genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65823386--65823499	42	2.7	43	80	8	135	33	14	20	31	1.93
65829038--65829076	6	6.5	6	91	8	62	56	0	28	15	1.40
65829038--65829072	11	3.0	11	91	8	52	54	0	28	17	1.43
65829218--65829288	26	2.8	25	81	8	72	42	7	16	33	1.76
65831393--65831602	46	4.6	45	80	3	197	44	16	20	17	1.86
65833665--65833828	29	5.7	29	75	7	109	20	23	9	45	1.81
65833696--65833831	58	2.3	59	77	6	143	19	25	10	44	1.83
65833696--65833831	29	4.7	29	76	7	114	19	25	10	44	1.83
65833752--65833841	29	3.1	29	79	6	101	23	25	10	41	1.85
65835949--65835988	21	1.9	21	89	0	62	37	2	5	55	1.35
65835949--65835987	20	1.9	21	84	5	53	35	2	5	56	1.35
65840504--65840579	15	5.0	16	87	3	79	10	13	18	57	1.63
65846778--65846805	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
65854610--65854674	32	2.0	32	96	0	121	30	7	24	36	1.84
65860172--65860285	42	2.7	43	80	8	135	33	14	20	31	1.93
65865824--65865862	6	6.5	6	91	8	62	56	0	28	15	1.40
65865824--65865858	11	3.0	11	91	8	52	54	0	28	17	1.43
65866004--65866074	26	2.8	25	81	8	72	42	7	16	33	1.76
65868179--65868388	46	4.6	45	80	3	197	44	16	20	17	1.86
65870451--65870614	29	5.7	29	75	7	109	20	23	9	45	1.81
65870482--65870617	58	2.3	59	77	6	143	19	25	10	44	1.83
65870482--65870617	29	4.7	29	76	7	114	19	25	10	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65870538--65870627	29	3.1	29	79	6	101	23	25	10	41	1.85
65872672--65872711	21	1.9	21	89	0	62	37	2	5	55	1.35
65872672--65872710	20	1.9	21	84	5	53	35	2	5	56	1.35
65877788--65877964	92	1.9	92	100	0	354	35	15	20	27	1.94
65879068--65879115	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
65879062--65879105	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
65879062--65879121	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
65880099--65880143	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
65880636--65880662	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
65881089--65881123	17	2.0	17	88	5	52	31	8	5	54	1.54
65882433--65882481	20	2.5	20	77	16	57	30	14	36	18	1.90
65884944--65884986	22	2.0	22	86	9	61	37	18	11	32	1.87
65889492--65889540	20	2.5	20	77	16	57	30	14	36	18	1.90
65891097--65891135	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
65891099--65891202	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
65891153--65891202	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
65891128--65891209	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
65891206--65891302	42	2.3	42	91	1	151	14	23	5	56	1.58
65891213--65891280	21	3.2	21	65	8	57	11	22	7	58	1.57
65892217--65892259	19	2.3	18	88	7	68	16	2	4	76	1.05
65893759--65893806	20	2.4	20	75	0	60	31	14	29	25	1.95
65899909--65900005	50	1.9	52	87	4	144	39	12	17	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65900028--65900153	39	3.2	39	86	2	171	42	15	10	31	1.80
65901834--65901872	20	1.9	20	84	5	51	7	23	0	69	1.14
65904691--65905124	43	10.1	43	92	0	692	30	33	24	11	1.91
65909380--65909506	29	4.4	29	92	1	211	27	30	16	25	1.97
65909380--65909523	58	2.5	58	85	6	206	27	31	15	24	1.96
65911694--65911852	50	3.1	51	76	6	153	40	12	13	33	1.83
65911865--65911945	39	2.1	39	90	0	126	48	12	9	29	1.73
65928651--65928702	23	2.3	22	75	21	54	9	21	1	67	1.29
65928696--65928734	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
65941067--65941091	13	1.9	13	100	0	50	28	8	8	56	1.57
65943744--65943806	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
65945264--65945362	49	2.0	49	100	0	198	14	33	30	22	1.93
65959466--65959708	49	4.9	51	80	7	248	25	17	25	30	1.97
65963646--65963677	14	2.3	14	100	0	64	25	15	15	43	1.86
65965049--65965102	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
65965355--65965543	50	3.8	50	79	4	211	25	17	25	30	1.97
