genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   

This is table  7  of  297  ( 35593 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260462--2260581	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
2261882--2262144	47	5.7	47	81	10	258	28	17	29	25	1.97
2264020--2264327	40	7.5	41	84	5	383	24	22	26	26	2.00
2264020--2264327	123	2.5	122	85	6	410	24	22	26	26	2.00
2264020--2264327	163	1.9	163	94	0	544	24	22	26	26	2.00
2272592--2272755	46	3.5	45	81	12	172	22	31	18	28	1.97
2272639--2272784	46	3.1	45	79	13	138	21	30	19	28	1.98
2272591--2272784	93	2.1	94	79	11	211	22	31	18	27	1.97
2287392--2287437	6	7.7	6	88	7	67	69	0	2	28	1.00
2287382--2287437	18	3.1	18	87	7	69	71	1	1	25	1.05
2291895--2292133	40	6.0	40	91	1	340	26	27	22	24	2.00
2303392--2303505	47	2.4	48	81	8	119	25	31	18	24	1.97
2303529--2303657	47	2.7	47	73	16	133	23	31	19	26	1.98
2306133--2306258	46	2.7	46	82	7	139	27	15	30	25	1.96
2306318--2306447	47	2.8	47	90	0	206	28	18	29	23	1.98
2307597--2307775	85	2.1	85	96	0	331	36	8	28	25	1.86
2308943--2309127	40	4.6	39	83	5	194	24	22	27	25	2.00
2308996--2309160	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	26	1.99
2311680--2311704	7	3.6	7	100	0	50	44	0	28	28	1.55
2326573--2326628	29	2.0	28	82	3	67	35	21	3	39	1.71
2327709--2327750	22	1.9	22	85	9	59	47	11	4	35	1.61
2334919--2335097	79	2.2	80	81	7	204	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2334913--2335097	40	4.7	40	82	7	216	25	27	22	24	2.00
2336293--2336423	41	3.1	41	61	25	92	29	25	9	35	1.88
2336265--2336443	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.86
2337594--2337910	47	6.7	48	77	13	241	24	30	17	27	1.97
2337783--2337910	46	2.7	46	84	7	143	25	31	16	26	1.96
2340520--2340648	47	2.8	48	75	12	124	27	17	30	24	1.97
2340388--2340648	140	1.9	141	80	5	314	27	18	29	24	1.98
2345430--2345614	40	4.7	40	80	8	164	25	28	21	24	1.99
2345430--2345614	79	2.3	80	79	11	200	25	28	21	24	1.99
2355723--2355752	12	2.6	12	94	5	53	33	0	26	40	1.57
2377181--2377248	34	2.0	34	100	0	136	32	11	23	32	1.91
2383592--2383675	42	2.0	43	85	2	116	28	36	21	13	1.91
2386545--2386605	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
2389718--2389895	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
2389739--2389894	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
2392037--2392139	43	2.4	43	80	6	120	33	28	17	20	1.95
2394856--2395163	53	5.8	53	83	6	351	35	16	25	22	1.94
2395355--2395385	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
2406058--2406200	53	2.6	55	79	4	157	33	16	25	25	1.95
2426281--2426320	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
2427995--2428034	20	2.0	21	90	5	64	17	12	0	70	1.18
2443419--2443730	40	7.8	40	81	5	382	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2443430--2443723	118	2.5	119	86	3	421	26	28	20	24	1.99
2443774--2444005	56	4.1	56	98	0	437	22	22	9	45	1.81
2449266--2449418	76	2.0	76	93	2	263	35	18	5	40	1.75
2455837--2456042	40	5.2	40	94	1	353	27	27	21	22	1.99
2457699--2457806	58	1.9	56	83	11	139	33	12	14	39	1.83
2464059--2464264	40	5.2	40	94	1	353	27	27	22	22	1.99
2465696--2465720	13	1.9	13	100	0	50	64	20	0	16	1.30
2476802--2476830	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
2487447--2487629	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
2487426--2487629	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
2491520--2491545	12	2.2	12	100	0	52	53	0	7	38	1.30
2495381--2495414	17	2.0	17	88	0	50	50	14	14	20	1.78
2495903--2495940	17	2.1	18	85	9	51	26	42	21	10	1.85
2508025--2508079	18	3.1	19	79	10	71	45	12	20	21	1.84
2508404--2508683	27	10.4	27	82	3	296	37	19	16	26	1.92
