genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78120691--78120862	93	1.8	93	100	0	344	29	20	26	22	1.99
78125177--78125251	28	2.6	29	87	6	100	25	13	28	33	1.93
78125294--78125397	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
78125294--78125419	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
78126306--78126362	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
78132616--78132693	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
78132646--78132973	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
78135416--78135721	47	6.7	43	72	14	190	21	29	19	29	1.98
78135362--78135724	94	3.9	91	78	11	382	22	28	19	29	1.98
78135362--78135724	140	2.6	136	75	10	369	22	28	19	29	1.98
78136066--78136126	30	2.0	30	87	0	86	22	24	18	34	1.96
78147493--78147853	94	3.9	92	79	9	385	22	29	19	28	1.98
78147494--78147853	47	7.7	47	72	14	192	22	29	19	28	1.98
78158872--78158950	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
78159069--78159479	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
78164072--78164247	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
78177951--78178004	23	2.4	22	81	9	65	33	18	24	24	1.97
78196708--78196773	33	2.0	34	90	3	107	22	22	28	25	1.99
78200304--78200396	46	2.0	46	93	0	159	34	8	22	34	1.85
78211645--78211683	20	1.9	21	89	5	62	46	20	10	23	1.81
78212221--78212833	313	2.0	313	96	0	1138	33	16	9	40	1.80
78213398--78213553	68	2.4	68	79	8	171	26	29	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78214019--78214079	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78224498--78224725	48	4.8	48	93	1	370	30	27	17	24	1.98
78224687--78224789	37	2.8	37	80	5	111	26	27	19	27	1.99
78231033--78231164	49	2.7	49	93	0	237	25	28	19	25	1.99
78231032--78231402	98	3.9	93	75	10	263	23	30	19	26	1.98
78231032--78231399	141	2.6	142	76	8	361	23	30	19	26	1.98
78231288--78231401	48	2.4	46	84	9	142	22	33	18	25	1.97
78238628--78238803	47	3.8	44	75	12	149	24	30	18	27	1.98
78246493--78246745	68	3.9	64	78	10	219	29	17	29	23	1.97
78257071--78257299	50	4.6	49	76	6	194	30	27	17	24	1.97
78262395--78262457	30	2.1	30	100	0	126	7	26	17	47	1.75
78264605--78264841	50	4.7	50	80	4	237	30	26	16	26	1.97
78268254--78268292	10	3.6	12	77	22	50	79	0	5	15	0.90
78268252--78268292	20	2.0	21	90	4	66	78	0	4	17	0.93
78280695--78280829	55	2.5	55	78	0	144	13	25	31	29	1.94
78285674--78285728	28	2.0	28	85	0	74	25	23	23	27	2.00
78289169--78289198	12	2.4	13	94	5	53	30	6	0	63	1.20
78295992--78296054	31	2.0	31	100	0	126	22	6	15	55	1.63
78301420--78301471	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
78306915--78307183	47	5.7	46	76	10	197	25	17	30	26	1.98
78306915--78307183	94	2.9	92	80	9	289	25	17	30	26	1.98
78308528--78308591	31	2.0	32	96	3	121	25	12	14	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78313711--78313735	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
78314431--78314657	47	4.8	48	73	14	157	28	20	27	23	1.99
78317078--78317107	15	2.0	15	93	0	51	16	40	6	36	1.75
78318481--78318541	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78319465--78319492	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
78322296--78322356	30	2.0	30	83	0	77	31	24	3	40	1.71
78324942--78325019	39	2.0	39	97	0	147	23	11	23	42	1.86
78328642--78328815	49	3.5	50	84	6	212	33	14	13	37	1.86
78334057--78334098	22	1.9	22	85	9	59	28	0	4	66	1.12
78336458--78336515	28	2.1	28	100	0	116	44	17	13	24	1.85
78350946--78351127	40	4.6	40	93	2	296	26	26	23	23	2.00
78353328--78353365	20	1.9	20	88	0	58	21	10	28	39	1.86
78376471--78376950	27	17.6	27	97	1	852	25	14	29	30	1.95
78376471--78376950	82	5.9	82	96	1	874	25	14	29	30	1.95
78383593--78383706	58	2.0	58	100	0	228	31	7	22	37	1.83
78383835--78383898	28	2.3	28	89	2	94	26	17	26	29	1.97