65965355--65965543	101	1.9	100	85	3	263	25	17	25	30	1.97
65969133--65969171	19	2.1	19	95	0	69	53	12	5	28	1.60
65982726--65982899	85	2.0	85	95	0	312	41	16	24	17	1.89
65987783--65987845	20	3.2	20	65	13	58	34	20	11	33	1.88
65987768--65987845	39	2.0	39	94	0	138	30	20	12	35	1.90
65994529--65994665	71	1.9	71	96	0	256	33	21	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66006284--66006338	28	1.9	29	85	3	76	12	18	45	23	1.83
66008849--66008880	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
66013453--66013549	30	3.2	30	70	8	81	28	28	14	27	1.95
66013761--66013848	30	2.9	30	74	0	95	26	28	18	27	1.98
66013285--66013883	299	2.0	298	91	0	975	26	28	16	29	1.97
66015493--66015526	12	2.8	12	100	0	68	70	5	0	23	1.09
66016469--66016525	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
66016458--66016525	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
66016469--66016525	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
66016469--66016525	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
66016573--66016603	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
66016606--66016630	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
66018884--66018980	30	3.2	30	75	2	97	28	26	16	27	1.97
66024656--66024690	17	2.1	17	88	0	52	14	14	22	48	1.79
66024009--66025038	559	1.8	562	83	4	1391	28	15	21	34	1.94
66030845--66030874	15	2.0	15	93	0	51	40	23	13	23	1.90
66031990--66032125	68	2.0	68	95	2	247	35	8	16	38	1.80
66032917--66033050	66	2.0	65	95	1	241	33	7	23	35	1.83
66033213--66033466	55	4.8	53	78	9	227	36	17	24	22	1.94
66033220--66033420	108	1.8	109	84	6	273	34	17	24	22	1.96
66055555--66055664	55	2.0	55	96	0	202	24	10	12	52	1.69
66060182--66060365	54	3.4	54	83	5	237	35	16	24	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66061910--66062145	40	5.9	39	85	4	303	34	29	18	16	1.94
66061915--66062150	120	2.0	120	94	1	411	34	29	19	17	1.94
66062941--66063107	84	2.0	84	98	0	325	34	22	12	30	1.91
66077282--66077506	40	5.6	40	89	0	333	33	27	20	18	1.96
66086653--66086695	17	2.4	18	84	11	61	18	41	25	13	1.88
66103116--66103258	68	2.1	68	85	2	189	25	14	18	41	1.89
66105987--66106105	43	2.8	43	92	0	193	11	22	33	31	1.90
66106304--66106458	29	5.4	29	68	11	104	22	18	30	28	1.97
66106272--66106440	58	2.9	58	92	0	286	23	19	28	28	1.98
66112364--66112457	35	2.7	35	86	0	134	34	20	18	27	1.95
66112383--66112438	17	3.2	17	75	5	58	33	19	17	28	1.95
66112396--66112460	18	3.7	18	70	4	51	38	20	15	26	1.92
66112326--66112444	18	6.9	17	74	4	78	35	19	17	27	1.94
66114912--66114950	18	2.2	18	86	9	53	12	33	30	23	1.92
66118544--66118622	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
66118659--66119011	177	2.0	177	98	0	688	28	27	15	29	1.96
66118918--66119026	47	2.3	47	90	0	164	28	30	8	33	1.86
66121728--66121807	39	2.1	39	97	0	151	26	17	22	33	1.96
66140320--66140551	40	5.8	40	88	3	351	25	28	20	24	1.99
66140320--66140551	120	1.9	120	98	0	446	25	28	20	24	1.99
66144449--66144484	17	2.1	17	94	0	63	47	33	5	13	1.67
66144960--66145117	18	9.1	17	69	15	65	36	18	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66144980--66145154	18	9.8	18	74	7	133	37	19	16	26	1.93
66144967--66145117	35	4.3	35	72	14	130	35	18	17	27	1.94
66144968--66145130	53	3.1	52	79	7	193	34	19	17	28	1.94
66147366--66147454	46	1.9	46	86	0	124	30	30	20	19	1.97
66152433--66152521	44	2.0	44	100	0	178	26	26	20	25	1.99
66157447--66157488	3	14.0	3	84	0	57	61	2	4	30	1.29
66157588--66157715	3	43.0	3	68	17	54	59	4	3	32	1.34
66157588--66157715	12	10.2	13	69	25	64	59	4	3	32	1.34
66157675--66157725	23	2.1	25	85	10	70	66	5	3	23	1.30
66158179--66158216	16	2.3	17	86	4	51	10	5	2	81	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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