genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13088236--13088420	46	4.0	46	81	4	210	20	20	29	29	1.98
13088241--13088368	47	2.8	45	82	5	157	21	21	29	28	1.98
13088241--13088412	93	1.8	93	92	0	290	20	21	30	27	1.98
13091360--13091409	15	3.4	15	83	8	59	10	16	12	62	1.55
13093796--13093971	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
13093792--13093963	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
13096427--13096463	17	2.2	17	100	0	74	32	40	10	16	1.83
13099801--13100321	262	2.0	258	92	2	873	33	24	16	25	1.96
13102435--13102529	39	2.5	38	78	8	104	43	5	6	45	1.52
13105572--13105823	127	2.0	125	87	4	364	26	19	15	37	1.92
13105843--13106016	65	2.7	65	84	6	235	44	10	1	43	1.47
13106052--13106092	16	2.8	15	89	10	59	46	31	0	21	1.52
13106055--13106101	13	3.4	13	88	8	58	44	36	0	19	1.51
13109198--13109358	44	3.5	47	76	8	161	24	27	20	27	1.99
13116860--13117023	49	3.5	48	73	14	144	28	27	15	28	1.96
13118857--13118929	36	2.0	36	97	0	137	32	20	10	35	1.88
13131009--13131059	25	2.0	25	100	0	102	52	3	11	31	1.56
13134374--13134663	54	5.4	54	86	0	355	30	22	7	40	1.81
13134399--13134653	27	9.4	27	89	0	339	29	21	7	41	1.80
13134354--13134755	27	14.9	27	82	1	142	34	21	6	37	1.81
13135875--13135988	42	2.7	42	78	2	113	34	24	12	28	1.92
13139490--13139573	37	2.3	37	85	6	109	23	27	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13139547--13139680	42	3.2	42	76	2	108	29	26	17	26	1.98
13139627--13139814	48	3.9	48	87	2	261	29	24	18	28	1.98
13139589--13139814	96	2.4	90	79	8	263	30	25	17	27	1.97
13148023--13148056	13	2.6	13	95	0	59	47	20	0	32	1.51
13148564--13148602	17	2.2	17	86	4	51	58	2	0	38	1.12
13148849--13148889	21	2.0	21	85	0	55	26	14	9	48	1.75
13150876--13151178	46	6.5	46	75	11	217	27	17	31	23	1.97
13150876--13151229	138	2.5	140	77	10	341	26	18	31	23	1.97
13158347--13158570	40	5.7	40	82	9	239	25	27	22	25	2.00
13158347--13158570	79	2.8	78	81	9	256	25	27	22	25	2.00
13158347--13158570	39	5.7	40	84	8	257	25	27	22	25	2.00
13163501--13163678	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13163502--13163657	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13163498--13163678	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13171691--13171868	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13171692--13171847	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13171688--13171868	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13175763--13175986	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
13175763--13175986	39	5.7	40	85	8	266	24	27	22	25	2.00
13175763--13175986	40	5.7	40	84	9	259	24	27	22	25	2.00
13179054--13179118	23	2.7	25	88	4	89	29	30	13	26	1.94
13183226--13183491	133	2.0	133	96	0	487	29	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13187488--13187784	146	2.0	147	98	0	578	37	19	7	34	1.81
13193360--13193459	40	2.6	38	85	6	132	23	27	24	26	2.00
13193465--13193599	40	3.4	40	100	0	270	23	25	26	23	2.00
13200660--13200808	40	3.7	40	88	7	230	25	27	22	24	2.00
13200627--13200804	80	2.2	80	86	6	238	24	27	23	24	2.00
13205644--13205676	13	2.5	13	95	0	57	21	48	24	6	1.72
13208168--13208202	18	2.0	17	88	5	52	40	11	34	14	1.82
13213442--13213495	27	2.0	27	96	0	99	48	12	29	9	1.73
13221428--13221629	100	2.0	100	98	0	386	15	22	21	40	1.91
13227928--13228041	57	2.0	57	94	0	201	31	11	21	35	1.89
13231019--13231065	17	2.6	18	86	6	60	23	25	12	38	1.90
13266842--13266871	15	2.1	15	93	6	53	13	0	0	86	0.57
13266842--13266871	7	4.1	7	91	8	51	13	0	0	86	0.57
13267350--13267388	16	2.4	16	95	0	69	30	10	28	30	1.90
13271242--13271426	40	4.7	40	80	6	180	26	23	25	24	2.00
13271242--13271426	79	2.3	81	80	7	209	26	23	25	24	2.00
13279133--13279356	40	5.7	40	85	8	275	25	22	27	25	2.00
