genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91729899--91729993	48	2.0	48	89	0	145	37	21	18	22	1.94
91737638--91737762	40	3.1	40	87	6	173	30	16	17	36	1.92
91738402--91738509	50	2.2	50	94	0	189	15	7	23	53	1.67
91744079--91744165	25	3.5	25	80	0	75	35	18	26	19	1.95
91756495--91756552	30	1.9	30	82	0	71	32	10	27	29	1.90
91756883--91757147	46	5.6	46	74	9	162	27	18	30	23	1.98
91764434--91764590	43	3.7	42	85	10	203	24	18	26	30	1.98
91775894--91775922	12	2.3	13	94	5	51	51	3	0	44	1.18
91780062--91780151	44	2.0	46	86	4	130	32	5	26	35	1.80
91780323--91780356	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
91780249--91780379	58	2.3	57	81	13	148	51	3	1	44	1.26
91783230--91783318	44	2.0	44	97	0	169	13	25	4	56	1.56
91794749--91794827	39	2.0	41	87	5	117	45	12	8	32	1.73
91798298--91798336	5	7.6	5	91	2	60	38	0	20	41	1.53
91800615--91800842	40	5.7	40	87	3	343	26	27	21	24	1.99
91807413--91807447	9	3.9	9	96	0	61	5	22	0	71	1.07
91815719--91815795	39	2.0	39	97	0	145	44	14	10	31	1.79
91827226--91827271	20	2.3	20	100	0	92	52	17	8	21	1.71
91832902--91832943	3	14.0	3	94	0	66	61	0	4	33	1.17
91834800--91834951	72	2.1	72	84	7	193	34	17	16	31	1.93
91834853--91835245	127	3.1	127	94	2	670	35	19	16	28	1.94
91843692--91843723	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91846165--91846239	3	25.0	3	97	0	123	62	0	4	33	1.14
91847420--91847453	17	2.0	17	100	0	68	5	0	41	52	1.25
91854369--91854440	14	5.1	15	68	25	50	40	0	1	58	1.07
91854344--91854410	29	2.1	33	81	13	79	46	0	0	53	1.00
91854760--91854843	44	1.9	44	95	0	150	40	7	3	48	1.48
91856014--91856048	7	5.0	7	100	0	70	42	14	0	42	1.45
91859743--91859901	43	3.7	43	77	3	160	22	16	28	32	1.95
91862579--91862842	45	5.9	45	87	4	349	26	28	20	23	1.99
91868315--91868395	40	2.0	41	88	7	121	27	25	22	24	2.00
91876237--91876354	59	2.0	59	100	0	236	32	15	16	35	1.90
91882502--91882543	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
91883682--91884098	47	8.7	47	95	1	681	32	7	29	30	1.85
91885665--91885856	40	4.8	40	85	0	231	25	20	27	26	1.99
91894000--91894076	39	2.0	39	94	0	136	36	6	11	45	1.67
91894003--91894065	20	3.2	20	65	13	58	39	6	12	41	1.69
91894003--91894094	39	2.4	38	87	7	123	38	6	10	44	1.65
91899289--91899341	27	2.0	27	82	14	65	26	15	30	28	1.96
91901210--91901884	225	3.0	225	99	0	1314	25	10	27	36	1.89
91907178--91907362	40	4.6	39	79	6	151	25	21	26	26	2.00
91907231--91907385	79	2.0	79	79	7	172	26	20	25	27	1.99
91919527--91919573	21	2.2	22	84	3	60	14	31	34	19	1.92
91921445--91921575	69	1.9	69	87	0	190	31	16	22	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91925235--91925412	40	4.5	40	86	2	216	23	28	24	23	2.00
91925359--91925472	60	1.9	60	92	0	192	22	27	28	21	1.99
91925419--91925552	40	3.3	40	86	0	205	24	29	26	19	1.98
91925319--91925512	100	1.9	100	87	4	284	24	27	26	22	2.00
91925279--91925558	140	2.0	140	89	1	427	25	28	25	21	1.99
91928541--91928790	83	3.0	83	99	0	491	37	9	22	31	1.85
91932091--91932142	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
91946423--91946544	60	2.0	60	95	0	217	33	7	27	31	1.84
91958620--91958689	19	3.7	19	73	5	70	31	7	21	40	1.80
91958619--91958693	38	1.9	39	86	2	107	32	6	21	40	1.79
91959926--91960010	42	2.0	42	88	0	125	25	21	18	34	1.96
91966725--91966764	19	2.1	19	85	0	53	25	25	20	30	1.99
91968705--91968855	43	3.5	42	79	8	146	29	25	19	25	1.99
91970861--91971031	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
91970853--91971028	46	3.8	46	80	10	196	28	28	21	22	1.99
91972897--91972985	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
91972897--91972976	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
