genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  121  of  297  ( 35593 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42968761--42968938	46	3.9	46	81	5	200	42	15	23	19	1.89
42968761--42968938	91	2.0	90	82	4	214	42	15	23	19	1.89
42977533--42977588	27	2.0	27	86	10	76	55	3	5	35	1.40
42978021--42978100	3	27.0	3	73	7	56	58	3	5	32	1.37
42984288--42984333	19	2.4	19	100	0	92	56	0	8	34	1.30
42986817--42987034	40	5.4	40	93	2	375	26	27	21	24	1.99
42991603--42991703	26	3.7	26	82	13	114	9	0	30	59	1.30
42991612--42991677	30	2.2	29	94	5	114	6	0	30	63	1.18
42991817--42991894	24	3.2	24	79	12	79	56	30	1	11	1.43
42991834--42991930	25	3.7	26	82	11	126	60	31	0	7	1.24
42994506--42994547	20	2.1	20	95	0	75	33	16	19	30	1.94
42998721--42998788	28	2.4	29	76	11	68	50	29	2	17	1.61
43001443--43001494	22	2.5	22	81	12	65	51	3	0	44	1.19
43001625--43001696	36	2.0	36	89	5	110	45	5	6	41	1.54
43005604--43005656	26	2.0	28	88	7	83	49	11	24	15	1.77
43006801--43006828	11	2.5	11	100	0	56	25	7	7	60	1.48
43007561--43007895	159	2.0	158	86	6	454	41	14	20	24	1.88
43011225--43011255	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
43013930--43014016	44	2.0	44	100	0	174	49	2	11	36	1.52
43022967--43023217	67	3.8	67	69	9	188	25	18	23	33	1.97
43023566--43023603	16	2.4	16	86	8	51	39	2	2	55	1.28
43023895--43024155	90	2.9	90	83	6	280	36	18	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43024165--43024222	21	2.8	21	97	0	107	37	13	10	37	1.79
43036519--43036552	17	2.0	17	88	0	50	29	23	0	47	1.52
43036848--43036927	36	2.2	36	97	2	151	46	20	2	31	1.64
43038221--43038250	15	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
43040457--43040502	13	3.5	13	81	0	65	39	17	13	30	1.87
43040457--43040509	26	2.0	26	100	0	106	37	15	11	35	1.83
43042181--43043162	60	16.4	60	99	0	1937	49	1	8	39	1.44
43046300--43046325	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
43046123--43046493	177	2.1	176	94	1	654	25	7	9	57	1.56
43051940--43052008	33	2.1	33	94	0	120	23	14	2	59	1.49
43052033--43052077	19	2.4	20	85	10	60	33	0	2	64	1.06
43060983--43061706	359	2.0	359	99	0	1421	34	15	21	28	1.94
43065889--43066112	104	2.2	104	91	1	360	18	18	31	31	1.95
43066034--43066254	72	3.1	72	95	0	381	23	16	29	29	1.97
43074684--43074959	136	2.0	135	92	2	464	29	17	14	38	1.90
43075255--43075284	14	2.2	14	94	5	53	6	13	6	73	1.24
43075903--43075934	16	2.0	16	93	0	55	31	9	25	34	1.87
43076662--43076694	11	2.8	12	81	9	50	33	6	0	60	1.21
43079656--43079700	22	2.0	22	82	0	54	31	15	4	48	1.65
43081080--43081255	46	3.8	46	77	12	198	21	21	28	28	1.98
43081077--43081248	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
43088092--43088151	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43091195--43091279	44	1.9	44	97	0	161	17	12	24	44	1.84
43095666--43095725	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
43106779--43106871	45	2.1	45	93	0	159	43	18	9	29	1.82
43120952--43121335	36	10.5	35	74	11	249	38	14	21	25	1.92
43121064--43121375	73	4.3	73	80	9	314	40	14	20	24	1.90
43120952--43121329	145	2.6	145	79	10	396	38	15	20	25	1.92
43121063--43121374	36	8.5	35	77	10	232	40	14	20	24	1.89
43122145--43122384	99	2.4	99	99	0	471	31	12	16	40	1.85
43124380--43124500	47	2.6	47	95	0	215	33	14	17	34	1.91
43124943--43125000	15	3.8	15	79	2	53	50	22	3	24	1.65
43125114--43125157	22	2.0	22	90	0	70	50	36	0	13	1.42
43125119--43125168	22	2.3	22	86	6	66	52	30	0	18	1.46
43125152--43125194	22	2.0	22	81	9	52	53	32	2	11	1.50
43125502--43126003	132	3.8	132	98	0	941	33	25	16	24	1.96
43125898--43126094	91	2.2	92	87	2	290	33	25	15	25	1.95
43126313--43126509	92	2.2	92	89	0	297	33	25	15	25	1.95