13279133--13279356	79	2.8	81	84	9	291	25	22	27	25	2.00
13279133--13279389	79	3.3	79	82	10	226	26	21	27	24	1.99
13281041--13281162	29	4.2	29	81	4	129	27	30	13	28	1.94
13283961--13284017	29	2.0	29	96	0	105	26	15	31	26	1.96
13283969--13284074	29	3.7	29	83	0	104	27	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13284393--13284469	29	2.7	28	88	6	102	25	16	31	25	1.97
13284036--13284757	366	2.0	366	94	0	1273	28	16	26	28	1.97
13289462--13289526	27	2.4	27	84	0	85	32	23	4	40	1.75
13289817--13289970	67	2.3	67	94	0	263	18	28	22	29	1.98
13290073--13290151	31	2.5	31	85	0	113	18	17	13	49	1.80
13290073--13290160	6	14.3	6	71	17	65	19	17	14	48	1.81
13297960--13298238	52	5.4	52	91	0	434	37	14	24	24	1.92
13298262--13298409	51	2.9	51	83	4	192	36	13	22	27	1.92
13303733--13303787	27	2.0	27	92	0	92	29	20	20	30	1.97
13317797--13318016	110	2.0	110	98	0	422	28	21	11	38	1.89
13331666--13331805	50	2.8	50	73	2	120	32	15	23	28	1.95
13332976--13333003	11	2.5	11	100	0	56	39	0	17	42	1.50
13340152--13340182	10	3.1	10	95	0	53	19	38	9	32	1.84
13340139--13340190	20	2.5	21	73	14	54	26	36	9	26	1.87
13342491--13342567	40	1.9	40	91	0	127	44	9	9	37	1.68
13343340--13343386	17	2.7	18	81	12	62	46	0	2	51	1.13
13343712--13343755	12	3.5	12	77	22	54	45	0	11	43	1.40
13343710--13343763	26	2.1	26	92	0	90	48	0	9	42	1.35
13345790--13346119	164	2.0	164	90	1	518	41	14	14	29	1.85
13347197--13347244	19	2.5	20	86	3	62	62	2	4	31	1.26
13349606--13349634	13	2.3	13	94	5	51	24	0	6	68	1.13
13349600--13349635	11	3.2	11	84	7	54	30	0	11	58	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13357503--13357882	47	8.1	47	96	0	688	31	8	30	28	1.88
13362763--13362800	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13363030--13363200	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
13363025--13363197	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
13363620--13363679	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
13375821--13375884	32	2.0	32	93	0	110	32	14	14	39	1.85
13380110--13380253	28	5.4	27	79	15	158	36	13	22	27	1.91
13380110--13380241	52	2.5	52	90	2	203	37	14	21	26	1.92
13380277--13380576	51	5.9	51	93	2	439	33	13	24	29	1.93
13380277--13380576	152	2.0	153	91	5	493	33	13	24	29	1.93
13380277--13380576	101	3.0	101	91	4	455	33	13	24	29	1.93
13381770--13381977	104	2.0	104	100	0	416	30	21	25	23	1.99
13384842--13384899	24	2.4	24	88	2	80	34	12	24	29	1.91
13384855--13384910	24	2.5	22	83	11	76	32	14	23	30	1.94
13386633--13386669	15	2.3	17	86	9	51	51	10	0	37	1.37
13386643--13386747	38	2.8	38	77	9	108	52	4	2	40	1.37
13386742--13386796	27	2.0	27	100	0	110	36	3	10	49	1.56
13390388--13390460	33	2.2	33	90	0	110	39	15	4	41	1.66
13391079--13391122	20	2.3	19	84	4	52	40	22	6	29	1.80
13398231--13398298	28	2.4	28	82	0	73	22	23	19	35	1.96
13398246--13398376	28	4.7	28	80	3	113	23	19	24	32	1.98
13401923--13402111	43	4.4	43	84	0	245	21	16	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13402851--13403214	182	2.0	182	94	3	635	31	16	24	27	1.96
13420402--13420579	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	25	1.95
13420423--13420578	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
13423062--13423169	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
13426341--13426547	53	3.8	53	82	5	227	22	25	17	35	1.95
13426353--13426541	55	3.5	54	84	5	222	21	24	18	35	1.95
13439102--13439152	24	2.1	24	85	0	66	52	7	5	33	1.54
13440397--13440573	46	3.8	46	80	11	177	27	20	28	23	1.99
13440599--13440797	49	4.1	48	77	9	199	24	18	29	27	1.98
13443688--13443990	40	7.6	40	89	3	389	27	28	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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