genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16341266--16341779	28	18.4	28	96	0	906	24	11	28	34	1.91
16351767--16351800	16	2.1	17	88	5	52	47	2	8	41	1.50
16352172--16352241	25	2.8	25	86	0	104	27	24	21	27	1.99
16357426--16357518	36	2.6	35	83	6	109	18	6	36	38	1.76
16361420--16361599	43	4.2	42	72	12	107	28	25	18	26	1.98
16367882--16368009	39	3.3	39	83	2	150	23	21	28	26	1.99
16376378--16376536	43	3.7	43	77	5	162	26	15	25	32	1.95
16381361--16381398	17	2.3	16	95	4	67	5	23	5	65	1.34
16384756--16384838	39	2.1	39	93	0	139	24	12	31	32	1.91
16384812--16384980	46	3.7	44	70	13	119	29	19	28	22	1.98
16384895--16384974	44	1.9	43	82	10	103	30	17	28	23	1.97
16389908--16390090	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
16389887--16390090	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
16394010--16394091	31	2.7	31	92	1	139	25	26	17	30	1.97
16394313--16394408	25	3.8	25	86	2	111	28	20	23	27	1.99
16394543--16394588	24	1.9	24	86	0	65	30	17	19	32	1.95
16401393--16401504	55	2.0	55	96	0	206	33	11	16	38	1.84
16403176--16403514	168	2.0	168	97	0	633	31	17	17	32	1.94
16408145--16408184	14	2.9	14	84	0	53	45	2	15	37	1.59
16408634--16408690	15	3.5	15	69	17	51	47	1	1	49	1.22
16408736--16408765	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
16414457--16414627	25	7.0	24	77	4	135	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16416771--16416950	40	4.5	40	83	0	227	40	20	27	11	1.87
16416789--16416934	20	7.3	20	67	3	87	40	19	28	11	1.87
16427188--16427330	45	3.0	49	68	19	147	28	18	26	26	1.98
16427188--16427395	94	2.2	94	96	0	389	26	18	26	28	1.98
16427219--16427368	45	3.2	45	72	17	162	26	18	26	29	1.98
16427429--16427737	157	2.0	157	98	0	591	29	15	22	32	1.95
16434283--16434319	18	2.1	18	94	0	65	13	10	13	62	1.55
16436582--16437463	139	6.3	139	99	0	1746	25	19	26	28	1.99
16438399--16438476	35	2.2	35	97	0	147	5	32	29	33	1.79
16446334--16446631	44	6.8	45	78	7	296	25	28	20	26	1.99
16446404--16446637	89	2.6	88	88	4	344	26	27	20	26	1.99
16452934--16453067	28	4.8	28	75	3	108	28	18	29	23	1.98
16452934--16453062	56	2.3	56	86	2	179	28	19	29	22	1.98
16452945--16453095	56	2.7	56	82	10	157	29	17	29	23	1.97
16453153--16453232	32	2.5	32	91	0	124	35	10	25	30	1.88
16458611--16458788	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16458632--16458787	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16472551--16472758	38	5.0	38	67	21	114	30	24	14	30	1.95
16472597--16472723	47	2.7	47	83	2	157	32	22	15	29	1.95
16472872--16472920	23	2.1	23	85	7	64	59	6	0	34	1.22
16477607--16477790	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
16485415--16485440	12	2.2	12	100	0	52	42	7	0	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16487499--16487706	94	2.2	94	93	0	353	28	26	19	25	1.99
16490624--16490700	31	2.5	30	89	8	118	14	28	36	20	1.92
16491946--16492181	94	2.5	93	90	2	364	29	26	18	25	1.98
16492018--16492171	49	3.2	49	70	14	158	28	26	18	26	1.98
16494244--16494466	39	5.7	40	84	7	253	25	27	21	25	2.00
16494272--16494466	79	2.5	79	85	8	238	25	27	21	26	1.99
16502035--16502077	18	2.4	18	96	0	77	18	13	16	51	1.77
16509873--16510022	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
16509897--16510080	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
16516071--16516157	20	4.3	20	88	2	122	40	12	18	28	1.87
16527897--16528003	37	2.9	37	90	0	151	27	32	17	22	1.96
16531054--16531101	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
16531137--16531205	20	3.5	20	90	4	104	40	10	17	31	1.83
16531253--16531349	26	3.8	26	90	1	144	25	23	22	27	2.00
16531253--16531362	51	2.2	49	87	8	150	28	21	22	27	1.99
16538467--16538501	17	2.0	18	94	5	63	28	11	22	37	1.89
16551451--16551512	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