43125857--43126685	415	2.0	415	99	0	1631	31	24	15	27	1.96
43126930--43126972	10	4.4	10	76	5	52	72	0	2	25	0.97
43128480--43128526	20	2.3	20	85	10	60	42	4	8	44	1.54
43133072--43133102	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
43133617--43133651	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
43135230--43136118	87	10.2	87	99	0	1760	24	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43135302--43136382	44	24.8	45	63	17	275	24	21	20	32	1.97
43145371--43145451	42	2.0	41	94	0	135	17	30	17	33	1.93
43152386--43152427	8	5.4	8	80	5	50	40	0	2	57	1.12
43152441--43152465	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
43154244--43154646	46	8.7	46	95	0	628	39	14	23	22	1.91
43157096--43157304	105	2.0	105	83	1	267	27	24	14	33	1.95
43171921--43171985	32	2.0	32	96	0	121	43	3	9	44	1.51
43175295--43175401	54	2.0	54	98	0	205	32	14	15	36	1.89
43177192--43177221	15	2.0	15	93	0	51	13	10	3	73	1.21
43190995--43191033	18	2.2	18	95	0	69	30	15	25	28	1.96
43191579--43191610	11	2.9	11	90	0	55	31	3	46	18	1.65
43192710--43192762	26	2.0	28	88	7	83	49	9	24	16	1.76
43192807--43192888	40	2.0	40	90	0	128	57	6	24	12	1.57
43193308--43193332	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
43193731--43193765	15	2.3	15	100	0	70	25	25	5	42	1.77
43205088--43205164	39	2.0	39	94	0	136	35	27	16	20	1.95
43211865--43211898	17	1.9	18	88	5	52	55	5	0	38	1.24
43215904--43216029	19	6.9	19	85	10	183	38	15	9	37	1.80
43215916--43216029	17	6.3	18	86	5	160	37	15	9	36	1.81
43215916--43216021	35	3.0	35	94	1	185	37	15	10	36	1.81
43216148--43216187	21	2.0	20	85	5	53	12	2	12	72	1.22
43216619--43217220	43	13.8	42	71	11	304	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43216793--43217215	88	4.9	87	70	12	269	26	27	16	29	1.97
43216562--43217226	131	5.1	131	89	0	999	26	29	16	27	1.97
43218167--43218243	7	11.1	7	82	13	79	3	14	0	81	0.82
43218167--43218243	6	12.3	6	81	14	61	3	14	0	81	0.82
43218180--43218239	13	5.2	11	77	15	50	5	11	0	83	0.80
43226606--43226652	20	2.4	21	83	13	57	55	0	2	42	1.12
43227117--43227223	53	2.0	55	92	3	182	30	14	19	34	1.92
43227113--43227239	53	2.3	55	87	2	177	29	18	19	33	1.95
43227155--43227623	108	4.3	106	80	6	469	31	17	18	32	1.94
43227155--43227554	218	1.8	218	84	2	543	30	17	18	33	1.94
43230673--43230816	27	5.6	26	72	13	102	58	1	15	25	1.45
43230609--43230702	44	2.2	44	86	7	140	56	2	15	25	1.51
43230673--43230824	49	3.0	50	79	11	134	59	1	15	23	1.44
43230694--43230812	21	5.0	22	70	22	62	58	0	15	25	1.42
43230721--43230857	26	5.1	26	78	10	125	58	0	13	27	1.41
43230747--43230859	27	4.2	26	79	9	120	57	0	13	28	1.42
43230747--43230859	54	2.1	53	86	6	156	57	0	13	28	1.42
43230958--43231014	22	2.6	23	80	8	73	64	1	10	22	1.34
43230928--43231023	44	2.2	45	79	3	106	59	1	11	28	1.39
43230924--43231025	22	4.7	21	71	8	62	60	0	10	27	1.36
43231018--43231096	5	14.6	5	77	12	59	56	0	20	22	1.42
43231019--43231096	16	4.8	16	78	10	77	56	0	20	23	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43231018--43231097	11	7.3	11	71	5	63	57	0	20	22	1.41
43231199--43231243	16	2.8	17	80	16	51	20	13	0	66	1.24
43231216--43231249	16	2.1	16	100	0	68	23	17	0	58	1.38
43231219--43231271	16	3.3	16	84	5	63	22	20	1	54	1.54
43231200--43231293	5	17.6	5	69	20	57	20	20	1	58	1.45
43231214--43231292	16	4.8	16	77	10	61	21	21	1	55	1.50
43231305--43231380	20	3.6	21	68	19	59	23	10	0	65	1.23
43231305--43231392	44	2.0	44	81	12	103	23	12	0	63	1.28
43231459--43231594	27	5.1	26	80	8	141	26	12	0	60	1.37
43231457--43231573	53	2.2	54	83	8	143	26	11	0	60	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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