genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26812829--26812868	19	2.2	18	90	4	62	60	5	7	27	1.45
26812894--26812927	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
26812984--26813022	17	2.3	17	86	0	51	64	2	5	28	1.28
26813531--26813704	88	2.0	86	85	4	233	20	25	27	27	1.99
26814893--26814925	15	2.2	15	94	0	57	69	3	6	21	1.24
26814901--26815231	92	3.7	93	74	10	229	36	19	16	27	1.93
26815098--26816122	73	13.0	81	71	16	490	34	23	18	24	1.96
26815211--26815783	309	1.9	306	92	3	981	32	24	17	24	1.97
26815366--26816110	234	3.2	233	94	0	1303	33	24	17	23	1.96
26828259--26828353	11	8.5	11	70	16	54	50	7	4	37	1.50
26828318--26828377	23	2.7	23	76	5	61	51	3	6	38	1.45
26829509--26829541	14	2.3	15	89	5	50	57	9	0	33	1.30
26840293--26840329	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
26840381--26840424	20	2.4	17	88	11	61	65	0	34	0	0.93
26851578--26851610	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
26851869--26852108	46	5.2	47	86	3	303	18	23	15	42	1.89
26851906--26852116	92	2.3	92	92	0	350	18	25	14	42	1.88
26851896--26852118	46	4.8	46	87	1	304	18	24	14	41	1.89
26854527--26854592	33	2.0	33	93	0	114	39	18	4	37	1.71
26855390--26855428	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
26862416--26862549	42	3.2	42	96	0	250	33	19	14	32	1.92
26862706--26862753	25	2.0	24	84	12	62	33	22	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26863576--26863652	26	2.9	26	75	11	75	22	16	20	40	1.91
26863670--26863879	27	7.7	27	76	4	127	30	8	20	40	1.82
26863699--26863879	54	3.3	53	82	4	184	30	7	19	42	1.78
26863699--26863921	54	4.1	54	78	7	159	30	9	20	40	1.84
26863777--26863919	27	5.3	26	69	15	85	29	11	21	37	1.89
26863911--26864108	27	7.3	27	86	2	263	38	7	25	28	1.83
26863911--26864108	81	2.4	81	90	3	310	38	7	25	28	1.83
26873330--26873514	40	4.7	40	80	6	207	26	26	22	24	2.00
26873331--26873511	79	2.3	80	80	7	199	26	26	22	24	2.00
26878941--26879109	91	1.9	91	88	3	252	26	17	22	33	1.96
26879010--26879509	132	3.8	132	90	1	745	25	16	25	33	1.95
26879818--26879847	15	2.0	15	93	0	51	6	0	36	56	1.26
26879804--26879881	37	2.1	37	80	4	86	16	0	29	53	1.43
26879832--26879897	22	3.0	22	82	4	71	13	0	34	51	1.41
26879818--26879896	37	2.1	37	81	4	88	12	0	32	54	1.38
26879988--26880029	22	1.9	22	85	9	59	14	0	35	50	1.43
26880010--26880053	15	2.9	15	82	0	61	25	0	25	50	1.50
26880514--26880686	47	3.7	47	94	0	292	34	16	16	32	1.91
26883351--26883389	6	6.2	6	85	5	51	33	0	2	64	1.08
26883501--26883931	38	11.7	37	70	10	141	25	21	14	38	1.91
26883540--26883931	73	5.3	73	79	6	416	25	21	15	37	1.93
26883540--26883931	37	10.7	35	77	10	304	25	21	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26883530--26883936	147	2.8	145	81	4	451	26	21	14	37	1.92
26883500--26883931	220	2.0	222	82	5	545	25	21	14	38	1.92
26884210--26884242	16	2.0	17	88	5	50	21	6	3	69	1.24
26889255--26889292	17	2.3	17	86	4	51	23	0	5	71	1.07
26894485--26894604	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
26896058--26896276	49	4.6	47	92	2	339	33	6	29	30	1.83
26896058--26896276	96	2.3	94	89	4	339	33	6	29	30	1.83
26916461--26916627	40	4.2	40	93	2	275	24	22	27	25	2.00
26918565--26918676	54	2.1	55	81	8	131	16	28	30	24	1.97
26918937--26919037	50	2.0	50	92	0	166	19	26	20	32	1.97
26922978--26923016	20	1.9	20	84	5	51	10	25	15	48	1.76
26925949--26926131	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
26925950--26926133	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
26926002--26926156	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
26948425--26948536	54	2.1	55	81	8	131	16	28	30	24	1.97
26952797--26952835	20	1.9	20	84	5	51	10	25	15	48	1.76
