genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73319655--73319683	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
73322937--73323264	163	2.0	163	95	0	593	32	25	12	28	1.93
73325971--73326138	27	6.4	27	88	2	227	25	16	17	41	1.89
73325993--73326167	54	3.3	54	84	7	162	26	16	17	39	1.90
73326464--73326505	18	2.3	18	91	0	66	19	19	11	50	1.78
73329781--73329827	20	2.3	20	92	0	76	14	27	36	21	1.93
73329922--73330010	27	3.3	27	90	0	133	28	11	16	43	1.82
73329922--73330033	54	2.1	54	82	0	134	29	14	16	39	1.88
73334075--73334142	21	3.1	21	65	19	57	41	26	11	20	1.87
73334062--73334152	45	2.0	45	91	0	146	38	25	13	23	1.91
73337054--73337166	45	2.5	44	80	4	118	41	10	23	24	1.86
73338356--73338424	28	2.5	28	81	4	79	31	21	14	31	1.93
73343695--73343863	27	6.2	26	82	11	194	36	22	25	15	1.93
73343695--73343851	57	2.8	57	91	4	241	36	21	26	15	1.93
73345278--73345348	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
73348850--73349027	27	6.6	27	82	3	196	26	14	29	29	1.95
73348851--73349006	82	1.9	81	85	3	215	26	14	29	29	1.95
73348847--73349027	82	2.2	81	81	2	211	26	14	28	29	1.95
73353623--73353809	47	3.9	47	90	1	266	32	8	30	28	1.87
73357765--73357918	77	2.0	77	94	0	272	30	22	25	20	1.98
73358211--73358418	104	2.0	104	96	0	380	36	26	17	18	1.94
73358717--73358828	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73358717--73358828	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
73360245--73360291	24	2.0	24	86	0	67	23	38	4	34	1.74
73365014--73365142	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
73367197--73367436	112	2.1	113	95	3	430	19	23	11	45	1.83
73372669--73372846	27	6.6	27	85	3	223	26	14	27	30	1.95
73372670--73372825	82	1.9	81	89	3	242	26	14	27	30	1.95
73372666--73372846	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
73377322--73377415	22	4.2	22	74	10	86	41	1	3	54	1.23
73389767--73389821	9	6.1	9	86	0	65	29	5	14	50	1.65
73389767--73389821	18	3.1	18	86	0	74	29	5	14	50	1.65
73389767--73389821	27	2.0	27	89	0	83	29	5	14	50	1.65
73389875--73389924	18	2.8	17	84	6	64	40	18	10	32	1.83
73392312--73392339	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
73392310--73392436	57	2.2	58	81	14	158	29	18	5	47	1.71
73399949--73400080	40	3.3	39	81	5	158	22	21	28	28	1.99
73406878--73406946	3	22.7	3	72	19	54	68	4	1	26	1.17
73406878--73406940	13	4.1	15	77	22	53	66	4	1	26	1.20
73406875--73406946	12	5.7	12	72	18	65	69	4	1	25	1.14
73415377--73415498	27	4.5	27	92	2	118	31	29	12	27	1.93
73415375--73415498	55	2.3	54	90	1	185	30	29	12	26	1.93
73431089--73431133	6	7.7	6	87	5	56	82	4	13	0	0.82
73431193--73431296	52	2.0	52	82	0	127	34	14	26	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73432990--73433033	10	4.2	10	83	11	52	43	0	2	54	1.12
73433582--73433621	19	2.2	17	86	8	53	7	35	0	57	1.27
73435045--73435082	18	2.1	18	100	0	76	21	26	28	23	1.99
73439588--73439692	43	2.5	42	83	7	131	33	16	22	27	1.95
73448750--73448811	21	3.0	21	74	9	72	70	4	3	20	1.19
73448750--73448811	9	6.2	9	75	14	52	70	4	3	20	1.19
73448747--73448813	15	4.3	15	72	10	53	73	4	2	19	1.14
73451142--73451176	17	2.1	17	94	0	61	34	0	11	54	1.37
73454308--73454444	46	3.0	46	85	0	184	25	30	8	35	1.85
73454418--73454612	47	4.1	47	86	5	264	27	28	9	33	1.89
73454377--73454612	98	2.5	94	84	4	305	26	29	9	34	1.88
73463007--73463084	30	2.7	29	84	4	102	21	23	20	34	1.97
73462862--73463084	29	7.7	29	72	15	115	25	18	21	34	1.96
73467337--73467561	40	5.6	40	83	2	290	24	27	23	25	2.00
73470830--73470924	34	2.8	34	90	0	136	25	25	22	27	2.00
73470938--73470988	18	2.8	18	72	19	52	39	13	15	31	1.87
73471257--73471302	23	2.0	23	84	16	60	43	17	13	26	1.85
