genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26479521--26479642	56	2.2	56	83	0	163	22	30	18	28	1.97
26495692--26495780	45	2.0	45	97	0	169	46	11	16	25	1.81
26495983--26496203	40	5.6	40	88	2	295	23	21	25	29	1.99
26503988--26504172	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
26503969--26504172	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
26512679--26512737	26	2.3	26	87	0	100	50	5	15	28	1.65
26513020--26513242	114	2.0	114	91	0	365	34	8	18	39	1.81
26515078--26515170	40	2.3	40	82	10	102	30	18	24	26	1.98
26517193--26517321	46	2.8	46	78	12	131	20	18	30	31	1.96
26521025--26521070	21	2.2	21	84	0	56	15	21	15	47	1.81
26523960--26523999	20	2.0	20	85	0	53	45	17	25	12	1.83
26527658--26527707	20	2.5	19	84	15	66	42	14	16	28	1.86
26533538--26533587	23	2.2	23	100	0	100	34	26	12	28	1.92
26535524--26535557	9	3.8	9	100	0	68	0	58	32	8	1.29
26542252--26542293	21	2.0	21	95	0	75	11	35	19	33	1.88
26545821--26545915	33	3.2	31	77	20	112	38	0	7	53	1.29
26545849--26545895	3	15.7	3	78	8	51	36	0	4	59	1.17
26550859--26550896	13	3.0	13	84	3	51	55	7	2	34	1.43
26553488--26553564	37	2.1	37	97	0	145	40	19	6	33	1.77
26558153--26558186	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
26558359--26558462	47	2.2	47	89	3	156	18	20	21	40	1.92
26558590--26558660	18	3.9	18	71	15	56	32	9	14	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26558677--26558740	18	3.6	18	78	0	74	40	10	10	37	1.76
26558667--26558749	36	2.3	36	85	0	103	39	8	12	39	1.73
26569265--26569428	44	3.9	42	73	15	149	32	27	19	20	1.97
26581575--26581739	54	2.8	60	81	13	225	21	24	18	35	1.96
26581519--26581739	116	1.9	116	88	3	338	20	25	19	34	1.96
26590942--26591018	27	2.9	27	90	0	127	36	12	16	33	1.88
26591021--26591182	27	5.9	27	83	8	200	36	19	17	26	1.94
26591021--26591166	58	2.6	58	88	4	210	34	20	17	26	1.95
26591577--26591624	18	2.7	18	80	0	60	25	18	16	39	1.91
26594720--26594763	16	2.6	18	71	14	56	38	6	18	36	1.77
26605165--26605192	10	2.8	10	100	0	56	42	0	21	35	1.53
26605307--26605374	26	2.6	26	95	0	118	32	8	22	36	1.85
26606973--26607112	27	5.2	26	81	6	163	17	22	22	36	1.95
26606972--26607112	54	2.6	53	92	2	219	17	22	22	36	1.94
26612410--26612491	26	3.2	26	94	0	137	32	7	23	36	1.82
26614086--26614190	27	3.9	27	86	9	126	19	23	21	35	1.96
26615586--26615636	24	2.0	24	85	7	66	56	9	1	31	1.43
26619982--26620021	20	2.0	20	85	5	53	52	12	5	30	1.60
26620902--26620969	29	2.3	29	84	0	91	25	29	20	25	1.99
26620952--26621071	41	2.9	41	83	2	152	25	30	23	21	1.99
26629343--26629388	14	2.9	17	68	18	53	41	0	15	43	1.46
26637061--26637887	188	4.4	188	98	0	1588	29	20	30	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26636966--26637884	47	19.6	46	72	10	564	28	20	30	20	1.97
26640889--26640966	26	2.9	26	73	7	66	26	16	16	39	1.90
26643862--26643903	22	1.9	22	85	9	59	64	23	0	11	1.27
26653940--26654166	40	5.7	39	79	4	127	27	22	18	31	1.97
26653977--26654166	40	4.7	40	82	2	211	25	23	18	32	1.97
26653940--26654163	80	2.8	81	79	5	233	27	22	17	32	1.97
26654484--26654604	7	17.0	7	69	12	68	21	0	35	42	1.59
26654543--26654604	22	2.9	21	80	4	70	20	0	32	46	1.51
26654698--26654742	14	3.2	14	87	0	63	24	0	26	48	1.51
26654766--26654803	15	2.6	14	88	8	58	21	2	36	39	1.67
26654795--26654844	21	2.4	21	80	6	57	16	2	44	38	1.59
26655581--26655653	7	8.9	8	75	19	53	63	5	0	31	1.17
26660314--26660504	43	4.5	43	87	0	258	25	19	26	29	1.98
26663089--26664052	46	21.0	46	97	0	1788	23	21	13	41	1.88
26665895--26665942	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
26670007--26670131	6	20.3	6	66	16	60	48	12	18	20	1.79
26670028--26670131	31	3.4	31	90	0	163	48	11	19	21	1.80
26670250--26670309	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