26958569--26958686	62	1.9	62	87	1	175	29	20	22	27	1.98
26961573--26961633	20	3.1	19	78	4	59	32	34	18	14	1.91
26987076--26987167	45	2.0	45	89	0	139	52	7	6	33	1.56
26994575--26994985	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
26995104--26995182	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
26999139--26999362	48	4.7	48	74	8	188	29	18	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27006617--27006680	25	2.4	27	79	10	69	31	1	23	43	1.63
27006759--27006955	48	4.1	48	80	8	213	28	19	27	23	1.98
27006756--27006932	96	1.8	96	85	4	250	28	19	28	24	1.98
27007444--27007535	48	1.9	48	84	4	123	28	31	14	26	1.94
27007343--27007710	196	1.9	195	89	0	574	31	23	17	27	1.97
27022657--27022724	33	2.1	33	97	0	127	33	8	13	44	1.74
27031941--27032224	142	2.0	142	100	0	568	32	13	14	40	1.84
27036958--27036989	12	2.4	14	90	10	50	78	3	3	15	1.01
27041489--27041515	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
27041807--27041838	9	3.8	9	84	16	50	31	0	0	68	0.90
27046530--27046562	6	5.5	6	96	0	57	15	3	0	81	0.80
27046530--27046569	18	2.2	18	86	0	53	17	5	0	77	0.94
27052335--27052566	50	4.7	50	78	8	253	25	21	31	21	1.98
27052341--27052568	95	2.3	98	84	5	275	25	21	31	21	1.98
27053930--27053960	7	4.4	7	91	0	53	41	0	9	48	1.36
27057403--27057444	9	4.3	10	82	14	52	54	2	0	42	1.13
27057404--27057445	20	2.1	20	95	0	75	52	2	0	45	1.13
27064003--27064054	26	2.0	26	81	7	61	48	11	0	40	1.40
27066696--27066735	20	2.0	20	100	0	80	40	10	5	45	1.60
27067807--27067927	31	3.9	31	88	0	179	23	33	27	14	1.94
27067770--27067938	31	5.3	31	84	4	176	21	31	32	14	1.93
27071846--27071881	13	2.8	13	91	0	63	33	11	16	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27073141--27073384	38	5.6	47	80	10	191	32	14	22	30	1.94
27073237--27073418	38	4.6	38	80	11	220	31	14	24	29	1.94
27073182--27073435	123	2.1	123	91	0	418	31	14	23	31	1.94
27092733--27092779	3	16.0	3	91	4	78	63	0	2	34	1.06
27092736--27092779	23	1.9	23	95	0	79	63	0	2	34	1.07
27098661--27098842	51	3.7	50	74	12	162	28	22	18	30	1.97
27098606--27098897	97	3.0	96	79	4	318	27	22	17	32	1.96
27098623--27099053	44	9.3	45	69	12	194	28	24	16	30	1.97
27098804--27099055	133	1.9	133	82	3	319	30	25	15	28	1.96
27099173--27099399	111	2.0	111	98	0	436	28	14	16	40	1.88
27110095--27110136	19	2.2	19	100	0	84	33	28	19	19	1.96
27110715--27110755	3	14.0	3	87	5	57	63	4	0	31	1.15
27112031--27112062	14	2.4	13	94	5	55	84	0	9	6	0.78
27126872--27126928	30	1.9	29	89	10	89	43	5	22	28	1.75
27132375--27132404	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
27132616--27132896	50	5.6	50	81	2	276	31	27	16	24	1.97
27148246--27148284	21	1.9	20	89	5	60	35	10	23	30	1.88
27148462--27148490	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
27148754--27148820	16	4.6	15	71	22	54	55	0	0	44	0.99
27148781--27148824	11	4.2	11	80	11	56	59	0	0	40	0.98
27148781--27148824	20	2.3	19	85	14	63	59	0	0	40	0.98
27152652--27152795	8	18.2	8	68	26	69	34	4	0	60	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27152697--27152815	20	5.9	20	66	25	56	29	5	0	64	1.20
27152705--27152837	12	11.2	12	68	24	52	30	3	1	64	1.20
27152705--27152868	15	10.9	15	71	23	64	31	3	2	63	1.22
27152804--27152831	11	2.5	11	100	0	56	28	0	7	64	1.20
27152695--27152846	28	5.7	26	72	18	100	30	3	1	63	1.23
27152705--27152863	39	4.0	39	75	15	139	30	3	2	63	1.23
27152796--27152863	26	2.5	27	80	15	70	29	1	5	63	1.27
27152822--27152929	31	3.4	32	78	11	114	45	0	4	50	1.22
27153846--27153883	17	2.2	17	86	9	51	23	2	5	68	1.23
27154050--27154087	17	2.2	17	86	9	51	23	2	5	68	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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