genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19317263--19317435	46	3.7	48	78	12	168	26	19	30	24	1.98
19322478--19322559	27	3.1	27	91	1	130	37	17	20	24	1.93
19326320--19326454	40	3.3	40	84	1	135	32	23	17	25	1.97
19326340--19326467	40	3.2	40	86	0	157	33	23	16	26	1.96
19330334--19330380	23	2.0	23	100	0	94	44	29	0	25	1.54
19331192--19331269	39	2.0	39	94	0	138	39	16	11	32	1.85
19336298--19336329	15	2.1	15	94	0	55	31	0	15	53	1.43
19338482--19338520	17	2.4	17	82	4	53	71	5	0	23	1.05
19340364--19340536	43	4.0	43	78	11	167	26	17	26	29	1.98
19340379--19340536	86	1.8	86	86	2	228	27	17	26	28	1.97
19348481--19348579	28	3.5	28	88	1	135	29	13	25	32	1.93
19361436--19361479	21	2.1	21	86	0	61	29	0	0	70	0.88
19362616--19362667	11	4.7	11	85	0	59	69	9	0	21	1.17
19362923--19362983	31	2.0	31	96	0	113	52	26	16	4	1.64
19365608--19365671	32	2.0	32	96	0	119	31	7	28	32	1.85
19374782--19374821	15	2.7	15	84	3	55	47	0	0	52	1.00
19377196--19377244	25	2.0	25	91	0	80	46	10	10	32	1.71
19377522--19377572	25	2.1	24	82	10	59	33	7	3	54	1.47
19386315--19386369	27	2.0	27	100	0	110	38	7	10	43	1.68
19392077--19392301	40	5.7	40	87	5	296	24	22	27	25	2.00
19392077--19392334	119	2.2	119	81	8	285	25	21	27	25	2.00
19400068--19400333	40	6.7	40	90	3	385	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19402237--19402299	31	2.0	31	90	0	99	31	15	30	22	1.95
19404839--19404892	25	2.1	26	86	10	76	31	3	5	59	1.38
19409843--19409933	28	3.2	28	86	9	114	31	12	26	29	1.92
19417257--19417372	58	2.0	58	85	8	157	47	5	18	29	1.70
19417561--19417638	36	2.2	36	100	0	156	43	2	19	34	1.64
19420252--19420315	29	2.2	30	80	8	78	75	3	7	14	1.15
19422364--19422429	20	3.3	19	72	8	60	13	34	19	31	1.91
19422328--19422432	40	2.6	40	90	0	165	17	28	18	36	1.93
19426818--19426850	6	5.3	6	92	7	57	0	0	54	45	0.99
19428979--19429260	142	2.0	143	91	0	458	28	9	23	38	1.86
19429853--19429906	25	2.2	25	83	12	67	18	1	25	53	1.54
19436553--19436811	46	5.5	44	79	10	198	25	29	18	26	1.98
19439149--19439373	48	4.7	48	81	6	224	26	19	28	25	1.98
19439185--19439367	98	1.9	99	84	3	253	26	19	30	24	1.98
19447728--19448892	206	5.7	207	87	4	1605	30	17	23	28	1.97
19460231--19460416	40	4.7	40	99	0	363	27	20	26	24	1.99
19460231--19460694	120	3.9	120	88	5	710	26	21	28	23	1.99
19468576--19468643	20	3.5	20	69	16	61	19	29	20	30	1.97
19468578--19468778	39	5.2	38	82	5	249	16	28	20	33	1.95
19468578--19468778	78	2.6	78	87	1	278	16	28	20	33	1.95
19468668--19468732	20	3.3	20	66	12	53	15	35	20	29	1.93
19468688--19468751	19	3.3	19	69	4	56	10	32	21	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19468578--19468799	117	1.9	117	84	1	284	17	29	20	32	1.95
19473466--19473510	23	2.0	23	86	0	63	75	0	22	2	0.91
19474625--19474710	43	2.0	43	90	0	136	54	2	19	23	1.55
19474631--19474695	16	4.4	16	67	25	52	56	3	20	20	1.55
19474681--19474742	32	1.9	32	83	6	81	51	0	22	25	1.48
19477017--19477240	79	2.8	80	79	9	244	23	22	28	26	1.99
19477017--19477240	40	5.6	40	80	8	242	23	22	28	26	1.99
19488083--19488136	27	2.0	27	92	0	90	40	20	16	22	1.91
19491153--19491250	40	2.5	40	90	4	130	33	5	19	41	1.73
19491165--19491250	40	2.2	40	97	0	163	31	5	20	41	1.76
19500263--19500385	43	2.8	43	83	4	158	33	26	14	26	1.94
19505066--19505212	56	2.6	56	74	8	136	34	18	14	31	1.91
19510860--19510938	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19511071--19512290	47	25.8	47	95	1	1963	28	30	9	31	1.88
19515450--19515478	13	2.2	13	100	0	58	34	27	24	13	1.93
19528767--19528805	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
19531557--19531651	49	1.9	49	91	0	154	28	16	26	28	1.97
19534816--19535011	42	4.7	42	82	5	234	31	25	13	30	1.93