2508402--2508671	81	3.3	81	88	2	391	38	19	15	27	1.92
2511854--2511965	39	2.9	39	94	0	197	27	21	29	21	1.98
2513704--2513887	40	4.6	41	78	12	181	26	21	26	25	2.00
2513759--2513910	79	1.9	79	81	10	186	27	19	26	26	1.99
2517530--2517557	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2523068--2523097	15	2.1	14	93	6	51	83	10	0	6	0.81
2527348--2527499	43	3.6	40	77	7	115	23	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527393--2527499	42	2.5	42	77	7	117	24	18	25	31	1.98
2537083--2537260	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	30	1.96
2537084--2537239	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	30	1.96
2537080--2537260	82	2.2	81	82	2	220	26	15	27	30	1.96
2546931--2546965	17	2.1	17	100	0	70	54	0	17	28	1.43
2568188--2568397	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
2568135--2568397	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
2568136--2568432	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
2573794--2573866	37	2.0	37	100	0	146	30	10	32	26	1.90
2575810--2575960	24	6.0	24	81	11	176	38	17	21	22	1.93
2575798--2575972	52	3.4	52	91	1	271	36	16	24	24	1.94
2575996--2576144	51	2.9	50	89	4	219	30	14	26	27	1.95
2586600--2586737	65	2.1	66	94	1	242	14	18	15	52	1.75
2587359--2587546	45	4.2	45	93	0	313	25	20	15	38	1.92
2587885--2587939	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
2590112--2590177	6	10.5	6	72	15	53	7	18	0	74	1.05
2591190--2591328	66	2.1	66	94	1	244	14	18	15	51	1.76
2591951--2592260	45	6.9	45	96	0	557	25	20	15	37	1.93
2592373--2592404	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
2602969--2603777	6	134.7	6	99	0	1584	49	16	16	16	1.79
2603946--2604026	27	3.0	26	82	5	90	34	22	24	18	1.96
2604048--2604202	78	2.0	78	92	0	256	31	29	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2604247--2604328	28	3.0	28	82	3	105	36	20	21	20	1.95
2604552--2605154	27	22.3	27	86	1	758	24	20	18	36	1.95
2605138--2605398	27	9.7	27	78	3	163	30	7	22	39	1.82
2604556--2605146	81	7.3	81	93	3	976	24	20	18	36	1.95
2605193--2605405	54	3.9	54	80	1	212	28	7	23	39	1.83
2605247--2605398	27	5.6	27	89	0	205	28	7	23	40	1.82
2607414--2607519	6	17.3	6	70	14	65	50	12	16	20	1.78
2607453--2607519	25	2.7	25	85	0	89	49	13	17	19	1.80
2607637--2607702	27	2.5	26	87	7	96	37	21	22	18	1.94
2607637--2607717	27	3.0	27	82	8	94	38	22	22	17	1.93
2607739--2607904	78	2.1	78	87	2	244	34	29	18	18	1.94
2607910--2608020	27	4.1	27	78	7	111	35	19	24	20	1.96
2608244--2608575	27	12.3	27	86	2	407	25	21	17	36	1.95
2608559--2608783	27	8.4	27	78	5	188	31	8	21	37	1.84
2608697--2608810	54	2.1	54	83	3	140	32	9	16	41	1.81
2613029--2613126	43	2.3	42	82	5	117	27	21	18	32	1.96
2613405--2613444	16	2.5	16	95	0	71	35	7	12	45	1.70
2614555--2614602	13	3.6	13	75	5	51	2	31	0	66	1.03
2615657--2615718	26	2.3	26	89	8	90	40	24	8	27	1.83
2615822--2615899	27	2.9	27	90	5	115	21	25	16	35	1.94
2616473--2616516	18	2.3	20	84	7	56	45	9	11	34	1.72
2622880--2623067	40	4.7	40	92	0	313	30	20	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623473--2623557	42	2.0	42	100	0	170	28	24	18	28	1.98
2631976--2632158	40	4.6	40	90	0	285	30	20	27	21	1.98
2631974--2632158	80	2.3	80	96	0	334	29	20	28	21	1.98
2634643--2634682	18	2.2	18	86	0	53	25	2	5	67	1.23
2635045--2635079	16	2.2	16	89	0	52	54	14	11	20	1.70
2635347--2635386	21	2.0	21	85	5	55	72	2	10	15	1.21
2637141--2637272	50	2.6	50	84	0	174	29	16	23	30	1.96
2639194--2639325	50	2.6	50	84	0	174	29	16	23	30	1.96
2640944--2641314	187	2.0	188	97	0	708	32	15	22	29	1.95
2642145--2642201	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297