genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57123220--57123431	46	4.6	46	77	9	159	24	29	18	27	1.98
57126791--57126953	43	3.8	43	76	8	154	30	17	23	28	1.97
57129527--57129558	12	2.7	12	90	0	55	28	37	25	9	1.87
57131675--57131850	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
57131672--57131842	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
57134774--57134844	15	4.7	15	78	5	81	11	18	14	56	1.67
57134764--57134844	30	2.7	31	79	11	96	11	17	17	54	1.71
57140250--57140280	12	2.6	12	94	0	53	0	3	48	48	1.17
57141385--57141430	24	1.9	24	82	8	58	36	17	26	19	1.94
57143492--57143519	14	2.0	14	100	0	56	21	14	21	42	1.88
57159868--57160104	48	4.9	48	79	5	228	29	18	28	24	1.98
57159869--57160053	96	1.9	96	91	2	300	27	18	28	25	1.98
57159877--57160104	96	2.4	95	82	8	268	29	18	28	23	1.98
57166627--57166674	20	2.4	20	96	0	87	37	12	16	33	1.86
57166722--57166789	26	2.7	25	90	4	102	23	27	22	26	1.99
57166722--57166805	26	3.4	24	85	6	80	27	23	21	27	1.99
57188024--57188145	22	5.3	22	63	27	65	31	13	29	25	1.93
57187991--57188257	47	5.7	47	96	0	498	32	12	29	25	1.93
57188071--57188192	22	5.3	22	63	21	61	31	12	30	25	1.92
57195474--57195570	12	8.5	11	69	22	58	58	1	4	36	1.24
57195503--57195571	33	2.1	32	81	7	77	59	1	4	34	1.26
57195585--57195641	29	2.0	29	83	10	73	66	0	3	29	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57196075--57196100	10	2.6	10	100	0	52	88	0	11	0	0.52
57199013--57199066	26	2.1	26	83	13	67	35	3	1	59	1.26
57202925--57202978	26	2.1	26	83	13	67	35	3	1	59	1.26
57214355--57214400	5	10.0	5	77	17	55	39	2	0	58	1.10
57214358--57214399	13	3.2	13	86	6	59	38	2	0	59	1.10
57214355--57214400	18	2.6	18	92	0	83	39	2	0	58	1.10
57222053--57222217	48	3.5	48	77	4	145	31	19	25	23	1.98
57226376--57226407	16	2.0	16	93	0	55	31	34	0	34	1.58
57230091--57230131	22	1.9	21	85	5	55	17	24	43	14	1.86
57240231--57240342	40	2.8	40	88	0	152	23	30	25	20	1.98
57244047--57244380	164	2.0	164	98	0	650	35	28	12	24	1.91
57246420--57246561	50	2.8	50	83	0	185	23	28	19	29	1.98
57257023--57257057	15	2.3	15	100	0	70	8	0	17	74	1.06
57257696--57257868	94	1.9	92	82	11	219	25	28	18	27	1.98
57259956--57260001	20	2.2	20	80	3	56	8	10	2	78	1.05
57261813--57262004	50	3.9	50	86	1	253	27	19	25	28	1.99
57265001--57265108	55	2.0	55	87	3	155	18	25	34	22	1.96
57271469--57271493	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
57276097--57276152	30	1.9	29	82	13	71	44	5	21	28	1.74
57276095--57276158	28	2.2	30	75	10	71	42	4	21	31	1.74
57276137--57276245	54	2.0	54	100	0	218	37	1	18	42	1.61
57276803--57276851	21	2.2	23	85	7	66	30	0	26	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57293730--57293862	50	2.8	48	75	12	139	36	24	15	24	1.94
57295402--57295536	65	2.1	64	91	1	216	21	26	28	22	1.99
57304782--57304863	29	2.9	28	87	3	119	28	30	13	28	1.94
57307309--57307378	29	2.4	29	85	2	88	28	31	12	27	1.93
57307654--57309566	956	2.0	956	100	0	3826	32	23	16	28	1.96
57311663--57311689	8	3.4	8	100	0	54	0	48	11	40	1.39
57312123--57312199	29	2.7	29	83	0	109	28	25	15	29	1.96
57313303--57313493	38	4.9	39	87	3	235	29	26	22	21	1.99
57328302--57328420	40	3.0	40	82	7	127	31	26	21	21	1.98
57333356--57333418	24	2.7	23	77	2	63	19	25	20	34	1.96
57333356--57333445	23	3.9	22	75	13	65	22	25	17	34	1.96
57338608--57338664	22	2.6	22	94	0	96	28	29	28	14	1.95
57343647--57343673	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
57346656--57346904	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
57346655--57346904	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
57346999--57347030	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
