genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67894599--67894776	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
67894620--67894775	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
67901438--67901658	48	4.6	48	86	1	291	27	28	17	25	1.98
67904919--67905091	49	3.5	50	86	3	235	22	27	20	30	1.98
67905843--67905893	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
67907164--67907265	51	2.0	51	94	0	177	28	19	14	37	1.91
67909761--67909943	39	4.7	39	92	0	303	27	28	21	21	1.99
67927533--67927624	46	2.0	45	91	2	148	22	28	15	32	1.94
67935011--67935181	48	3.6	48	81	6	170	28	28	16	26	1.97
67938379--67938403	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
67947229--67947254	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
67951552--67951642	29	3.2	29	81	7	105	29	28	14	27	1.95
67958523--67958561	21	1.9	21	94	5	71	25	30	33	10	1.89
67959800--67960118	48	6.6	48	84	1	379	26	26	15	31	1.95
67966864--67967065	54	3.7	54	80	4	228	23	24	15	37	1.93
67967038--67967159	47	2.6	47	92	0	199	26	25	13	35	1.92
67974824--67975141	48	6.7	48	82	1	354	26	26	18	28	1.98
67974934--67975011	25	3.2	24	68	31	67	28	26	14	30	1.95
67989100--67989144	19	2.3	20	84	7	65	66	0	4	28	1.11
67989113--67989204	10	9.4	10	70	16	59	64	1	5	29	1.23
67989158--67989193	18	1.9	18	88	5	54	63	0	11	25	1.27
67989217--67989275	10	6.0	10	75	9	50	67	1	8	22	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67989216--67989274	19	2.9	20	80	10	66	67	3	8	20	1.31
67989229--67989309	27	3.0	26	80	10	65	61	6	4	27	1.40
67989476--67989517	20	2.1	20	82	8	50	30	7	2	59	1.37
67989486--67989526	19	2.2	18	83	12	55	34	4	0	60	1.18
67990350--67990780	96	4.5	96	96	0	772	28	18	24	28	1.98
67993943--67993986	10	4.3	10	85	2	61	29	0	0	70	0.88
67997158--67997218	29	2.1	30	93	3	106	36	13	11	39	1.80
67997755--67997803	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
67998811--67998886	37	2.0	38	97	2	145	39	13	15	31	1.86
68002186--68002235	25	2.0	25	96	0	91	22	4	38	36	1.73
68002733--68002791	27	2.1	28	96	3	111	44	20	6	28	1.77
68008247--68008276	9	3.3	9	90	0	51	83	0	16	0	0.65
68011011--68011052	20	2.1	20	86	0	57	42	16	2	38	1.61
68011024--68011113	20	4.5	20	76	12	71	38	17	6	36	1.76
68011063--68011123	20	3.0	20	87	0	86	36	21	6	36	1.79
68011291--68011403	23	5.0	22	76	17	106	34	17	22	25	1.96
68011306--68011403	45	2.1	47	80	12	114	35	18	22	23	1.95
68011292--68011428	68	1.9	72	84	10	185	34	17	21	26	1.96
68014021--68014292	46	5.8	47	76	11	213	28	18	28	24	1.98
68021723--68022073	47	7.4	47	92	1	522	34	7	29	27	1.86
68021970--68022045	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
68026679--68026806	50	2.6	50	79	8	145	25	17	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68035745--68035801	2	28.5	2	85	0	78	7	49	0	43	1.29
68041040--68041203	43	3.8	43	83	4	170	33	23	14	28	1.94
68041037--68041196	86	1.9	85	81	3	196	33	24	15	27	1.95
68041680--68041739	29	2.1	28	84	3	75	31	28	0	40	1.57
68049969--68050090	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
68049941--68050438	47	10.6	47	90	2	693	27	30	9	32	1.89
68051881--68052000	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
68063606--68063670	24	2.7	26	83	11	84	32	29	15	23	1.95
68063608--68063765	48	3.3	47	72	7	147	32	27	14	25	1.95
68063709--68063769	24	2.5	24	83	0	77	31	29	14	24	1.95
68066927--68066965	19	2.0	20	85	5	53	43	7	5	43	1.55
68066955--68067061	51	2.1	51	82	0	133	47	2	2	46	1.31
68074813--68074946	56	2.3	60	86	8	179	44	1	1	52	1.19
68075112--68075145	16	2.1	16	88	0	50	32	26	0	41	1.56
68076521--68076550	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
68078861--68079018	71	2.2	71	87	2	219	32	22	17	27	1.96