16554430--16554469	18	2.2	18	86	8	55	17	0	15	67	1.23
16554471--16554503	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
16556357--16556534	79	2.2	81	93	2	306	34	4	8	52	1.53
16557209--16557279	24	3.0	23	81	8	81	66	5	1	26	1.22
16558951--16559216	77	3.5	77	85	5	353	37	4	39	19	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16565524--16565710	41	4.5	41	83	7	209	20	18	25	35	1.95
16584418--16584690	141	1.9	141	97	0	519	29	7	23	38	1.83
16585758--16586007	125	2.0	125	98	0	482	33	28	16	22	1.95
16594639--16594999	47	7.6	47	93	3	598	30	9	30	29	1.89
16597093--16597132	21	2.0	21	85	5	55	47	32	5	15	1.66
16601087--16601323	121	2.0	121	92	0	393	35	21	21	22	1.96
16611242--16611336	49	1.9	49	86	0	136	25	23	6	45	1.76
16612628--16612709	43	1.9	43	92	5	139	24	21	1	52	1.54
16627976--16628357	191	2.0	191	99	0	755	31	17	14	36	1.90
16629122--16629212	45	2.0	45	91	0	146	25	12	23	39	1.89
16650861--16650985	27	4.6	27	69	11	78	27	28	10	33	1.90
16655806--16655986	63	2.9	61	83	5	215	27	7	30	34	1.84
16657276--16657318	20	2.2	20	91	0	68	11	30	37	20	1.89
16659503--16659729	40	5.7	40	87	2	280	28	27	22	22	1.99
16659517--16659710	39	4.9	39	87	5	239	28	27	22	21	1.99
16659503--16659721	79	2.8	78	80	7	271	27	27	22	22	1.99
16659741--16659822	28	2.9	28	81	0	92	29	24	9	36	1.87
16664815--16664840	12	2.2	12	100	0	52	69	0	7	23	1.14
16666797--16666861	23	2.8	23	88	0	94	16	15	26	41	1.88
16666795--16666872	23	3.4	23	85	1	86	19	15	23	42	1.89
16671242--16671277	14	2.5	15	86	4	56	58	8	13	19	1.61
16673870--16673911	15	2.9	14	85	7	57	16	16	7	59	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16676212--16676248	19	1.9	19	100	0	74	40	16	16	27	1.89
16677821--16677851	11	2.7	11	95	5	53	41	0	0	58	0.98
16677882--16677915	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
16681122--16681544	119	3.6	115	75	11	308	40	18	11	29	1.86
16689648--16689677	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
16691916--16691994	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
16692458--16692515	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
16696344--16696444	51	2.0	51	98	0	193	36	4	17	40	1.72
16698404--16698455	13	3.5	15	76	19	56	28	7	0	63	1.22
16700434--16700492	29	2.0	29	90	6	93	30	1	13	54	1.49
16719341--16719518	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
16719342--16719497	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
16719338--16719518	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
16727531--16727708	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
16727532--16727687	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
16727528--16727708	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
16731190--16731230	20	2.0	22	85	9	59	21	4	12	60	1.50
16732131--16732167	15	2.5	15	95	0	65	32	18	0	48	1.49
16735775--16735825	20	2.5	20	100	0	102	23	37	33	5	1.79
16736206--16736242	15	2.5	15	95	0	65	37	32	13	16	1.87
16738447--16738496	25	2.0	25	92	0	82	42	26	12	20	1.86
16741139--16741190	25	2.1	25	92	3	88	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16741242--16741281	21	1.9	21	94	0	71	32	25	12	30	1.92
16743607--16743824	47	4.6	46	77	11	187	27	18	28	24	1.98
16743604--16743824	94	2.3	94	83	8	263	27	19	28	24	1.98
16745457--16745627	43	4.0	42	74	9	132	25	18	27	28	1.98
16750784--16750849	19	3.5	19	69	8	62	48	15	13	22	1.80
16750782--16750858	38	2.0	38	100	0	154	46	15	12	24	1.81
16751303--16751332	14	2.1	14	93	0	51	23	6	23	46	1.75
16756439--16756499	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
16758443--16758482	19	2.1	19	95	0	71	17	20	42	20	1.89
16758617--16758653	15	2.5	15	95	0	65	37	32	13	16	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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