78383929--78384139	27	7.6	27	87	7	287	27	14	27	31	1.95
78383929--78384139	55	3.8	55	90	6	325	27	14	27	31	1.95
78386627--78386687	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
78391034--78391094	30	2.0	30	83	0	77	37	8	22	31	1.84
78395957--78395986	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
78403733--78403814	27	3.0	27	89	7	121	34	20	24	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78409703--78409801	45	2.2	46	85	5	130	35	19	26	19	1.95
78409677--78409811	45	3.0	43	72	16	105	35	18	25	20	1.95
78417405--78417512	23	4.7	23	76	13	107	36	18	27	17	1.94
78422073--78422130	25	2.3	25	96	3	107	36	12	13	37	1.82
78427586--78427693	40	2.7	40	84	7	132	25	26	23	24	2.00
78428037--78428239	101	2.0	101	99	0	397	30	29	6	34	1.82
78435983--78436090	40	2.7	40	83	7	123	27	27	20	24	1.99
78436175--78436368	40	4.8	40	85	9	259	27	29	20	22	1.98
78436175--78436368	83	2.4	80	90	4	291	27	29	20	22	1.98
78438824--78438860	17	2.2	17	100	0	74	59	13	5	21	1.54
78443061--78443154	6	15.3	6	72	16	77	47	12	18	21	1.81
78443070--78443154	37	2.3	37	85	0	116	48	11	18	21	1.80
78443676--78443922	27	9.3	27	83	2	266	25	19	18	36	1.94
78443677--78443914	53	4.5	54	81	2	241	25	20	17	36	1.94
78443680--78443919	80	3.0	81	84	3	274	25	20	17	36	1.94
78443680--78443922	107	2.3	106	84	4	321	25	19	17	37	1.94
78443741--78443946	107	1.9	107	82	5	256	26	18	19	35	1.95
78443907--78445057	54	21.3	54	87	0	1530	31	8	20	40	1.82
78443933--78444089	81	1.9	81	80	5	183	33	8	21	36	1.84
78444042--78445067	108	9.5	108	96	0	1755	30	8	20	40	1.81
78447038--78447072	18	1.9	18	100	0	70	31	22	0	45	1.53
78447414--78447440	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78452230--78452264	15	2.2	16	90	5	54	37	5	14	42	1.69
78463166--78463337	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
78463113--78463335	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
78463193--78463370	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
78471085--78471374	40	7.3	40	93	1	422	24	21	27	26	1.99
78471032--78471374	80	4.3	80	88	2	424	25	20	27	26	1.99
78471032--78471376	120	2.9	118	86	3	424	24	20	27	26	1.99
78485358--78485579	40	5.6	40	92	1	349	25	26	24	22	2.00
78487238--78487264	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
78490093--78490118	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
78490853--78490891	16	2.4	16	95	0	69	51	23	17	7	1.71
78491108--78491197	29	3.1	28	84	7	119	28	14	26	30	1.95
78497785--78497969	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	24	2.00
78497838--78498002	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
78514478--78514556	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
78514675--78515148	47	10.1	47	96	0	840	28	30	8	31	1.88
78519043--78519080	17	2.2	17	95	0	67	13	34	36	15	1.87
78519445--78519480	19	2.0	18	89	10	56	36	11	16	36	1.84
78519523--78519618	26	3.8	26	88	2	126	26	25	21	27	2.00
78519533--78519631	25	3.9	26	82	11	84	26	24	21	28	1.99
78519838--78519982	31	4.7	31	92	0	229	35	17	23	23	1.95
78523235--78523377	28	5.0	28	85	5	171	27	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78523236--78523364	29	4.5	29	87	2	122	27	31	16	24	1.96
78536383--78536807	151	2.8	151	87	2	559	26	16	25	31	1.97
78536375--78536811	50	8.7	50	75	6	337	26	16	25	31	1.97
78537257--78537611	178	2.0	180	82	1	435	38	7	19	34	1.80
78539287--78539375	45	2.0	45	95	0	160	24	29	13	32	1.93
78539577--78539619	21	2.0	21	95	0	77	23	9	11	55	1.64
78540826--78540877	17	3.1	17	81	13	54	55	0	23	21	1.43
78540844--78540877	11	3.0	11	87	8	50	55	0	26	17	1.42
78543678--78543962	149	1.9	149	84	1	383	26	14	23	35	1.93
78556513--78556660	27	5.5	27	77	7	158	29	14	25	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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