68079063--68079117	22	2.5	22	96	0	101	21	23	14	40	1.90
68079902--68079954	26	2.0	26	92	0	88	33	15	20	30	1.93
68082072--68082115	13	3.4	13	93	0	70	36	22	0	40	1.54
68082287--68082369	37	2.2	37	86	0	112	31	22	15	30	1.95
68090447--68090471	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
68092853--68092920	34	2.0	34	100	0	136	26	11	29	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68093208--68093251	23	1.9	23	100	0	88	29	6	22	40	1.80
68094594--68094641	20	2.4	20	100	0	96	41	4	14	39	1.65
68097641--68097747	43	2.5	42	83	8	128	29	26	19	24	1.98
68113794--68113867	38	1.9	38	91	0	121	37	12	18	31	1.88
68114859--68114931	18	4.1	18	80	0	83	41	16	20	21	1.90
68117482--68117944	96	4.8	96	90	5	718	31	8	29	30	1.86
68117482--68117944	47	9.6	49	91	5	707	31	8	29	30	1.86
68117689--68117893	104	2.0	104	97	0	383	32	7	29	30	1.86
68119800--68119987	27	7.0	27	78	2	191	39	21	15	22	1.91
68119979--68120225	81	3.0	81	87	0	350	19	15	22	42	1.89
68119979--68120225	27	9.1	27	88	1	316	19	15	22	42	1.89
68120215--68120242	13	2.2	13	100	0	56	14	14	14	57	1.66
68120213--68120244	13	2.6	12	90	9	55	15	15	15	53	1.74
68124726--68124790	23	2.7	23	95	4	112	44	15	4	35	1.67
68127060--68127084	11	2.3	11	100	0	50	56	8	8	28	1.57
68129968--68130347	44	8.6	44	74	11	278	30	20	17	31	1.96
68130141--68130349	49	4.5	46	74	14	180	30	20	16	32	1.95
68130259--68130386	49	2.6	50	77	10	138	29	28	13	28	1.94
68133514--68133559	18	2.6	18	96	0	83	4	17	39	39	1.69
68140199--68140583	50	7.6	50	79	4	373	30	24	17	27	1.97
68140199--68140579	101	3.8	101	80	3	369	30	25	17	26	1.97
68140199--68140579	151	2.5	151	88	2	550	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68140496--68140580	26	3.3	26	64	18	68	36	27	11	24	1.90
68146961--68147339	50	7.6	50	76	6	311	32	25	16	25	1.96
68147059--68147339	151	1.8	152	89	3	440	30	24	17	26	1.97
68146966--68147297	101	3.3	99	81	4	339	31	25	17	25	1.97
68148945--68149002	29	2.0	28	93	3	98	51	10	6	31	1.62
68160626--68160652	10	2.7	10	100	0	54	44	7	7	40	1.60
68166939--68167001	26	2.5	23	75	22	56	30	3	4	61	1.32
68167141--68167194	8	6.1	9	76	23	53	66	0	3	29	1.09
68167131--68167194	28	2.3	28	86	10	87	67	0	3	29	1.06
68175202--68175237	4	9.0	4	88	11	56	50	0	0	50	1.00
68175192--68175238	20	2.3	20	92	7	78	46	0	2	51	1.13
68179050--68179090	20	2.0	20	85	9	55	26	4	17	51	1.65
68179715--68179866	43	3.5	42	82	1	169	26	15	25	32	1.96
68183808--68183852	22	2.0	22	100	0	90	22	8	35	33	1.85
68186250--68186322	34	2.2	34	87	7	105	26	23	21	28	1.99
68192418--68192446	9	3.2	9	100	0	58	31	10	0	58	1.31
68198593--68198826	40	5.9	40	90	0	362	26	22	26	23	2.00
68198593--68198853	120	2.2	119	87	4	373	27	22	26	22	2.00
68204130--68204350	40	5.6	40	82	2	232	23	25	23	26	2.00
68209913--68209990	40	2.0	39	94	2	138	24	23	26	25	2.00
68209797--68210178	202	1.9	202	99	0	755	28	14	25	32	1.94
68210111--68210192	40	2.1	39	88	6	121	29	21	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68236945--68237156	101	2.1	101	80	8	227	27	22	16	33	1.96
68240104--68240147	22	2.0	22	100	0	88	27	9	22	40	1.84
68240854--68241199	115	3.0	115	98	0	656	26	22	18	32	1.97
68244606--68244815	55	3.8	56	79	7	191	34	16	24	24	1.95
68244669--68244813	53	2.7	54	82	2	166	33	17	25	24	1.96
68253799--68253875	40	1.9	40	91	0	127	33	15	29	20	1.94
68256652--68256790	28	5.0	28	78	10	142	28	30	15	26	1.96
68256663--68256796	56	2.4	56	89	2	207	28	29	14	26	1.96
68258241--68258272	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
68264496--68264607	28	4.0	28	87	4	172	27	30	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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