57347242--57347298	29	1.9	30	85	3	80	31	24	3	40	1.72
57352949--57353074	48	2.6	48	85	0	171	36	26	15	21	1.93
57360254--57360387	48	2.8	49	88	1	198	38	26	14	20	1.91
57360261--57360387	49	2.6	48	89	1	191	37	27	14	20	1.91
57362335--57362459	41	3.0	41	86	0	169	28	29	20	22	1.98
57362697--57362762	27	2.4	27	84	0	78	33	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57362717--57363039	27	12.0	27	76	9	214	31	9	18	40	1.82
57362717--57363014	107	2.8	108	81	6	327	31	9	18	41	1.81
57362697--57363031	54	6.2	54	74	5	273	31	9	19	40	1.83
57363028--57363105	28	2.9	27	84	3	102	29	24	15	30	1.95
57367342--57367386	21	2.1	21	100	0	90	37	13	22	26	1.91
57367562--57367849	93	3.1	93	91	1	454	37	13	4	45	1.62
57371413--57371666	55	4.8	53	79	9	218	35	16	25	22	1.94
57376729--57376780	24	2.2	24	82	6	61	19	3	25	51	1.63
57382860--57382938	15	5.3	15	75	6	70	11	15	18	54	1.70
57389541--57389776	49	4.8	49	79	6	251	29	25	18	26	1.98
57403324--57403442	27	4.4	27	83	2	141	35	21	21	22	1.96
57403324--57403426	54	1.9	54	89	0	161	34	22	20	22	1.96
57404094--57404145	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
57404192--57404243	27	1.9	27	84	0	68	21	26	21	30	1.98
57410866--57410984	27	4.4	27	79	0	130	36	17	21	24	1.95
57411625--57411676	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
57420738--57420790	14	3.9	13	80	7	61	16	9	1	71	1.21
57423754--57423810	20	2.8	20	89	0	87	43	0	29	26	1.55
57426134--57426495	46	7.6	46	75	11	202	27	19	29	23	1.98
57426316--57426495	48	3.7	48	76	6	148	27	19	28	25	1.99
57428842--57428885	22	2.0	22	86	8	63	27	0	18	54	1.44
57434238--57434396	43	3.7	43	79	8	126	35	25	15	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57440421--57440557	49	2.8	50	87	4	188	24	17	29	29	1.97
57445380--57445525	50	3.0	48	81	5	184	23	17	28	30	1.97
57452089--57452122	12	2.8	12	86	0	50	32	41	0	26	1.56
57456723--57456860	43	3.2	43	73	6	136	36	23	14	26	1.93
57472270--57472492	46	4.8	48	77	10	205	26	19	30	23	1.98
57472271--57472492	92	2.4	94	82	10	260	26	19	30	23	1.98
57480170--57480207	19	2.0	19	100	0	76	31	26	15	26	1.96
57483402--57483445	22	2.0	22	95	0	79	29	0	38	31	1.58
57484954--57485268	47	6.6	49	72	10	197	27	20	29	22	1.99
57485092--57485274	97	1.9	98	81	5	228	28	20	27	23	1.99
57489562--57489626	29	2.2	29	97	2	121	44	3	10	41	1.55
57502630--57502692	28	2.2	28	88	0	90	30	30	7	31	1.86
57502800--57502889	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
57502800--57502914	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
57503342--57503382	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
57512566--57512839	46	5.8	46	74	9	173	25	18	32	23	1.97
57516998--57517036	19	2.1	19	90	9	62	30	2	20	46	1.64
57517616--57517721	42	2.5	43	82	1	133	25	19	26	28	1.99
57517583--57517728	43	3.4	42	78	8	145	23	18	27	30	1.98
57519617--57519687	35	2.0	35	94	0	124	38	11	2	47	1.54
57530830--57530856	14	1.9	14	100	0	54	37	11	14	37	1.82
57533494--57533813	160	2.0	160	98	1	615	36	17	22	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57535572--57535652	37	2.3	35	81	12	85	56	1	6	35	1.32
57536217--57536268	26	2.0	26	100	0	104	46	7	7	38	1.61
57536933--57536983	17	2.7	20	79	14	63	64	1	5	27	1.27
57537236--57537281	19	2.4	19	92	0	74	39	4	0	56	1.19
57537305--57537473	83	2.0	84	84	5	218	36	6	18	38	1.77
57539364--57539408	22	2.0	22	83	8	56	24	8	15	51	1.72
57541207--57541250	23	1.9	23	100	0	88	22	22	9	45	1.80
57541355--57541404	24	2.1	23	88	3	73	52	0	2	46	1.12
57541443--57541491	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
57544405--57544582	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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