73471257--73471302	22	2.0	24	84	16	62	43	17	13	26	1.85
73471337--73471480	27	5.3	27	83	9	168	21	15	20	41	1.90
73475075--73475150	25	3.0	25	90	0	98	28	15	23	31	1.96
73475108--73475178	25	2.8	25	84	0	79	35	14	18	32	1.90
73475130--73475186	25	2.3	24	79	8	69	29	14	21	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73477670--73477699	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
73485929--73485960	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
73489694--73489878	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
73489695--73489878	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
73489747--73489911	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
73497605--73497789	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
73497606--73497789	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
73497658--73497822	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
73505875--73505974	40	2.5	39	83	6	121	33	23	15	29	1.94
73506367--73506419	21	2.7	21	75	13	51	32	15	0	52	1.42
73516299--73516392	46	2.0	46	100	0	188	36	8	10	44	1.70
73523709--73523880	80	2.2	79	81	7	188	26	20	26	26	1.99
73523705--73523847	40	3.6	40	82	9	175	24	21	27	25	1.99
73524072--73524527	47	9.6	47	93	2	768	32	8	30	29	1.87
73524072--73524527	96	4.8	94	93	3	768	32	8	30	29	1.87
73524072--73524527	143	3.2	143	94	1	790	32	8	30	29	1.87
73525617--73525654	18	2.1	18	100	0	76	23	15	10	50	1.75
73527680--73527725	10	4.5	10	83	2	56	26	2	23	47	1.63
73533748--73533817	28	2.5	28	86	9	90	31	25	14	28	1.95
73540930--73540963	15	2.3	15	89	0	50	29	17	8	44	1.79
73551130--73551209	40	2.0	40	97	0	151	35	21	20	23	1.96
73551764--73551842	39	2.0	39	97	0	149	69	10	15	5	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73555659--73555686	3	9.3	3	100	0	56	32	35	32	0	1.58
73555677--73555815	27	5.4	27	70	13	121	33	39	17	9	1.82
73555734--73555762	15	1.9	15	100	0	58	34	41	20	3	1.69
73555814--73555872	24	2.5	24	75	10	59	30	35	23	10	1.88
73558741--73558793	27	2.0	27	81	7	63	43	5	3	47	1.45
73560198--73560375	3	61.0	3	71	7	116	32	6	1	59	1.31
73560227--73560306	22	3.6	22	74	5	81	28	5	0	66	1.13
73564402--73564433	15	2.1	15	94	0	55	34	25	9	31	1.87
73564400--73564424	12	2.1	12	100	0	50	32	24	8	36	1.84
73565145--73565172	6	4.7	6	100	0	56	82	0	17	0	0.68
73566175--73566205	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
73566766--73566799	15	2.2	16	89	5	52	64	0	29	5	1.17
73567155--73567232	36	2.2	36	90	0	129	17	6	24	51	1.69
73567909--73567962	21	2.4	24	75	18	69	12	11	44	31	1.78
73567917--73567980	21	3.0	21	86	4	76	14	9	42	34	1.77
73568725--73568950	96	2.4	96	86	4	316	47	16	7	27	1.74
73570692--73570742	24	2.1	24	92	0	84	27	31	1	39	1.68
73570837--73570970	62	2.2	61	93	1	241	46	21	8	23	1.79
73571210--73571284	6	12.7	6	82	1	71	64	10	5	20	1.45
73571213--73571290	18	4.3	18	78	0	84	61	10	6	21	1.50
73571814--73571879	31	2.2	31	86	8	91	24	13	16	45	1.84
73571947--73572007	20	3.0	20	71	22	54	57	4	1	36	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73572074--73572111	20	1.9	20	89	10	60	68	2	0	28	1.03
73572297--73572390	40	2.4	39	81	10	95	35	1	4	59	1.24
73572308--73572390	19	4.3	19	71	11	62	36	1	4	57	1.28
73578400--73578467	34	2.0	34	100	0	136	38	20	29	11	1.88
73599331--73599375	23	1.9	24	82	13	58	26	4	20	48	1.68
73602823--73602969	43	3.4	43	77	9	156	28	15	23	32	1.95
73602823--73602985	86	1.9	85	83	3	211	28	15	23	32	1.95
73602822--73602991	43	4.0	42	77	6	146	27	14	24	33	1.94
73606861--73606924	31	2.1	31	100	0	128	32	21	9	35	1.86
73614418--73614595	40	4.5	40	90	2	261	24	22	25	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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