genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5239916--5240018	41	2.5	42	84	9	122	28	20	29	22	1.98
5243321--5243396	39	1.9	39	92	5	127	34	14	18	32	1.91
5243338--5243628	36	7.9	36	79	7	255	31	14	19	33	1.93
5243414--5243617	108	1.9	108	87	2	302	29	15	19	34	1.93
5245546--5246477	40	23.3	40	97	0	1690	29	25	20	24	1.99
5272585--5272670	42	2.0	43	88	2	129	22	9	23	45	1.81
5273915--5274038	47	2.7	46	79	9	135	27	18	29	24	1.98
5275461--5275652	49	3.9	49	78	6	197	30	26	17	26	1.97
5275472--5275603	50	2.7	49	87	1	174	33	28	13	25	1.93
5275474--5275657	101	1.8	99	84	4	253	30	26	16	25	1.97
5281794--5281834	15	2.8	15	88	3	66	9	14	14	60	1.57
5284446--5285258	140	6.0	140	80	7	858	27	18	22	31	1.97
5284754--5285260	126	3.9	126	79	8	559	27	18	21	32	1.97
5284613--5285258	266	2.4	267	82	2	798	27	18	21	31	1.97
5287402--5287627	40	5.7	40	93	2	348	27	27	21	23	1.99
5287367--5287627	120	2.2	120	85	4	350	27	27	20	24	1.99
5290479--5290610	66	2.0	66	98	0	255	26	15	21	36	1.93
5294892--5295055	40	4.1	40	80	10	176	25	27	23	24	2.00
5296843--5296925	35	2.4	35	91	0	139	14	40	21	22	1.90
5308805--5308982	27	6.6	27	81	3	187	26	15	26	30	1.96
5308802--5308982	82	2.2	81	80	2	211	27	15	26	30	1.96
5311955--5312485	111	4.8	106	76	10	334	26	21	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5311814--5312531	38	19.6	38	78	8	568	25	20	15	38	1.92
5312471--5312557	38	2.3	38	85	0	111	25	25	17	32	1.97
5313212--5313343	43	3.0	45	84	6	180	24	17	29	28	1.97
5313226--5313343	45	2.7	43	85	6	166	26	16	28	27	1.97
5313640--5313772	38	3.5	38	86	4	169	20	21	26	32	1.97
5313765--5313981	45	4.9	45	88	5	291	22	23	29	25	1.99
5317561--5317599	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
5317938--5318000	22	3.0	21	65	9	56	19	11	26	42	1.84
5317915--5318000	42	2.0	43	90	2	138	22	11	24	41	1.86
5321280--5321318	19	2.1	18	85	9	51	41	0	25	33	1.56
5321783--5322149	48	7.6	48	85	5	474	25	19	31	23	1.98
5328031--5328074	20	2.3	18	84	7	52	11	36	29	22	1.89
5329812--5330103	40	7.3	40	91	3	394	25	21	28	24	1.99
5329879--5330136	80	3.2	80	81	5	222	25	22	28	24	1.99
5334379--5334556	27	6.6	27	83	3	196	26	15	27	30	1.96
5334380--5334535	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
5334376--5334556	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
5342177--5342288	56	2.0	56	94	0	197	33	29	13	24	1.93
5345582--5345844	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
5353658--5353740	27	3.1	27	70	6	78	28	13	22	34	1.92
5353984--5354035	26	2.0	26	92	0	86	21	11	26	40	1.87
5357100--5357216	58	2.0	58	94	0	207	33	13	22	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5358938--5358995	22	2.5	23	78	13	57	41	24	3	31	1.71
5363415--5363446	16	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
5376251--5376284	5	6.8	5	93	0	50	38	35	5	20	1.77
5376505--5376533	10	2.9	10	100	0	58	6	62	0	31	1.22
5376530--5377326	2	398.5	2	99	0	1576	0	50	0	49	1.00
5379396--5379477	25	3.2	26	86	8	89	35	23	23	18	1.96
5379409--5379478	25	2.8	25	95	0	122	37	20	24	18	1.94
5379552--5379610	25	2.4	25	80	8	68	32	15	25	27	1.95
5391959--5391998	20	2.1	20	90	9	66	37	0	7	55	1.29
5393500--5393540	21	2.0	21	85	0	55	51	9	0	39	1.35
5399022--5399101	39	2.1	39	97	0	151	53	5	18	22	1.63
5400986--5401523	269	2.0	269	93	0	916	30	23	15	30	1.95
5404358--5404412	27	2.0	27	82	6	67	27	29	0	43	1.55
5404390--5404426	18	2.0	19	89	5	58	21	32	0	45	1.52
5408898--5408923	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
5410731--5410787	24	2.4	24	79	5	62	5	17	21	56	1.60
5413373--5413407	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
