genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101062743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71844388--71844702	46	6.7	47	77	12	222	26	20	28	24	1.99
71844388--71844702	93	3.3	93	76	11	304	26	20	28	24	1.99
71852410--71852681	6	44.8	6	76	15	258	47	14	18	19	1.82
71852410--71852681	30	9.4	30	83	12	363	47	14	18	19	1.82
71852410--71852681	85	3.2	85	98	0	526	47	14	18	19	1.82
71852799--71852864	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
71852799--71852872	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
71852823--71852880	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
71853037--71853095	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
71853183--71853265	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
71853464--71853659	27	7.3	27	87	0	239	26	19	18	35	1.95
71853664--71854115	27	16.8	27	86	5	610	40	10	22	26	1.86
71854076--71854155	40	2.0	40	90	4	126	42	10	22	25	1.84
71854049--71854182	67	2.0	67	92	0	223	44	10	20	25	1.83
71854029--71854205	94	1.9	94	87	9	263	42	10	21	25	1.85
71854116--71854217	27	3.8	27	81	10	127	44	11	18	25	1.84
71854117--71854222	54	2.0	54	96	0	194	43	12	18	25	1.85
71867389--71867662	50	5.8	47	75	10	202	28	19	29	22	1.98
71867387--71867657	94	2.8	93	77	9	235	28	19	29	22	1.98
71867387--71867657	49	5.7	49	75	12	181	28	19	29	22	1.98
71867859--71868117	129	2.0	129	99	0	509	25	18	11	44	1.84
71874876--71874940	30	2.1	31	85	2	87	49	7	7	35	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71874888--71874945	31	1.9	30	89	3	89	48	6	5	39	1.52
71876464--71876521	23	2.5	23	88	0	80	39	17	5	37	1.72
71901911--71901973	26	2.7	21	70	23	54	50	3	30	15	1.60
71902999--71903043	21	2.1	21	84	8	56	42	17	20	20	1.90
71908018--71908068	25	2.0	25	88	0	75	39	11	23	25	1.89
71910741--71910945	43	4.7	44	71	12	161	30	20	24	24	1.99
71910732--71911446	135	5.3	134	87	2	983	30	20	22	27	1.98
71911143--71911343	45	4.5	45	64	9	122	29	20	22	26	1.99
71920058--71920175	59	2.0	59	98	0	227	24	10	16	48	1.77
71940999--71941079	40	2.0	40	100	0	162	46	12	4	35	1.63
71940999--71941064	22	3.2	22	62	16	59	46	10	4	37	1.59
71944734--71944782	15	3.0	16	79	11	55	57	0	2	40	1.10
71944983--71945039	15	3.7	15	80	13	71	24	12	12	50	1.74
71944998--71945048	16	3.2	16	81	15	70	25	9	11	52	1.68
71944982--71945048	31	2.2	31	94	0	116	25	11	11	50	1.73
71945461--71945559	35	2.8	36	77	11	89	63	0	2	34	1.06
71945517--71945599	27	2.9	28	79	10	96	63	1	2	32	1.15
71945512--71945598	19	4.5	19	74	10	70	62	1	2	34	1.16
71945528--71945598	10	7.4	10	69	15	51	64	1	1	32	1.11
71945815--71945873	17	3.5	16	75	15	57	33	1	3	61	1.23
71945858--71945897	19	2.2	19	86	4	55	37	0	2	60	1.11
71945815--71945892	8	9.1	8	72	14	50	35	1	2	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71945865--71945932	32	2.2	31	84	7	84	36	1	0	61	1.05
71951820--71951873	27	2.0	27	89	3	83	48	3	3	44	1.38
71952064--71952088	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
71952195--71952366	89	1.9	89	91	2	283	44	13	7	33	1.73
71953233--71953272	19	2.0	21	90	9	66	40	22	0	37	1.54
71958040--71958152	38	2.9	38	89	2	154	22	24	27	25	2.00
71958056--71958163	38	2.8	38	91	0	162	20	24	27	27	1.99
71958156--71958267	43	2.6	43	100	0	224	9	26	33	29	1.89
71959800--71959903	48	2.2	48	82	6	122	29	22	30	17	1.96
71963071--71963183	38	2.9	38	84	2	127	23	22	27	27	1.99
71963087--71963189	38	2.7	38	86	0	134	22	21	26	30	1.99
71963187--71963268	43	1.9	43	89	0	128	13	25	32	28	1.93
71972934--71972993	21	2.9	21	83	11	70	41	0	6	51	1.28
71973272--71973308	18	2.1	18	100	0	74	56	21	0	21	1.42
71981851--71982117	46	5.6	47	76	14	201	25	17	32	23	1.97
71987642--71987997	39	9.1	38	75	6	214	22	23	14	40	1.90
