genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  179  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60316956--60317078	45	2.7	43	77	12	131	34	18	21	26	1.96
60316970--60317078	45	2.4	45	84	3	148	35	16	22	25	1.94
60322452--60322529	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
60322482--60322809	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
60324606--60324683	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
60324636--60324963	174	1.9	174	95	0	593	29	14	24	31	1.94
60326760--60326837	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
60326790--60327117	174	1.9	174	95	0	593	29	14	24	31	1.95
60332624--60332650	13	2.1	13	100	0	54	44	7	18	29	1.77
60333254--60333381	64	2.0	64	95	0	229	28	19	10	40	1.85
60339083--60339234	80	1.9	81	91	1	252	40	19	9	30	1.84
60339056--60339640	27	21.7	26	79	6	203	37	21	8	32	1.84
60339238--60339410	54	3.2	54	90	0	274	30	22	8	38	1.83
60339238--60339407	81	2.1	81	86	0	241	29	22	8	39	1.83
60339416--60339643	54	4.2	53	80	5	233	39	22	9	28	1.85
60339415--60339642	81	2.8	80	83	2	267	39	22	8	28	1.84
60339621--60339845	27	8.3	27	85	3	283	36	16	20	26	1.94
60339434--60339670	81	2.9	80	80	6	253	39	21	10	28	1.87
60340052--60340121	25	2.8	25	95	0	122	28	25	20	25	1.99
60340052--60340146	50	1.9	50	80	8	113	30	24	21	24	1.99
60345376--60345435	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
60345385--60345418	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60358420--60358451	13	2.5	13	94	0	55	15	6	28	50	1.68
60360871--60360946	35	2.2	35	85	0	98	23	22	23	30	1.99
60364722--60364757	16	2.2	16	95	0	63	58	11	8	22	1.59
60365476--60365568	44	2.1	44	89	0	150	33	21	8	36	1.84
60386111--60386168	21	2.8	21	78	5	73	24	24	37	13	1.91
60387480--60387710	48	4.8	48	80	5	252	25	29	20	24	1.99
60387480--60387715	96	2.5	96	88	1	339	25	30	19	24	1.98
60393310--60393471	42	3.8	44	76	11	133	22	19	25	32	1.97
60393910--60393937	10	2.8	10	100	0	56	17	10	21	50	1.77
60402953--60402992	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
60404146--60404357	46	4.6	46	71	15	127	24	30	18	27	1.98
60410334--60412407	47	42.6	47	97	1	3068	29	29	8	33	1.86
60411249--60412407	49	23.3	49	97	1	1988	28	28	7	34	1.85
60413680--60413815	68	2.0	68	100	0	272	32	22	11	33	1.90
60416343--60416608	40	6.7	40	92	0	424	25	29	22	22	1.99
60416682--60416854	86	2.0	85	89	2	274	34	26	9	29	1.87
60418179--60418383	47	4.3	47	88	2	293	28	29	8	33	1.87
60418179--60418389	96	2.2	96	93	1	354	28	29	8	33	1.87
60424485--60424534	24	2.1	24	85	10	68	70	2	2	26	1.09
60429981--60430069	45	2.0	45	95	0	160	28	20	30	21	1.98
60431441--60431475	13	2.6	14	86	13	56	37	5	22	34	1.78
60431721--60431771	20	2.4	21	81	15	61	50	1	1	45	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60431721--60431773	21	2.5	21	82	14	65	49	1	1	47	1.23
60433821--60433881	30	2.0	30	84	6	79	42	6	22	27	1.78
60436474--60436610	69	2.0	69	95	0	247	24	18	10	45	1.81
60439602--60439649	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
60442048--60442265	46	4.7	46	95	2	368	29	27	21	21	1.98
60451078--60451181	43	2.5	42	81	10	115	27	26	21	24	1.99
60458325--60458438	43	2.7	42	80	8	124	28	24	20	27	1.99
60461565--60461618	25	2.1	26	86	10	76	31	5	0	62	1.18
60462868--60463198	43	7.8	43	75	10	245	29	23	17	29	1.97
60462854--60463199	129	2.7	125	80	5	351	30	23	17	28	1.97
60462868--60463197	86	3.9	83	78	9	298	29	23	17	29	1.97
60463505--60463553	21	2.4	20	82	3	62	2	42	14	40	1.57
60463989--60464017	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
60467158--60467899	47	15.6	47	95	0	1214	29	29	8	33	1.86
60473777--60473833	24	2.3	25	96	3	107	43	0	8	47	1.34
