genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70026879--70026907	14	2.0	15	93	6	51	34	6	24	34	1.82
70030500--70030563	33	1.9	33	93	0	110	23	6	39	31	1.79
70032879--70032919	19	2.2	19	100	0	82	39	14	26	19	1.90
70039591--70039665	23	3.3	23	81	3	80	21	26	24	28	1.99
70045091--70045144	26	2.1	26	92	0	90	44	14	14	25	1.84
70045508--70045573	27	2.4	28	89	2	98	28	19	19	31	1.97
70046704--70046743	10	4.1	10	90	6	64	30	20	2	47	1.63
70048865--70048908	20	2.1	21	87	4	63	43	2	36	18	1.63
70057487--70057535	23	2.1	23	96	0	89	46	10	8	34	1.67
70061221--70061361	40	3.5	40	84	0	185	24	23	26	25	2.00
70064443--70064565	43	2.9	42	77	8	122	30	24	13	30	1.94
70071806--70071975	43	4.0	43	80	13	197	21	19	28	30	1.98
70077338--70077419	25	3.3	25	69	6	85	32	4	13	48	1.63
70077338--70077441	50	2.1	50	98	0	199	30	5	15	48	1.68
70077362--70077441	25	3.2	25	67	13	74	30	6	16	47	1.71
70083971--70084114	51	2.8	51	94	0	252	29	25	12	32	1.92
70084138--70084232	28	3.5	28	83	13	137	27	23	14	34	1.94
70085623--70085794	47	3.7	46	79	8	170	29	19	28	22	1.98
70085529--70085791	140	1.9	141	80	5	309	29	19	27	23	1.98
70091803--70091987	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
70091784--70091987	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
70114963--70115010	20	2.3	21	82	3	62	35	18	0	45	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70115878--70115961	39	2.1	40	86	2	116	40	17	17	23	1.91
70116047--70116493	126	3.5	126	95	0	795	29	16	20	34	1.94
70116450--70116596	40	3.7	38	75	10	116	31	23	15	29	1.95
70116750--70116873	21	5.8	21	68	12	56	23	0	29	45	1.58
70116811--70116855	7	6.3	7	79	5	54	20	0	33	46	1.51
70116811--70116858	15	3.3	15	85	5	71	18	0	33	47	1.49
70116808--70116875	21	3.2	22	79	6	68	23	0	33	42	1.54
70116811--70116875	14	4.6	14	82	1	67	21	0	35	43	1.53
70116945--70116992	15	3.3	15	85	5	71	18	0	33	47	1.49
70116974--70117085	36	3.1	36	76	8	111	18	0	36	44	1.50
70117020--70117101	36	2.3	36	82	4	103	19	0	36	43	1.51
70116945--70117102	7	22.0	7	72	12	88	20	0	36	43	1.52
70116942--70117102	22	7.5	21	76	4	115	21	0	35	43	1.53
70125808--70125865	13	4.4	13	69	4	53	44	1	17	36	1.59
70130041--70130140	41	2.4	41	89	0	155	20	32	16	32	1.94
70139771--70140027	40	6.5	39	86	2	286	22	24	28	25	2.00
70139771--70140001	120	1.9	119	86	4	331	21	24	28	25	1.99
70147222--70147292	34	2.0	37	86	10	103	39	22	4	33	1.74
70151897--70151940	22	2.0	22	100	0	88	27	4	9	59	1.48
70152539--70152574	16	2.2	16	90	9	56	44	2	27	25	1.68
70152783--70152947	59	2.7	59	87	8	217	52	3	0	43	1.21
70152912--70152961	24	2.1	24	85	10	68	62	2	0	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70161413--70161454	21	2.0	21	85	0	57	38	7	14	40	1.73
70162161--70162210	23	2.4	22	83	12	61	18	0	16	66	1.26
70174350--70174377	11	2.5	11	100	0	56	57	7	17	17	1.62
70177866--70177924	28	2.1	28	100	0	118	32	10	28	28	1.90
70180855--70181109	39	6.5	39	89	1	377	28	27	24	20	1.99
70185394--70185440	24	2.0	24	100	0	94	17	21	38	23	1.93
70190039--70190082	17	2.6	17	100	0	88	50	11	25	13	1.75
70190827--70190991	44	3.9	43	73	13	160	22	15	30	31	1.95
70198799--70198909	47	2.4	46	83	8	145	36	24	14	24	1.93
70199697--70199730	4	8.8	4	87	6	52	2	23	0	73	0.97
70199655--70199777	53	2.3	52	93	2	210	8	24	4	62	1.42
70201036--70201093	30	1.9	30	85	0	80	39	6	20	32	1.79
70201828--70202011	67	2.8	64	76	8	194	29	16	30	23	1.96
70210858--70210882	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
70213725--70213784	30	2.0	30	90	0	93	36	10	25	28	1.88
70214204--70214374	93	1.8	93	88	0	261	23	22	26	27	2.00
70219186--70219255	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
70219186--70219283	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
