genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  172  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57891559--57891751	24	8.0	24	91	2	298	30	21	20	27	1.98
57891559--57891751	73	2.7	73	90	5	302	30	21	20	27	1.98
57897801--57897933	50	2.8	49	78	7	148	35	24	16	24	1.95
57908821--57908902	29	2.9	28	87	3	119	28	30	13	28	1.94
57912182--57912282	51	2.0	51	98	0	193	28	18	24	27	1.98
57930211--57930501	40	7.3	40	84	4	320	23	20	27	28	1.99
57930220--57930501	120	2.4	120	90	1	433	24	20	26	28	1.99
57938295--57938506	40	5.3	40	77	5	223	23	20	28	27	1.99
57938299--57938506	80	2.6	80	89	0	319	23	21	28	26	1.99
57943467--57943572	35	3.1	35	67	22	107	45	14	5	34	1.68
57943438--57943539	32	3.1	32	67	22	93	43	17	5	33	1.73
57943438--57943572	67	2.0	67	100	0	270	43	16	5	34	1.72
57946691--57946868	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
57946692--57946847	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
57946688--57946868	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
57946826--57946879	27	2.0	27	81	0	63	27	14	27	29	1.95
57949722--57949858	46	3.0	46	91	0	220	25	31	8	34	1.86
57949832--57950069	47	5.1	47	90	1	334	26	29	9	33	1.88
57949991--57950070	25	3.3	25	68	16	69	31	27	6	35	1.82
57956369--57956415	18	2.6	17	78	15	51	12	8	0	78	0.95
57961119--57961155	11	3.4	11	100	0	74	35	24	0	40	1.55
57962771--57963734	49	19.8	49	97	0	1805	32	8	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57963853--57963931	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
57970010--57970323	38	8.3	38	88	0	448	21	21	24	32	1.98
57970010--57970323	114	2.8	114	90	0	493	21	21	24	32	1.98
57975899--57976211	38	8.3	38	87	0	448	21	22	25	30	1.98
57979985--57980204	46	4.7	46	79	12	207	24	31	18	26	1.97
57979989--57980204	94	2.3	93	84	5	265	24	31	18	26	1.97
57980541--57980599	30	1.9	31	93	3	102	28	23	11	35	1.91
57981849--57981875	12	2.2	12	100	0	54	33	29	7	29	1.85
57989141--57989266	48	2.6	48	89	0	198	29	25	18	26	1.98
57998770--57999001	101	2.3	100	84	4	288	24	17	25	31	1.97
57998770--57999015	50	4.9	50	78	4	212	25	17	26	31	1.97
57999213--57999242	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
58006777--58006941	43	3.8	43	75	12	167	29	23	18	28	1.98
58006777--58006933	86	1.8	85	82	6	201	28	23	19	28	1.98
58014403--58014559	43	3.7	42	78	8	138	31	24	15	28	1.96
58014447--58014558	44	2.6	44	84	6	140	33	25	16	25	1.96
58017468--58017521	3	17.7	3	84	3	54	37	7	0	55	1.28
58017850--58017901	27	2.0	27	84	3	70	53	0	9	36	1.34
58017977--58018022	19	2.4	19	100	0	92	41	0	15	43	1.46
58034535--58035004	42	11.2	42	86	0	589	20	16	23	39	1.92
58035378--58035415	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
58035729--58036000	130	2.1	128	89	3	422	43	4	9	43	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58036001--58036062	22	2.8	21	72	20	54	43	0	9	46	1.36
58042267--58043102	26	32.2	26	99	0	1654	30	7	26	34	1.84
58050111--58050894	26	30.2	26	99	0	1550	30	7	26	34	1.84
58053372--58053421	25	2.0	25	88	0	73	34	20	26	20	1.96
58053350--58053440	27	3.4	27	81	6	105	34	21	23	20	1.97
58055258--58055282	9	2.8	9	100	0	50	60	28	0	12	1.32
58061165--58061302	27	5.1	27	89	6	192	34	22	24	18	1.96
58061455--58061489	18	1.9	18	100	0	70	34	5	22	37	1.78
58062717--58062803	24	3.6	24	92	0	138	20	41	2	35	1.65
58062703--58062802	48	2.1	48	88	0	146	20	39	4	37	1.71
58065007--58065088	33	2.5	32	82	9	94	35	3	6	54	1.43
58065026--58065088	32	1.9	33	90	3	101	38	4	4	52	1.44
58077677--58077856	46	3.9	46	78	15	192	27	20	30	22	1.98
58077723--58077871	46	3.2	45	81	16	171	29	18	28	22	1.98
58092536--58092645	43	2.6	43	80	2	123	34	24	19	21	1.96
58092927--58093243	158	2.0	158	94	0	562	30	21	10	37	1.87