60473806--60473899	43	2.2	42	88	5	118	39	0	13	46	1.44
60474058--60474100	18	2.4	18	96	0	77	27	16	4	51	1.64
60475826--60475876	20	2.6	20	90	3	77	13	33	33	19	1.91
60484221--60484293	36	2.0	36	91	0	119	17	30	23	28	1.97
60486190--60486240	26	2.0	26	92	0	84	25	29	25	19	1.99
60486612--60486670	26	2.3	26	94	5	104	20	35	28	15	1.93
60488360--60488544	40	4.7	40	76	7	173	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60488413--60488577	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
60491632--60491707	40	1.9	40	94	0	134	35	27	19	17	1.94
60498746--60498819	37	2.0	37	94	0	130	32	10	29	27	1.90
60499996--60500186	40	4.8	40	87	1	260	21	23	29	25	1.99
60511725--60511868	48	3.0	47	86	6	191	28	24	20	26	1.99
60514665--60514717	26	2.0	26	100	0	106	26	26	22	24	2.00
60521354--60521413	29	2.1	29	96	0	111	38	18	8	35	1.81
60531623--60531651	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
60536429--60536482	27	2.0	27	100	0	108	11	44	18	25	1.83
60537156--60537189	6	5.5	6	89	6	50	14	2	0	82	0.79
60537156--60537189	13	2.7	13	90	4	52	14	2	0	82	0.79
60537156--60537205	19	2.6	19	87	3	64	18	6	0	76	0.99
60539658--60539851	95	2.0	95	100	0	388	28	11	23	36	1.90
60540183--60540211	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
60542104--60542244	48	2.9	47	78	6	140	31	25	17	25	1.97
60542729--60542776	20	2.5	19	80	10	53	29	29	0	41	1.56
60549276--60549316	21	1.9	22	95	5	75	41	21	9	26	1.84
60550992--60551863	73	11.9	73	99	0	1699	41	16	8	34	1.78
60557399--60557455	25	2.3	25	81	3	71	8	14	17	59	1.59
60561041--60561080	21	1.9	21	85	10	55	67	0	7	25	1.16
60561996--60562191	105	1.9	99	81	6	230	34	16	22	26	1.95
60563635--60563774	39	3.6	39	80	1	167	32	7	18	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60565952--60566049	22	4.3	23	76	16	80	26	20	20	32	1.97
60566926--60566965	20	2.0	20	100	0	80	5	20	35	40	1.74
60576041--60576181	48	2.9	47	78	6	140	31	25	17	25	1.97
60576666--60576713	20	2.5	19	80	10	53	29	29	0	41	1.56
60583213--60583253	21	1.9	22	95	5	75	41	21	9	26	1.84
60584929--60585070	73	1.9	73	92	0	239	41	16	8	33	1.78
60590606--60590662	25	2.3	25	81	3	71	8	14	17	59	1.59
60594248--60594287	21	1.9	21	85	10	55	67	0	7	25	1.16
60595203--60595398	105	1.9	99	81	6	230	34	16	22	26	1.95
60596842--60596981	39	3.6	39	80	1	167	32	7	18	41	1.79
60599159--60599256	22	4.3	23	76	16	80	26	20	20	32	1.97
60600133--60600172	20	2.0	20	100	0	80	5	20	35	40	1.74
60608622--60609079	40	11.5	40	84	4	554	22	22	27	26	1.99
60608622--60609045	160	2.6	160	89	4	624	22	22	27	26	1.99
60610745--60610837	47	2.0	47	91	0	150	36	11	24	26	1.90
60613856--60613937	29	2.8	30	78	12	89	34	9	8	47	1.67
60624162--60624440	145	1.9	145	92	0	468	33	13	16	36	1.87
60628109--60628264	77	2.0	78	85	3	208	32	14	13	40	1.84
60628442--60628467	12	2.2	12	100	0	52	30	46	15	7	1.74
60631488--60631632	40	3.6	39	88	7	195	25	28	24	21	1.99
60642798--60642840	23	1.9	22	85	4	59	13	9	11	65	1.48
60646997--60647171	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60647004--60647175	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
60651690--60651749	30	2.0	30	100	0	120	16	30	30	23	1.96
60652119--60652163	24	1.9	23	86	4	63	28	22	8	40	1.84
60654139--60654313	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	21	1.98
60654146--60654317	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
60666868--60666893	11	2.4	11	100	0	52	26	0	15	57	1.38
60670622--60670661	21	1.9	21	100	0	80	40	5	25	30	1.77
60671724--60671776	21	2.5	21	81	0	70	26	18	9	45	1.80
60674558--60674605	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
60674642--60674684	20	2.2	20	95	0	77	37	13	18	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297