70226519--70226703	40	4.7	40	82	6	216	26	28	22	22	1.99
70226519--70226703	79	2.3	79	82	8	223	26	28	22	22	1.99
70227125--70227273	73	2.0	74	93	1	255	18	24	16	40	1.90
70234018--70234077	30	2.0	30	90	0	93	36	10	25	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70236971--70237062	45	2.0	45	89	0	139	22	16	25	35	1.94
70236971--70237077	45	2.4	44	80	9	119	23	14	27	34	1.94
70247818--70247988	43	4.0	43	74	13	181	24	16	26	31	1.97
70250751--70250983	49	4.7	50	82	6	285	25	18	27	28	1.98
70250856--70250939	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
70250751--70251029	150	1.9	150	89	4	438	26	17	26	28	1.98
70254838--70254927	47	1.9	47	95	4	164	26	10	12	51	1.71
70256034--70256178	49	2.9	50	83	2	177	26	17	27	28	1.97
70259833--70259871	19	2.1	19	95	0	69	35	5	12	46	1.65
70260710--70260744	9	3.9	9	92	0	61	42	0	2	54	1.15
70264005--70264038	17	1.9	18	88	5	52	38	23	0	38	1.55
70267729--70267795	25	2.7	24	77	11	64	34	23	20	20	1.97
70267738--70267795	25	2.3	25	87	0	80	34	25	20	18	1.96
70268903--70268948	18	2.6	18	93	3	76	15	34	30	19	1.93
70270842--70271767	462	2.0	465	95	0	1678	35	21	8	35	1.83
70277552--70277801	49	4.8	53	77	8	212	21	25	17	36	1.95
70280723--70280789	29	2.3	29	92	0	107	25	14	29	29	1.95
70286381--70286510	47	2.8	47	81	3	156	33	25	16	24	1.95
70291393--70291449	25	2.3	25	90	0	87	28	21	26	24	1.99
70291443--70291496	25	2.2	24	90	3	81	33	16	27	22	1.95
70291583--70291607	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
70294179--70294232	28	1.9	28	100	0	108	29	20	3	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70298218--70298274	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
70298216--70298278	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
70298331--70298460	24	5.4	24	90	2	190	30	22	20	26	1.98
70298331--70298453	47	2.6	47	89	1	183	30	22	19	27	1.98
70298667--70298730	31	2.1	31	87	0	92	35	15	21	26	1.94
70306274--70306321	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70306360--70306416	9	5.9	9	75	15	51	36	8	21	33	1.84
70306358--70306420	20	3.2	20	93	0	108	38	12	19	30	1.89
70306473--70307442	24	40.4	24	99	0	1870	29	24	20	25	1.99
70314979--70315047	29	2.4	29	95	0	120	33	10	30	26	1.89
70315040--70315217	33	5.5	33	78	2	171	35	11	23	29	1.90
70315060--70315342	33	8.7	33	75	7	159	33	12	23	30	1.92
70316040--70316106	30	2.2	30	89	0	98	19	25	29	25	1.98
70317610--70317785	46	3.8	46	74	12	180	21	19	28	30	1.98
70334993--70335120	60	2.1	60	82	7	152	26	22	21	29	1.99
70335134--70335176	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
70337548--70337643	36	2.6	37	76	12	101	45	9	0	44	1.36
70343547--70343587	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
70345490--70345565	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
70350637--70352633	999	2.0	999	99	0	3913	29	16	22	30	1.96
70356084--70356307	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
70356088--70356307	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70358176--70358260	42	2.0	42	86	0	116	30	9	5	54	1.56
70361657--70361697	20	2.0	21	85	4	57	31	7	12	48	1.68
70362058--70362104	24	2.0	24	83	8	60	46	8	31	12	1.72
70364019--70364138	62	1.9	62	84	3	161	33	14	25	26	1.94
70371761--70371799	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
70376534--70376559	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
70378247--70378456	41	5.1	41	81	6	156	28	18	24	28	1.98
70381842--70381901	21	2.9	21	77	5	68	48	18	21	11	1.80
70396612--70396693	42	2.0	42	83	9	105	31	23	14	30	1.94
70399212--70399409	85	2.4	85	91	1	319	34	25	16	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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