genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  44  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15667831--15668158	171	1.9	171	85	1	451	18	28	32	20	1.96
15667918--15668215	128	2.3	129	79	4	309	18	28	33	19	1.95
15667886--15668217	171	1.9	171	81	6	404	18	28	33	19	1.96
15675472--15675592	58	2.1	59	88	1	181	34	24	15	24	1.95
15685319--15685416	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
15685347--15685429	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
15685319--15685430	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
15693131--15693227	27	3.5	28	90	2	133	25	14	27	31	1.95
15693159--15693241	27	3.0	27	87	5	96	31	12	24	32	1.91
15693131--15693242	28	4.0	27	83	6	98	28	13	25	33	1.93
15695771--15695796	10	2.6	10	100	0	52	15	19	0	65	1.27
15698181--15698236	28	2.0	29	92	3	96	42	10	10	35	1.74
15698743--15698818	37	2.1	37	92	0	125	21	38	14	26	1.91
15699808--15699832	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
15700885--15701038	42	3.6	42	79	5	159	30	16	24	29	1.96
15719847--15720032	47	4.0	47	92	0	282	33	12	28	25	1.92
15719894--15719972	25	3.3	25	67	22	78	34	12	26	26	1.92
15719876--15719992	23	5.0	22	63	25	62	33	15	29	22	1.94
15720194--15720302	37	2.9	37	93	0	173	23	20	29	26	1.99
15720354--15720436	42	2.0	42	97	0	157	38	13	13	34	1.83
15721435--15721510	23	3.3	23	67	17	66	34	2	23	39	1.69
15721425--15721518	47	2.0	47	95	0	170	34	2	25	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15721425--15721495	22	3.1	22	68	18	63	32	1	25	40	1.64
15721662--15722133	40	11.8	40	93	0	809	25	21	27	26	1.99
15726170--15726364	47	4.1	47	80	8	182	34	9	28	27	1.88
15726199--15726272	23	3.1	25	62	25	59	29	13	33	22	1.93
15726287--15726470	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	30	1.82
15726286--15726470	48	3.8	48	88	5	291	36	6	26	30	1.82
15726616--15726724	37	2.9	37	90	0	164	22	19	30	27	1.98
15727709--15727770	31	2.0	31	96	0	115	20	9	27	41	1.84
15736339--15736639	27	11.1	27	85	4	356	33	19	21	24	1.97
15736339--15736639	54	5.6	55	86	4	398	33	19	21	24	1.97
15736780--15736852	27	2.7	28	80	4	78	21	23	21	32	1.98
15737767--15737886	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
15739016--15739198	79	2.3	81	83	5	221	25	22	27	24	2.00
15739016--15739200	40	4.7	40	84	5	214	24	22	28	24	1.99
15739069--15739233	79	2.1	79	82	4	199	26	20	27	24	1.99
15745692--15745811	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
15746877--15747082	103	2.0	103	99	0	403	29	14	23	32	1.94
15747046--15747990	40	23.6	40	97	1	1709	24	20	27	27	1.99
15754819--15755730	455	2.0	455	100	0	1824	30	23	15	31	1.95
15761072--15761167	27	3.5	26	82	12	88	35	18	22	22	1.96
15761072--15761186	28	4.2	28	80	8	130	34	19	23	22	1.96
15761072--15761187	55	2.1	54	84	4	144	34	19	23	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15765794--15765981	40	4.7	40	95	0	322	21	27	21	30	1.98
15769040--15769146	40	2.7	40	84	8	137	31	26	16	25	1.97
15771270--15771495	40	5.7	40	90	4	314	26	27	21	24	1.99
15778723--15779727	55	18.3	55	98	0	1922	31	27	14	27	1.95
15792282--15792499	46	4.7	46	76	10	230	31	27	18	22	1.97
15794201--15794230	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
15805048--15805130	40	2.1	39	86	6	114	9	43	3	42	1.55
15810862--15811082	28	7.9	28	91	0	327	27	23	11	37	1.90
15815234--15815297	22	2.9	23	79	6	69	40	18	28	12	1.87
15816118--15816256	42	3.4	40	77	8	138	43	17	21	17	1.87
15816101--15816256	41	3.8	41	75	9	140	43	17	21	17	1.88
15827853--15827888	18	2.0	18	88	0	54	33	19	2	44	1.65
15830383--15830474	27	3.4	27	86	0	130	31	15	22	30	1.95
15841810--15841834	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