91972908--91972985	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
91977104--91977154	20	2.5	20	96	0	93	29	23	9	37	1.87
91979563--91979620	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
91979563--91979623	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
91983966--91984090	39	3.2	39	90	2	198	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91991746--91991941	78	2.5	77	81	6	209	29	28	20	21	1.98
91991816--91991941	39	3.2	39	94	0	216	26	28	21	23	1.99
91998852--91999114	40	6.6	40	88	2	343	27	28	20	23	1.99
92001764--92001916	78	2.0	78	81	5	184	26	28	19	24	1.99
92001812--92001923	39	2.9	38	91	2	161	28	27	19	24	1.99
92005279--92005409	67	2.0	67	100	0	262	31	9	25	34	1.87
92005381--92005590	47	4.5	47	88	0	312	31	9	30	28	1.89
92005803--92005853	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
92008238--92008311	37	2.0	37	97	0	139	39	10	17	32	1.84
92009533--92009785	47	5.4	47	89	0	371	32	8	31	28	1.86
92009530--92009785	141	1.8	141	93	0	449	32	8	31	28	1.86
92037714--92037822	10	10.7	10	67	29	54	63	0	2	33	1.15
92037714--92037796	36	2.4	33	86	8	103	65	1	2	31	1.13
92037747--92037776	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
92037771--92037818	23	2.1	22	84	3	60	64	0	4	31	1.12
92037761--92037822	10	6.0	10	74	18	56	61	0	3	35	1.12
92037747--92037829	33	2.5	33	75	15	80	65	0	3	31	1.10
92037770--92037835	20	3.0	23	70	17	59	59	0	6	34	1.22
92038845--92038991	40	3.7	40	91	0	231	32	26	20	20	1.97
92043226--92043265	21	2.0	21	85	14	57	20	27	40	12	1.88
92047783--92047891	56	1.9	56	87	3	157	30	25	14	29	1.95
92056123--92056245	46	2.7	44	81	7	131	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92066889--92067060	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
92073400--92073529	41	3.2	41	93	4	210	34	23	21	20	1.96
92073541--92073671	47	2.8	46	79	9	156	48	29	0	22	1.50
92073795--92073838	15	3.0	15	83	3	54	20	2	29	47	1.62
92073930--92074060	37	3.5	37	87	4	201	12	50	16	21	1.77
92074374--92074413	7	5.7	7	100	0	80	75	0	0	25	0.81
92078534--92078562	15	1.9	15	100	0	58	27	10	13	48	1.75
92079302--92079373	31	2.3	33	81	15	91	23	2	2	70	1.13
92079301--92079372	19	3.9	18	74	12	58	23	2	2	70	1.13
92079305--92079373	6	11.2	6	70	11	50	23	2	2	71	1.14
92079505--92079735	43	5.3	43	77	6	182	25	16	28	28	1.97
92079510--92079717	87	2.4	86	83	2	256	25	15	29	28	1.96
92081152--92081254	37	2.8	37	92	0	170	24	30	21	24	1.99
92081424--92081592	48	3.5	48	92	1	275	30	28	7	33	1.84
92085025--92085161	46	3.0	46	89	0	202	25	31	8	34	1.86
92085135--92085329	47	4.1	47	81	5	228	27	30	10	32	1.90
92085135--92085329	98	2.0	94	84	3	246	27	30	10	32	1.90
92085256--92085330	25	3.1	25	65	18	59	30	26	8	34	1.85
92088997--92089090	28	3.3	27	78	8	107	31	30	15	21	1.95
92089110--92089296	40	4.7	40	93	2	297	25	30	24	19	1.98
92090575--92090677	37	2.8	37	93	0	179	24	30	21	24	1.99
92090847--92091254	48	8.5	48	95	0	699	29	28	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92092398--92092448	20	2.4	22	83	6	70	64	0	1	33	1.05
92092400--92092448	23	2.2	22	85	10	64	63	0	2	34	1.06
92092504--92092538	17	2.1	17	88	0	52	62	2	0	34	1.10
92093636--92094105	235	2.0	235	98	0	904	18	22	28	30	1.97
92094360--92094489	68	1.9	68	100	0	260	22	13	18	45	1.85
92094711--92094948	81	2.9	82	91	2	363	28	20	19	32	1.97
92094701--92094959	83	3.1	83	89	2	378	28	20	18	32	1.96
92094881--92095197	119	2.7	119	90	1	474	28	20	18	33	1.96
92095116--92095281	84	2.0	85	85	1	226	28	21	16	33	1.95
92106322--92106578	128	2.0	128	99	0	505	34	17	14	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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