58094045--58094092	14	3.2	15	73	8	53	60	10	6	22	1.52
58096592--58096764	46	3.7	46	77	13	174	28	27	20	23	1.99
58096599--58096770	93	1.8	93	89	0	272	28	27	20	23	1.99
58100740--58100956	46	4.7	46	79	8	217	28	20	28	22	1.99
58102539--58102623	41	2.1	40	95	2	152	40	21	7	31	1.80
58105675--58105808	27	5.0	27	81	3	153	39	16	16	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58109598--58109642	22	2.0	22	95	0	81	55	8	22	13	1.65
58110518--58110668	41	3.7	41	77	7	153	29	15	25	29	1.96
58113852--58113915	18	3.7	18	75	12	71	40	1	9	48	1.45
58113859--58113927	33	2.1	33	83	5	86	47	1	5	44	1.35
58113996--58114105	19	5.8	19	67	23	79	59	5	3	31	1.38
58113929--58114113	76	2.4	75	86	6	248	56	4	3	35	1.37
58113970--58114092	38	3.4	35	70	26	103	56	4	3	34	1.37
58115627--58115651	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
58115687--58115727	21	2.0	21	95	0	73	63	4	2	29	1.28
58130120--58130211	25	3.7	24	77	13	87	22	22	19	34	1.96
58130121--58130248	25	5.1	25	74	11	73	26	21	19	32	1.97
58130121--58130243	50	2.5	50	82	2	149	26	21	20	32	1.97
58137180--58137351	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
58137181--58137348	46	3.6	46	77	10	180	29	28	20	20	1.98
58141883--58141988	53	2.0	53	96	0	194	14	33	8	44	1.75
58146792--58146902	56	2.0	56	96	0	204	36	21	4	37	1.74
58151826--58151871	24	2.0	23	82	4	56	30	21	10	36	1.88
58153249--58153411	40	4.1	40	94	0	272	23	23	27	25	2.00
58158728--58158846	43	2.8	41	81	7	123	23	17	27	31	1.97
58164800--58164882	40	2.1	39	81	2	94	28	26	16	27	1.97
58169273--58169450	27	6.6	27	82	5	171	29	26	15	28	1.96
58169294--58169449	82	1.9	81	85	3	215	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58172868--58172928	30	2.1	29	84	6	86	34	13	21	29	1.91
58176203--58176238	17	2.1	17	100	0	72	33	22	5	38	1.77
58178132--58178224	19	5.1	19	69	12	68	48	12	9	29	1.73
58178122--58178250	54	2.4	54	90	0	195	44	13	9	32	1.76
58180369--58180406	18	2.1	18	95	0	67	57	18	7	15	1.62
58180860--58180938	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
58181056--58181374	47	6.7	47	95	1	539	30	30	8	30	1.87
58184889--58185244	40	8.9	40	82	4	371	25	26	22	25	2.00
58185554--58185632	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
58187539--58187617	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58187736--58188146	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
58189285--58189326	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
58191301--58191531	40	5.8	39	78	5	196	35	29	18	16	1.92
58193399--58193525	46	2.7	46	86	4	157	22	29	18	29	1.97
58193399--58193565	46	3.6	45	79	9	142	22	28	19	28	1.98
58206707--58206810	53	2.0	53	94	0	181	27	21	12	38	1.89
58208299--58208363	31	2.1	31	97	0	121	29	26	13	30	1.94
58212011--58212199	44	4.3	43	73	15	122	34	12	24	28	1.92
58217642--58217705	31	2.1	31	93	0	110	37	10	23	28	1.89
58224371--58224408	20	1.9	20	84	10	51	18	5	2	73	1.14
58233796--58233860	16	4.4	16	66	25	52	23	23	1	52	1.56
58233800--58233838	15	2.6	14	80	11	51	23	23	0	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58233784--58233866	43	1.9	43	90	0	130	27	20	1	50	1.56
58235070--58235105	15	2.5	15	90	4	56	33	5	0	61	1.19
58238272--58238352	40	2.0	40	95	2	146	27	27	20	24	1.99
58247855--58247948	44	2.2	42	90	9	154	31	27	19	21	1.97
58255684--58255727	23	1.9	23	100	0	88	18	9	15	56	1.65
58255790--58255838	22	2.2	22	85	0	62	30	20	14	34	1.92
58256471--58256512	15	2.6	17	77	14	52	50	0	0	50	1.00
58259118--58259174	28	2.0	28	100	0	114	29	14	17	38	1.89
58268184--58268208	13	1.9	13	100	0	50	12	32	32	24	1.91
58280886--58280959	34	2.2	34	92	4	123	29	22	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297