19534816--19534992	83	2.1	84	86	8	245	30	24	14	30	1.94
19534848--19535012	83	2.0	84	84	8	221	32	25	12	29	1.93
19535456--19535485	14	2.2	13	94	5	51	56	13	3	26	1.52
19541007--19541530	261	2.0	260	92	0	868	30	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19549369--19549396	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
19549625--19549735	26	4.3	26	85	5	147	27	22	19	29	1.98
19549785--19549841	20	2.8	20	91	0	96	31	19	14	35	1.91
19549785--19549840	11	5.5	11	73	16	57	30	19	14	35	1.91
19556704--19556733	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
19557849--19557906	11	5.6	11	74	15	61	34	18	10	36	1.85
19557849--19557905	20	2.8	20	94	0	96	35	19	10	35	1.86
19558268--19558307	21	2.0	20	90	5	62	20	40	20	20	1.92
19560946--19561030	43	2.0	43	82	13	104	27	24	18	29	1.98
19561771--19561822	22	2.4	22	100	0	104	26	25	19	28	1.98
19561793--19561864	35	2.1	35	100	0	144	31	19	19	29	1.96
19564235--19564336	43	2.4	41	79	6	116	23	17	26	32	1.97
19571795--19571909	42	2.7	42	75	15	112	26	17	23	33	1.96
19572090--19572177	36	2.5	36	90	3	135	39	7	19	32	1.81
19572680--19572727	25	1.9	25	100	0	96	29	4	29	37	1.76
19581409--19581460	24	2.2	24	82	6	61	48	25	5	21	1.72
19581637--19581811	59	3.0	56	85	9	217	33	33	15	18	1.92
19583335--19583437	51	2.0	51	100	0	206	33	23	13	29	1.93
19583576--19583753	46	3.8	46	75	5	173	28	27	20	23	1.99
19583584--19583755	93	1.8	93	88	2	265	27	28	20	23	1.99
19583627--19583770	46	3.1	47	71	21	124	29	27	19	23	1.98
19584079--19584705	313	2.0	313	97	0	1182	28	21	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19588850--19589046	7	27.7	7	78	7	74	42	34	0	23	1.55
19588901--19589023	21	5.8	21	77	1	102	42	37	0	20	1.52
19589426--19589662	116	2.1	114	81	6	273	29	21	17	31	1.96
19589618--19589729	40	2.8	40	77	0	116	32	18	19	29	1.96
19589483--19589930	188	2.3	189	81	4	506	31	19	17	30	1.96
19589785--19589951	40	4.3	40	80	6	180	29	17	19	32	1.95
19589785--19589951	76	2.1	78	84	4	212	29	17	19	32	1.95
19590155--19590179	10	2.5	10	100	0	50	28	0	40	32	1.57
19591191--19591268	27	2.9	27	84	3	104	29	19	8	42	1.81
19591254--19591359	27	3.9	27	89	0	131	39	22	7	30	1.82
19591259--19591385	54	2.4	54	84	0	173	39	21	8	30	1.83
19591286--19591413	27	4.7	27	82	6	152	38	22	9	29	1.86
19591403--19591509	27	4.0	27	86	2	135	34	16	21	27	1.95
19591369--19591509	54	2.6	54	81	6	144	35	17	17	29	1.93
19591392--19591509	54	2.2	54	83	6	150	35	16	20	27	1.94
19591715--19591786	25	2.9	24	85	4	81	30	23	20	25	1.99
19599683--19599768	44	1.9	45	88	2	129	19	17	27	34	1.95
19604701--19604823	46	2.7	46	93	0	201	17	17	30	33	1.94
19605356--19605454	50	2.0	49	96	2	180	25	13	23	38	1.91
19607746--19607791	23	2.0	23	100	0	92	21	8	26	43	1.81
19607842--19607921	15	5.4	15	78	12	85	10	17	12	60	1.59
19607833--19607920	30	3.0	30	80	11	92	10	17	14	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19610257--19610432	46	3.8	44	73	11	149	21	21	29	27	1.98
19610253--19610425	93	1.9	93	87	2	258	21	21	30	26	1.99
19612938--19612966	15	2.0	15	93	6	51	41	6	17	34	1.76
19615278--19615338	32	1.9	32	96	0	113	21	19	8	50	1.73
19615282--19615346	32	2.1	31	91	8	107	18	18	7	55	1.66
19632083--19632345	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
19632083--19632345	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
19632277--19632354	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19638965--19638989	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
19641814--19641883	20	3.5	20	74	16	63	25	25	11	37	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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