26670277--26670418	67	2.1	67	84	5	176	33	22	26	18	1.97
26670635--26671017	27	14.2	27	85	1	462	40	7	21	30	1.81
26671024--26671142	27	4.4	27	79	8	100	34	10	17	37	1.84
26671012--26671142	54	2.4	54	78	7	140	33	9	19	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26671041--26671163	27	4.6	26	76	8	95	30	8	21	39	1.84
26671104--26671171	26	2.5	26	79	13	75	29	8	22	39	1.84
26677959--26678136	27	6.6	27	80	3	160	28	14	28	29	1.95
26677987--26678136	55	2.8	54	82	4	167	27	14	30	28	1.95
26677956--26678136	82	2.2	81	79	2	193	28	14	27	29	1.96
26686022--26686199	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26686023--26686178	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26686019--26686199	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26699722--26699979	40	6.5	40	87	2	306	24	18	27	29	1.98
26699715--26699976	120	2.2	119	87	3	375	24	19	28	28	1.98
26705931--26706044	57	2.0	57	96	0	210	24	22	30	21	1.99
26706218--26706332	56	2.0	58	89	5	180	31	29	23	15	1.95
26707513--26707770	40	6.5	40	88	2	315	24	18	28	29	1.98
26707506--26707767	120	2.2	119	88	3	384	23	19	28	28	1.98
26709660--26709746	27	3.3	27	80	1	86	19	25	19	35	1.95
26713344--26713446	40	2.6	40	84	6	145	30	19	21	29	1.97
26713276--26713564	39	7.4	39	73	10	169	30	20	18	30	1.96
26713396--26713564	78	2.2	79	83	2	216	29	21	18	30	1.97
26715956--26715997	15	2.8	15	89	7	59	19	0	9	71	1.13
26729410--26729490	42	1.9	42	82	7	101	44	19	16	19	1.87
26731797--26731967	47	3.6	47	82	4	184	30	28	16	24	1.97
26734325--26734393	24	3.0	23	81	12	70	59	0	39	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26736721--26736747	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
26747744--26747776	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
26748582--26748613	16	1.9	17	93	6	57	62	9	28	0	1.26
26753851--26753876	9	2.9	9	100	0	52	42	23	11	23	1.86
26755155--26755234	40	2.0	40	92	0	133	40	20	21	18	1.92
26760635--26760681	18	2.5	19	82	6	60	46	8	12	31	1.72
26761968--26762009	13	3.2	13	84	15	52	59	9	0	30	1.29
26761968--26762009	12	3.2	12	81	18	57	59	9	0	30	1.29
26763548--26763580	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
26764152--26764181	15	2.0	15	93	0	51	43	33	0	23	1.54
26766430--26766487	28	2.1	28	100	0	116	17	13	6	62	1.52
26769399--26769528	65	2.0	65	98	0	251	43	16	15	25	1.87
26770153--26770221	29	2.3	29	80	9	77	30	1	5	62	1.27
26775413--26775464	20	2.6	20	78	6	61	25	19	36	19	1.95
26775413--26775472	20	3.0	19	76	9	57	26	16	38	18	1.92
26780076--26780125	10	4.9	10	79	13	57	72	2	8	18	1.19
26780754--26780804	19	2.8	19	83	16	56	5	9	1	82	0.91
26780822--26781005	99	1.9	99	87	0	269	33	27	14	25	1.94
26780812--26781017	99	2.1	98	80	3	241	34	24	13	27	1.93
26781486--26781528	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
26781847--26781917	16	4.5	16	77	13	76	76	1	2	19	0.99
26781847--26781918	5	13.8	5	75	18	67	76	1	2	19	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26781847--26781918	21	3.5	20	76	17	67	76	1	2	19	0.99
26785522--26785559	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
26787165--26787396	46	5.0	46	89	2	306	39	14	22	23	1.91
26789861--26789918	10	5.9	10	80	11	75	67	1	12	18	1.31
26794384--26794426	20	2.1	21	86	4	61	67	2	2	27	1.15
26795944--26795976	15	2.2	15	94	0	57	27	12	30	30	1.92
26797944--26798234	148	2.0	144	90	4	458	49	6	5	38	1.51
26798204--26798260	17	3.2	17	73	14	53	57	3	3	35	1.33
26798760--26798796	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
26812771--26812870	3	32.3	3	68	15	53	58	3	7	32	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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