15841886--15841971	36	2.5	34	90	3	136	47	15	1	36	1.53
15844019--15844113	46	2.1	46	88	4	138	36	9	22	31	1.86
15849459--15849674	48	4.5	48	81	2	211	26	18	30	24	1.98
15849459--15849674	96	2.2	96	81	3	247	26	18	30	24	1.98
15876705--15876742	20	1.9	20	88	0	58	47	0	18	34	1.49
15882804--15882851	24	2.0	24	100	0	96	25	20	8	45	1.79
15882805--15882858	24	2.2	24	93	0	90	25	22	7	44	1.79
15886765--15886844	35	2.3	34	82	8	99	37	0	31	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15897068--15897106	10	3.8	11	83	16	57	46	0	7	46	1.31
15897068--15897107	20	2.1	19	95	4	71	47	0	7	45	1.31
15898060--15898163	22	4.7	22	76	4	93	14	25	18	42	1.88
15900537--15900585	24	2.0	24	84	7	64	38	0	4	57	1.18
15908019--15908050	4	8.2	4	93	6	57	25	0	28	46	1.53
15909061--15909131	35	2.0	35	89	5	108	29	23	9	36	1.87
15909104--15909225	60	2.0	60	95	0	217	30	25	15	28	1.96
15910922--15911249	48	6.9	48	72	9	233	26	28	17	27	1.98
15910917--15911150	96	2.4	95	82	4	281	25	29	17	26	1.98
15910922--15911240	96	3.3	95	79	5	270	25	28	18	27	1.98
15910970--15911250	143	2.0	144	85	6	383	26	29	17	27	1.97
15913607--15913641	17	2.1	17	100	0	70	22	34	5	37	1.78
15919257--15919528	48	5.7	48	81	4	307	23	29	20	26	1.99
15922354--15922423	28	2.5	28	90	4	106	32	25	12	28	1.93
15925781--15925889	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
15926156--15926192	13	2.8	13	95	0	65	40	18	0	40	1.51
15926036--15926371	50	6.9	51	79	12	225	30	26	7	36	1.84
15926288--15926406	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
15926242--15926435	47	4.1	47	91	0	298	27	28	10	33	1.90
15926194--15926435	94	2.6	93	86	4	308	27	28	10	33	1.89
15931990--15932060	35	2.0	35	86	0	97	30	23	8	36	1.85
15932564--15932617	27	2.0	27	96	0	99	25	12	35	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15933499--15933566	30	2.3	30	97	0	127	32	11	17	38	1.86
15933521--15933584	30	2.2	30	82	2	76	48	10	10	29	1.73
15934739--15934801	5	12.0	5	83	12	74	0	0	15	84	0.63
15934740--15934801	11	5.8	11	94	3	101	0	0	14	85	0.60
15937901--15937945	6	7.5	6	87	9	56	11	0	17	71	1.14
15939212--15939314	51	2.0	51	98	0	197	38	10	14	35	1.81
15959516--15959675	43	3.8	43	73	14	161	31	26	18	24	1.97
15961664--15961859	96	2.0	97	90	1	304	30	13	16	39	1.87
15963005--15963043	19	2.1	19	95	0	69	28	30	12	28	1.93
15965921--15965960	6	7.2	6	78	16	50	50	0	30	20	1.49
15965919--15965960	11	3.8	11	96	0	75	50	0	28	21	1.49
15970398--15970582	40	4.6	40	82	6	223	24	22	27	25	2.00
15974709--15974794	43	2.0	43	100	0	172	41	13	16	27	1.86
16002100--16002148	17	2.9	17	78	3	55	55	28	0	16	1.42
16003493--16003544	20	2.6	19	79	11	59	36	1	1	59	1.19
16003494--16003557	30	2.1	30	80	11	69	32	1	3	62	1.20
16004921--16004951	7	4.4	7	95	0	53	83	0	12	3	0.75
16005780--16005862	25	3.3	25	74	0	76	24	28	15	31	1.96
16007304--16007473	33	5.2	33	82	4	130	32	21	11	34	1.89
16007262--16007423	65	2.5	66	78	3	175	27	24	14	33	1.94
16014799--16014907	55	2.0	55	90	3	175	27	28	13	30	1.94
16017113--16017235	33	3.8	33	83	3	133	27	25	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16017152--16017313	33	4.9	33	83	4	123	30	23	12	33	1.92
16017142--16017274	65	2.0	66	81	7	155	30	24	14	31	1.94
16021197--16021295	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
16039137--16039192	23	2.3	24	81	6	60	51	0	10	37	1.37
16042693--16042751	28	2.1	28	96	0	109	27	20	18	33	1.96
16042743--16042970	25	9.2	25	67	16	107	34	18	27	20	1.96
16042806--16042947	49	2.9	50	79	9	148	36	18	27	17	1.93
16042806--16042952	50	3.0	49	80	8	163	36	17	26	19	1.94
16049479--16049503	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
16054310--16054591	40	7.1	40	63	18	156	29	17	8	44	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297