949--6246125	50	3.5	50	90	0	264	27	24	14	33	1.94
6258586--6258685	50	2.0	50	100	0	200	32	18	32	18	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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