71987638--71987988	117	3.0	117	75	5	289	22	22	14	41	1.89
71987981--71988207	54	4.2	54	84	1	285	24	23	14	36	1.93
71988182--71988662	39	12.4	39	76	5	328	20	22	16	40	1.91
71988670--71988835	54	3.1	54	87	2	228	27	24	13	34	1.93
71988893--71988947	24	2.3	24	77	0	65	36	14	9	40	1.78
71989050--71989083	14	2.3	15	90	5	52	32	23	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71990188--71990228	14	2.9	14	89	7	57	51	2	0	46	1.14
72001817--72001990	46	3.8	45	81	14	160	21	28	21	28	1.99
72006572--72006890	101	3.0	109	88	7	510	36	7	16	40	1.77
72010424--72010742	101	3.0	109	89	7	528	36	7	16	40	1.77
72011109--72011178	28	2.5	28	86	4	97	27	11	27	34	1.91
72015059--72015105	23	2.0	23	100	0	94	42	12	14	29	1.83
72016847--72016891	12	3.8	12	81	0	63	37	11	13	37	1.80
72028579--72028622	20	2.1	21	84	12	56	25	9	4	61	1.45
72035166--72035249	39	2.2	38	82	6	98	30	27	19	22	1.98
72036222--72036287	30	2.2	30	94	0	114	28	12	3	56	1.51
72039816--72039841	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
72061917--72061942	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
72063551--72063735	49	3.8	50	86	2	250	25	25	19	29	1.99
72063551--72063734	99	1.9	98	87	3	271	25	25	19	29	1.99
72064513--72064543	9	3.3	9	95	4	53	61	22	0	16	1.34
72067983--72068062	31	2.6	31	94	2	135	30	27	16	26	1.97
72068281--72068350	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
72069159--72069223	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
72069281--72069410	27	4.7	27	77	11	102	30	6	19	43	1.75
72069338--72069463	27	4.7	27	82	3	146	29	6	21	42	1.77
72069257--72069463	110	1.9	108	81	4	245	30	8	20	41	1.81
72069341--72069496	81	1.9	81	85	2	215	28	8	19	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72069257--72069463	54	3.8	54	77	5	155	30	8	20	41	1.81
72069365--72069496	27	4.9	26	75	8	104	29	10	20	39	1.86
72069495--72069667	27	6.4	27	90	2	267	38	8	25	28	1.84
72069495--72069667	54	3.2	54	94	1	294	38	8	25	28	1.84
72076303--72076401	38	2.6	38	93	4	164	35	1	8	55	1.36
72077324--72077361	16	2.3	17	90	4	60	7	7	2	81	0.96
72077373--72077408	12	2.9	12	91	4	54	2	11	0	86	0.68
72077371--72077408	20	1.9	20	89	10	60	2	13	0	84	0.73
72078245--72078283	18	2.1	18	85	4	51	76	0	10	12	1.01
72084580--72084667	30	2.8	32	75	15	92	42	13	13	30	1.83
72086688--72086728	14	2.8	15	82	14	50	41	4	2	51	1.36
72094364--72094443	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
72094355--72094442	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
72101636--72101694	25	2.3	25	83	16	77	57	6	3	32	1.41
72101681--72101976	18	16.0	17	66	20	89	61	1	7	28	1.33
72101699--72101756	23	2.6	21	74	15	53	67	0	8	24	1.18
72101723--72102152	3	143.7	3	69	11	170	60	1	9	28	1.38
72101660--72101778	42	2.9	40	77	20	120	63	1	6	27	1.29
72101680--72101858	38	4.8	37	72	19	122	63	1	6	28	1.30
72101800--72101975	92	1.9	92	90	0	280	60	1	8	29	1.36
72101911--72101973	16	3.7	16	73	20	56	63	0	7	28	1.22
72101913--72101990	19	4.3	19	69	19	67	62	0	8	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72103252--72103298	11	4.2	11	83	2	58	4	0	38	57	1.18
72103252--72103294	17	2.5	17	80	0	50	4	0	41	53	1.21
72103495--72103802	44	6.9	44	71	11	162	25	19	20	33	1.97
72103514--72103846	182	1.8	182	87	5	494	26	19	20	33	1.97
72104137--72104681	44	12.6	43	69	8	275	28	22	20	29	1.98
72104137--72104681	86	6.3	86	69	7	264	28	22	20	29	1.98
72104137--72104689	130	4.3	130	88	0	768	28	22	19	29	1.98
72104703--72105241	44	12.2	44	67	14	297	24	26	17	31	1.97
72104633--72105109	176	2.7	175	89	1	731	25	26	16	31	1.97
72104959--72105241	133	2.1	133	94	1	496	23	28	16	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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