5413561--5413645	43	2.0	42	90	0	125	17	27	12	41	1.86
5421317--5421342	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
5422782--5423181	199	2.0	201	97	0	750	42	14	14	28	1.85
5423463--5423515	26	2.0	27	88	3	81	64	1	20	13	1.38
5425233--5425350	62	1.9	62	94	0	209	34	11	17	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5427684--5427729	23	2.0	23	86	0	65	26	10	19	43	1.84
5427859--5427956	48	2.0	48	90	0	151	52	9	13	25	1.70
5429906--5430026	38	3.3	36	84	7	145	4	28	13	53	1.60
5431048--5431186	69	2.0	69	87	2	199	25	7	25	41	1.82
5432372--5432460	37	2.4	37	92	0	151	42	14	7	34	1.75
5432506--5432578	33	2.2	33	95	0	128	42	17	4	35	1.69
5432437--5432722	138	2.1	138	96	1	529	42	13	7	36	1.72
5432645--5432716	33	2.2	33	97	0	135	43	16	5	34	1.72
5435781--5435988	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
5435903--5435963	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
5435821--5435963	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
5436138--5436192	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
5436314--5436424	45	2.6	44	79	8	124	30	27	5	36	1.79
5436404--5436455	16	3.2	16	88	0	77	34	34	0	30	1.58
5436969--5437022	21	2.6	21	82	2	56	64	1	1	31	1.14
5436989--5437035	10	4.7	10	76	10	51	59	2	2	36	1.21
5438313--5438366	20	2.7	20	75	18	58	33	3	1	61	1.25
5448912--5449173	39	6.6	39	86	5	302	25	21	27	25	2.00
5450934--5451105	93	1.8	93	93	2	301	27	28	21	22	1.99
5450927--5451102	46	3.8	46	79	11	207	28	28	21	21	1.98
5453493--5453581	30	3.0	30	79	11	94	58	15	15	10	1.63
5453493--5453572	15	5.4	15	79	10	85	60	13	16	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5453504--5453581	15	5.2	15	81	9	88	57	15	15	11	1.65
5456494--5456712	46	4.7	46	77	7	219	31	25	20	23	1.98
5457235--5457330	48	2.0	49	95	2	176	26	19	11	42	1.85
5461224--5461248	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
5462023--5462147	66	1.9	66	86	3	180	20	28	25	26	1.99
5463207--5463239	14	2.3	15	89	5	50	24	15	6	54	1.63
5472832--5472975	20	7.2	20	61	9	51	32	15	27	23	1.95
5472834--5473042	40	5.2	40	78	0	202	32	19	25	22	1.98
5472824--5473042	120	1.8	120	82	0	285	31	18	26	23	1.97
5475989--5476439	233	1.9	232	97	0	848	39	14	16	29	1.88
5477723--5477747	12	2.1	12	100	0	50	28	32	8	32	1.86
5479621--5479849	48	4.8	48	84	2	307	29	26	18	25	1.98
5479829--5479913	37	2.3	37	87	4	118	27	23	18	30	1.98
5482793--5483017	40	5.6	40	81	5	231	25	24	26	23	2.00
5482793--5483017	80	2.8	80	83	2	281	25	24	26	23	2.00
5482793--5483017	120	1.9	121	83	4	294	25	24	26	23	2.00
5488022--5488133	54	2.1	54	93	5	192	56	7	21	15	1.63
5503742--5503778	17	2.1	19	85	10	51	18	43	27	10	1.83
5505127--5505156	10	3.0	10	100	0	60	40	20	0	40	1.52
5514749--5514778	10	3.0	10	100	0	60	40	20	0	40	1.52
5519776--5519912	24	5.7	24	80	0	139	34	28	13	24	1.92
5519776--5519912	72	1.9	72	84	0	184	34	28	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5521160--5521195	15	2.5	14	86	8	54	22	11	0	66	1.22
5527745--5527796	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
5527833--5527892	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
5533037--5533253	28	7.4	28	79	11	220	31	27	12	28	1.93
5533070--5533256	94	2.0	94	98	0	365	31	26	13	28	1.94
5537784--5537868	34	2.5	35	86	1	118	29	25	18	25	1.98
5538280--5538376	27	3.6	27	83	8	101	37	19	18	24	1.94
5538280--5538362	27	3.1	26	86	5	112	36	20	20	22	1.95
5550992--5551201	42	4.9	43	69	10	133	24	17	28	29	1.97
5553568--5553630	30	2.1	30	91	5	101	22	4	17	55	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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